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    GEO数据挖掘

    说明样本差异越大1.5.2 PCA的用途用于“预实验”,简单查看组间是否有差别同一分组是否聚成一簇(组内重复好)中心点之间是否有距离(组间差别大)从这里开始没有课件,以下内容为自己结合课堂视频整理得出~2 GEO...2.2 GEO数据库介绍GSM:用户提交给GEO的样本数据(Sample)GSE:一个完整的研究,提供了整个研究的描述(Series)GPL:用户测定表达量使用的芯片/平台(Platform)2.3 基因表达芯片的原理探针的表达量代表基因的表达量...主要看这里for (pkg in c(Biocductor_packages,cran_packages)){ require(pkg,character.only=T) }3.2 GEO数据下载并从中提取有用信息...包里有什么函数/数据ids <- toTable(hgu133plus2SYMBOL)head(ids)读取GPL网页的表格文件,按列取子集##https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo...annoGenetinyarray包:geo_download函数get_deg_all直接进行差异分析及可视化 需要找到group和ids3.4 画PCA图+Top1000基因热图3.4.1 PCA图输入数据

    16000

    GEO数据挖掘

    图标介绍 GEO有火山图、箱线图、热图、PCA、散点图 热图 输入数据是数值型矩阵/数据框 颜色的变化代表数值的大小 图片 散点图和箱线图 输入数据是一个连续型向量和一个有重复值的离散型向量 箱线图的上下...分析完PCA就可以去做热图了 GEO背景知识+表达芯片的分析思路 表达数据实验设计 实验目的:通过基因表达量数据的差异分析和富集分析来解释生物学现象。...notice:差异分析是两组之间的比较,看logFC 思路:有差异的材料-差异基因-找功能/关联-解释差异,缩小基因氛围 数据库介绍 NCBI上的gene expression omnibus(GEO)...,里面有网页工具“GEO2R”。...提交给GEO的有样本数据(GSM)、一个完整的研究并提供整个研究的描述,包括对数据的描述,总结分析(GES)、用户测定表达量使用的芯片/平台(GPL)。

    1.2K30

    Learn R GEO

    主要内容 •画图通用,仿制数据的思维通用,富集分析基本通用 •GEO数据库的背景知识 •GEO表达芯片的原理 •GEO表达芯片特有的下载方式 •表达芯片的差异分析(就几句代码) •表达芯片的复杂分析 •...·图PCA的圈圈是置信区间 ·每个组中心位置上的大概的点,不代表样本,可以去掉 ·用于预实验,看看组之间有无差别 ·同一组是否能聚成一簇(组内重复好) ·中心点之间是否有距离(组间差别大) 图片 GEO...背景介绍+芯片分析思路 实验设计 有差异的材料->差异基因->找功能/找关联->解释差异,缩小基因范围 数据库介绍 GEO GEO网页工具GEO2R 给代码需修改 图片 图片 基因表达芯片的原理,探针的表达量代表基因的表达量...toTable()提取 不同的包进行替换(看图) >head(ids) #看到所需要的结果 方法2 读取GPL网页的表格文件,按列取子集 ##https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo

    1.1K01

    上传数据到GEO数据库获得GEO

    我自己的笔记主要是参考官方文档:Submitting high-throughput sequence data to GEOHow to upload files to GEO以及我师兄给我写的教程...大致的流程从网站上截取下来的 第一步是申请一个GEO账号用来传输数据 第二步是准备提交的数据 准备的数据有三个 There are three required components for the.../geo/info/examples/seq_template.xlsx 这个网址下载下来,可以参考他们给的例子进行填写,这个一步比较费劲。...数据准备完之后就是需要上传这些数据到GEO ftp 上,这个过程比较麻烦,GEO 的服务器真的是不太好用,速度很慢。 第三步就是传输准备好的数据到GEO ftp 上。.../geo_submission_January6/ /home/.../geo_submission_december16/*

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    【Rust日报】2020-03-23 geo, geo-types, 和 geo-json 新版本发布!

    geo, geo-types, 和 geo-json 新版本发布! geo, geo-types, 和 geojson 新版本发布,现在已经更新到crates.io....有不少non-breaking的更新,添加了不少新的功能特征: 增加了大量的一级文档,同时加了很多扩展型的例子,特别是很多crate库中geo生态中 相互操作性的例子文档。...一些新的算法,特别是在Chamberlain-Duquette领域 geojson 和 geo 类型的 From 和 TryFrom实现。...geojson 类型除了增加了quick_collection 功能之外,允许任意合法的GeoJSON类型转换成geo-types的Geometrycollection。...这些新版库还包含了很大一部分各种各样的小改进,大部分都是文档类的,但愿任意被新用户轻松掌握;geo生态已经有 了很多专业领域的crates了(比如coordinate projection 和 transformation

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