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Ebf1缺陷的MSC能引发HSCs潜能的持续改变

使用报告基因和条件性靶向目的基因小鼠的研究在成年小鼠骨髓中确定基质亚群,显示出其与HSCs有物理联系。Cxcl12丰富的网状(CAR)细胞主要位于血窦附近,具有分化为脂肪细胞和成骨细胞的潜能力。...为了探索Ebf1在MSC的更明确亚群中的作用,我们将Ebf1fl/fl小鼠与LepRCre小鼠杂交,以在正弦曲线附近的CAR细胞中敲除Ebf1。...在PαS细胞中,443个失调基因中有12个在Ebf1基序附近显示出染色质可及性发生了改变(扩展数据图5e)。...通过将野生型特异性数字Ebf1足迹与RNA-seq数据集重叠,我们在CAR细胞中鉴定了14个基因,在PαS细胞中鉴定了9个基因,这些基因被解除调节并且失去了Ebf1的占有率和染色质可及性(扩展数据,图5e...实际上,与对照小鼠相比,来自原代受体的祖细胞隔室的细胞周期分析显示出增强的增殖潜能(图5i)。为了评估HSCs的潜在衰竭,我们用氟尿嘧啶(5-FU)对小鼠进行了慢性骨髓消融。

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    Nature|单细胞多组学绘制小鼠新皮质发育图谱

    接着,URD轨迹树还绘制了神经元和神经胶质类的分化轨迹上不同的转录变化。...图3 新皮质细胞类型的发育轨迹 4.表观基因组与转录组的一致性 为了研究表观遗传调控是否显示出相似的轨迹,研究者又在 E13.5、E15.5 和 E18.5 分析单细胞的染色质可及性(scATAC-seq...然而,在Fezf2敲除组中唯一显着上调的基因模块与任何E15.5野生型模块都不匹配。这种敲除特异性模块富含轴突发育和引导基因,与突变细胞中的异常轴突投影一致。...敲除特异性CThPN样细胞上调CPN的基因,敲除特异性 CPN样细胞与对照组深层CPN和SCPN明显不同。...这些结果表明,在CFuPN分化过程中,Fezf2的存在可以抑制了CPN基因模块,异常细胞群并不是停滞在未成熟阶段的细胞,而是与内源性细胞不同的细胞类型。

    90110

    JavaScript中的沙箱机制探秘:iFrame沙箱实现方案详解

    jsFiddle实例研究 前文中我们只是概述了iframe沙箱的基本原理并且提供了一种简单的实现方式,在本篇中,我们将结合jsFiddle的实例探讨更详细的实现方案。 ?...sandbox的通信 在jsFiddle的例子中,他们采用提交表单的方式在iframe直接执行返回结果。...然而在一些情况下我们需要考虑向下兼容,在不同的窗体下由于文档流的隔离,可共享的东西并不多,这其中就包括url和window,通信方案也自然是从这上面做文章。...window.name 相比location hash,window.name值最长支持2MB大小的数据,且它绑定至iframe上,即使iframe中重新加载不同页面,window.name的值也不会变...总结 在本篇文章中,我们分析了jsFiddle实现沙箱的方法,以及常用的sandbox与Host间通信的方案。

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    预测细胞形态对干扰的响应

    例如,Cell Painting 是最常用的无偏见的基于图像的特征分析方法,可以使用荧光染料测量不同的亚结构。虽然当前技术具有可扩展性,但探索可能合成的大量药物分子或基因干扰的组合空间是不可行的。...在转换后的图像中重要形态特征的分布与实际图像相比较控制图像时,显示出类似的偏移(在图1c中显示为基线)。作者进一步将IMPA与三个现有的GAN模型进行了比较,这些模型执行图像风格转换任务。...此外,结果表明IMPA有效地预测了两个数据集中的积极敲除的表型效应当选择与控制之间距离最大的干扰时。...在大规模、无偏的表型屏幕中,预期只有一小部分干扰会产生显著效应。因此,对于生成模型来说,捕捉其输出中的效应和缺失效应都是很重要的。...如预期的那样,在其图像与相应控制图像接近的干扰中,IMPA在BBBC025和RxRx1数据集中分别导致10%和50%的平均形态学变化较弱,相比于其未处理对照的最远10%的基因敲除。

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    预测高通量筛选中对复杂干扰的细胞反应

    OOD预测将使我们能够研究在不同治疗剂量下的干扰、联合疗法、多个基因敲除以及随时间的变化下的干扰。 最近研究人员已经开发了几种计算方法来预测对干扰的细胞反应。...这种操作实际上是一种估计对反事实问题的回答的方式:如果这个细胞被不同方式处理,它的基因表达会是什么样子?这种方法在预测未见过的干扰组合及其对基因表达的影响方面特别有意义。...这些数据集代表了模型的不同潜在应用:(i)在不同细胞类型中的二元干扰,(ii)多样化剂量,以及(iii)与剂量不同,包括几个物种和随时间变化。...CPA在建模未见过的干扰方面表现良好,因为在整体上,真实值和预测值在OOD条件下的相关性优于不同化合物之间的目标细胞和现有细胞的相关性(图2D)。...具体而言,文章展示了在剂量水平和时间序列中建模扰动的能力,并在药物扰动研究以及具有多个基因敲除的遗传扰动实验中展示了应用实例,揭示了由模型预测值推断出的潜在基因-基因相互作用模式。

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    【NS基金GPT】课题3:基于R-loop结构的m6A修饰介导基因组稳定性及转录调控在前列腺癌进展中的作用及分子机制

    其实,每年大致都是这样的情绪,其实大部分标书在3月末提交那一刻就已经结束了,只是每年开奖时间过长,大家焦虑的太久,想的太多!那么,对那些没中标的站友们,看些什么有价值的内容才能获得提升呢?...除了在癌症中的作用,m6A还在神经发育、免疫调控和病毒复制等多个生物过程中显示出其重要性。这进一步证明了m6A修饰在生物学中的普遍性和多样性。...除了在癌症中的潜在作用,R-loop还在DNA修复、基因剪接、染色体重组等多个生物过程中显示出其重要性。...例如,通过敲除METTL3,我们观察到R-loop结构的显著增加,这暗示两者可能在前列腺癌的发生和发展中有共同的作用。...在小鼠前列腺癌模型中验证细胞模型的结果。 分析前列腺癌患者临床样本中m6A修饰和R-loop结构的表达水平与临床参数的关系。

    30820

    30个前端开发人员必备的顶级工具

    动画库 动画在网络上随处可见,无论是微妙的微效果,还是大块内容在屏幕上逐渐展开的故事性运动,都是动画的存在。...从整体上看,屏幕尺寸从台式机、平板电脑到智能手机和可穿戴技术都有所不同。 作为前端开发人员,确保网页在任何屏幕尺寸下都可以使用是我们工作的核心组成部分。...以下是功能列表: 你可以通过在文本框中输入要测试的站点的URL,或从任何地方使用浏览器上的“Am I RWD”书签来从该应用程序的网站中使用该应用程序。...,可以测试你的网站不仅在不同的屏幕尺寸上,而且在各种设备上的外观。...由其团队定义如下: CodePen是一个社交化的开发环境。从本质上讲,它允许你在浏览器中编写代码,并在构建时查看其结果。

    3.2K20

    ChIP分析笔记|| PRJNA1037717 脂肪肝-肿瘤抑制基因Sirt6:文献阅读

    Sirt6co/co小鼠模型在研究Sirt6基因功能时非常有价值,因为它们可以通过与特定启动子控制的Cre小鼠杂交,实现在特定组织或细胞类型中特异性敲除Sirt6基因。...这种模型对于理解Sirt6在不同生理和病理过程中的作用至关重要,包括衰老、代谢调控、DNA修复、基因组稳定性以及与多种疾病相关的研究。...在Sirt6-LKO小鼠中,H3K9Ac和H3K56Ac分别显示出2816和6127个增加的结合位点(图1E),表明这些基因主要受到Sirt6依赖的组蛋白标记的影响。...一旦Sirt6缺失,Serpina12在不同年龄的小鼠肝脏组织中无论是在mRNA(图2E)还是在蛋白水平(图2F)上都高度表达,这在Sirt6-LKO小鼠中也有所体现。...这一结果与已有研究相符 图4D:高浓度的葡萄糖无论是在mRNA还是蛋白水平上,能够增强Serpina12在肝脏中的表达 图4E:在高葡萄糖条件下,Sirt6基因敲除(KO)小鼠的肝细胞中脂质生成增加,而敲低

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    JavaScript中的沙箱机制探秘

    如在装载另一个模块的情况下: YUI().use('node', function(Y) { console.log(Y.a); // undefined }); 不同的模块下无法访问各自运行环境中定义的变量...然而在这样的沙箱中,用户也可以无节制地使用一些全局变量如window、document等,因此YUI的沙箱事实上是靠“规约”来约束的,本质上并不是完全意义的沙箱。...jsFiddle提供用户上传并执行自己的JavaScript脚本,这就需要一个严密的环境来隔离可能存在的恶意攻击。jsFiddle的方案是通过在页面添加iframe来实现沙箱。...由于不同的iframe中运行的是不同的JavaScript引擎实例,因此全局变量也是不同的,iframe中的内容无法操作外部页面的DOM或者本地存储的数据。...= { k: 0 }; } 我们可以看到,通过VM模块提供的runInNewContext接口,可以指定某一段代码在某一个sandbox对象中执行,而在不同的sandbox中,上下文环境是相对独立的

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    干湿实验鉴定胰腺癌诊断和预后生物标志物=6.8分SCI

    使用ROC曲线分析确定PC的诊断标记。通过对TCGA数据进行生存分析来确定预后标记。在临床组织样本中验证了所识别基因的蛋白质表达模式。进而评估候选蛋白表达与患者生存时间之间的相关性。...此外,使用TCGA数据和临床数据对与PC预后相关的多种基因/蛋白质组合进行了综合分析。最后,进行体外研究以阐明这些生物标志物在PC细胞的克隆性和侵袭中的潜在作用。 发现: 识别了389个DEGs....结果表明,与正常组织相比,这七种蛋白在肿瘤组织中均明显过表达。...7 敲除差异表达蛋白抑制了PC细胞的克隆性和入侵 作者用这七个基因的shRNA瞬时转染人胰腺癌细胞系,通过western blot验证转染效率,软琼脂分析显示,与对照组相比,TMC7基因敲除组的细胞克隆数要少...,在对照组中观察到更多的通过膜细胞的细胞,而在TMC7敲除组中观察到的细胞更少,其它蛋白也得到了相似的结果。

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    单细胞分辨率下鉴定中胚层诱导的 ESC 中的转录组学、调控网络和增强子

    Sox2在两组ESC中的cluster2都高表达(Fig2I)。Fig2J-K展示了Sox2在两组细胞中的不同调控区域。...Fig3: 对ESCs来源的不同细胞系进行scRNAseq和scATAC-seq 4 鉴定并表征调控Pax7 表达的基因组区域 Fig4A中能看到,相比较ESC,aPSM细胞中Pax7的 染色质可及性增加...scATAC-seq 发现了一个主要的 aPSM 细胞群(cluster0),该细胞群在与前/后模式规范和体细胞发生相关的基因上显示出优先染色质可及性(Fig4B)....Pax7只在HIFLR 中具有可及性(Fig4C).在 aPSM 和 HIFLR 细胞中,En7 region与 Pax7 启动子区域相互作用(Fig4D).对不同位点进行敲除发现,En7的敲除降低了Pax7...将这个En7 enhancer的区域克隆到荧光素酶报告系统中,与对照组相比,En7能够激活荧光素酶活性(Fig4F);En7 区域敲除后,Pax7表达降低70%(Fig4G)。

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    IF>10 家系研究 | OGDHL变异导致神经发育谱系疾病,表现为癫痫、听力与视力障碍等

    在神经影像上观察到不同的异常频谱。个体6的MRI扫描显示胼胝体细长,存在弗兰克基底神经节 (Frank basal ganglia)空洞损伤和囊性白质软化。...所有改变的残基在物种间进化上是保守的。 物种间多序列比对图 Phe734Ser杂合子变异此前已被认为与嗜酸性食管炎有关。其他变异之前还没有被报道为致病变异。...为了确定所识别的变异体在神经系统中的特异性影响,为此开发了一种新的CRISPR-Cas9介导的组织特异性基因敲除(ko)的方法和cDNA挽救系统。...一代测序验证 与dOgdh-T2A-Gal4分析不同,CRISPR-Cas9介导的神经元敲除结合cDNA拯救系统对8个错义突变体显示了不同的等位基因强度。...尽管OGDHL在该标本中的表达量很低,但能够扩增出OGDHL转录本的很大一部分 (外显子5到19),在对照中显示出单条带,在个体3中显示出微弱的双带。

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    TLR9 炎症信号与 DNA 损伤 造就 的记忆回路!| MedChemExpress (MCE)

    在免疫应答基因中,TLR9 及其下游 NF-κB 信号通路最为突出,并观察到 TLR9 基因和蛋白水平的上调,以及 TLR9 与晚期内体 (Endosomes) 和溶酶体标志物 LAMP2 的共定位增加...这些发现揭示了免疫应答基因在记忆形成中的关键作用。图 2. CFC 后的基因表达谱图及 TLR9 蛋白水平,TLR9/LAMP2 在不同时间的共定位[3]。A....TLR9 蛋白水平以及 TLR9 与 LAMP2 在 CFC 后不同时间的共定位。LAMP2 水平无波动,TLR9 水平及其与 LAMP2 的共定位在 CFC 后 6 小时增加,96 小时后达到峰值。...作者通过在背侧海马 CA1 区域的神经元中特异性敲除 TLR9,发现敲除后的小鼠显示出受损的情景记忆,即冻结行为 (Freezing Behaviour, 指动物对特定刺激的反应,动物会激活不同性质的防御模式...与注射 Syn-GFP 的对照组相比,在海马内注射 Syn-cre 的 TLR9fl/fl 小鼠的情景测试中,冻结持续减少。B.

    15110

    2018国内基因编辑技术走势

    技术中具有潜在的应用价值,对开发研究RNA工具,扩展CRISPR系统在基因编辑方面的运用具有重大价值。...朱洁广州市妇女儿童医疗中心 CRISPR-Cas9介导的光感受器细胞重编程治疗视网膜色素变性 基因治疗已经在多种人类疾病治疗中显示出巨大的潜能。...随着人类在破译基因的遗传密码和基因编辑技术上的不断突破,通过修改基因从根本上治愈和预防疾病成为可能,特别是在单基因疾病的治疗上,基因编辑有着广阔的运用前景。...此外,利用基因编辑对胚胎特定基因集进行敲除操作,造成相应基因在胚胎中的缺失,可深入研究人类胚胎早期发育中的功能、作用机理,帮助人类了解生物体的基本功能,也可以推动人类健康事业的发展,从根源上清除遗传疾病...张淑君 华中农业大学 建立和利用猪全基因组基因敲除CRISPR/Cas9技术筛选鉴定猪流感病毒感染相关的宿主(猪)基因 在猪PK15细胞系中,证实了CRISPR/Cas9系统在猪细胞系中能高效地诱导猪基因敲除

    1.3K40

    网页开发的6种在线调试环境

    * Javascript,动作层,定义用户与网页的互动。 理想的开发环境,应该既可以分别调试这三种代码,又可以轻松查看它们合并在一起的整体效果。...浏览器是最合适的效果查看工具,所以很多人想到,代码调试环境也可以直接部署在浏览器中,以网站的形式提供服务。...它最大的特点有两个,一是动态显示代码效果,代码一输入,效果就自动显示出来;二是显示CSS提示,比如上图的字体效果和长度效果。...四、jsFiddle 网址:http://jsfiddle.net/ jsFiddle是目前最受欢迎的在线调试环境。...用户可以在HTML、CSS、Javascript三个面板中切换,输入相应代码。代码的运行结果,会自动显示在背景网页上。最后一个面板,显示的是整个网页的源码。 (完)

    2.2K30

    Vue基础:组件--slot、异步组件、递归组件及其他

    slot分发内容 为了让组件可以组合,我们需要一种方式来混合父组件的内容与子组件自己的模板。这个过程被称为内容分发。Vue中使用特殊的 元素作为原始内容的插槽。...问题(编译作用域) message 应该绑定到父组件的数据,还是绑定到子组件的数据?...备用内容在子组件的作用域内编译,并且只有在宿主元素为空,且没有要插入的内容时才显示备用内容。 具名slot 元素可以用一个特殊的属性 name 来配置如何分发内容。多个 slot 可以有不同的名字。...内容ab> 内容bb> div> 完整示例参考地址:https://jsfiddle.net/381510688/tugxd14s/ 作用域插槽 在子组件插槽中可以通过slot...引用信息将会注册在父组件的 refs 对象上。如果在普通的 DOM 元素上使用,引用指向的就是 DOM 元素;如果用在子组件上,引用就指向组件实例,可以通过el,获取DOM元素。

    2.9K40

    3D基因组—实验技术

    他可以显示众多调节蛋白在基因组上的分布。下表是生物体内常见的几种DNA调节蛋白。 ? Histone是核小体的基本组成蛋白,核小体是染色质的基本组成单位。...组蛋白的修饰(如:甲基化,乙酰化,磷酸化等)使核小体在DNA上发生移动,改变核小体的位置。这使得特定的组蛋白修饰代表特定的生物学特征。...② 研究转录起始位点的TSS距离分布图,可以清楚的观察到TSS位点处,多种蛋白的分布情况。 ?...③ 比较直观的热图,可以清楚的看出同一DNA区域,不同蛋白的分布情况,以及同一蛋白在不同DNA区域的分布情况。 ?...DNA FISH是观察细胞核中DNA分步,这需要更高放大倍数的共聚焦显微镜。 ? 如下图所示,在母本染色体中,三个基因是分开的,在父本染色体中,3个基因经过环形折叠在一起。 ?

    1.3K31

    MOF乙酰基转移酶的时空表达启动转录因子网络调控红系命运

    作者观察到Mof +/- HSCs在CFU-GEMM中显示出明显的减少,而在Mof -iKO小鼠中却没有那么明显,表明这可能是次要的作用。...)中显示出总染色质可及性的显著降低。...与MOF介导的组蛋白乙酰化的激活作用一致,作者观察到的MOF-结合基因的RNA水平,但不是随机对照基因,整体上在MOF+/-造血干细胞(scRNA-SEQ,cluster 2和5)和MEPs(scRNA-seq...在两个数据集中的开放区域内都发现了MOF peak的大量富集。在显示平均相似表达水平的基因对照组中未观察到这一点,这表明可及性并非简单地由基因活性本身驱动,而是与MOF存在相关(图4,G和H)。...这表明受MOF绑定区域占了HSCs和MEPs中大多数可访问区域。 ?

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    利用单细胞转录组研究发现促进胆管癌生长的癌症相关成纤维细胞亚群

    然而,在ICC模型的HSC-CAF中敲除Col1a1,尽管刚性和机械敏感信号降低,但并未抑制肿瘤的生长,敲除胶原受体编码基因Ddr1也是同样的结果。...与CAF中Has2 mRNA的高诱导相似,透明质酸(HA)在两个ICC模型均很丰富,并且在HSC-CAF耗竭后大量减少。与CAF耗竭小鼠一致,Has2敲除的肿瘤显示出肿瘤细胞增殖显着降低。...此外,在肝细胞/肿瘤细胞区室敲除被广泛认为是HA主要受体的Cd44并没有减少ICC的发展。结合CellPhoneDB分析表明,HAS2通过与CD44以外的非肿瘤细胞或受体相互作用介导其促肿瘤作用。...接下来,在ICC小鼠模型中敲除CAF中的Hgf,显示出ICC进展减少;敲除肝细胞/肿瘤区室中HGF的受体Met,发现ICC的生长显著降低。...这些发现表明,HGF-MET轴是关键的促肿瘤配体-受体对。 结 论 该研究确定了ICC中CAF的来源和功能,并发现了不同的CAF亚群,这些CAF亚群可通过不同的介质促进ICC的生长。

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