PeakAnalyzer是一款经典的peak注释软件，由PeakSplitter和PeakAnnotator两款工具构成，网址如下 https://www.bioinformatics.org/peakanalyzer
homer软件集成了许多的功能，包括peak calling, peak注释，motif分析等等，通过这一个软件，就可以完成chip_seq的绝大部分分析内容，不可谓不强大。...本文主要介绍这个软件进行peak注释的用法。 在homer中通过annotatePeaks.pl这个脚本进行peak的注释，分为以下两步 1....准备参考基因组的注释信息 homer内置了许多物种的注释信息供我们下载，通过以下命令可以查看所有内置的物种 perl configureHomer.pl --list 其中GENOMES部分对应的就是内置支持的物种...进行注释 用法如下 annotatePeaks.pl peak.bed hg19 > peak.annotation.xls 第一个参数为peak的bed文件，第二个参数为参考基因组的名称。...注释的内容包含两个部分，第一部分是距离peak区间最近的转录起始位点TSS，第二部分是对peak在基因组区域的分布，比如TSS,TTS,3’UTR,5’UTR等区域。
ChIPseeker是使用的最广泛的peak注释软件之一，提供了以下多种功能 peak在染色体和TSS位点附近分布情况可视化 peak关联基因注释以及在基因组各种元件上的分布 获取GEO数据库中peak..."peak.bed") 函数根据文件名称的后缀来判断是否为bed格式，建议BED格式的输入文件后缀统一成.bed, 当然压缩文件也是支持的，比如.bed.gz;如果不是BED格式的输入，文件名称则不能使用...给出了关联的基因以及对应的基因组区域的类别，根据这个结果，可以提取关联基因进行下游的功能富集分析，比如提取geneid这一列，用clusterProfiler进行GO/KEGG等功能富集分析。...注释的结果还提供了多种可视化方式，其中饼图最为常见，用法如下 plotAnnoPie(peakAnno) 输出结果示意如下 ? 4....ChIPseeker除了peak基因注释的基本功能外，整合了GEO的下载功能与peak的overlap分析，可以方便的将自己的chip_seq数据与GEO的公共数据集进行比较分析。
导入peak信息和基因组注释信息后就可以进行后续分析了。 1....进行peak注释 首先是peak在基因组各个特征区间的分布比例，用法如下 library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) aCR进行peak关联基因的注释，用法如下 # 准备基因组注释信息 library(EnsDb.Hsapiens.v75) annoData 使用annotatePeakInBatch进行注释时，默认查找距离peak最近的基因，也可以修改output的值，overlapping代表与peak区域存在overlap的基因，设置成这个值之后就会将与...进行peak关联基因的富集分析 进行完基因注释之，得到peak关联的基因，就可以进行后续的功能富集分析，用法如下 over <- getEnrichedGO(overlaps.anno, orgAnn=
UROPA是一个命令行工具，可以对基因组区域进行注释，这里的基因组区域要求是BED格式，比如chip，ATAC_seq等数据产生的peak区间。...同时需要提供一个GTF格式的基因组注释信息，比如从UCSC,ensemble,ncbi等数据库下载的参考基因组文件。...在注释结果中不仅给出了peak在基因组中的定位，还会给出对应的正负链，与基因的距离，对应的基因类型等较为全面的注释信息。...提供了多种安装方式，这里我采用的是直接拉取官方的docker镜像，用法如下 docker pull loosolab/uropa 该软件需要三个输入文件： GTF格式的注释文件 BED格式的peak文件...JSON格式的配置文件 用法也比较简便， 我使用官方的是测试数据，步骤如下 1.
今天介绍一下GWAS分析中注释的方法，我们知道，GWAS分析找到显著性SNP后，需要注释，才能找到候选的基因。 什么是注释呢？...最广泛使用的工具支持基因组算法：即基因组集合论。...例如，bedtools允许人们以广泛使用的基因组文件格式（如BAM、BED、GFF/GTF、VCF）从多个文件中交叉、合并、计数、补充和混洗基因组间隔。...为了操作方便，我们使用LD衰减一般的距离为上下区间。 这里编写一个脚本，自动添加上下游确定区间。...将下载的gff3，进行排序，然后与显著性区间进行合并 bedtools sort -chrThenSizeA -i aa.gff3.gz >t2.gff3 bedtools intersect -a
GREAT是一款peak区间进行基因注释的工具，除了给出peak对应的基因外，还集成了多种基因的功能分析，网址如下 http://great.stanford.edu/public/html/index.php...目前该在线工具只支持以下几个物种 Human Mouse Zebrafish 在使用时，还需要注意对应的基因组版本。...以GO中MF这一类别的功能注释为例，示意如下 ? 通过GREAT可以方便的对peak关联的基因功能进行探究。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
对于许多做非模式生物的同学来说，没有现成的功能注释可用是非常难受的一件事。而blast2go虽然可以一步到位帮你完成功能注释，但它是收费的。这时，我们可以使用eggnog-mapper进行功能注释。...git clone https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper.git 目前，eggNOG数据库已经更新到了5.0版本，收集了更为全面的物种和更多的蛋白序列信息，在进行注释前我们需要先把数据库下载下来.../download_eggnog_data.py 直接使用命令下载数据库的话速度非常慢，我们可以使用迅雷或者其他工具下载。...解压好之后就可以进行功能注释了。 ## 功能注释 python emapper.py -i pep.fa --output out -m diamond --cpu 12 -i：输入蛋白序列。...-m diamond：使用DIAMOND进行序列比对。 --cpu：使用的线程数。 使用DIAMOND进行比对的速度非常快。30万条序列用12个线程注释花了5个多小时。
一.前言 我们在使用EF进行开发的时候，肯定会遇到将迁移更新到生产数据库这个问题，前面写了一篇文章介绍了Entity Framework Core 2.0的入门使用，这里面介绍了使用命令生成迁移所需的SQL...这里还有另一种方法，就是利用EF Core自身所提供的方法来进行迁移。...四.制作一个单独的迁移工具 上面的方法需要我们每次在应用程序启动的时候都去检查迁移，我们也可以单独制作一个控制台程序来进行迁移的更新，这样只要在更新迁移的时候放到服务器上执行一下就行 了。...我们在实际使用中，建议将EntityFrameWork Core单独作为一个项目 ?...代码如下： static void Main(string[] args) { Console.WriteLine("Entity Framework Core Migrate Start !"
目录 解决 解决 我们使用实体类，给流程里面的变量赋值，这个实体类里面的属性名称，必须是小写，不能使用驼峰，不能大小写混搭，不然在执行代码的时候，会报错，说变量名找不到
在编写代码的时候，使用@Autowired注解是，发现IDE报的一个警告，如下： ?...翻译： Spring建议”总是在您的bean中使用构造函数建立依赖注入。总是使用断言强制依赖”。...我们知道：@Autowired 可以对成员变量、方法以及构造函数进行注释。那么对成员变量和构造函数进行注释又有什么区别呢？...@Autowired注入bean，相当于在配置文件中配置bean，并且使用setter注入。而对构造函数进行注释，就相当于是使用构造函数进行依赖注入了吧。莫非是这两种注入方法的不同。...User user){ this.user = user; this.school = user.getSchool(); } 可以看出，使用构造器注入的方法，可以明确成员变量的加载顺序。
本人在使用httpclient做接口测试的时候，最近程序偶然报socket closed错误，上周经过排查发现是request.releaseConnection()这个方法搞得鬼，也是自己学艺不精，没有真正理解方法的含义...又重新排查了自己的方法，发现还有一种导致socket closed的原因，因为我的响应对象创建时用的是CloseableHttpResponse类，所以需要关闭，在某些时候response太大可能导致使用...EntityUtils.toString(entity)解析实体的时候出错，个人理解是由于response的并未完全解析到entity里面时已经执行了close()方法导致的，试着把close()方法后置...下面是我的错误代码片段： try { response.close(); } catch (IOException e2) { output..., e2); } data_size = entity.getContentLength();// 获取相应数据大小 if (data_size == -
2.5 实体类参数校验 2.5.1 验证注解介绍 SpringBoot中提供了可以给实体类上的参数加入校验，对于前端请求的数据进行校验。...比如数据的长度、格式、类型、是否为空等等，如果没有通过校验直接报错，大大的减少了在代码中使用if...else进行判断以及防止脏数据对数据库的影响。...因为在前端传递过来数据可能是大量的数据或者是一个对象，这样如果一个一个的手写注解验证非常的麻烦，此时就需要使用到这两个注解，这两个注解会递归的将对象中的每个实体类属性进行校验，当所有验证成功的时候才会向下执行...批量校验 ：如果是 post请求的一个对象，那么此时我们需要使用 @Validated注解 进行批量校验，因为在实体类中已经给属性加入了相应的验证注解，所以他会使用递归的方式进行逐一的校验。...controller中的@Validated指定了我们自己定义Update分组，可以看到这个分组在两个实体类的属性上都有，那么都会进行验证。
一般使用格式为 int pagesize = 分页大小(每一页大小) int pageindex = 第几页(一般这个变量是随循环递增的) 使用方法 .Skip(pagesize*pageindex...以上方法结合，截取的只是一页，需要在循环中使用，不断截取下一页 例如 {1,2,3,4,5,6,7,8,9,10} .Skip(5).Take(4) //忽略5个数，即从第(5+1)个数开始截！...王朝3 马汉4 第2页 张龙5 赵虎6 王喜7 是谁8 第3页 卢小鱼9 哈哈10 杀敌数11 那么，怎么在 ASP.NET Core/Entity...未对数据进行任何处理。 如果你要，一次性获取数据后，对数据分页用一个分页后的列表，这是很麻烦的。 把数据假设为一维，分页后的数据相当于二维。
第一步：根据叶绿体基因组的genbank注释文件获得蛋白编码基因序列 提取序列的python脚本 import sys from Bio import SeqIO input_file = sys.argv...做GO注释需要的.xml格式文件 参考文献：DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件 下载swissprot数据 wget ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot...TBtools进行GO注释 需要准备的文件 idmapping.tb.gz 文件比较大 这里推荐一个下载器 https://motrix.app/ 界面非常干净清爽 go-basic.obo cp_Protein_coding.xml...这样GO注释就做好了，TBtools也会对应有可视化工具，这里我选择使用R语言的ggplot2进行展示 library(ggplot2) df<-read.csv("Bhagwa_cp_protein_coding.csv...image.png 对结果进行可视化遇到的问题 数据框如何根据指定列分组排序，比如我的数据 X Y 1 A 1 2 A 2 3 B 3 4 B 4 5 C 5 6 C 6 我想ABC分别从大到小排序
Spring JPA 定义接口 翻译：Defining Repository Interfaces 首先，定义一个特定的实体类的存储库接口，这个接口必须继承自Repository并且绑定对应的实体类和主键...有时，应用需要使用不只一个Spring Data模块。在这种情况下，存储库必须进行持久性技术区分。当它在类路径上检测到多个存储库工厂方法时，Spring数据进入严格的存储库配置模式。...class User { … } PersonRepository引用Person，Person用JPA@Entity注释进行了注释，因此这个存储库显然属于springdatajpa。...UserRepository引用了User，它用springdatamongodb的@Document注释进行了注释。...以下错误示例显示了一个存储库，该存储库使用带有混合批注的域类： 例11：使用具有混合注释的域类的存储库定义（错误示例） interface JpaPersonRepository extends Repository
前言 上一期我们介绍了如何人工进行亚群注释，本期我们来介绍单细胞转录组数据的自动注释方法：SingleR。 本文框架 1. 安装包 如果已经安装，此步请跳过。...加载数据集 使用SingleR的最简单方法是使用内置参考对细胞进行注释。...data <- GetAssayData(scRNA_harmony, slot="data") 6.2 提取clusters数据 因为后续我们要对clusters进行注释，在这里我们提取clusters...，一般直接用refdata$label.main即可； method：选择cluster，因为要以cluster为单位进行注释； assay.type.test/assay.type.ref：选择对数据进行...将注释信息写到metadata中 # 给meta.data添加一列，并暂时赋予空值 scRNA_harmony@meta.data$celltype = "NA" # 赋值 for(i in 1:nrow
其中，属性注释是一种用于描述实体类中属性的注释，它可以帮助开发人员更好地理解和配置实体类的属性 @Entity注释 在JPA中，@Entity注释用于标识一个类作为一个实体类。...下面是一个使用@Entity注释的例子： @Entity public class User { // 属性声明省略... } 在上面的例子中，User类被标记为实体类，并将对应于数据库中的一张表...@Id注释 在JPA中，@Id注释用于标识一个属性作为实体类的主键。一个实体类必须有一个主键，用于唯一标识该实体类的记录。...下面是一个使用@Id注释的例子： @Entity public class User { @Id private Long id; // 其他属性声明省略... } 在上面的例子中...@Column注释 在JPA中，@Column注释用于标识一个属性对应于数据库表的一列。通过@Column注释，开发人员可以对数据库列进行更详细的配置。
1 简介 Sentry 为一套开源的应用监控和错误追踪的解决方案。这套解决方案由对应各种语言的 SDK 和一套庞大的数据后台服务组成。...通过 Sentry SDK 的配置，还可以上报错误关联的版本信息、发布环境。同时 Sentry SDK 会自动捕捉异常发生前的相关操作，便于后续异常追踪。...为了保证线上业务稳定运行，我们会在服务器端对业务的运行状态进行各种监控。现有的服务器端监控系统相对已经很成熟，而页面加载和页面运行时的状态监控一直比较欠缺。...$mount('#app') 4.3 启动项目验证 image.png 4.4 查看sentry错误信息 image.png 详细信息 image.png image.png 5 报错信息显示错误组件位置...由于该项目为国外项目，文档友好度低，使用方面也存在一定差异; 2 . 扩展功能，二次开发难，定制化，自定义差; 3 .
一 在编写代码的时候，使用@Autowired注解是，发现IDE报的一个警告，如下： Spring Team recommends "Always use constructor based dependency...翻译： Spring建议，总是在您的bean中使用构造函数建立依赖注入。总是使用断言强制依赖。 那么是为什么呢？...解决办法就是使用构造器注入了 private User user; private String schoolId; @Autowired public UserServiceImpl(User user
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