限制shell_exec的执行时间可以通过设置PHP的max_execution_time参数来实现。max_execution_time参数用于设置脚本的最大执行时间，以秒为单位。默认情况下，该参数的值为30秒。如果脚本的执行时间超过了这个时间，PHP将会终止脚本的执行。

要设置max_execution_time参数，可以在脚本中使用ini_set()函数，如下所示：

ini_set('max_execution_time', 60); // 将最大执行时间设置为60秒

或者在php.ini配置文件中设置该参数：

max_execution_time = 60

在设置了max_execution_time参数后，shell_exec()函数的执行时间将受到限制。如果shell_exec()函数的执行时间超过了最大执行时间，PHP将会终止该函数的执行。

需要注意的是，max_execution_time参数只能限制脚本的执行时间，而不能限制shell_exec()函数本身的执行时间。如果shell_exec()函数执行的命令需要更长的时间，可以考虑使用其他方法来实现，例如使用exec()函数和pcntl_alarm()函数来限制命令的执行时间。