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通过R包UCSCXenaTools链接UCSC的XENA浏览器来探索TCGA等公共数据

前面我们介绍了MSKCC和Broad研究所的网页工具可以帮助我们探索TCGA数据库的多个癌症的多组学数据,见: 通过R包cgdsr链接cbioportal来探索TCGA等公共数据 通过R包RTCGAToolbox...链接FireBrowse来探索TCGA等公共数据 类似的机构其实还是 MD Anderson Cancer Center 和 UCSC,其中UCSC的XENA浏览器就把TCGA等公共数据整理的工工整整。...我们更想介绍的是生信工程师最喜欢的R代码形式,使用R包UCSCXenaTools就可以一次性的链接到 https://xenabrowser.net/datapages/ 全部的数据集。...前面的MSKCC和Broad研究所的网页工具都赫赫有名, 其对应的R包通常是官方团队开发,因为R包本身仅仅是提供了一个接口去访问网页段能访问的数据文件而已,它提供的一些数据分析函数或者统计可视化函数并不出彩...而UCSC的XENA浏览器来探索TCGA等公共数据对应的R包稍微有一点点不一样,它并不是官方团队开发的,而是在华语生物信息学知识整理圈子小有名气的长期主义者:王诗翔。那我们一起来看看这个包吧。

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使用R包的内置数据不能通过两个冒号吗?

最近粉丝提问她在使用一个叫做pbcmc的R包的时候,遇到了如下所示的错误: 'pam50' is not an exported object from 'namespace:genefu' 也就是说...://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/genefu.html 我去查看了叫做pbcmc的R包的源代码,发现里面大量使用两个冒号的语法: grep...$EntrezGene 也就是说 pbcmc其实是想使用 genefu 包的内置数据pam50这个变量,我看了看,这个变量是存在的: library("genefu") data(pam50) 存在...,删除了所有的 genefu:: ,因为genefu 包的内置数据pam50这个变量本来就是加载即可调用,无需加上前缀 genefu:: 这样的话,pbcmc的R包的源代码修改后,重新安装,就成功了,...本来呢,我其实是应该去修改 genefu 这个包,让它 export里面的pam50这个数据,而不是修改 pbcmc的R包的源代码。不过,无所谓啊, 让他们两个包互相适应就好了。

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    基于随机森林方法的缺失值填充

    本文中主要是利用sklearn中自带的波士顿房价数据,通过不同的缺失值填充方式,包含均值填充、0值填充、随机森林的填充,来比较各种填充方法的效果 ?...填充缺失值 先让原始数据中产生缺失值,然后采用3种不同的方式来填充缺失值 均值填充 0值填充 随机森林方式填充 波士顿房价数据 各种包和库 import numpy as np import pandas...,远远超过了样本量506,使用随机抽取的函数randint; # 如果需要的数据量是小于样本量506,则需要使用randint.choice来抽样,保证抽取不重复的随机数 # missing_samples...由于是从最少的缺失值特征开始填充,那么需要找出存在缺失值的索引的顺序:argsort函数的使用 X_missing_reg = X_missing.copy() # 找出缺失值从小到大对应的索引值...均方误差本身是种误差loss,通过负数表示 R^2:回归树score返回的真实值是R的平方,不是MSE R^2=1-\frac{u}{v} u=\sumN_{i=1}(f_i-y_i)2 v=\sum^

    7.2K31

    挑战NumPy100关,全部搞定你就NumPy大师了 | 附答案

    ★☆☆) 如何使用命令行来获得numpy中add这个函数的文档?...使用5种不同的方法提取一个随机数组里的整型数据部分 (★★☆) 37. 创建一个5x5矩阵,行值从0到4 (★★☆) 38. 已知一个生成器函数, 可以生成10个整数....设有一个任意数组,编写一个函数,以给定元素为中心, 提取具有固定形状的子部分(必要时可以用固定值来做填充)(★★★) ? 81....求一个矩阵的秩 (★★★) 秩(RANK), 我们知道线性代数中的矩阵, 有一种含义就是代表一个方程组, 矩阵的秩就是这个方程组中那些原有的成员的数量 83....如何找出一个数组里出现次数最多的元素? 84. 从一个随机的10x10矩阵中提取所有连续的3x3块(★★★) 85.

    4.9K30

    适用于所有数字芯片工程师的SystemVerilog增强功能

    使用变量的上下文决定了是否需要硬件寄存器。logic数据类型与reg类型相同,但没有误导性名称。 4.放宽变量规则 使用Verilog,变量只能在过程赋值的左侧使用。在连续赋值的左侧使用变量是非法的。...如果设计功能的建模方式发生变化,通常需要更改数据类型声明。 SystemVerilog放宽了变量使用规则。变量可以是: 通过过程赋值语句赋值。 通过连续赋值语句赋值。 连接到单个原语的输出。...结构体定义可以使用typedef命名。结构体的单个成员使用变量名和字段名之间的句点来引用。 IR.opcode = 1; 结构的所有成员也可以作为一个整体分配,使用值列表,如C。...r2 = r1; // 复制整个数组 SystemVerilog还允许通过一次分配unpacked array的所有元素初始化为默认值。...r1 = {default: 8'hFF}; // 初始化数组 9.模块端口连接 Verilog限制了可以连接到模块端口的数据类型。只有net类型和变量reg、int或time才能通过模块端口。

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    数据分享|R语言逻辑回归、Naive Bayes贝叶斯、决策树、随机森林算法预测心脏病|附代码数据

    检查我们的数据结构str(heart)查看我们的数据摘要summary(heart)通过观察以上的总结,我们可以说以下几点性别不是连续变量,因为根据我们的描述,它可以是男性或女性。...predict(train)confMat(pred,target)我们可以说,贝叶斯算法对训练数据的准确率为85.46%。现在,通过预测和创建混淆矩阵来验证测试数据的模型。...实施决策树plot(tree)在决策树的帮助下,我们可以说所有变量中最重要的是CP、CA、THAL、Oldpeak。让我们用测试数据来验证这个模型,并找出模型的准确性。...为了生成模型,我们需要使用随机森林库# Set.seed通过限制permutation来控制随机性。set.seed(100)model_rfR语言逻辑回归logistic模型分析泰坦尼克titanic数据集预测生还情况R语言是否对二分连续变量执行逻辑回归R语言用lme4多层次(混合效应)广义线性模型(GLM),逻辑回归分析教育留级调查数据

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    18个常用六西格玛统计工具介绍

    它是一种特殊类型的条形图,旨在将“少数几个”原因与“琐碎的”原因区分开来,使您能够专注于最重要的问题。 2、直方图 直方图是连续数据的图形快照。直方图使您能够快速识别数据的中心和范围。...它显示了大部分数据落在哪里,以及最小值和最大值。直方图还显示您的数据是否为钟形,可以帮助您找到可能需要进一步调查的异常数据点。 3、Gage R&R 准确的测量至关重要。...Gage R&R评估连续型数据的重复性和再现性,而属性一致性分析评估的是属性数据,例如通过或失败。此工具显示对这些类别进行评级的人是否与已知标准,与其他评估者以及他们自己一致。...例如,您可以使用回归来检查公司的营销支出与其销售收入之间是否存在关联。当存在变量之间的关系时,您可以使用回归方程来描述该关系并预测给定输入值的未来输出值。...通过FMEA和FTA分析,找出了影响产品质量和可靠性的各种潜在的质量问题和故障模式及其原因,经采取设计和工艺的纠正措施,提高了产品的质量和抗各种干扰的能力。

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    2024-03-30:用go语言,集团里有 n 名员工,他们可以完成各种各样的工作创造利润, 第 i 种工作会产生 profit

    2024-03-30:用go语言,集团里有 n 名员工,他们可以完成各种各样的工作创造利润, 第 i 种工作会产生 profit[i] 的利润,它要求 group[i] 名成员共同参与, 如果成员参与了其中一项工作...灵捷3.5 大体步骤如下: 这三种算法都解决了一个问题,即在给定一组工作和利润以及员工的人数限制下,找出满足最低利润要求的盈利计划数量。...3.返回满足条件的计划数量。 profitableSchemes2: 1.使用动态规划方法,创建三维数组 dp 以保存中间结果。...2.递归函数 f2 逐步填充 dp 数组,记录以当前工作和利润数为基础时的计划数量。 3.每次计算时检查数组中是否已有记录,避免重复计算。 4.返回最终计划数量。...profitableSchemes3: 1.同样采用动态规划,但只使用二维数组 dp,减少额外空间的使用。 2.从最后一个工作向前逐步计算满足条件的计划数量。

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    Python互联网大数据爬虫的武汉市二手房价格数据采集分析:Linear Regression模型、XGBoost模型和LightGBM模型

    解决方案任务/目标从区位特征、房屋属性和交易指标3个角度,选取包括所属区域、建筑面积、楼层高度、周边银行数量、学校数量、电影院数量等在内的多维度特征,来预测二手房的挂牌价格,实现基于数据的科学决策,做到一房一价的精准预测...特征 预处理(1)缺失值处理通过对数据缺失值统计发现有8个变量存在缺失值:分别使用剔除法、填充法来处理缺失值。houseStructure共有四种类型:平层、复式、错层、跃层。...buildingTypes、liftEquip和premisesOwnership采用和houseStructure同样的填充方法。propertyFee数据的缺失选择使用均值填充法。...通过三σ法则剔除异常值。周边配套设施包含了一公里内的地铁站数量、幼儿园数量、医院数量等19个数值变量,通过绘制分布直方图发现不少变量的分布存在偏态。分别予以剔除或是将数值变量转换为二分类变量。...建模分别建立Linear Regression模型、XGBoost模型和LightGBM模型,通过比较模型性能(评价指标使用MSE、MAE、R square)优劣,选出效果最佳的预测模型。

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    OpenGL ES 3.0 | 统一变量和属性的概念与(在程序中的)获取流程、统一变量缓冲区对象详解、std140块规范、用 命名统一变量块 建立 统一变量缓冲区对象 的流程 和 相关API 和...

    统一变量缓冲区对象 可以使用缓冲区对象存储统一变量数据, 从而在管线程序中的着色器之间甚至管线程序之间共享统一变量; 这种缓冲区对象称作统一变量缓冲区对象; 使用统一变量缓冲区对象, 可以在更新大的统一变量块时降低...和glUnmapBuffer等函数 修改缓冲区对象中的统一变量数据; 统一变量缓冲区对象中,统一变量在内存中以如下的形式出现: 类型为bool、int、uint和float的成员 保存在 内存的特定偏移..., 分别作为单个uint、int、uint和float类型的分量; 基本数据类型bool、int、uint和float的 向量 保存在 始于特定偏移的连续内存位置中,(类似数组) 第一个分量在最低偏移处...(一个列有R行) 相类似, R行C列的行优先矩阵被 当成 R浮点行向量 的一个数组对待, 每个向量包含C个分量。...参数的glGetIntegerv查询, 所有实现中最小的支持数量为12; 程序中所有着色器 使用的最大活动统一变量块的数量 可以用带GL_MAX_COMBINED_UNIFORM_BLOCKS参数的

    1.9K20

    女程序员大起底:Stack Overflow调研称女性更偏爱这些编程语言

    ,我们(Stack Overflow的数据组)十分期待通过分析这次的调查结果来更好地了解我们的程序员群体。...首先,我们注意到在各选项的选择比例上,女性的误差要大于男性;这是因为参与调查的男性数量远高于女性,从而导致了我们对女性的分析结果不如男性的精确。...由于这是一个多选题,这也表明了男性在这一问题上相对于女性选择了更多门编程语言/技术——数据显示,男性选择技术数量的中位数是4,而女性则是3。...尽管男性和女性在使用的技术上有很多相似之处,但在对某些技术的认可上依旧存在着不小的差异:选择使用Salesforce、Matlab、R和Ruby的女性比例更高。作为一个数据科学家(和一个女性!)...探究更多的问卷问题 以上问题只是我们程序员调查问卷的众多问题中的两个,我们想通过研究更多的问题答复来找出男性和女性程序员的异同。

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    机器学习系列--数据预处理

    术语“数值属性”与“连续属性”通常可以交换使用,连续值是实数,数值的值可以是整数或实数。 度量数据:相似性和相异性都称邻近性。相似值越大,对象之间的相似性越大。相异性度量正好相反。...1.缺失值 忽略:有可能影响结果 人工填写缺失值 使用一个全局常量填充缺失值:将缺失的属性值用同一个常量替换。...使用属性的中心度量(均值或中位数)填充缺失值 使用与给定元组属同一类的所有样本的属性均值或中位数 使用最可能的值填充缺失值:可以用回归、使用贝叶斯形式化方法的基于推理的工具或决策树归纳确定。...当数据不服从正态分布: 当数据不服从正态分布,可以通过远离平均距离多少倍的标准差来判定,多少倍的取值需要根据经验和实际情况来决定。 分箱 通过考察数据的”近邻”来光滑有序数据值。...标称数据的 相关检验 对于标称数据,两个属性A和B之间的相关联系可以通过卡方检验发现。假设A有c个不同值a1,a2,…,ac,B有r个不同值b1,b2,…,br。

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    Redis-ML简介(第5部分)

    如果满足规则的条件,移动到左边的子树; 否则,向右移动。对于分类特征(枚举),规则所使用的测试是特定类别中的成员资格(即规则是测试是否是特定类别的一个成员,译者注)。...对于具有连续值的特征,测试是“小于”或“等于”。要评估数据结点,从根结点开始,通过评估内部节点中的规则遍历树,直到到达叶子节点。叶子节点被标记为返回的决策。...为了提高决策树的准确性,通常将它们合并到随机森林中,随机森林使用多个树来对数据结点进行分类,并将多数决策作为最终分类。...pclass和survived列已被编码为整型常量,但sex列记录的是字符串值的男性或女性,embarked使用字母代码来表示每个端口。scikit软件包提供了执行数据编码预处理子包中的实用程序。...我们用于构建决策树的算法将会发现这些统计差异,并使用它们来选择要分割的特征。 建立决策树 我们将使用scikit-learn在我们的数据上构建决策树分类器。我们首先将我们清理过的数据分成训练和测试集。

    3.8K90

    R语言VaR市场风险计算方法与回测、用LOGIT逻辑回归、PROBIT模型信用风险与分类模型

    ,以HS300指数2014年的日数据为例,其99%置信水平下的单日VaR可以通过以下一段R代码来计算。...,之后再通过估计出的分类模型来判别一家新的企业是否会违约。...直接删除是删除某个日期内出现了指标缺失情况的企业观测,该方法虽简单,但有可能导致样本不足;中位数填充指的是用其他未缺失的指标值的中位数代替缺失值进行填充;插值法可以是通过指标的时间序列变化来进行插值。...我们关注的是“y = 1”出现的概率,用P(y=1) 表示。 系统性部分:线性预测值在PD预测中,财务因素多为连续变量,而一些关于企业的定性数据绝大多数转化为非连续变量。...该样本是某互联网企业注册用户的信用调查表,调查了用户的年龄、性别、收入、住房、居住时间等状况,同时收集了支付账户等级、支付金额等数据,并且按照其之前的违约情况,将客户分成了好客户和坏客户。

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    数据分享|逻辑回归、随机森林、SVM支持向量机预测心脏病风险数据和模型诊断可视化|附代码数据

    人口统计:• 性别:男性或女性(标量)• 年龄:患者年龄;(连续 - 尽管记录的年龄已被截断为整数,但年龄的概念是连续的)行为• 当前吸烟者:患者是否是当前吸烟者(标量)• 每天吸烟数:此人一天内平均吸烟的香烟数量...(可以认为是连续的,因为一个人可以拥有任意数量的香烟,甚至半支香烟。)...is.na# 查看glce与其它变量的线性相关性确定mice的填充策略gcog = glm(lcse ~ .)smry(glseg)填充,排除不重要的变量。...语言基于树的方法:决策树,随机森林,Bagging,增强树R语言用逻辑回归、决策树和随机森林对信贷数据集进行分类预测spss modeler用决策树神经网络预测ST的股票R语言中使用线性模型、回归决策树自动组合特征因子水平...LOGISTIC分类R语言ISLR工资数据进行多项式回归和样条回归分析R语言中的多项式回归、局部回归、核平滑和平滑样条回归模型R语言用泊松Poisson回归、GAM样条曲线模型预测骑自行车者的数量R语言分位数回归

    1.1K00

    深入iOS系统底层之函数调用

    全部都是浮点数据类型 8个浮点寄存器中的某一个 8个浮点寄存器中的某连续两个 压入栈内存中 混合类型 优先考虑通用寄存器,再考虑浮点寄存器,以及成员排列的顺序 参考左边 压入栈内存中 R10: 小于等于...下面是针对结构体参数的规则: R8: 如果数据成员全部都是非浮点数据成员则 如果尺寸的某一个寄存器中, 如果尺寸的某两个连续的寄存器中,...R9: 如果数据成员全部都是单精度浮点成员则如果成员数量数据成员保存到S0-S7中的某4个连续的浮点寄存器中,如果数量>4则结构体将不再按值传递而是以指针的形式进行传递并保存到X0-X8中的某一个寄存器中...R10: 如果数据成员全部都是双精度浮点成员则如果成员数量数据成员保存到D0-D7中的某4个连续的浮点寄存器中,如果数量>4则结构体将不再按值传递而是以指针的形式进行传递并保存到X0-X8中的某一个寄存器中...R11: 如果数据成员是混合类型的则如果尺寸的某一个寄存器中,如果尺寸的某两个连续的寄存器中, 如果尺寸>16则结构体将不再按值传递而是以指针的形式进行传递并保存到

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    数据分享|逻辑回归、随机森林、SVM支持向量机预测心脏病风险数据和模型诊断可视化|附代码数据

    人口统计:• 性别:男性或女性(标量)• 年龄:患者年龄;(连续 - 尽管记录的年龄已被截断为整数,但年龄的概念是连续的)行为• 当前吸烟者:患者是否是当前吸烟者(标量)• 每天吸烟数:此人一天内平均吸烟的香烟数量...(可以认为是连续的,因为一个人可以拥有任意数量的香烟,甚至半支香烟。)...is.na# 查看glce与其它变量的线性相关性确定mice的填充策略gcog = glm(lcse ~ .)smry(glseg)填充,排除不重要的变量。...语言基于树的方法:决策树,随机森林,Bagging,增强树R语言用逻辑回归、决策树和随机森林对信贷数据集进行分类预测spss modeler用决策树神经网络预测ST的股票R语言中使用线性模型、回归决策树自动组合特征因子水平...LOGISTIC分类R语言ISLR工资数据进行多项式回归和样条回归分析R语言中的多项式回归、局部回归、核平滑和平滑样条回归模型R语言用泊松Poisson回归、GAM样条曲线模型预测骑自行车者的数量R语言分位数回归

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    数据分析之Pandas分组操作总结

    作者:耿远昊,Datawhale成员 Pandas做分析数据,可以分为索引、分组、变形及合并四种操作。...其中split指基于某一些规则,将数据拆成若干组;apply是指对每一组独立地使用函数;combine指将每一组的结果组合成某一类数据结构。...分组对象的head和first 对分组对象使用head函数,返回的是每个组的前几行,而不是数据集前几行 grouped_single.head(2) ?...利用NamedAgg函数进行多个聚合 注意:不支持lambda函数,但是可以使用外置的def函数 def R1(x): return x.max()-x.min() def R2(x):...从14年到15年,Heroin的数量增加最多的是哪一个州?它在这个州是所有药物中增幅最大的吗?若不是,请找出符合该条件的药物。

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