成功运行帮助文档，则表明安装完成conda --help配置miniconda中的下载路径用于miniconda 下载软件使用，通常需要bioconda，conda-forge，main三个链接1....配置镜像先添加main，其次conda-forge，最后bioconda，它们是有顺序的pkgs/main，cloud/conda-forge，cloud/biocondadefault是官方频道，删除它可使下载速度加快配置完成后会生成一个....condarc的文件conda -config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda -config...更改镜像当下载缓慢问题时，可能需要更改conda中的下载路径 ping www.baidu.com删除原镜像配置文件 rm ~/.condarc使用conda config --add channels...URL 添加镜像链接每次更换完频道之后记得要清除一下index，conda clean -i-i 是指清除掉构建好的index，清除掉之后才会从新的频道下载软件包创建小环境创建不同的环境用于不同项目的管理
search 关键字 3、安装软件包 pip install 软件包名字 pip install 软件包名字==版本号 4、卸载软件包 pip uninstall 软件包名字 5、批量安装软件包 先把需要安装的软件写入一个...txt中，一行写一个软件包，再进行安装 pip install -r requirements.txt 6、conda的使用 Anaconda的conda命令与pip相近，conda的软件包都是经过Anaconda...测试的，更适合Windows平台且兼容性更好，更省事
一般地，我用 conda 管理自己的 python 环境。 ? Anaconda Prompt 使用 conda 管理环境，大多需要用到命令行。...使用 Anaconda 自带的 Anaconda Prompt 虽然没什么问题，但终究没有集成到自己的命令行工具中，对我而言，多开命令行很麻烦。...问题分析 输入 conda 后没有报错，说明： •Anaconda 在安装时，已经自动地将其自带的二进制文件/可执行文件路径放到了系统变量的Path中， conda 没有问题•因此，推断是 powershell...第二份资料更有用 在 powershell 中输入： conda init powershell 问题解决。 ? 我的 powershell 如上图，修复后，出现环境的标识。...其实，在 conda 自带的说明中，有相关的命令。 ? peace.
不知道朋友们用过maven没有，使用JAVA编程的人应该有人用过这个有趣的东西，JAVA导包是容易的，然而，懒是没有极限了，所以maven出来了，一个丰满的开发包仓库，不需要你再去哪儿找找找。...但是这又算得了什么，我们伟大的Python怎么可能弱，pip包安装管理器就是这样的存在，他使得安装py model变得和在linux下安装软件一样容易，只要简单的一句pip install simplename...作为一个忠实的IDE粉，命令也是不怎么想用的，然后pycharm给我们提供了友好的功能，只需要 file->settings…->project->project interperter 如图：...更新模块 点击添加模块，进入到如下界面(继续看图)： 在搜索栏输入你想要的模块，这里我用builtwith举例，不用输入完，然后下面已经智能匹配到了我要的东西，这是极好的，这么人性化。...在这里还要说明一点，默认是国外的镜像文件，所以下载速度很慢甚至于超时下载失败 选择manage repositories，进去修改默认的镜像，我这里删除了原来的镜像，添加了豆瓣和阿里的pypi镜像地址，
Anaconda使用conda命令来进行包管理和虚拟环境管理. anaconda和conda区别: conda是一个工具，主要是进行包管理和虚拟环境管理. anaconda是一个包含了众多的package...二 conda的使用 1.使用conda安装包 比如安装django包 conda install django 出现报错信息 Collecting package metadata: failed...创建虚拟环境 # 使用conda在python3.6下创建一个名称为testEve的虚拟环境 conda create -n testEve python=3.6 # 进入testEve虚拟环境中 activate...# 退出虚拟环境 conda deactivate # 查看当前所有的由conda创建的虚拟环境 conda-env list ?...# 删除虚拟环境 将创建的名为testEve,版本3.6的虚拟环境删除 conda remove -n testEve python36 --all # 查看目前剩余的conda虚拟环境 确认是否已经删除
头脑风暴 我有一个设想： 用root权限，新建一个环境R4.1，然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑： 不确定我用root新建的环境...，能不能让大家使用 不确定Rstudio-server能不能指定新建环境中的R4.1版本 3....在conda环境中安装R包 「R4.1.0」 if (!...其它人用Rstudio-server安装R包 因为现在Rstudio-server用的是conda环境中的R4.1，它会在conda环境中有一个library，普通用户没有写入的权限，安装R包时会在自己的路径下自动新建一个...2，外部是可以用conda环境中的程序的，指定路径就行。
如果在安装Anaconda之后需要其他软件包，则可以使用Anaconda的软件包管理器，conda或pip安装这些软件包。这是非常有利的，因为您不必自己管理多个软件包之间的依赖关系。...添加到您的PATH中） 。...3.如果您不知道您的conda和/或python在哪里，请打开 Anaconda Prompt 并键入以下命令。这是在告诉您conda和python在计算机上的位置。 ? ?...4.将conda和python添加到您的PATH中。您可以通过转到系统或环境变量并将步骤3的输出添加到PATH来完成此操作。（请注意，这可能会因Windows而有所不同）。 ?...EnvironmentNotWritableError: The current user does not have write permissions to the target environment
但是写教程的时候，发现自己没有conda，默认的Python版本也太低了，很多教程都没办法复现。...打开conda官方网站，查看版本和下载链接：https://repo.anaconda.com/miniconda/ 安装conda的方法代码如下： # 首先下载文件，20M/S的话需要几秒钟即可 cd...： conda config --add channels r conda config --add channels conda-forge conda config --add channels.../pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes 我的Mac系统自带Python版本是： /System/Library/Frameworks...第3阶段：元字符，通配符及shell中的各种扩展，从此linux操作不再神秘！ 第4阶段：高级目录管理：软硬链接，绝对路径和相对路径，环境变量。 第5阶段：任务提交及批处理，脚本编写解放你的双手。
的帮助文档 conda --help 配置镜像 我们使用 conda 安装软件时，conda 会去 channel 中搜索软件，如果使用的服务器是在国内，channel 就选择国内的，推荐清华，如果清华镜像出问题...## 配置镜像 # 下面四行配置北京外国语大学的conda的channel地址（首选） conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/...show_channel_urls yes # 下面这四行配置清华大学的conda的channel地址（首选北外，如果体验不好再换成清华） conda config --add channels...=3的软件作为依赖 # 查看当前conda环境 conda info -e conda env list # 每次运行前，激活创建的小环境rna conda activate rna # 退出小环境...conda deactivate 在小环境中安装生信软件 注：软件都要安装在小环境中，不要安装在 base # 激活环境 conda activate rna # 安装 fastqc 软件 conda
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。...# 换源 ### 1.Conda切换为清华源 > conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud.../conda-forge/ > conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ >.../anaconda/cloud/menpo/ > conda config –set show_channel_urls yes ### 3.Conda切换为上海交通大学源 >conda config.../anaconda/cloud/conda-forge/ > conda config –set show_channel_urls yes ### 删源 >conda config –remove channels
在安装pytorch的时候因为源的问题折腾了非常久，在这记录以下。...During handling of the above exception, another exception occurred: 我大概就截图这么多吧，大概就这种类型的错误。...网上的办法 设置源： conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda.../anaconda/cloud/pytorch/ 执行安装命令 conda install pytorch-cpu==1.1.0 torchvision-cpu==0.3.0 cpuonly 注意：在执行的安装...pytorch的命令的最后，一定要将 -c pytorch 删除掉 大概就这样。
image.png Conda是一个非常好用的工具，既可以管理packages，也可以管理和下载软件，还可以建立多个虚拟环境来独立运行多个版本的软件。...做生信常常用的一些包只支持老版本的R，一些新开发的包又只支持最新的R，这里我们用conda建立多个版本的R环境。...conda，从终端输入 conda --version #或者 which conda 如果安装了的话，会显示现在所用的版本等信息，没有的话，可以下载安装，安装好了别忘记配置环境变量。...-n new_env(环境名） 环境的查看： conda env list 如需要安装特定版本的软件: conda install 软件名=版本号 最新Python的安装： conda create...安装的包： conda list 删除已安装的软件或者包： conda remove -n 环境名 软件名 #卸载指定软件: conda remove 软件名 更新某个软件: conda update
什么是conda？ conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。...此时我们ls发现多了一个.sh的文件 对于.sh(shell格式)的文件，我们直接用sh(如果出问题就用bash)去运行 提示很明确了，press enter 后面再遇到提示直接enter和yes 在安装的过程中...02 添加环境变量 如果在安装conda的最后一步时，你选择了yes，那么它会自动给你环境变量，直接source一下即可使用。...source .bashrc 可如果你选择了no，那你可得自己添加环境变量,找到它的安装目录然后添加到环境变量中。...install r -y # -y表示yes，安装过程中所有的提示统统帮你yes 3.卸载软件 conda remove r -y 4.查看conda已安装的软件 conda list 因为我用的
1.问题描述：anaconda的envs的其中一个环境目录下，没有python.exe文件，只有conda-meta和scripts 平时创建虚拟环境都是： conda create -n test...#test为创建的虚拟环境名称 因为之前也创建过好几次了，在命令行中也没有报任何错误，于是准备将刚配置的test虚拟环境添加到pycharm解释器中，但是发现在test环境中根本找不到除conda-meta...外的其他任何文件，通过下图来比较一下正常的虚拟环境和test虚拟环境的差别，如下图所示 2....解决方案： anaconda虚拟环境 使用的还是base环境的python/pip 当时新建xxxx虚拟环境时 并没有指定python版本 直接conda create -n xxxxx然后激活后看到python...)） 删除有问题的虚拟环境：（base环境中执行） conda remove -n xxxx --all 重新新建虚拟环境，新建时指定python版本 conda create -n test python
python语言在发展的过程中，经历了python2到python3的迁移，对应的包也出现了多个版本。...为了解决这个问题，首先是virtualenv这个包的发明，实现了python环境的隔离，接下来就是conda的出现，conda不仅仅解决了python的环境隔离问题，还进一步扩展，支持任意软件的隔离。...environments之间是相互隔离的，从而保证了互不干扰；packages是安装在environment中的一系列具体的软件包，借助environment的相互隔离在保证其独立性。...在安装程序中， 也是不推荐你直接添加环境变量的。这就意味着，你需要切换到对应的安装目录下，才可以访问其可执行程序。...在后续的文章中，会对这些内容进行详细的描述。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 原创不易，欢迎收藏，点赞，转发！生信知识浩瀚如海，在生信学习的道路上，让我们一起并肩作战！
有时conda环境路径配置出问题会使conda activate命令失效，只能使用source执行环境激活相关操作，本文记录解决方案。...解决方案 此时可以使用conda init命令进行复位修复： conda init source ~/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh # 此处使用自己的 anaconda...__conda_setup="$('/workspace/nfs/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)" if [ $?...-eq 0 ]; then eval "$__conda_setup" else if [ -f "/workspace/nfs/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh.../bin:$PATH" fi fi 然后conda activate等相关命令就能用了。
在创建项目的向导中，选择合适的项目位置和项目名称。...第三步：配置 Conda 环境 在 Python Interpreter 页面，点击右上角的齿轮图标，然后选择 Add...。 选择 Conda Environment 选项卡。...点击 conda.exe 文件路径旁的文件夹图标。...浏览到你的 Anaconda 或 Miniconda 安装目录下的 Scripts 文件夹（通常位于 Anaconda3\Scripts 或 miniconda3\Scripts），选择 conda.exe...如果你已经有一个包含 PyTorch 的 Conda 环境，可以直接选择它；如果没有，则需要创建一个新的环境： 选择 Create New Environment。
今天在用conda配置python环境是提示更新conda的版本，更新命令如下 conda update -n base conda 就被告知以下错误：PermissionError(13,'Permission...分析：当我用root用户去执行时，由于没有将anaconda3加入到root 用户下的环境变量，所以提示conda 命令不存在 ?...查看以下anaconda 的具体信息，可以发现anaconda 的用户主和用户组都是root 用户，因此普通用户不允许去更改升级 ls -l ~ ?...然后运行更新命令，看能否更新 conda update -n base conda 结果如下，更新成功 ? 查看conda 的版本 conda --version ?...选择这种方法的原因是我已经将conda 加入到非root用户（lizeguo)下，所以就只用更改文件的用户和用户组，也可以去将anaconda 加入到root用户的环境变量下，以root用户去更新conda
Anaconda利用工具/命令conda来进行package和environment的管理，并且已经包含了Python和相关的配套工具。...设置国内镜像源 由于 conda默认是官网的镜像源，某些大包下载速度感人，再加上不确定的墙，雪上加霜，依赖很多的包下载不仅速度差，往往还会导致下载失败 conda config --add channels...py 例如chuangjianpy3.5版本 起名叫 py35 conda create --name py35 python=3.5 ?...image.png 安装 py包 安装 virtualenv conda install virtualenv 查看 已经安装的包列表 conda list 查看 指定环境下的py包 conda...list -n py名字 例如 conda list -n python35_scrapy ?
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