我们接触到的很多文档资料都是以pdf格式存在的，比如：论文，技术文档，标准文件，书籍等。pdf格式使得用机器从中提取信息格外困难。...为了解决这个问题，我找到了几种解决方案，最后选择了python上的pdfplumber库，安装和使用都相对比较方便，效果也还不错，所以下面介绍这个库的安装与使用。...pip install pdfplumber 不过本库还提供了图形Debug功能，可以获得PDF页面的截图，并且用方框框起识别到的文字或表格，帮助判断PDF的识别情况，并且进行配置的调整。...file.pdf") as pdf: first_page = pdf.pages[0] # 获取文本，直接得到字符串，包括了换行符【与PDF上的换行位置一致，而不是实际的“段落”】.../pdfplumber 图形展示 最后，附上官网的一个示例jupyter notebook，从这个例子中可以看到其图形展示的功能和更多的用法： src="https://nbviewer.jupyter.org
data-science-explore.png 注意数据分析流程与软件开发流程的区别。 前者注重探索 后者注重功能实现 流程 以目录的形式 以 包的形式 ?.../git-lfs.github.com/ （https://gitee.com/help/articles/4235#article-header0） 工具 Make Snakemake Drake Rmarkdown...控制与循环 sed/awk fread（至少知道这个可以快速读取大内存数据） 和 fwrite dt[i, j, by] 等核心操作 readr dplyr 管道 tidyr purrr ggplot2...mlr3 绘图（最好是先导出为 pdf，然后用其他矢量图工具任意调整） base ggplot2 cowplot/patchwork/ggplotify（拼图） pheatmap/complexheatmap...如果程序有问题，（谷歌）搜索查找具体问题的解决方案或请教他人 解决后检查逻辑是否存在问题，代码是否可以优化（包括逻辑上和效率上） 记录结果（图片、表格等） Git与GitHub/Gitee 的使用 Git
我们可以找到许多解决特定问题的更小的 R 包，但以下是最重要的 R 包： Dplyr&ggplot2 两个强大的帮助您完成日常决策的包是 dplyr 和 ggplot2，它们非常适合用于数据处理和可视化...想象一下，有一个可以运行的报告，并创建了一个易于共享的 HTML 页面或 PDF 以与您的团队共享。这绝对是比每个星期一早上在 Excel 中点击数百次更惬意的方法。...Shiny 的最佳功能之一，就是通过易于使用的 GUI（图形用户界面）为团队中非聚焦数据的成员提供决策所需的数据科学工具。...想象一下，您的团队聚在一起进行周一下午的计划会议，已经查看了在 Rmarkdown 中创建的上一周的报告，并使用协作式 Shiny Web 应用程序运行模拟以确定下一步将数据引导到何处。...可以看到，基本上所有与导入，清洗和数据处理有关的事情都是由 pandas 包来做的。那么什么是 pandas？Pandas 是用于 Python 中数据处理的面向对象工具。
Greenplum）和HAWQ数据库中的数据 dplyr：提供了一个访问常见数据库的接口 data.table：data.table包的fread()函数可以快速读取大数据集 git2r：用于访问git...仓库 数据整理 以下R包主要用于数据整理，以便于你后续建模分析： tidyr：用于整理表格数据的布局 dplyr：用于将多个数据表连接成一个整齐的数据集 purrr：函数式编程工具，在做数据整理时非常有用...dplyr：一个用于高效数据清理的R包。...rmarkdown ：用于创建可重复性报告和动态文档 knitr：用于在PDF和HTML文档中嵌入R代码块 flexdashboard：基于rmarkdown，可以轻松的创建仪表盘 bookdown：以...jsonlite：用于实现R语言与json数据格式之间的转化 RcppArmadillo：提供了一个Armadillo C++ Library（一种C++的线性代数库）的接口 实验数据 以下R包给出了案例实战过程中可用的训练数据集
在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...Pivitol（Greenplum）和HAWQ数据库中的数据 dplyr：提供了一个访问常见数据库的接口 data.table：data.table包的fread()函数可以快速读取大数据集 git2r...：用于访问git仓库 数据整理 以下R包主要用于数据整理，以便于你后续建模分析： tidyr：用于整理表格数据的布局 dplyr：用于将多个数据表连接成一个整齐的数据集 purrr：函数式编程工具...dplyr：一个用于高效数据清理的R包。...rmarkdown ：用于创建可重复性报告和动态文档 knitr：用于在PDF和HTML文档中嵌入R代码块 flexdashboard：基于rmarkdown，可以轻松的创建仪表盘 bookdown
在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...Pivitol（Greenplum）和HAWQ数据库中的数据 dplyr：提供了一个访问常见数据库的接口 data.table：data.table包的fread()函数可以快速读取大数据集 git2r...：用于访问git仓库 数据整理 以下R包主要用于数据整理，以便于你后续建模分析： tidyr：用于整理表格数据的布局 dplyr：用于将多个数据表连接成一个整齐的数据集...dplyr：一个用于高效数据清理的R包。...rmarkdown ：用于创建可重复性报告和动态文档 knitr：用于在PDF和HTML文档中嵌入R代码块 flexdashboard：基于rmarkdown，可以轻松的创建仪表盘 bookdown
视频已经非常清楚的介绍了Rmarkdown如何使用，内部构造、不同的输出类型，以及其他拓展（发布，与github相连）等。我们先对此进行简单了解即可，之后几期我会详细介绍。...方式三 在代码块中使用knitr函数knitr::include_graphics()。图片尺寸更改与插入R代码生成的图形的情况相同。...但是，经过试验发现， 表中中有中文时pander包会出错。...而行的设置与列类似，使用函数名为row_spec()。...对于PDF，我们可以使用LaTeX命令\textcolor{}{}。这需要使用LaTeX软件包xcolor，该软件包已包含在Pandoc的默认LaTeX模板中。
2、Nature Communication｜基于2万余个肿瘤体细胞突变谱，揭示年龄对肿瘤突变数量及进化时间的影响 该研究通过分析来自TCGA、AACR GENIE和PCAWG三个项目中的数据，揭示了年龄对肿瘤中的突变数量...（每年每兆碱基0.077个突变）及其进化时间的影响，绘制了具有临床意义的与年龄相关癌症体细胞突变图谱。...4、2021年人工智能研究成果盘点 文章 1、GitHub，版本控制与协作[3] 本文介绍如何使用GitHub进行版本控制与协作。...2、通俗科普文：贝叶斯优化与SMBO、高斯过程回归、TPE 贝叶斯优化是AutoML中的重要概念，近年来变得很火热。作为一种重要的基于先验的调参/策略选择技术，贝叶斯的应用范围也很广。...3、pdfcpu - a Go PDF processor[6] 一个处理PDF文件的命令工具。
★借助于R的knitr和rmarkdown扩展包的帮助， 可以在Markdown格式的源文件中插入R代码， 使得R代码的结果能够自动插入到最后生成的研究报告中。”...--- 输出之后是这个亚子的： 头部分格式为yaml： - #减号表并列 # #井号表注释 | #竖线表整块数据 这里我们不必细究yaml 的具体语法，通常的开头部分都是包括title, author...使用RStudio 提供的knit 工具，我们可以将Rmd 文件转换成HTML格式、PDF格式（需要安装LaTeX编译软件）、MS Word格式。...rmarkdown::render()命令编译有重要差别： 用Knit图标编译，Rmd文件中的程序会在一个崭新的会话中执行， 当前会话中已经定义的函数、变量、导入的扩展包不会影响到编译结果； 用rmarkdown...注意，如果不缩小打印， 数学公式的编号以及较长的数学公式可能会被裁剪掉。 从Word文件转换成PDF格式 使用Word软件的“文件-导出”或者“文件-另存为”功能即可。
大多数用户使用RStudio编写和编辑他们的 R 代码，RStudio是一款用于在 R 中编码的集成开发环境 (IDE)。...import pandas as pd df = pd.read_csv("测试数据.csv") 此外，Python语言不仅可以编写爬虫从网站爬取数据，还可以通过读取Word、PDF、PPT等常用办公文档中读取数据...数据处理 在数据处理（探索）中，使用Python编程则往往要调用Pandas模块。...Pandas在数据处理的功能上非常全面，包括但不限于：数据预览、数据预处理、数据选取、数据运算、数据排序与排名、数据合并与连接、数据分组与透视表等等。...软件包，它包含(ggplot2、dplyr、tidyr、stringr、magrittr、tibble)等一系列热门软件包，学好tidyverse的使用可也让你站上另一个高度，从而高效的处理数据[2]。
这里汇总的信息和视频解读推荐每个想要进阶和学习 R 包开发的读者看一看，是我两年开发经验的一个总结。...use_pipe() usethis::use_tidy_eval() 理解非标准计算阅读 https://shixiangwang.github.io/home/cn/post/2019-07-08-dplyr-programming.../ {{}} 使用方法见 https://shixiangwang.github.io/home/cn/post/2019-08-04-rlang-operator-curly-curly/ 包文档与测试...roxygen2 - 使用 RMarkdown 语法 testthat https://github.com/mikldk/roxytest 包使用说明/手册/网站 usethis::use_badge...参考资料 [1]小抄: package-development.pdf
对于Rmarkdown的学习，有很多老大佬都已经给出详细介绍了，我就不在这里班门弄斧了（具体学习途径可见文末）。Rmarkdown不仅可以用来写分析报告，也可以用来记笔记。...日记本目录 模板使用谢益辉的CTEX，在该模板下我进行了小小的修改。具体的YAML，我将目录改成含三级标题，输出的是pdf版本，具体YAML如下。 ? 创建Rmarkdown ?...使用CteX模板 --- title: "2020.08 Diary" author: - 庄闪闪 documentclass: ctexart always_allow_html: true output...R绘图学习笔记 当然日记本还包括每日时间表，今日所思，每周计划，本月计划，本月总结等内容，可根据自己的想法增删一些内容。...Rmarkdown学习资源 1.Rmarkdown官网 https://rmarkdown.rstudio.com/index.html 2.最完整的Markdown基础教程 https://juejin.im
不需要RStudio，但建议使用RStudio，因为它可使普通用户更轻松地使用R Markdown。...接下来，Rstudio中安装rmarkdown软件包，可以通过下面任意一种方式： # Install from CRAN install.packages('rmarkdown') # Or if you...新建流程 在弹出的选项框里，可以申明rmarkdown的Title、Author以及默认的输出文件格式，一般可以选择HTML、PDF、Word格式，具体见下图。 ?...这对撰写数据分析报告带来了极大的便利。Rmd文件中除了R代码段以外， 还可以插入Rcpp、Python、Julia、SQL等许多编程语言的代码段， 常用编程语言还可以与R代码段进行信息交换。...若未指定output_format格式，则输出rmarkdown文件中output指定的格式类型。 rmarkdown::render("test.Rmd") ? 命令行导出 4.
Rmarkdown 简介 Rmarkdown 是 R 语言环境中提供的 markdown 编辑工具，运用 rmarkdown 撰写文章，既可以像一般的 markdown 编辑器一样编辑文本，也可以在...rmarkdown 中插入代码块，并将代码运行结果输出在 markdown 里。...R Markdown 格式，简称为 Rmd 格式， 相应的源文件扩展名为.Rmd。输出格式可以是 HTML、docx、pdf、beamer 等。 前面介绍参考：李东风老师的《R 语言教程》[6]。...视频已经非常清楚的介绍了Rmarkdown如何使用，内部构造、不同的输出类型，以及其他拓展（发布，与github相连）等。我们先对此进行简单了解即可，之后几期我会详细介绍。...RStudio 网站提供了一个 R Markdown 使用摘要下载：(rmarkdown-2.0.pdf)[rmarkdown-2.0.pdf]。Pandoc 的文档见pandoc 网站[5]。
R：ROCR包用于ROC分析 R：purrr包用于循环迭代 R：STRINGdb包用于string蛋白互作分析 R：如何使用RMarkdown渲染中文pdf报告 R：R调试工具 R：gtable包用于处理...来增加dplyr的可操作性 R tips：选择性屏蔽输出及输出重定向 R tips：dplyr编程 R tips：使用{}自由的使用管道 R tips：使用gtable绘制四轴散点图 R tips：调整...小Tips，全局参数可以设置统一开关：对于一些要在脚本中多处使用和有频繁修改需求的参数与常量，可以在脚本开头处做好统一的开关。如果规划的好，真的非常有利于脚本的复用。 ?...； 由于工作需要，RMarkdown的使用率非常高，但是它的原生渲染风格只能说是勉强够用，可能届时会想办法写一个RMarkdown主题相关的R包，这个需要对前端有一定的了解； shiny：其实目前对shiny...附录 这些是TCGA相关的几篇推文，有一篇是跨年的推文，考虑到很久没有做整合了，刚好再列一个索引： 使用cgdsr包获取TCGA数据 RTCGA（1） 数据概况与数据下载 RTCGA（2） 数据分析与可视化
1. stargazer 简介 stargazer 包中只有 stargazer()函数，其主要优势在于支持的模型数量多、易于使用以及表格的清楚美观。...本文使用 R 中自带的数据集 mtcars 来简要说明 stargazer() 函数的用法。 3. 使用方法 数据集 mtcars 中有 mpg 、 cyl 等 11 个变量， 32 个观察值。...汇总统计表 3.2 多个模型并排 例 2 构建两个线性模型和一个 probit 模型并并排显示在表格中，如 Fig 3 所示。...结合 rmarkdown 由于 rmarkdown 兼容 LATEX 格式，还可以直接输出 HTML、pdf 等格式的文档，因此 stargazer() 结合 rmarkdown 非常方便，省去了粘贴的步骤...下面是 stargazer() 结合 rmarkdown 生成汇总统计表的例子。
❞ 特性与用途 简单 结构化-转换 Word PDF HTML ... 多编辑器支持 Typora[1] RStudio[2] Jupyter notebook[3] VS Code[4] ......RMarkdown 小抄[8]，打印使用，镜像：https://www.jianguoyun.com/p/Da0QaqwQ6uuVCBjNtr4D。...yihui 的 RMarkdown cookbook[10]。 yihui 的 blogdown[11]。 yihui 的 bookdown[12]。...另外有时候文章代码需要格式化，推荐下面两个 R 包 formatR[13] styler[14] 注意，在使用 RMarkdown 时，使用 RStudio 提供的 knit 按钮是非必须的，我们可以直接通过...参考手册: https://rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf [8] RMarkdown 小抄: https
等， 还支持生成网页格式的幻灯片(slidy_presentation, ioslides_presentation)， 以及LaTeX beamer格式的PDF幻灯片(beamer_presentation...不过，对于内容的输出图片来说，其结果会保存在一个文件夹中： 这时候有两个选择： 将图片上传到图床，并不在Rmd 中输出图片，这也是我一直使用的方法； 利用Mweb 的发布服务，将本地图床一键全部上传到云端...输出的方法 这些内容我们除了可以直接在yaml 头部文件中设置外，还可以使用命令render特别设置： render("1-example.Rmd", output_format = "word_document.../notebook.html [4]html_document: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/html-document.html [5]pdf_document...: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/pdf-document.html [6]word_document: https://bookdown.org/yihui
重点做好章节、数学公式、表格、图形、定理、文献等浮动对象的处理，在编写过程中及时做好标签设定与引用，见2.6节的汇总表格及后续各章的介绍与示例. 2.3 书的基本设置 一本用bookdown管理的书，...book_filename是最终生成的PDF图书或者ePub电子书的主文件名。language下可以定制一些与章节名、定理名等有关的名称。...，便于定位； keep_tex: yes: 保留中间生成的tex源文件，便于查错； dev: "cairo_pdf": 使用cairo_pdf()生成 LATEX 编译需要的图片文件; latex_engine...我们也可以用其他浏览器(建议使用 Google chrome 浏览器)打开_book子目录中的index.html文件来查看gitbook格式的图书。...(prefix); 文本标签在单独一行中设定，可用在表格与图形的caption中引用，即在 fig.caption, tab.caption选项的设置中引用； 定理类环境标签前缀的汉化可在_bookdown.yml
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