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GSEA分析中的gmt格式文件如何自定义

clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析,有介绍在GSEA分析中,在MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了很多基因集,下载的基因集是gmt格式文件...下载的gmt格式文件,打开后可以看见是下面这个样子的: gmt(Gene Matrix Transposed,基因矩阵转置)是多列注释文件,列与列之间都是Tab制表符分割。...官方提供的格式是URL,也可以是任意字符串。 第3列-第n列:是基因集内所有基因的名字,有几个写几列。 每一行的列数可以不一样,主要是基因集内的基因数量不一样。.../c5.go.cc.v7.2.symbols.gmt") class(gmt) 如何制作自定义的gmt文件?...list,可以处理成类似gcSample数据的list,用上面代码写出gmt文件

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SFX的妙用——如何在不安装软件的情况下打开自定义格式文件

前段时间看到群友讨论压缩包能不能运行,想起了n年前用自解压文件SFX实现的一个“需求”:在没有安装任何应用软件的Windows(当时还要支持XP)上能双击打开自定义格式文件。...这里“需求”之所以打上引号,是因为我觉得这不是真正的需求,而是一个解决方案,真正的需求是如何让不熟悉电脑操作的用户方便的使用我们自定义格式文件。...经过一番思考,尝试把自定义格式文件和应用程序打包到一起形成一个exe,双击exe时释放应用程序和文件,并运行应用程序加载文件。...它可以不借助任何压缩工具,只需双击该文件就可以自动执行解压,并根据配置执行解压后的可执行程序(EXE)。WinRAR和7-Zip都可以制作自解压文件。这里以7-Zip为例介绍如何制作自解压文件。...这两个制作的自解压文件会把打包的文件释放到用户的临时目录,然后根据Installer_Config配置文件执行指定程序,程序结束后会删除临时文件

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    Python日志库Loguru教程(最人性化的Python日志模块)

    可以配置指定的日志文件名称。 可以配置指定的日志格式。 可以把不同的日志类型写到不同的文件中。 可以配置按照时间,文件大小等条件对日志文件进行滚动分割。 支持异步写日志。...3.3 设置日志输出的格式 在日常使用中,如果默认的输出内容不够,我们还可以自定义日志的输出内容和格式。 可以通过add()方法中的格式选项对Loguru生成的日志记录进行重新格式化。...当add函数配置为一个文件时,add方法提供了更多选项自定义日志文件的处理方式: rotate:指定关闭当前日志文件并创建新文件的条件。...retention:指定在从文件系统中删除每个日志文件之前如何保留日志。 compression:如果设置此选项,日志文件将转换为指定的压缩格式。...level:指定记录器的最低日志级别。 format:用于为日志定义自定义格式。 filter:用于确定一条记录是否应该被记录。 colorize: 采用布尔值并确定是否应启用终端着色。

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    PySpark 读写 CSV 文件到 DataFrame

    本文中,云朵君将和大家一起学习如何将 CSV 文件、多个 CSV 文件和本地文件夹中的所有文件读取到 PySpark DataFrame 中,使用多个选项来更改默认行为并使用不同的保存选项将 CSV 文件写回...注意: 开箱即用的 PySpark 支持将 CSV、JSON 和更多文件格式文件读取到 PySpark DataFrame 中。...(nullValues) 日期格式(dateformat) 使用用户指定的模式读取 CSV 文件 应用 DataFrame 转换 将 DataFrame 写入 CSV 文件 使用选项 保存模式 将 CSV...2.6 DateFormat 选项 dateFormat 用于设置输入 DateType 和 TimestampType 列的格式选项。...使用用户自定义架构读取 CSV 文件 如果事先知道文件的架构并且不想使用inferSchema选项指定列名和类型,请使用指定自定义列名schema并使用schema选项键入。

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    dotnet format

    如果未指定项目或解决方案文件,MSBuild 会在当前工作目录中搜索文件扩展名以 proj 或 sln 结尾的文件并使用该文件。...选项 要成功执行 dotnet format 命令,下面的选项都不是必需的,但是可以用来进一步自定义格式化的内容和需要遵循的规则。...有关可以在 .editorconfig 文件指定的可能格式设置选项的完整列表,请参阅 C# 格式设置规则。...说明 dotnet format style 子命令将只运行与代码样式格式设置相关的格式设置规则。 有关可以在 editorconfig 文件指定格式设置选项的完整列表,请参阅代码样式规则。...说明 dotnet format analyzers 子命令将只运行与分析器相关的格式设置规则。 有关可在 editorconfig 文件指定的分析器规则的列表,请参阅代码样式规则。

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    Linux下监控文件变化并抓取系统运行参数

    其常用选项如下: -m, --monitor:inotifywait的默认动作是在监控至指定文件的特定事件发生一次后就退出了,而使用此选项则可实现持续性的监控; -r, --recursive:递归监控指定目录下的所有文件..., moved_to, moved_from, move, create, delete, delete_selt等; --timefmt :当在--format选项中使用%T时,--timefrt选项则可以用来指定自定义的符合...strftime规范的时间格式,此时间格式可用的格式符可以通过strftime的手册页获取;--timefrt后常用的参数是'%d/%m/%y %H:%M'; --format自定义inotifywait...的输出格式,如--format '%T %w %f';常用的格式符如下: %w:显示被监控文件文件名; %f:如果发生某事件的对象是目录,则显示被监控目录的名字;默认显示为空串; %T:使用--timefmt...选项自定义的时间格式; 例如,要监控/tmp/test目录及其内部所有文件上发生的create,delete,modify,close_write事件,则使用如下命令: inotify -r --timefmt

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    PySpark 读写 JSON 文件到 DataFrame

    本文中,云朵君将和大家一起学习了如何将具有单行记录和多行记录的 JSON 文件读取到 PySpark DataFrame 中,还要学习一次读取单个和多个文件以及使用不同的保存选项将 JSON 文件写回...文件的功能,在本教程中,您将学习如何读取单个文件、多个文件、目录中的所有文件进入 DataFrame 并使用 Python 示例将 DataFrame 写回 JSON 文件。...注意: 开箱即用的 PySpark API 支持将 JSON 文件和更多文件格式读取到 PySpark DataFrame 中。...如果事先知道文件的架构并且不想使用inferSchema选项指定列名和类型,请使用指定自定义列名schema并使用schema选项键入。...DateFormat 选项 dateFormat用于设置输入 DateType 和 TimestampType 列的格式选项。支持所有 java.text.SimpleDateFormat 格式

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    GreenPlum装载和卸载工具(外部表、gpfdist、gpload等)

    必须指定文件格式文件位置。 外部文件格式: TEXT类型对所有协议有效。...该文件指定了GP的连接信息,gpfdist配置信息,外部表选项以及数据格式。...FORMAT选项。source文件的类型,比如text、csv。默认text格式不说指定。 DELIMITER 可选项。一行数据中,各列的分隔符号。...在GP中有两种自定义方案可用于装载和卸载数据 使用自定义格式 使用自定义格式用于导入导出TEXT和CSV两种格式之外的数据,有如下3个步骤: 1.编写输入输出函数并编译到共享库中 2.在GP中通过CREATE...可以完成自定义 导入导出固定宽度数据 在GP中可直接使用固定宽度数据的函数,需要指定自定义格式和在formatter参数中指定函数名称。

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    Linux 下的 Stat 命令

    stat是一个命令,它用来显示文件或者文件系统的详细信息。 本文详细讲解如何使用stat命令. 使用 stat 命令 stat命令的语法如下: stat [OPTION]......这两个选项的主要不同点在于,当命令最后有两个或者更多个文件时,--format在每个输出结果后面添加一个换行符,而--printf则会解释反义符号。...对于文件文件系统来,有很多格式指令可以和--format,--printf一起搭配使用。...例如,仅仅查看文件的类型,你可以使用: stat --format="%F" /dev/null character special file 你也可以合并任何数量的格式指定,并自定义分隔符。...这种格式在使用其他工具进行解析时很有用处。 配合选项-t(--terse)选项输入命令,可以以简明扼要的方式打印输出结果。

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    VEP — 高效的变异注释工具

    Biology 日期:2016年6月6日 作者&单位:William McLaren & 欧洲生物信息研究所DOI:https://doi.org/10.1186/s13059-016-0974-4 3如何安装...--cache_version 选项允许用户指定正确的Ensembl Genomes版本号 singularity 调用示例 singularity exec vep.sif \ vep --dir...--offline # 启用离线模式,不会建立数据库连接,需要已下载好本地缓存文件 --format vcf:# 指定输入文件格式为VCF(Variant Call Format --vcf # 指定输出格式为...VCF --force_overwrite:# 如果输出文件已存在,允许VEP覆盖它 --plugin NMD:# 指定VEP使用NMD(Nonsense-Mediated Decay)插件。.../vep -i input.vcf --cache --gtf data.gtf.gz --fasta genome.fa.gz 自定义注释输出 使用逗号分隔来配置每个自定义文件 键值对列表 singularity

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    【天衍系列 02】深入理解Flink的FileSink 组件:实时流数据持久化与批量写入

    FileSink提供了一些滚动策略(Rolling Policy)的配置选项,这些策略用于控制如何滚动输出文件。滚动策略决定了何时创建新文件如何确定文件名称以及何时关闭旧文件。...; 通过这些格式化和压缩的配置选项,FileSink提供了灵活性,使用户能够根据具体需求选择适当的方式来组织输出文件并控制文件大小。...(3) RecordWiseFileCompactor:自定义内容比较多 FileSink fileSink = FileSink //指定文件目录与文件写入编码格式 .forRowFormat...FileCompactor 指定如何将给定的路径列表对应的文件进行合并将结果写入到文件中。...用户需要指定如何从原始文件中读出记录。 注意事项1 一旦启用了文件合并功能,此后若需要再关闭,必须在构建FileSink时显式调用disableCompact方法。

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    一款开源且具有交互视图界面的实时 Web 日志分析工具!

    前言 在 Linux 操作系统下,分析日志文件是一件非常头疼的事情,它记录了很多日志,对于大多数的新手及系统管理员不知该如何下手进行分析,除非你在分析日志方面有足够的经验积累,那就是 Linux 系统高手了...virtual hosts:Apache 虚拟主机 Squid Native Format:Squid 原生格式 W3C:W3C (IIS)格式 GoAccess 日期格式 time-format: 参数...time-format变量后需要跟一个空格,指定日志格式日期。...date-format: 参数date-format变量后需要跟一个空格,指定日志格式日期。该日期包含常规字符和特殊格式说明符的任意组合。以百分比(%)符号开头。可参考:man strftime。...注意:时间戳以微秒为单位,则%f必须用作日期格式。 日志格式: 日志格式变量后需要跟一个空格或\t制表符分隔符,指定日志格式字符串。

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    django 1.8 官方文档翻译:5-1-4 内建的Widget

    设置Widget 实例的样式 如果你想让某个Widget 实例与其它Widget 看上去不一样,你需要在Widget 对象实例化并赋值给一个表单字段时指定额外的属性(以及可能需要在你的CSS 文件中添加一些规则...如果没有提供format 参数,默认的格式为参考本地化格式在DATE_INPUT_FORMATS 中找到的第一个格式。...如果没有提供format 参数,默认的格式为参考本地化格式在DATETIME_INPUT_FORMATS 中找到的第一个格式。...如果没有提供format 参数,默认的格式为参考本地化格式在TIME_INPUT_FORMATS 中找到的第一个格式。...当使用字符串时,所有的选择框都带有这个空选项。如果empty_label 为具有3个字符串元素的列表 或元组,每个选择框将具有它们自定义的空选项

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    youtube-dl命令参考

    指定一个自定义值的HTTP头文件,使用分号分割,可以多次使用此选项 --bidi-workaround 围绕缺少双向文本支持的终端工作。...视频格式选项 -f, --format FORMAT 视频格式代码,查看"FORMAT SELECTION"获取所有信息 --all-formats...rm {}‘ --convert-subs FORMAT 转换字幕格式(当前支持: srt|ass|vtt) 本地配置 您可以通过将任何支持的命令行选项放置到配置文件来配置 youtube-dl...proxy 你可以使用 --ignore-config 来禁用配置文件,也可以使用 --config-location 启用自定义配置文件 输出模板 该 -o 选项允许用户指定输出文件名称的模板。...format_id (字符串): 指定格式代码 --format format_note (字符串): 关于格式的附加信息 width (数字):

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