首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

Day07 生信马拉松-数据整理中的R

(x) # 引号内的单个字母/数字/符号数量 length(x) #检测向量内的元素数 1.2 字符串拆分 str_split(x," ") #直接拆分后会变成list的子集 class(str_split...#提取x中第5和第9位的字符串 str_sub(x,5,9) 1.4 字符检测 str_detect(x2,"h") # 第一个参数为向量名,第二个是检测的关键词 str_starts(x2,"T")...#判断x2中T开头的字符串,输出逻辑向量 str_ends(x2,"e") #判断x2中e结尾的字符串,输出逻辑向量 1.5 字符串替换 x2 str_replace(x2,"o","A") #每个元素里面只替换第一次出现的目标字符...2.4 连续步骤的不同方法 2.4.1 多次赋值,产生多个中间的变量 x1 = select(iris,-5) #"-5"为删除第5列 x2 = as.matrix(x1) x3 = head(x2,50...ID的方法 ## (1)分步解法 a = colnames(y) b = x$file_name k = match(a,b);k # match(a,b)的意思是a里的每个元素在b的第几个位置上。

23900

【Linux篇】--sed的用法

一、前述 Sed是一种流编辑器,它是文本处理中非常中的工具,能够完美的配合正则表达式使用,功能不同凡响。...处理时,把当前处理的行存储在临时缓冲区中,称为“模式空间”(pattern space),接着用sed命令处理缓冲区中的内容,处理完成后,把缓冲区的内容送往屏幕。...g 获得内存缓冲区的内容,并替代当前模板块中的文本。 G 获得内存缓冲区的内容,并追加到当前模板块文本的后面。 l 列表不能打印字符的清单。...W file 写并追加模板块的第一行到file末尾。 ! 表示后面的命令对所有没有被选定的行发生作用。 = 打印当前行号码。 # 把注释扩展到下一个换行符以前。...三、案例 1、替换文本中的字符串: sed 's/book/books/' file 2、全面替换 sed 's/book/books/g' file 当需要从第N处匹配开始替换时,可以使用 /Ng:

1.6K20
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    linux中sed命令总结

    处理时,把当前处理的行存储在临时缓冲区中,称为模式空间(pattern space),接着用sed命令处理缓冲区中的内容,处理完成后,把缓冲区的内容送往屏幕。...D # 删除模板块的第一行。 s # 替换指定字符 h # 拷贝模板块的内容到内存中的缓冲区。 H # 追加模板块的内容到内存中的缓冲区。 g # 获得内存缓冲区的内容,并替代当前模板块中的文本。...r file # 从file中读行。 t label # if分支,从最后一行开始,条件一旦满足或者T,t命令,将导致分支到带有标号的命令处,或者到脚本的末尾。...W file # 写并追加模板块的第一行到file末尾。 ! # 表示后面的命令对所有没有被选定的行发生作用。 = # 打印当前行号码。 # # 把注释扩展到下一个换行符以前。...之间的行,每行的末尾用字符串aaa bbb替换: sed '/test/,/west/s/$/aaa bbb/' file 多点编辑:e命令 -e选项允许在同一行里执行多条命令: sed -e '1,5d

    3.2K20

    Java并发编程学习6-同步容器类和并发容器

    这些类实现线程安全性的方法是:将它们的状态封装起来,并对每个公有方法都进行同步,使得每次只有一个线程能访问容器的状态。1....容器里常见的复合操作包括:迭代(反复访问元素,直到遍历完容器中的所有元素)跳转(根据指定顺序找到当前元素的下一个元素)条件运算(例如“若没有则添加”)下面假设我们在 Vector 中定义两个复合操作的方法...这种方式的代价就是严重降低并发性,当多个线程竞争容器的锁时,吞吐量将严重降低。...并发容器是针对多个线程并发访问而设计,如 ConcurrentHashMap,用于替代同步且基于散列的 Map;CopyOnWriteArrayList,用于在遍历操作为主要操作的情况下代替同步的 List...许多事件通知系统中,在分发通知时需要迭代已注册监听器链表,并调用每一个监听器,在大多数情况下,注册和注销事件监听器的操作远少于接收事件通知的操作。4.

    11421

    【linux命令讲解大全】081.sed:功能强大的流式文本编辑器

    处理时,把当前处理的行存储在临时缓冲区中,称为“模式空间”(pattern space),接着用sed命令处理缓冲区中的内容,处理完成后,把缓冲区的内容送往屏幕。...H # 追加模板块的内容到内存中的缓冲区。 g # 获得内存缓冲区的内容,并替代当前模板块中的文本。 G # 获得内存缓冲区的内容,并追加到当前模板块文本的后面。 l # 列表不能打印字符的清单。...W # 写并追加模板块的第一行到file末尾。 ! # 表示后面的命令对所有没有被选定的行发生作用。 = # 打印当前行号码。 # 把注释扩展到下一个换行符以前。...里的内容被读进来,显示在与test匹配的行后面,如果匹配多行,则file的内容将显示在所有匹配行的下面: sed '/test/r file' filename 写入文件:w命令 在example中所有包含...#偶数行 方法2: sed -n '1~2p' test.txt #奇数行 sed -n '2~2p' test.txt #偶数行 打印匹配字符串的下一行 grep -A 1 SCC URFILE

    25710

    生信技能树- R语言-day7

    玩转字符串1.检测字符串长度str_length(x)length(x)# 字符的个数2.字符串拆分str_split(x," ") # 把42个字符 按照“空格”拆分成八个字符串class(str_split...需要赋值,不然还是原来的y3.按位置提取字符串str_sub(x,5,9) #空格也要算上 x字符串里5-9位置4.字符检测str_detect(x2,"h") # h类似于地雷,扫雷探测,含有h的就会变成...TURE,生成长度相等的逻辑值向量,可以用来取子集,可以提出来含有h的地雷str_starts(x2,"T") #是否以t开头str_ends(x2,"e")#是否e结束5.字符串替换x2str_replace...else2, ifelse(,,ifelse)在ifelse里加一个ifelse补充 case_when练习题1.加载deg.Rdata,根据a、b两列的值,按照以下条件生成向量x:load("deg.Rdata...() # 列出工作目录下的文件dir(pattern = ".R$") #列出工作目录下以.R结尾的文件file.create("douhua.txt") #用代码创建文件file.exists("douhua.txt

    10400

    biotrainee note 6

    R语言的综合应用推荐《R数据科学》这本书,对写代码很有帮助专题1 玩转字符串x 检测字符串长度str_length(x)length(x) ## 检测向量里有多少个元素,如果是字符型向量,即有多少对引号### 2.字符串拆分str_split(x," ") ##...str_ends(x2,"e") ## 提取“e”结尾的元素,返回逻辑值### 5.字符串替换x2str_replace(x2,"o","A") ## 将元素中的“o”替换成“A”,但如果连续遇到只替换第一个...,其内容为这两列的乘积# select()、filter()筛选列、行# 连续的步骤# 1.多次赋值,产生多个中间的变量x1 = select(iris,-5) #去掉iris的第五列x2 = as.matrix...%>%这个管道符号,指将上一步的结果向后传递专题3 条件和循环If条件语句:如果。。。。

    6000

    linux下sed正则表达式匹配批量替换文件中的内容

    处理时,把当前处理的行存储在临时缓冲区中,称为『模式空间』(pattern space),接着用sed命令处理缓冲区中的内容,处理完成后,把缓冲区的内容送往屏幕。...s 替换指定字符 h 拷贝模板块的内容到内存中的缓冲区 H 追加模板块的内容到内存中的缓冲区 g 获得内存缓冲区的内容,并替代当前模板块中文本 G 获得内存缓冲区的内容,并追加到当前模板块文本的后面...q 退出sed b label 分支到脚本中带有标记的地方,如果分支不存在则分支到脚本的末尾 r file 从file中读行 t label if分支,从最后一行开始,条件一旦满足或者T,t命令,将导致分支到带有标号的命令处...表示后面的命令对所有没有被选定的行发生作用 = 打印当前行号 # 把注释扩展到第一个换行符以前 接下来主要介绍替换功能 替换的使用 命令 说明 g 表示行内全面替换 p 表示打印行 w 表示把行写入一个文件...当我们打开文件时,发现并没有改变。这里只是替换缓存区内的内容,并不改变文件里的内容。 从开始位置替换,并加上回车 sed 's/^hello/world\n/' hello.txt 执行结果: ?

    6K10

    sparksql源码系列 | 最全的logical plan优化规则整理(spark2.3)

    如果所有Join都已具有至少一个条件,则Join的顺序不会更改。如果启用了星型模式检测,请基于启发式重新排序星型Join计划。...例如,当表达式只是检查字符串是否以给定模式开头时。...当计算整个搜索条件时,只有当Literal(null, BooleanType)在语义上等同于FalseLiteral时,替换才有效。...请注意,在大多数情况下,当搜索条件包含NOT和可空的表达式时,FALSE和NULL是不可交换的。因此,该规则非常保守,适用于非常有限的情况。...如果有SELECT * from R, S where R.r = S.s,则R和S之间的连接不是笛卡尔积,因此应该允许。谓词R.r=S.s在ReorderJoin规则之前不会被识别为join条件。

    2.6K10

    Linux系统开发: 学习linux三剑客(awk、sed、grep)(上)

    三剑客与正则表达式息息相关,正则表达式是为了处理大量的文本|字符串而定义的一套规则和模版,这个模版是由一些普通字符和一些元字符组成。普通字符包括大小写的字母和数字,而元字符则具有特殊的含义。...-c 只计算显示符合范本样式的行数,不显示详细内容 -d 当指定要查找的是目录而非文件时,必须使用这项参数,否则grep命令将回报信息并停止动作。...-f 指定范本文件,其内容有一个或多个范本样式,让grep查找符合范本条件的文件内容,格式为每一列的范本样式。 -F 将范本样式视为固定字符串的列表。...H 追加模板块的内容到内存中的缓冲区。 g 获得内存缓冲区的内容,并替代当前模板块中的文本。 G 获得内存缓冲区的内容,并追加到当前模板块文本的后面。 l 列表不能打印字符的清单。...W file 写并追加模板块的第一行到file末尾。 ! 表示后面的命令对所有没有被选定的行发生作用。 示例:1!表明对文中所有行起作用,3!

    9.3K21

    论文解读 Receptive Field Block Net for Accurate and Fast

    这个结论同样证明了更靠近中心的区域在识别物体时拥有更高的比重或作用,并且大脑在对于小的空间变化时具有不敏感性。...相关工作 Two-stage detector: R-CNN直接结合了选择性搜索等提取候选框的步骤,并通过CNN模型对它们进行分类,与传统方法相比在准确度上做到了显著的提升,这开启了目标检测的深度学习时代...方法 在本节中,作者重新探究人类视觉大脑皮层,介绍RFB组件以及模拟这种机制的方法,并描述RFB网络检测模型的架构及其训练/测试数据表。...如表2所示,应用了新的数据增强方法的原始SSD300达到了77.2%mAP, 但通过简单地使用RFB-max池化替换最后一个卷积层,我们便可以把结果提升至79.1%(1.9%的增益),这表明RFB模块在检测中是有效的...最近的研究发现, 不使用预训练backbone的检测模型其训练将会是一项艰巨的任务,在two-stage的检测模型中, 所有的网络结构均无法在脱离预训练的条件下完成训练任务, 在one-stage的检测模型中

    1.6K20

    RefactoringGuru 代码异味和重构技巧总结

    基本类型偏执 在简单任务中使用基本类型而不是小对象(例如货币、范围、电话号码的特殊字符串等) 使用常量来编码信息(例如常量USER_ADMIN_ROLE=1表示具有管理员权限的用户。)...解决方案:将该方法转换为一个单独的类,以便局部变量成为该类的字段。然后可以将该方法拆分为同一类中的多个方法。 替代算法 问题:所以你想用一个新的算法替换现有的算法?...解决方案:用新算法替换实现算法的方法体。 在对象间移动功能 即使你在不同的类之间,以不太完美的方式分布了功能,仍然存在希望。...在它们中,创建一个共享方法,并将代码从条件的相应分支移动到它。然后用相关的方法调用替换条件。结果是,根据对象类,可以通过多态实现正确的实现。...用显式方法替换参数 问题:一个方法被分成几个部分,每个部分的运行取决于一个参数的值。 解决方案:将方法的各个部分提取到它们自己的方法中,并调用它们,而不是原始方法。

    1.9K40

    Sed..

    文章目录 Sed 选项 参数 sed命令 sed替换标记 sed元字符集 sed用法实例 替换操作:s命令 全面替换标记g 定界符 删除操作:d命令 已匹配字符串标记& 子串匹配标记\1 组合多个表达式...D # 删除模板块的第一行。 s # 替换指定字符 h # 拷贝模板块的内容到内存中的缓冲区。 H # 追加模板块的内容到内存中的缓冲区。 g # 获得内存缓冲区的内容,并替代当前模板块中的文本。...r file # 从file中读行。 t label # if分支,从最后一行开始,条件一旦满足或者T,t命令,将导致分支到带有标号的命令处,或者到脚本的末尾。...W file # 写并追加模板块的第一行到file末尾。 ! # 表示后面的命令对所有没有被选定的行发生作用。 = # 打印当前行号码。 # # 把注释扩展到下一个换行符以前。...里的内容被读进来,显示在与test匹配的行后面,如果匹配多行,则file的内容将显示在所有匹配行的下面: sed '/test/r file' filename 写入文件:w命令 在example中所有包含

    1.6K20

    前端-javascript简写技巧

    在申明多个变量时: let x;let y;letmz = 3; 可以简写为: let x, y, z=3; 1.4 if 语句 在使用 if 进行基本判断时,可以省略赋值运算符。...可以通过编写一个包含多个条件的判断语句来实现: 或者简写为以下的形式: const variable2 = variable1 || 'new'; 可以将下面的代码粘贴到 es6console 中,自己测试...简写为: 2.7 模板字符串 过去我们习惯了使用“+”将多个变量转换为字符串,但是有没有更简单的方法呢? ES6 提供了相应的方法,我们可以使用反引号和 $ { } 将变量合成一个字符串。...简写为: 2.8 解构赋值 解构赋值是一种表达式,用于从数组或对象中快速提取属性值,并赋给定义的变量。 在代码简写方面,解构赋值能达到很好的效果。...你可以使用双位操作符来替代 Math.floor( )。双否定位操作符的优势在于它执行相同的操作运行速度更快。

    1.5K30

    【译】如何在 Spring 中将 @RequestParam 绑定到对象

    是否感觉它们影响了易读性? 当请求只有一两个入参时,这个注解看起来非常直观,但是当参数列表变长时,你可能会感到不知所措。...静态代码分析工具,如 Checkstyle 可以检测方法中的大量输入[3],因为这通常被认为是一种不良的实践。...@RequestParam 的文档并未提及替代方案。 首先,更新控制器的方法,使其接受 POJO 作为输入,而不是参数列表。...在许多情况下,使用 @NotBlack 替代 @NotNull 更有意义,因为它也覆盖了不希望出现的空字符串问题(长度为零的字符串)。...你还需要在控制器方法的 POJO 参数上标记 @Valid 注解。这样,你就告诉 Spring 在绑定步骤时应执行验证。

    60410

    shell脚本极简教程

    但是,考虑到Shell脚本的命令限制和效率问题,下列情况一般不使用Shell: 资源密集型的任务,尤其在需要考虑效率时(比如,排序,hash等等)。...运行其它二进制的程序也一样,直接写test.sh,linux系统会去PATH里寻找有没有叫test.sh的,而只有/bin, /sbin, /usr/bin,/usr/sbin等在PATH里,你的当前目录通常不在...例如,在双引号中使用变量就是一种替换,转义字符也是一种替换。   举个例子: #!...注意:条件表达式要放在方括号之间,并且要有空格,例如 [a ==b]是错误的,必须写成 [ a ==b ]。 关系运算符   关系运算符只支持数字,不支持字符串,除非字符串的值是数字。   ...-r file 检测文件是否可读,如果是,则返回 true。 [ -r $file ] 返回 true。 -w file 检测文件是否可写,如果是,则返回 true。

    1.8K60

    检测与识别人与目标之间的互动

    其扩展了Faster R-cnn目标检测框架,增加了一个以人为中心的分支,该分支对行为进行分类,并估计每个行为在目标位置上的概率密度。...然而,仅根据bh的特征来预测精确的目标位置是一项具有挑战性的工作。 相反,本次的方法是预测可能位置上的密度,并将此输出与实际检测目标的位置一起用于精确定位目标。...此外,由于这一预测是特定于行为和具体实例的,即使我们使用单峰分布来建模目标位置,模型的公式也是有效的。后面我们讨论了该方法的一个变体,它允许我们有条件地处理多模态分布并预测单个动作的多个目标。...虽然原则上这具有O(N2)复杂度,因为它需要对每对候选框打分,但提出了一种简单的级联推理算法,其主要计算具有O(N)复杂度。 目标检测分支:首先检测图像中的所有对象(包括Person类)。...每个子个体可以采取多个操作并影响多个对象。 其他方法的比较: ? V-COCO试验的详细结果。为每个动作显示两个主要基线和InteractNet。

    68630
    领券