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根据id快速提取fastq序列

根据fastq序列的id,从原始fastq中提取序列这个操作,应该是大家在处理序列文件的过程中经常遇到的。如果大家用过Biopython,应该知道Bio模块在做fastq这些文件的处理时非常方便。...还是举个例子比较好,我从比对筛选过滤之后的bam文件中提取了第一列序列名,保存为id.name文件,想根据这个id文件从原始的fastq文件(单端)raw.fastq中把序列提出来。...raw.fastq 我首先写了一个脚本:(这里要用到biopython模块以及pandas模块,如果没安装的话可以装一下anaconda,它已经集成了这些常用包了,安装教程及使用见这里Anaconda:...2:37.37 total 两分钟,感觉有点久,然后我查了下Bio中其实有针对fastq快速处理的FastqGeneralIterator,于是我使用FastqGeneralIterator又写了一个脚本...include=t 这里很多参数的意义都很明了,include=t是提取id.name中的序列,include=f是提取非id.name中的序列,这里我们应该用t。

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python接口自动化38-jsonpath提取接口返回值

前言 接口返回的json数据,需要取值后断言,本篇使用jsonpath来提取接口返回的数据 接口返回数据 接口返回一个 json 类型的数据,以下数据是很常见的一种数据结构 { "code": 0, "...相对节点 就是不管位置,选择所有符合条件的条件 * * 匹配所有元素节点 [] [] 迭代器标示(可以在里面做简单的迭代操作,如数组下标,根据内容选值等) | [,] 支持迭代器中做多选 []...相对节点取值,取出所有的子孙节点符合的值 list取值 1.根据下标取出data里面的第一条数据,下标从 0 开始计算 data1 = jsonpath.jsonpath(s, '$.data[0]')...一个典型的过滤器将是 [?(@.age > 18)],其中@表示正在处理的当前项目。 可以使用逻辑运算符&& 和 ||创建更复杂的过滤器。字符串文字必须用单引号或双引号括起来 ([?...表达式必须求值为一个布尔值,表达式一般结合@获取当前节点来过滤 1.找出商品价格大于30的全部商品信息 # 价格大于30的 data1 = jsonpath.jsonpath(s, '$.data[?

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    Dubbo 压测插件的实现——基于 Gatling

    Dubbo 压测插件已开源,本文涉及代码详见 gatling-dubbo Gatling 是一个开源的基于 Scala、Akka、Netty 实现的高性能压测框架,较之其他基于线程实现的压测框架,Gatling...基于 Gatling 的优势和在有赞的使用基础,我们扩展 Gatling 开发了 gatling-dubbo 压测插件。...分别是: protocol 协议,设置为 dubbo generic 泛化调用设置,Dubbo 压测插件使用泛化调用发起请求,所以这里设置为 true,有赞优化了泛化调用的性能,为了使用该特性,引入了一个新值...execute 方法必须以异步方式执行 Dubbo 请求,这样前一个 Dubbo 请求执行后但还未等响应返回时虚拟用户就可以通过 AKKA Message 立即发起下一个请求,如此一个虚拟用户可以在很短的时间内构造大量请求...异步请求响应后会执行 onComplete 方法,校验请求结果,并根据校验结果记录请求成功或失败日志,压测报告就是使用这些日志统计计算的。

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    GDAL对缺失投影定义的AIG文件根据经纬度坐标提取像元值

    任务背景:需要根据经纬度坐标提取AIG文件(AIG—Arc/Info二进制网格)对应像素值 了解到gdal能够完成这项任务,但是之前没有接触过gdal,所以现在网络上查找资料,发现如下链接所示的教程。...基于GDAL批量提取经纬度/投影坐标对应像元的值 查找gdal支持的数据格式,了解gdal支持AIG数据格式: gdal文档 具体格式介绍如上,只需知在给予‘hdr.adf'文件的路径的条件下即可打开AIG...文件 直接在上述教程进行测试 发现能够顺利读取AIG,但是根据正确坐标返回的坐标为像素值为空(或者在行列计算时就不存在),思考该问题应该是投影系统出现了问题。...代码实现 // ''' 本脚本通过来拾取影像上的像素值,支持gdal可读的所有格式,支持读取方式: 1. input(文件+自设坐标信息) 仅当文件格式特殊且坐标系统没有EPSG编号时 2. input...,【地理空间坐标】,分别为经度、纬度 :param prj_iconfig: 自设投影定义 :return: 列表形式,单个坐标的像素值 ''' dataset, gcs,

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    《上海悠悠接口自动化平台》-2.extract 提取结果与validate 校验结果

    平台可以支持3种方式提取结果 1.body.key 方式根据属性点的方式提取,或者下标取值body.data.0.key 2.支持jsonpath取值,复杂的json数据,可以用jsonpath取值 3...运行结果 如果想取出data 下第一个name 的值 ‘yoyo’ 于是表达式可以这样写 body.data.0.name jsonpath取值 如果你熟悉jsonpath 取值,那么这里可以直接上手解析...json数据 对于复杂的场景,我秒也可以轻松取值,比如: 取出data数据里面的name=”yoyo111” 的mail值‘123445@qq.com’ 于是可以用到jsonpath的过滤器取值 $....(@.name=='yoyo111')].mail re 正则取值 如果返回的是 json 格式,用 jsonpath 取值完全够用了,有时候返回的不是json格式,比如返回一个html格式,这时候就需用到正则表达式取值...以访问我的博客为例https://www.cnblogs.com/yoyoketang/ 我希望取到title的值, 于是可以直接写正则表达式 运行结果 extract 提取结果 extract

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    python-jsonpath 解析神器

    前言 jsonpath用来解析json数据使用的,是一种简单的方法来提取给定JSON文档的部分内容。JsonPath有许多编程语言,如Javascript,Python和PHP,Java。...相对节点 就是不管位置,选择所有符合条件的条件 * * 匹配所有元素节点 [] [] 迭代器标示(可以在里面做简单的迭代操作,如数组下标,根据内容选值等) | [,] 支持迭代器中做多选 []...(jsonobj, '$..output') print("output:%s" % output) print("================================") id = jsonpath.jsonpath...(jsonobj, '$...id') print("id:%s" % id) 执行结果: C:\python3.6\python.exe E:/Gitwokspace/Daily_py/Fileprocessing.../test/jsonpath11.py msg:['success'] ================================ data:[{'output': [{'id': '867899031136606

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    gatling 之性能测试

    组名,一般为XX.XX 第一个XX为域com、cn、org等,第二个XX为公司名称 7、输入:klicen # artifactId 坐标ID,一般为项目名称,会在当前目录创建一个同名的文件夹 8、输入...Check’s saveAs——从请求的返回值中提取和保存内容 3、manually with the Session API——用各种java提供的函数生成,缺点是可能影响一点性能 三、虚拟用户场景...,运行指定时间,并发增长的周期是一个规律的值; setUp(scn.inject(rampUsersPerSec(30) to (50) during(15 seconds)).protocols(httpConf...)) 7、rampUsersPerSec(rate1) to(rate2) during(duration) randomized:定义一个并发数区间,运行指定时间,并发增长的周期是一个随机的值; setUp...但在某些情况下,我们需要使用Gatling自带的throttle方法,来对请求数做一个限制。 注意 - 我们仍然需要在场景等级中注入虚拟用户。

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    大数据NiFi(十九):实时Json日志数据导入到Hive

    二、配置“EvaluateJsonPath”处理器 “EvaluateJsonPath”处理器根据FlowFile的内容计算一个或多个JsonPath表达式。...通过添加用户自定义的属性来输入Jsonpath,添加的属性的名称映射到输出流中的属性名称,属性的值必须是有效的JsonPath表达式(例如:$.name)。"...如果所提供的JsonPath计算为指定的值,JSON的返回类型可以返回"scalar"。...如果设置为flowfile-content,则只能指定一个JsonPath,并且忽略属性名。...(注意:当输出选择flowfile-attribute时,即使jsonpath匹配不到值,流文件也会路由到matched) 输入json如下: ​ 输出结果如下: 提取流文件json内容,作为输出流的内容

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    【python接口自动化】- 使用json及jsonpath转换和提取数据

    隔开 encoding:默认是UTF-8,设置json数据的编码方式 sort_keys:将数据根据keys的值进行排序。 ​...不管位置,选择所有符合条件的节点 * * 匹配所有元素节点 @ n/a 根据属性访问,JsonPath不支持 [] [] 迭代器(可以在里边做简单的迭代操作,如数组下标,根据内容选值等) | [,] 支持迭代器中做多选.../JsonPath 使用方法:jsonpath.jsonpath(),结果会以列表形式返回,如下请求接口返回数据提取例子 参数1:数据对象 参数2:jsonpath表达式 import requests...= jsonpath.jsonpath(json_data, "$..id")[0] type_token = jsonpath.jsonpath(json_data, "$..token_type"...)[0] token = jsonpath.jsonpath(json_data, "$..token")[0] print(json_data) print("会员id:{}".format(member_id

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    JSONPATH的应用

    前言接口返回的json数据,需要取值后断言,本篇使用jsonpath来提取接口返回的数据接口返回数据接口返回一个 json 类型的数据,以下数据是很常见的一种数据结构{"code": 0,"msg":...,根据内容选值等)[,][,]支持迭代器中做多选[]?...相对节点取值,取出所有的子孙节点符合的值list取值1.根据下标取出data里面的第一条数据,下标从 0 开始计算data1 = jsonpath.jsonpath(s, '$.data[0]')print...一个典型的过滤器将是 [?(@.age > 18)],其中@表示正在处理的当前项目。可以使用逻辑运算符&& 和 ||创建更复杂的过滤器。 字符串文字必须用单引号或双引号括起来 ([?...表达式必须求值为一个布尔值,表达式一般结合@获取当前节点来过滤1.找出商品价格大于30的全部商品信息# 价格大于30的data1 = jsonpath.jsonpath(s, '$.data[?

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    在Python中操纵json数据的最佳方式

    2 在Python中使用JSONPath提取json数据 jsonpath是一个第三方库,所以我们首先需要通过pip install jsonpath对其进行安装。...让我们来演示一下它们的一些用法: # 提取所有duration键对应值 jsonpath(demo_json, '$..duration') # 提取所有steps键的子节点对应instruction...,action]') # 配合@,选择steps键的最后一个子节点对应的instruction与action值 jsonpath(demo_json, '$..steps[(@.length-1)][...instruction,action]') 「条件筛选」 有些时候我们需要根据子节点的某些键值对值,对选择的节点进行筛选,在jsonpath中支持常用的==、!...(@.orientation == "西")]') 而如果想要提取所有具有指定键的节点,可以参考下面的例子: # 找到所有具有polyline键的节点对应的polyline与road键对应值 jsonpath

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