通常我们会使用比对好的fasta文件构建进化树，fasta文件中大于号后的内容就是最终进化树上的文字标签。如果拿到进化树文件后你想替换掉其中的一些内容，那该怎么办呢？...本篇推文介绍一下使用R语言的ggtree包实现这个目的 这个问题是来源于公众号的一位读者的提问 ?...image.png 第一列x就是进化树中原本的序列名称 第二列y是想要替换成的id名称 读入进化树文件 library(treeio) tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile...) tree1<-tree tree1@phylo$tip.label<- df[match(tree1@phylo$tip.label,df$x),]$y 这样就替换过来了 接下来可视化展示一下新的进化树...image.png 把这个新的进化树写出到文件里 write.tree(tree1@phylo,file = "pra.nwk") 这样就达成目的了 这里导出的进化树文件没有了最初的支持率的信息，我们再通过一行代码给他加上就好了
表观遗传学：Epigenetics，是指在基因组DNA序列没有改变的情况下，基因的表达调控和性状发生了可遗传的变化。...同源重组：是指发生在非姐妹染色单体（sister chromatin) 之间或同一染色体上含有同源序列的DNA分子之间或分子之内的重新组合。...（又称为一般性重组它是由两条同源互补的DNA分子通过配对链的断裂和再连接而产生片段交换的过程）。...同源重组：是指发生在非姐妹染色单体（sister chromatin) 之间或同一染色体上含有同源序列的DNA分子之间或分子之内的重新组合。...异义替换导致氨基酸的改变，而同义替换由于密码子虽然改变，但是仍旧对应的是同一氨基酸。由于异义替换往往对于生命体有害，所以在纯化选择的作用下，异义替换常常会在群体中被逐渐消灭。
摘要 生物学的一个主要目标是揭示控制基因在给定基因组和细胞状态下何时以及以何种程度进行转录的顺式调控密码。在这里，我们讨论了影响转录输出如何由DNA序列和细胞环境编码的主要调控层次。...这种定量变化在很大程度上由基因组编码，因为不同物种和人类种群中许多表型特征具有高度遗传性，这表明存在另一种基于DNA的代码来决定这些特征。...这个代码被称为“顺式调控密码”，因为基因表达受到调控性DNA元件的控制，这些元件通常在同一染色体上的等位基因上起作用（在染色体的相邻区域内）。...由于这种不连续的过程，同一细胞中的两个基因等位基因（即使遗传上完全相同）在任何给定的时刻可能具有不同的转录状态，而在同一“类型”的细胞群体中，转录水平在个体细胞之间可以有很大的变化。...鉴于顺式调控密码具有上述依赖于细胞环境、复杂性和定量性的特点，我们能够理解如何在人类基因组的30亿碱基中编码超过2万个基因在几乎无法计数的细胞状态下的精确转录水平吗？
i，同一 ecDNA 上的基因对（上）、两个 ecDNA 之间（中）和两个染色体之间（下）的 Pearson 相关系数热图。...这些数据证实了不同的 ecDNA 并不是共价连接在同一 ecDNA 分子上，因此在分裂的癌细胞中它们是独立遗传的。...正如预期的那样，共价连接在同一ecDNA分子上的基因序列（通过CRISPR–CATCH18从相同分子大小的分数中分离出来；扩展数据图3d）在这项分析中显示出强烈的拷贝数相关性，验证了这种方法用于测量细胞群体中...先前的研究表明，ecDNA 在人工诱导的 DNA 损伤下聚集；最近的报告表明，受损的 DNA 片段在有丝分裂过程中通过 CIP2A-TOPBP1 复合体连接在一起并共分离。...长读长测序显示，这种增强子 ecDNA 是由两个反向的 DNA 段连接在一起形成的环状分子（扩展数据图 9a）。
本文介绍的 AutoTax 工作流程正是为创建涵盖所有七个分类等级的分类注释提供了一种简单有效的策略，不但可以注释上已知物种，还能为未确定的物种分配一个分类名称。...为了获得物种水平的信息，FL-ASVs 也被映射到从 SILVA 数据库中提取的模式菌株的序列； 如果序列同一性 >98.7% 并且只有一个物种，则采用该物种名注释；如果 FL-ASV 匹配到不止一个物种...接着使用 Linux 命令 awk 将对齐的序列修剪到全局 SILVA 对齐中的 1048 到 41788 碱基位置。这样的修整主要目的有两个。...两个分类注释的合并也可能会导致一个分类单元有多个父分类的情况（例如，来自同一物种的序列可能附属于多个属）。在这些情况下，分类群中具有最低 ASV 编号的 FL-ASV 的分类将被分配给所有成员。...需要先购买或使用免费的 32 位版本，并将可执行文件放在安装在容器内的同一文件夹中，并将其命名为 usearch11。
GTF文件中的每一行代表一个基因组上的注释特征，通常包括以下字段： seqname：染色体或扫描序列的名称。 source：注释信息的来源，例如基因预测软件或数据库。...其次是下载参考基因组FA文件 参考基因组是一个物种的代表性DNA序列，它通常是通过整合来自多个个体的遗传信息而构建的，旨在反映该物种的遗传多样性。...FASTA格式是一种生物序列文件格式，其中每个序列以一个以大于号（>）开头的标题行开始，后面跟着序列本身的一行或多行。 标题行通常包含序列的名称、来源和其他相关信息。...FA文件中的每个序列代表基因组中的一个染色体或片段，文件中可能包含整个基因组的所有染色体。...项目的定量，但是需要下载两个物种的fq和gtf文件，然后合并后构建好10x单细胞转录组CellRanger参考文件。
在这篇文章中，作者提出了一种基于深度学习的方法，称为DeepTorrent，用于从DNA序列预测4mC位点。 ?...在两个不同数据集上进行的大量基准试验表明，DeepTorrent在所有六个测试物种中的性能达到了最佳。...DeepTorrent的网络框架 2.2.1 特征编码方案 在这项研究中，作者使用了七种不同的DNA序列编码方案对DNA序列进行编码。...在DeepTorrent中，CNN层连接到另外两个BLSTM，每个BLSTM处理CNN的序列维和特征维输出。...然后，将组合后的特征向量输入到一个全连接网络中。全连接网络的第一层包含64个单元。同样地，激活函数是ReLU，并且丢失值是0.5。第二个全连接层有8个单元，使用ReLU激活。
在本文[1]中，我们将了解系统发育树，即表示生物体之间进化关系的图表。我们将确切地看到我们可以（或不能！）从系统发育树中推断出什么，以及在这些树的背景下物种或多或少相关意味着什么。 3....正如我们将在关于建树的文章中进一步探索的那样，这个假设是基于我们收集物种集合的信息——比如它们的物理特征和它们基因的 DNA 序列。 在系统发育树中，感兴趣的物种或群体位于被称为树枝的线的顶端。...例如，下面的系统发育树表示位于分支末端的五个物种 A、B、C、D 和 E 之间的关系： 树枝连接的模式代表了我们对树中物种如何从一系列共同祖先进化而来的理解。...这些特征可以包括外部形态（形状/外观）、内部解剖结构、行为、生化途径、DNA 和蛋白质序列，甚至化石的特征。...随着新数据可用并可以添加到分析中，树会随着时间的推移进行修订和更新。因为 DNA 测序提高了我们比较物种间关系的能力。
在本文中，我们将了解系统发育树，即表示生物体之间进化关系的图表。我们将确切地看到我们可以（或不能！）从系统发育树中推断出什么，以及在这些树的背景下物种或多或少相关意味着什么。 3....正如我们将在关于建树的文章中进一步探索的那样，这个假设是基于我们收集物种集合的信息——比如它们的物理特征和它们基因的 DNA 序列。 在系统发育树中，感兴趣的物种或群体位于被称为树枝的线的顶端。...例如，下面的系统发育树表示位于分支末端的五个物种 A、B、C、D 和 E 之间的关系： 图片 树枝连接的模式代表了我们对树中物种如何从一系列共同祖先进化而来的理解。...树的来源 为了生成系统发育树，经常比较和分析所涉及的物种或其他群体的许多特征。这些特征可以包括外部形态（形状/外观）、内部解剖结构、行为、生化途径、DNA 和蛋白质序列，甚至化石的特征。...随着新数据可用并可以添加到分析中，树会随着时间的推移进行修订和更新。因为 DNA 测序提高了我们比较物种间关系的能力。
基因（Gene）基因是DNA的一段序列，包含了产生特定功能产物（如蛋白质或RNA）的信息。在编码蛋白质的基因中，基因的序列被转录为mRNA，然后翻译为蛋白质。...factor binding motif) ，motif的本质就是一段DNA序列，但是一段有特征的DNA序列，比如它的某些碱基会有特定的序列模式。...物种特异性：● 不同的物种有各自特异性的 motif 和转录因子，因此文件根据物种进行了分类。...● 人类（hgnc）、小鼠（mgi）、果蝇（flybase） 和 鸡（chicken） 的注释文件分别对应于这些物种中的 motif-TF 映射关系。...，分别是两个起始位点信息文件，一个motif和TFs映射关系的文件，以及一个转录因子列表文件需要提醒的是，为什么没有限定文件的名称，因为其是有很多版本和渠道去获得这些文件~ 总之最后得到了具有上述信息的这
2018年更新发布的Jaspar中，新增322种新物种的Position Frequency Matrix (PFMs)，更新33个物种的PFMs。...在Scan序列输入框中输入我们想要查找的启动子区域序列或增强子区域序列或其它关注的区域，注意需要输入FASTA格式。 ?...在左侧列表中勾选待预测结合的转录因子，或者将同一物种的转录因子都勾选上，点击SCAN即出现结果展示。Score评分越高，表示该转录因子与输入序列结合的可能性越大。 ?...基本搜索 点击左侧工具栏中search，查找感兴趣的数据。可以通过TF名称或ID、物种、分类单元、uniprot ID或任何其他关键字进行搜索。...点击ID号，跳转至Gata3 motif详情，包括文件摘要、序列logo图、PFM矩阵（文件可下载）、TF-binding信息（FASTA格式为该motif在基因组范围的结合区域的序列，bed格式为该motif
覆盖度： 指测序获得的序列占整个基因组(或者指定区域)的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域，这部分没有获得的区域就称为Gap。...一般全外显子测序的测序深度为50X~200X，具体深度依研究目的而定，其个体之间的变异小（在VCF文件上记录着少许差异，一点点）。...转录组测序（RNA-seq）是将提取所要研究的特定类型的RNA，将其反转录成cDNA，利用高通量测序技术获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息。...ChIP-seq测的是目标蛋白结合的DNA序列，取决于目标蛋白的结合能力，所以它的分析要点就是这些DNA序列在基因组的位置。...第二层是RNA-seq数据，可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的，非常exon和intron的间隔非常明显，因为是PE测序，还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了
只有一个识别位点，且离16S任意一个可变区很近； 3. 16S rRNA序列的粘性末端被裂解。 酶解的基因组DNA片段具有粘性末端，通过直接分子内连接实现自循环。...DNA中获得基因组DNA片段。...酶解后的DNA片段具有粘性末端，通过分子内部连接的方式组成自循环，作为带有特异性反向引物的LD-IPCR模板。自循环后用外切酶消化剩余的线性基因组DNA。 数据分析。...RDP分类器在50%的置信阈值下总共可以在属水平上标注330个物种。使用RiboFR-Seq，通过contigs的附加注释，89%物种可以在属水平进行分类。 C.16S V6区扩增结果。...每个点为一个序列，大小表示丰度。连接表示两个序列存在单核苷酸差异。 D.三个菌16S与宏基因组序列。红点为16S rRNA基因，灰色为宏基因组contigs/scaffolds END
即 DNA 分子中具有转录调节功能的特异 DNA 序列。按功能特性，真核基因顺式作用元件分为启动子、增强子及沉默子。 ACRs：染色质开放区域。...每个核小体由 146bp 的 DNA 缠绕组蛋白八聚体 1.75 圈形成。核小体核心颗粒之间通过 50bp 左右的连接 DNA 相连，暴露在核小体表面的 DNA 能被特定的核酸酶接近并切割。...–outFileNameMatrix：指定热图矩阵的名称 –outFileSortedRegions：跳过零或最小/最大阈值后保存区域的文件名，文件中区域的顺序遵循所选的排序顺序 此处我对单个文件进行批处理计算...： plotProfile --dpi 720 -m TSS.gz -out TSS.pdf --plotFileFormat pdf --perGroup 这个图左边是前面绘制的两个热图+折线图，右边是前面绘制多个样本折线图在同一图内...5.22729 1 104518 104519 3.93076 1 104876 104877 6.8855 将文件导入到 TBtools： 然后改一下颜色、字体什么的进行一下简单的美化： 到这里大致的流程基本上就完成了
1 形态学特征 2 生理生化特征 3 血清分型 4 DNA 碱基组成 5 DNA 杂交 6 16S 序列测序 7 宏基因组序列测序 二、商业微生物检测平台 One Codex：https://www.onecodex.com...目前，一般讲DNA杂交同源性在70%以上，并且16S序列同源性达到97%以上的菌株定义为同一个种。...、物种信息等多个表保存于同一个文件中，且格式统一，体积更小巧，目前被微生物组领域几乎所有主流软件所支持。...biom 主要用来展示不同物种在不同样品中的丰度分布，类似与基因表达矩阵。如果该物种在某个样品中不存在，就是 0，与基因表达矩阵不同的是，不同样品中物种差别可能很大，所以会存在很多 0 的情况。...通过biom 格式文件，方便不同软件之间相互调用，比如可以将 metaphlan 的结果导入 megan中查看。
以“原噬菌体”的方式嵌存于宿主的DNA中，可随寄主繁殖，延续后代，“和平共处”，一般不引起细胞裂解 2、泛基因组(Pan-genome)：是某一物种全部基因的总称, 其中包括核心基因组(该物种所有个体中都存在的基因...4、保守序列（Conserved Sequence ）：指DNA分子中的一个核苷酸片段或者蛋白质中的氨基酸片段，它们在进化过程中基本保持不变。 5、同源基因：是由一个共同祖先在不同物种中遗传的基因。...9、外显率是指一定环境条件下，群体中某一基因型（通常在杂合子状态下）个体表现出相应表型的百分率。...10、基因趋异：来源于同一祖先基因在功能上具有相关性的两个基因，表现在核苷酸序列上的差别度，通常用百分比的形式表示。 11、基序，亦称模序、模体。...是指DNA、蛋白质等生物大分子中的保守序列，介于二级和三级结构之间的另一种结构层次。 12、转录本是由一条基因通过转录形成的一种或多种可供编码蛋白质的成熟的mRNA。
此外，它使用深度迁移学习策略来解决小样本量的问题。在两个不同的数据集上进行的基准实验表明与最先进的方法相比，DeepTorrent在所有六种测试物种的4mC站点预测都得到了最佳性能。...此外，本文还从MethSMRT数据库中的上述6个物种基因组中收集了序列长度为41bp的其他的4mC位点，被认为是正样本。...BLSTM可以捕获整个序列中的相互依赖关系，并在序列中集成前后信息。...本文把CNN的序列维度和特征维度的输出，输入到Attention和BLSTM层当中，随后分别得到两个特征表示，最后对总共得到的四个特征表示通过合并层进行合并。...该模型使用这些编码输入来推导出复杂的特征，这些特征被连接到一个单一的特征中，作为完全连接层的预测4mC位点的输入。这种独特的架构已经通过特征表示的可视化而被证明是有效的。
在数据分析中，经常需要下载物种的参考基因组序列。通常情况下，可以考虑以下3个数据库 NCBI Ensembl UCSC 这三个数据库都是公共的大型数据库，里面存储了很多物种的基因组序列。...这3个数据库作为第一选择，如果这三个数据库中都没有你要寻找的物种，可以尝试寻找该物种特有的数据库。...同一个基因组在以上三大数据库中的记录还是稍有不同的，以human为例，在NCBI中的链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?...从genbank下载的序列中，每条序列的ID是上图中的RefSeq编号，1号染色体对应的编号如下 NC_000001.11 其实Genebank和RefSeq中序列的内容是完全相同的，只是序列标识符有区别而已...对于同一个版本, 还提供了不同的序列类型 dna rm sm dna就是原始的基因组序列，rm和sm在原始序列的基础上标记了其中的低复杂度序列，其中rm采用了硬编码的形式，删除了基因组中的低复杂度序列
1为什么需要PCR扩增 主要两个原因， 一是构建测序文库时的可用的细胞量并不充足 二是打断的步骤（一般都是超声波）会引起部分DNA降解 以上两个都会是的整体或局部DNA浓度过低，假如直接取样测序，...2 为什么需要比对align fastq文件中相邻的两条reads之间没有任何位置关系，因为在建库和测序后，reads是完全打乱的。...也就是说，这些fastq中的reads的都是原来基因组中的某个位置的短序列。 而接下来的分析则需要有顺序的数据，也就是要按这些reads在基因组的位置排好。...PCR duplicate 的主要来源是同一个文库分子的不同拷贝都在 flowcell 上生成了可以被测序的 cluster ，导致同一个分子的序列被测序仪读取多次。...那么为何在每个分子都有上千个拷贝的情况下，实际却很少出现同一分子的多个拷贝被测序的情况呢？
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