PyMol是一个类似于VMD的分子可视化工具，也是在PyQt的基础上开发的。但是由于其商业化运营，软件分为了教育版、开源版和商业版三个版本。其中教育版会有水印，商业版要收费，但是官方不提供开源版本的安装方法。按照参考链接1的内容，可以在Windows系统上面安装一个开源版本的PyMol，但是该发行版只有Windows平台的编译包。所以如果需要在Linux上安装PyMol，就只能在Github上面下载源码进行编译构建。
如果你已经尝试了100种错误方法，恭喜你，找到家了。这个是99.9%能保证成功的安装方式。如果你第一篇就看到这个，更加恭喜你，你少走了一万里弯路！
因为使用conda下载数据有时候因为网络问题下载非常慢，因此我把conda的环境备份好，到时可以直接使用conda的conda create -n 新环境名字 –clone 环境的路径 ， 直接把路径下原有的环境克隆到新环境中。
其它之前很多人都用过Conda，特别是生信科学家近两年都在用Bioconda，那叫一个妙不可言、根本停不下来。这里我郑重通知大家，Bioconda于今年6月2号正式发表于Nature Methods(IF=26.9)。吃水不忘挖井人，用过的写文章记得引用它。
我们已经多次强调了，之前推荐的清华大学镜像可能是人满为患，大家需要自己机智一点哦。
苹果为M1芯片的Mac提供了TensorFlow的支持，可以使用M1芯片进行硬件加速，以下是如何给使用M1芯片的macOS安装TensorFlow的环境。
2017年生信宝典发布了Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法，现在根据使用经验做一些更新，主要是增加了conda环境的复制、导入和导出功能。最开始是为了培训时，学员更方便搭建流程引入的，现在分享出来，方便更多人使用。
Conda包管理系统 Conda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包，https://www.anaconda.com/download/#download)和Miniconda(只包含基本功能软件包, https://conda.io/miniconda.html)一起分发。 最初接触到Anaconda是用于Python包的安装。Anaconda囊括了100多个常用的Python包，一键式安装，解决Python包安装的痛苦。但后来发现，其
昨天是把能编译好的g++环境和stringi安装上了，也跟了那个帖子，但是发现rgeos还是装不上，请教了师兄，师兄说我的R是用的Conda装的，所以后面装包的话尽量用conda装，这样可以减少后面环境编译引起的问题。
Conda 中包含的软件越来越多，而且软件的不同版本都保留了下来，软件的索引文件越来越大，安装一个新软件时搜索满足环境中所有软件依赖的软件的搜索空间也会越来越大，导致solving environment越来越慢。
Conda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包，https://www.anaconda.com/products/individual)和Miniconda (只包含基本功能软件包, https://conda.io/miniconda.html)一起分发。
之前，习惯性用conda来管理环境，安装软件。大多时候都还不错，但是就是喜欢转圈圈，下载不动，最后给出些不清晰的信息~
在训练神经网络时有时需要开启visdom，否则遇到如下提示：requests.exceptions.ConnectionError: HTTPConnectionPool(host='localhost', port=8097): Max retries exceeded with url: /env/main (Caused by NewConnectionError('<urllib3.connection.HTTPConnection object at 0x0000019B93886588>: Fa
发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/151766.html原文链接：https://javaforall.cn
Mamba 可以使用 Mambaforge 方法和已有 Mini/conda 的方式安装，官方推荐的是前面一种，即使用 Mambaforge 进行全新安装。
Python 的pandas模块使用xlrd作为读取 excel 文件的默认引擎。但是，xlrd在其最新版本（从 2.0.1 版本开始）中删除了对 xls 文件以外的任何文件的支持。
2.出现报错”RuntimeError: Click will abort further execution because Python 3 was configured to use ASCII as encoding for the environment
大家好我是费老师，conda作为Python数据科学领域的常用软件，是对Python环境及相关依赖进行管理的经典工具，通常集成在anaconda或miniconda等产品中供用户日常使用。
1写在前面 最近用了用JupyterLab，总体来说体验还是不错的，代码写完就是一篇完整的Paper了，非常给力。🥳 不过单纯使用JupyterLab可能还是有一些不尽人意的地方，这些问题基本都可以通过添加插件来弥补，今天就跟大家分享一下我个人觉得几个比较好用的插件吧，也欢迎大家留言分享你觉得好用的插件，我会再介绍给大家。😘 2开启插件功能 这里和大家说一下，我的JupyterLab版本是3.4.4，python是3.9，均是通过Anaconda管理。😉 ---- 2.1 开启插件 在JupyterLab中
Python在气象与海洋领域的应用愈发广泛，特别是其拥有众多的第三方库避免了重复造轮子，使得开发速度较快。但是官方提供的Python仅包含了核心的模块和库，为了完成其他任务，所需的第三方模块和库需要另行安装，这个过程往往较为繁琐。
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86\_64.sh
打开你的Jupyter Notebook，查看界面是否已经可以选择firstEnv作为新的环境。
2、替换anaconda的下载源为国内镜像源的方法 方法一：手动修改anaconda下载源的配置文件" /home/你的用户名/.condarc"为以上几个下载源之一即可。 在安装Anaconda时选定的用户目录下(C盘中的‘user’ or‘用户’ 文件夹下寻找)，找到.condarc文件，重命名为.condarc0(就是备份一下)，然后新建一个txt文件，文件名包括后缀更改为.condarc，用记事本打开，输入上面源。打开Anaconda Prompt
Conda 是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与 Anaconda 和 Miniconda 一起发放。
-n, –name：我们可以根据环境名称来创建一个 conda 环境，假设我们的环境名称为 my_env
conda是一个包，依赖和环境管理工具，适用于多种语言，如: Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++, FORTRAN。
一般情况下，最新版R的安装非常容易。但如果是在linux服务器上，而又恰好没有root权限，安装就比较麻烦了。最直接粗暴的方法是自己在有读写权限的个人目录中编译安装，但操作很繁琐，需要解决非常多依赖库，整个过程几乎会让人爆炸。还好，有一种简便很多的方法，通过Anaconda的虚拟环境安装。
最近整理系统时将之前的Anaconda环境全部删除，在重新安装时由于网络连接问题导致很多包和环境无法顺利安装。便想着将所用包全部下载下来，然后通过本地安装，这样以后会方便很多，下面就是关于如何使用conda自定义通道。
最近使用conda时遇到一个问题：CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED
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“ 大家好哇！继上次我们说完怎么安装python之后，这一次给大家分享一下怎么根据自己的需求来部署所需要的库，如numpy库等。”
bioconda 是一个管理生物信息软件的一个工具软件，可以将 bioconda 当成生物信息软件的AppStore。它基于 Anaconda 可以进行生物软件的搜索，下载，安装，升级，删除等操作。通过一条命令即可完成绝大部分生物软件的安装。目前已经是最好的生物软件管理工具之一，目前支持超过 7000 多款生物软件的安装。
在一文掌握Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移中详细介绍的conda的基本使用和遇到问题的解决方式，也提到了mamba作为一个替代工具，可以很好的加速conda的solving environemnt过程。但有时也会遇到一个很尴尬的问题想用mamba就得先装mamba， 之前通过conda install mamba -n base -c conda-forge有时也会卡在solving environemnt这一步。想用mamba解决solving environemnt，就得先解决安装mamba的solving environemnt。
Conda的下载和安装 什么是Conda? 官方定义：Package, dependency and environment management for any language—Python, R
翻译自：https://jakevdp.github.io/blog/2016/08/25/conda-myths-and-misconceptions/ 译者：taopanpantao 链接：http://blog.csdn.net/taopanpantao/article/details/53982752 我试着尽可能简洁，但如果你想要跳过这篇文章，并得到讨论的要点，你可以阅读每个标题以及下面的摘要。 神话＃1：Conda是一个发行版，不是一个软件包管理器 现实：Conda是一个包管理器；Anacond
Scrapy 必须运行在 CPython 或 PyPy 下的 Python 2.7 或 Python 3.5 及以上平台。如果您使用的是 Anaconda 或 Miniconda ，则可以从 conda-forge 安装该软件包，它包含适用于 Linux 、 Windows 和 OS X 的最新软件包。 如果要使用 conda命令安装 Scrapy 只需运行以下命令：
Jupyter Notebook（又称Python Notebook）是一个交互式的笔记本，支持运行超过40种编程语言。本文中我们将介绍Jupyter Notebook的主要特点，了解为什么它能成为人们创造优美的可交互式文档和教育资源的一个强大工具。
3月5日更新ubuntu下pytorch1.0.1安装方法（Ubuntu16.04+CUDA9.0+PyTorch1.0.1）
github：https://github.com/JoiLa/jupyterlab-dockerfile-template
利用 Jupyter 交互式小部件框架，jupyter-matplotlib 可以在 Jupyter notebook 和 Jupyterlab 中实现 matplotlib 的交互功能。
pyEOF is a Python package for EOF and Rotated EOF Analysis . It takes advantage of
CellPhoneDB是一个受配体及其相互作用的数据库，整合了UniProt, ensemble, PDB, IMEx，IUPHAR等数据库的信息。CellPhoneDB数据库概况如下图所示
管理员让他简单的修改了前面的命令， 就是删除 -c bioconda ，命令如下所示：
JupyterLab 是用于笔记本、代码和数据的最新的基于 Web 的交互式开发环境。其灵活的界面允许用户配置和安排数据科学、科学计算、机器学习方面的工作流程。模块化设计邀请扩展来扩展和丰富功能。
问题：conda无法安装更新，报错内容如下： 参考链接：conda httperror http none none for url none Anaconda更新失败
NVIDIA cuQuantum SDK is a high-performance library for quantum information science and beyond. Currently its primary target is quantum circuit simulations and it consists of two major components:
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud//pytorch/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --set show_channel_urls yes
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