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【R语言】根据映射关系来替换数据框中的内容

前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub,还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。...例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。...假设我们手上有这个一个转录本ID和基因名字之间的对应关系,第一列是转录本ID,第二列是基因名字 然后我们手上还有一个这样的bed文件,里面是对应的5个基因的CDs区域在基因组上的坐标信息。...接下来我们要做的就是将第四列中的注释信息,从转录本ID替换成相应的基因名字。我们给大家分享三种不同的方法。...首先我们做准备工作,读入这两个文件,会用到前面讲过的☞正则表达式 #读入转录本和基因名之间的映射关系 mapping=read.table("id_mapping.txt",sep="\t",row.names

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    如何在 Pandas 中创建一个空的数据帧并向其附加行和列?

    Pandas是一个用于数据操作和分析的Python库。它建立在 numpy 库之上,提供数据帧的有效实现。数据帧是一种二维数据结构。在数据帧中,数据以表格形式在行和列中对齐。...它类似于电子表格或SQL表或R中的data.frame。最常用的熊猫对象是数据帧。大多数情况下,数据是从其他数据源(如csv,excel,SQL等)导入到pandas数据帧中的。...在本教程中,我们将学习如何创建一个空数据帧,以及如何在 Pandas 中向其追加行和列。...ignore_index 参数用于在追加行后重置数据帧的索引。concat 方法的第一个参数是要与列名连接的数据帧列表。 ignore_index 参数用于在追加行后重置数据帧的索引。...我们还了解了一些 Pandas 方法、它们的语法以及它们接受的参数。这种学习对于那些开始使用 Python 中的 Pandas 库对数据帧进行操作的人来说非常有帮助。

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    图解pandas模块21个常用操作

    Pandas 是 Python 的核心数据分析支持库,提供了快速、灵活、明确的数据结构,旨在简单、直观地处理关系型、标记型数据。...3、从字典创建一个系列 字典(dict)可以作为输入传递,如果没有指定索引,则按排序顺序取得字典键以构造索引。如果传递了索引,索引中与标签对应的数据中的值将被拉出。 ?...4、序列数据的访问 通过各种方式访问Series数据,系列中的数据可以使用类似于访问numpy中的ndarray中的数据来访问。 ?...5、序列的聚合统计 Series有很多的聚会函数,可以方便的统计最大值、求和、平均值等 ? 6、DataFrame(数据帧) DataFrame是带有标签的二维数据结构,列的类型可能不同。...19、数据合并 两个DataFrame的合并,pandas会自动按照索引对齐,可以指定两个DataFrame的对齐方式,如内连接外连接等,也可以指定对齐的索引列。 ?

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    Pandas 学习手册中文第二版:1~5

    它不处理原因或关系,通常用于描述或聚合数据以及在其中查找模式。 多元分析是一种建模技术,其中存在两个或多个影响实验结果的输出变量。...相关性 相关性是最常见的统计数据之一,直接建立在 Pandas DataFrame中。 相关性是一个单一数字,描述两个变量之间的关系程度,尤其是描述这些变量的两个观测序列之间的关系程度。...从某种意义上讲,数据帧类似于关系数据库表,因为它包含一个或多个异构类型的数据列(但对于每个相应列中的所有项目而言都是单一类型)。...具体而言,在本章中,我们将涵盖以下主题: 根据 Python 对象,NumPy 函数,Python 字典,Pandas Series对象和 CSV 文件创建DataFrame 确定数据帧大小 指定和操作数据帧中的列名...沿行轴在两个DataFrame对象上进行pd.concat()的默认操作的方式与.append()方法相同。 通过重建前面的附加示例中的两个数据集并将其连接起来,可以证明这一点。

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    Pandas学习笔记02-数据合并

    第一章可前往查看:《Pandas学习笔记01-基础知识》 pandas对象中的数据可以通过一些方式进行合并: pandas.concat可以沿着一条轴将多个对象堆叠到一起; pandas.merge可根据一个或多个键将不同...DataFrame中的行连接起来。...这部分,我觉得pandas官网资料介绍的太香了,直接搬运过来吧。 1.concat concat函数可以在两个维度上对数据进行拼接,默认纵向拼接(axis=0),拼接方式默认外连接(outer)。...重置列名称 1.6.行数据追加到数据帧 这样做的效率一般,使用append方法,可以将Series或字典数据添加到DataFrame。...字典数据追加到数据帧 2.merge merge可根据一个或多个键(列)相关同DataFrame中的拼接起来。

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    Python 数据处理:Pandas库的使用

    1.Pandas 数据结构 要使用 Pandas,首先就得熟悉它的两个主要数据结构:Series和DataFrame。...('b' in obj2) print('e' in obj2) 如果数据被存放在一个Python的字典中,也可以直接通过这个字典来创建Series: import pandas as pd sdata...对于有数据库经验的用户,这就像在索引标签上进行自动外连接。...: returns = price.pct_change() print(returns.head()) Series的corr方法用于计算两个Series中重叠的、非NA的、按索引对齐的值的相关系数...: 方法 描述 isin 计算一个表示“Series各值是否包含于传入的值序列中”的布尔型数组 match 计算一个数组中的各值到另一个不同值数组的整数索引;对于数据对齐和连接类型的操作十分有用 unique

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    精通 Pandas:1~5

    一、Pandas 和数据分析简介 在本章中,我们解决以下问题: 数据分析的动机 如何将 Python 和 Pandas 用于数据分析 Pandas 库的描述 使用 Pandas 的好处 数据分析的动机...: objs函数:要连接的序列,数据帧或面板对象的列表或字典。...类似于 SQL 的数据帧对象的合并/连接 merge函数用于获取两个数据帧对象的连接,类似于 SQL 数据库查询中使用的那些连接。数据帧对象类似于 SQL 表。...由于并非所有列都存在于两个数据帧中,因此对于不属于交集的数据帧中的每一行,来自另一个数据帧的列均为NaN。...有关 SQL 连接如何工作的简单说明,请参考这里。 join函数 DataFrame.join函数用于合并两个具有不同列且没有共同点的数据帧。 本质上,这是两个数据帧的纵向连接。

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    Pandas 秘籍:1~5

    最后两个秘籍包含在数据分析期间经常发生的简单任务。 剖析数据帧的结构 在深入研究 Pandas 之前,值得了解数据帧的组件。...通过名称选择列是 Pandas 数据帧的索引运算符的默认行为。 步骤 3 根据类型(离散或连续)以及它们的数据相似程度,将所有列名称整齐地组织到单独的列表中。...对于所有数据帧,列值始终是一种数据类型。 关系数据库也是如此。 总体而言,数据帧可能由具有不同数据类型的列组成。 在内部,Pandas 将相同数据类型的列一起存储在块中。...实际上,数据帧不是存储数据字典的最佳位置。 诸如 Excel 或 Google 表格之类的平台具有易于编辑值和附加列的能力,是更好的选择。 至少,应在数据字典中包含一列以跟踪数据注释。...另见 Pandas isin和between序列方法的官方文档 请参阅第 9 章,“合并 Pandas 对象”中的“连接到 SQL 数据库”秘籍。

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    Pandas DataFrame创建方法大全

    Pandas是Python的数据分析利器,DataFrame是Pandas进行数据分析的基本结构,可以把DataFrame视为一个二维数据表,每一行都表示一个数据记录。...由于我们没有定义数据帧的列名,因此Pandas默认使用序号作为列名。...容易注意到,字段的键对应成为DataFrame的列,而所有的值对应数据。 记住这个对应关系。 现在假设我们要创建一个如下形状的DataFrame: ?...由于列名为Fruits、Quantity和Color,因此对应的字典也应当 有这几个键,而每一行的值则对应字典中的键值,字典应该是 如下的结构: fruits_dict = { 'Fruits':['Apple...那么可以使用下面的代码将其转换为Pandas DataFrame: fruits = pd.read_excel('fruits.xlsx') 得到的数据帧看起来是这样: ?

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    你的想象力限制了python能力,自动化识别函数调用关系,还能可视化

    得益于 pandas 的管道功能,我们可以更容易管理复杂的数据任务代码。关于如何以正确的思路使用 pandas 管道(pipe) ,具体可以查看我的 pandas 专栏。...假设两个简单的函数 在函数 b 中,调用了 函数 a 现在我们需要的是,得到一个记录信息,能反映出,函数 b 中,使用了函数 a。 python 中可以做到吗?...其中有一个 globals 属性,可以获取函数中全局闭包变量映射表(字典) 注意字典的 value 是函数对象。有了函数对象,我们就可以获取它的一切信息。...在实际使用中,我们希望直接调用一个函数,就能自动检测当前环境所有的全局变量,并找出调用关系。 有小伙伴可能会想到,可以用 globals 函数获取所有的全局变量字典。但是不适合我们的情况。...此时仍然可以使用 inspect 模块的 currentframe 获取当前调用帧栈,从而获取上一层帧栈: 这里的意思就是:"谁调用我,我就拿了谁的全局变量" 帧栈相关知识,可以查看我的相关文章 剩下就非常简单

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    Pandas系列 - 基本数据结构

    s 0 5 1 5 2 5 3 5 dtype: int64 ---- 二、pandas.DataFrame 数据帧(DataFrame)是二维数据结构,即数据以行和列的表格方式排列...数据帧(DataFrame)的功能特点: 潜在的列是不同的类型 大小可变 标记轴(行和列) 可以对行和列执行算术运算 构造函数: pandas.DataFrame(data, index, columns...创建DataFrame Pandas数据帧(DataFrame)可以使用各种输入创建 列表 字典 系列(Series) Numpy ndarrays 另一个数据帧(DataFrame) 列表 import...() 面板(Panel)是3D容器的数据 3轴(axis)这个名称旨在给出描述涉及面板数据的操作的一些语义 轴 details items axis 0,每个项目对应于内部包含的数据帧(DataFrame...) major_axis axis 1,它是每个数据帧(DataFrame)的索引(行) minor_axis axis 2,它是每个数据帧(DataFrame)的列 pandas.Panel(data

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    Python数据分析 | Pandas核心操作函数大全

    如果没有指定索引,则按排序顺序取得字典键以构造索引。如果传递了索引,索引中与标签对应的数据中的值将被拉出。...] 1.3 Series数据的访问 通过各种方式访问Series数据,系列中的数据可以使用类似于访问numpy中的ndarray中的数据来访问。...Series有很多的聚合函数,可以方便的统计最大值、求和、平均值等 [4c686eea24071932103c426df1fe648f.png] 二、DataFrame(数据帧) DataFrame是...Pandas中使用最频繁的核心数据结构,表示的是二维的矩阵数据表,类似关系型数据库的结构,每一列可以是不同的值类型,比如数值、字符串、布尔值等等。...的合并,pandas会自动按照索引对齐,可以指定两个DataFrame的对齐方式,如内连接外连接等,也可以指定对齐的索引列。

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    Pandas 秘籍:6~11

    在内部,pandas 将序列列表转换为单个数据帧,然后进行追加。 将多个数据帧连接在一起 通用的concat函数可将两个或多个数据帧(或序列)垂直和水平连接在一起。...默认情况下,concat函数使用外连接,将列表中每个数据帧的所有行保留在列表中。 但是,它为我们提供了仅在两个数据帧中保留具有相同索引值的行的选项。 这称为内连接。...在此秘籍中,仅连接了两个数据帧,但是任何数量的 Pandas 对象都可以工作。 当我们垂直连接时,数据帧通过其列名称对齐。...join: 数据帧方法 水平组合两个或多个 Pandas 对象 将调用的数据帧的列或索引与其他对象的索引(而不是列)对齐 通过执行笛卡尔积来处理连接列/索引上的重复值 默认为左连接,带有内,外和右选项...merge: 数据帧方法 准确地水平合并两个数据帧 将调用的数据帧的列/索引与其他数据帧的列/索引对齐 通过执行笛卡尔积来处理连接列/索引上的重复值 默认为内连接,带有左,外和右选项 join

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    【机器学习数据预处理】数据准备

    如表所示,数据源A中的ID字段和数据源B中的ID字段分别描述的是菜品编号和订单编号,即描述的是不同的实体。 (2)异名同义   两个名称不同的字段所代表的实际意义是一致的。   ...根据Spearman相关系数的计算公式可以看出,如果两个变量具有严格单调的函数关系,那么这两个变量的Spearman相关系数值就为1或–1,此时称这两个变量完全Spearman相关。   ...堆叠合并数据   数据堆叠就是简单地把两个表拼在一起,也可以称为轴向连接、绑定或连接。根据连接轴不同的方向,数据堆叠可以分为横向堆叠和纵向堆叠。...横向堆叠: 纵向堆叠:   横向堆叠即将两个表在X轴向连接到一起,纵向堆叠是将两个数据表在Y轴向上拼接,可以利用Python中Pandas库的concat函数对两个表进行横向或者纵向堆叠,其基本语法格式如下...主键合并数据   主键合并即一个或多个键将两个数据集的行连接起来,如果两张包含不同字段的表含有同一个主键,那么可以根据相同的主键将两张表拼接起来,结果集列数为两张标的列数和减去连接键的数量,如图所示。

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    上手Pandas,带你玩转数据(1)-- 实例详解pandas数据结构

    1.对表格类型的数据的读取和输出速度非常快。(个人对比excel和pandas,的确pandas不会死机....)在他的演示中,我们可以看到读取489597行,6列的数据只要0.9s。...pandas处理以下数据结构: 系列(Series) 数据帧(DataFrame) 面板(Panel) 说实话,第三种我也没接触过。...数据帧 2 一般的二维标签,大小可变的表格结构,具有潜在的非均匀类型列。 面板 3 一般3D标签,大小可变的数组。 ---- Series 系列是具有均匀数据的一维数组结构。...dtype 返回对象的dtype。 empty 如果series为空,则返回True。 ndim 根据定义1返回基础数据的维度数。 size 返回基础数据中元素的数量。...---- DataFrame基本方法 属性或方法 描述 Ť 转置行和列。 axes 以行轴标签和列轴标签作为唯一成员返回列表。 dtypes 返回此对象中的dtypes。

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    Pandas系列 - DataFrame操作

    行切片 附加行 append 删除行 drop 数据帧(DataFrame)是二维数据结构,即数据以行和列的表格方式排列 数据帧(DataFrame)的功能特点: 潜在的列是不同的类型 大小可变 标记轴...描述 1 data 数据采取各种形式,如:ndarray,series,map,lists,dict,constant和另一个DataFrame。...2 index 对于行标签,要用于结果帧的索引是可选缺省值np.arrange(n),如果没有传递索引值。 3 columns 对于列标签,可选的默认语法是 - np.arange(n)。...这只有在没有索引传递的情况下才是这样。 4 dtype 每列的数据类型。 5 copy 如果默认值为False,则此命令(或任何它)用于复制数据。...创建DataFrame Pandas数据帧(DataFrame)可以使用各种输入创建 列表 字典 系列(Series) Numpy ndarrays 另一个数据帧(DataFrame) 列表 import

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    Python之数据规整化:清理、转换、合并、重塑

    Python之数据规整化:清理、转换、合并、重塑 1. 合并数据集 pandas.merge可根据一个或者多个不同DataFrame中的行连接起来。...pandas.concat可以沿着一条轴将多个对象堆叠到一起。 实例方法combine_first可以将重复数据编接在一起,用一个对象中的值填充另一个对象中的缺失值。 2....外连接求取的是键的并集,组合了左连接和右连接。 2.3 都对的的连接是行的笛卡尔积。 2.4 merge的suffixes选项,用于指定附加到左右两个DataFrame对象的重叠列名上的字符串。...unstack:将数据的行“旋转”为列。 5. 数据转换 5.1 利用函数或映射进行数据转换 Series的map方法可以接受一个函数或含有映射关系的字典型对象。...6.2 正则表达式 描述一个或多个空白符的regex是\s+ 创建可重用的regex对象: regex = re.complie('\s+') regex.split(text) 6.3 pandas中矢量化的字符串函数

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    时间序列数据处理,不再使用pandas

    该数据集以Pandas数据帧的形式加载。...比如一周内商店的概率预测值,无法存储在二维Pandas数据框中,可以将数据输出到Numpy数组中。...将图(3)中的宽格式商店销售额转换一下。数据帧中的每一列都是带有时间索引的 Pandas 序列,并且每个 Pandas 序列将被转换为 Pandas 字典格式。...字典将包含两个键:字段名.START 和字段名.TARGET。因此,Gluonts 数据集是一个由 Python 字典格式组成的时间序列列表。...当所有时间序列中存在一致的基本模式或关系时,它就会被广泛使用。沃尔玛案例中的时间序列数据是全局模型的理想案例。相反,如果对多个时间序列中的每个序列都拟合一个单独的模型,则该模型被称为局部模型。

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