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空间信息空间转录组中的运用

大量空间分析技术和软件的出现使得空间分析成为可能。 然而,当拿到空间数据(如10 X Visium)的时候,没有受到空间数据分析训练生物学家,往往不能很好地利用空间信息。...最近的空间转录组的文章,大部分空间信息只是作为X-Y的画板——在上面画基因表达量或者分组信息空间信息的地位简化到可视化工具TSNE和UMAP之列,这不免令人惋惜。 ?...但是,获得细胞的位置这一事实,对生物信息的丰富至少提供了以下可能: 可以在传统的细胞分析中明确地纳入空间信息。...上的信息,都可以画到真实空间中。...坦率地说,有了空间信息的肿瘤微环境才是正宗的肿瘤微环境。如细胞间通信这种带有明显空间特征的生物信息,肯定需要新的算法来重新评估。

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Postgresql空间

与数据库的关系 在 postgres 中,一个表空间可以让多个数据库使用,而一个数据库也可以使用多个表空间,属于“多对多”的关系; 在 oracle 中,一个表空间只属于一个数据库,而一个数据库可以使用多个表空间...2、表空间的作用 官方解释 通过使用表空间,管理员可以控制一个PostgreSQL安装的磁盘布局。...如果初始化集簇所在的分区或者卷用光了空间,而又不能在逻辑上扩展或者做别的什么操作,那么表空间可以被创建在一个不同的分区上,直到系统可以被重新配置。 表空间允许管理员根据数据库对象的使用模式来优化性能。...能合理利用磁盘性能和空间,制定最优的物理存储方式来管理数据库表和索引 3、应用场景 1)存储磁盘没有空间时,可以使用表空间把数据存到其他地方: 如数据库一般装在root下,root相当于是一个磁盘分区,...4、 系统自带表空间空间pg_default是用来存储系统目录对象、用户表、用户表index、和临时表、临时表index、内部临时表的默认空间

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    空间数据平台——厂区空间信息化管理

    之前我们已经谈过了商业、园区的空间运营和数据管理,今天再来聊一聊工业领域。...3、空间资产利用率低 空间资产分类杂乱,位置分散,因缺乏空间管理可视化,空间资产规划和使用的时候,利用率难以把控。...蜂鸟视图空间数据平台1、资产管理 将生产区、仓储区以及管理区重点可移动设备资产与室内高精度定位系统的标签进行绑定,从而集成到空间位置平台。...图片3、人员管理 人员检索:根据部门、姓名等信息项进行全部人员的查询,显示人员的在岗与工作状态; 人员定位:地图上显示人员实时位置,能够在地图上进行人员信息查看; 人员信息:根据平台人员详细信息进行展示...,提供实时信息、轨迹信息、统计信息的入口。

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    单细胞空间突变信息分析导论

    10X空间转录组数据中研究并可视化体细胞突变单细胞、空间、外显子解析TP53突变重构肺腺癌细胞图谱单细胞、空间、外显子分析方法更新单细胞、空间、外显子多组学分析探讨多组学(单细胞、空间转录+蛋白、外显子...、甲基化)揭示神经母细胞瘤异质性图谱2024空间转录组分析方向和文献分享单细胞、空间、外显子多组学分析揭示了早期肺腺癌(LUAD)发展过程中上皮细胞的状态和转录组特征系统整理10X单细胞空间数据中可检测到的有害突变位点...这里大家就可以看到,单细胞空间数据,对于在范围内的突变是可以检测到了,单细胞空间的转录组信息如果能添加突变信息,自然文章会发的高一点。...,KRAS这个基因的突变,包括Q22E、G12T、G13V、G13S、G13H、L19F、G12D等突变都在单细胞数据的检测范围之内,那么做结肠癌的单细胞数据,这些突变信息就可以考虑进去,相当于单细胞数据多了...BARCODE -O $OUT_DIR -R $REGION_VCF -p 10 --minMAF 0.1 --minCOUNT 20 --gzip其中BAM是单细胞BAM文件,BARCODE是细胞Barcode信息

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    R可视化 | 地理信息空间(上)

    第一版结果 1.1 地图的文件格式 shp数据结构: 1、分文件存储信息: name.dbf name.shp name.shx 2、获取渠道 https://gadm.org/download_country_v3...文件格式与函数方法关系图 1.5 上手实战 设计目的:进行地理文件的加载、数据转换及基础处理,将地理信息数据与业务数据的融合(sp与sf数据模型),添加地理标签,应用地理坐标轴,最终完成一个地理空间可视化的小...dplyr') library("data.table") #fread函数用于读取CVS表格 library("ggrepel") rm(list = ls()) gc() setwd("D:/空间可视化与地理基础...[,c("id","NAME")] #行政区划层 polygons_data1 <- fortify(gansu_map) #地理信息边界点数据 polygons_data1 <- polygons_data1...《R语言数据可视化之美-专业图表绘制指南(增强版)》第11章 地理空间型图表: https://www.cnblogs.com/zzj420133722/p/13789195.html

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    分析“QQ空间”自动转发不良信息

    大家有时打开某网页或是扫描二维码又或是运行某应用程序后 经常会看到QQ空间会自动转发说说,即使我们并没有输入QQ账号及QQ密码 今天我们来分析其原理得知其转发机制 转发机制 应用程序 某说说吸引了客户主动下载并运行了程序...网页 我想大概是因为TX的某个产品的某个页面下存在一个XSS漏洞,由于没有对请求参数做严格检查 通过精心构造的请求数据导致返回信息中的数据可被利用来执行js代码,同时服务器没有对请求来源进行检测,因此可以造成...就可以达到自动发送说说的目的了 利用Skey进行敏感操作 Skey 是一次性口令,服务器为每个用户建立一个skey作为用户的权限代码,服务器验证该值即可获取用户的一些权限操作 该值会被浏览器记录在cookie信息中...也就是说如果获得一个QQ号码的Skey代码 也就相应的拿到了对方QQ登陆和管理权限,通过调用相应的操作接口API,即可不通过用户密码实现对用户空间,相册的访问权限,同时也可以发表说说,删除留言等一些敏感操作...预防方法 最好的办法就是不要随意点击一些不良网站信息,如果不小心中招,解决方法就是快速退出空间 如果是手机登录的话就要退出QQ,重新登陆QQ,这样会产生新的skey,原来的skey就失效了。

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    NC | 使用GraphST对空间转录组进行空间信息聚类、整合和去卷积

    空间转录组技术生成具有空间背景的基因表达谱,需要空间信息分析工具来完成三个关键任务:空间聚类、多样本整合和细胞类型去卷积。...GraphST是一种图自我监督对比学习方法,它充分利用空间信息和基因表达谱进行空间信息聚类、整合和细胞类型去卷积。...GraphST包括三个模块,每个模块都具有分别针对三个任务定制的图形自我监督对比学习架构:空间信息聚类(上图A)、多个组织切片的垂直和水平批量集成(上图 B),以及通过向ST投影scRNA-seq来进行空间细胞类型去卷积...在所有三个模块中,利用空间转录组学数据集的空间信息来构建邻域图,其中空间上彼此接近的点被连接起来。...接下来,构建图卷积网络作为编码器,通过迭代聚集来自相邻点的基因表达,将基因表达谱和空间相似性嵌入潜在表示空间中。

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    NC | 使用GraphST对空间转录组进行空间信息聚类、整合和去卷积

    空间转录组技术生成具有空间背景的基因表达谱,需要空间信息分析工具来完成三个关键任务:空间聚类、多样本整合和细胞类型去卷积。...GraphST是一种图自我监督对比学习方法,它充分利用空间信息和基因表达谱进行空间信息聚类、整合和细胞类型去卷积。...GraphST概述 GraphST包括三个模块,每个模块都具有分别针对三个任务定制的图形自我监督对比学习架构:空间信息聚类(上图A)、多个组织切片的垂直和水平批量集成(上图 B),以及通过向ST投影scRNA-seq...在所有三个模块中,利用空间转录组学数据集的空间信息来构建邻域图,其中空间上彼此接近的点被连接起来。...接下来,构建图卷积网络作为编码器,通过迭代聚集来自相邻点的基因表达,将基因表达谱和空间相似性嵌入潜在表示空间中。

    60430

    技术揭秘“QQ空间”自动转发不良信息

    大家经常会看到QQ空间自动转发一些附带链接的不良信息,即便我们的QQ密码并没有被盗取。...并通过该漏洞自动转发一些不良信息诱导用户点击,从而导致大面积传播。 传播现象 如果有一天,你发现好多QQ好友空间都在发一条说说,并且这个说说附带了一个链接,像下图这样: ?...下边进行一个简单的测试来实现在QQ空间发表状态。 首先通过抓包获取到cookie信息中的uin值和skey ? 然后我使用curl命令通过发表说说的api向服务器发送一个包,包内容如下: ?...针对用户,不要随意点击一些不良网站信息,如果不小心中招,解决方法就是快速退出空间,如果是手机登录的话就要退出QQ,重新登陆QQ,这样会产生新的skey,原来的skey就失效了。...如果只是单纯的刷新网页,或者关掉手机QQ空间,则不会改变skey。 2.

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    各种单细胞表达量矩阵和空间信息的导入

    ,因为还没有涉及到空间相关信息。...而且这个时候没有空间信息的矩阵其实可以完完全全参考我们前面的单细胞转录组数据分析代码哦,没有如何特殊的地方。...其次是导入空间信息 空间信息最方便的当然是图片文件啦,其中tissue_hires_image.png and tissue_lowres_image.png,都可以读取。...这个时候这个坐标文件很容易读取,因为就是普通的文本文件,然后就有两个方法把坐标文件作为的空间信息整合到前面的表达量矩阵后成为Seurat的空间单细胞对象,也是需要认真了解这个Seurat的空间单细胞对象...,详见:认识Seurat的空间单细胞对象结构 ,就是需要修改对象里面的空间信息(images元素)。

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    渗透测试信息收集技巧(5)——网络空间搜索引擎

    网络空间搜索引擎介绍 网络空间搜索引擎不同于搜索普通网页,而是直接搜索网络中存在主机,将主机信息汇聚成数据库,然后显示出主机的IP、端口、中间件摄像头,工控设备banner等其他网络设备信息。...按照普通搜索引擎规则来搜索网络设备,如 : ip:"192.168.1.0" 国外 shodan 国内 zoomeye fofa 360quake 奇安信hunter shodan Shodan是国外人员开发的网络空间搜索引擎...title="ASP.NET Error" 查找未加密的数据库: title="phpMyAdmin" || title="MySQL" || title="phpPgAdmin" || title="PostgreSQL...本文档所提供的信息仅用于教育目的及在获得明确授权的情况下进行渗透测试。任何未经授权使用本文档中技术信息的行为都是严格禁止的,并可能违反《中华人民共和国网络安全法》及相关法律法规。...使用者应当合法合规地运用所学知识,不得用于非法入侵、破坏信息系统等恶意活动。我们强烈建议所有读者遵守当地法律与道德规范,在合法范围内探索信息技术。

    10320

    . | CIRS:自动提取专利信息,重建近药空间

    本文提出一种多模态化学信息重建系统CIRS,通过从化学专利的文本和图像中提取化学实体重建化学信息,以促进近药空间的探索和构建。...作者提出一个多模态化学信息重构系统CIRS,能自动处理、提取、对齐文本和图像的信息,可以有效地构建对药物发现有用且可扩展的分子结构以填充近药物空间。...每个模态的化学实体被识别,然后自动对齐以提取文献中融合的信息,以便构建一个高度可扩展,结构化的分子数据库,丰富近药空间。...总结 本文提出一种多模态化学信息重建系统CIRS,通过从化学专利的文本和图像中提取化学实体并融合转化为结构数据以重建化学信息。...实验结果显示出CIRS可以有效地用于构建可扩展的分子结构,以丰富近药物空间并促进药物发现。此外,CIRS可能有助于建立知识库(例如知识图谱),以实现化学知识的智能检索。

    38110

    来自黑洞普及者的预言:宇宙的基本结构不是空间,是信息

    这个概念开启了一种可能性,即空间不是基本事实。我的很多工作都与此有关:即一个不包含空间的理论。 黑洞和AdS/CFT是如何让你想到信息可能是空间的基础这一概念的?...我发现,AdS宇宙体积中的空间结构如何在边界上表现出来。例如,当空间不是构成宇宙基础的时候,你在宇宙内将一个物体从A点移动到B点,这意味着什么?...现在有一种说法是,如果空间体积中的两个区域是相连的,那么在「平坦世界」边界上,相应的变量是量子纠缠的。这意味着它们包含彼此的信息;测量一个变量就能知道另一个的情况。...如果这些量子信息的比特没有通过纠缠连接起来,那么就不会有空间了。 你是说,我们的三维宇宙可能真的是由一些平地上的纠缠的1和0产生的光学幻觉? 如果直白地解释,完全可以这么说。...难就难在,需要一些词汇来表达你对空间呈现的意思。从我们的角度来看,空间看起来很好,很光滑,对吗?我们可能会说,如果我们能在A和B之间画出一条平滑的线,那么A和B在空间中是相连的。

    40110
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