我分享给大家的ngs流程里面经常是需要制作配置文件，里面的每个样品名字都有两个测序文件，因为目前都是双端测序，制作配置文件的过程其实就是Linux下的文本处理，代码如下所示： echo A_{1..25...引用： (公众号推文) linux命令行文本操作一文就够 (公众号推文)linux系统环境变量一文就够 (公众号推文)构建shell脚本一文就够 (公众号推文) conda管理生信软件一文就够 shell.../ bash脚本的参数扩展 (parameter expansion) ：https://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-bash-parameters.html...，你值得拥有： 书籍我推荐两本： 作业的话，力推我设计的5套习题，加油，在生物信息学的路上等大家！...最低要求是完成我的 linux 20题 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html 其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam
PHP的脚本执行： PHP的脚本执行还是会经过编译环节， 只不过它们一般会在运行的时候实时进行编译 1.启动PHP及Zend引擎， 加载注册的扩展模块 2.读取脚本文件，Zend引擎对脚本文件进行词法分析...3.编译成opcode执行 4.如果安装opcode缓存扩展(如APC， xcache， eAccelerator等)，可能直接从缓存中读取opcode执行 脚本的编译执行： 1.读取脚本，通过lex按照词法规则切分一个一个的标记...3.Zend引擎将代码编译为opcode 4.PHP是构建在Zend虚拟机(Zend VM)之上的。PHP的opcode就是Zend虚拟机中的指令。...编程语言的编译器(compiler)或解释器(interpreter)一般包括两大部分： 1.读取源程序，并处理语言结构。 2.处理语言结构并生成目标程序。...Yacc(Yet Another Compiler-Compiler) 1.安装lex,apt-get install flex 2.lex的词法规则文件 定义段 %% 规则段 %% 用户代码段
利用cocos creator 3d做了个3d版的羊了个羊，文末“阅读原文”可体验。
php本身是一个php代码的脚本执行程序，运行方式是指其运行的方法。...，加快PHP的运行效率。...在make install的时候我们会看到将动态链接库libphp5.so(Apache模块)拷贝到apache2的安装目录的modules目录下（编译Apache 时要带--enable-modules...php 5.3.29之后自带FPM，编译时带--enable-fpm，之前需另外加载模块。...ExecCGI //line 221 追加 ExecCGI 意思是目录允许执行CGI脚本 使用FastCGI，所有这些都只在进程启动时发生一次。
Git 自带一个 git config 的工具来帮助设置控制 Git 外观和行为的配置变量。...如果使用带有 --system 选项的 git config 时，它会从此文件读写配置变量。 ~/.gitconfig 或 ~/.config/git/config 文件：只针对当前用户。...当前使用仓库的 Git 目录中的 config 文件（就是 .git/config）：针对该仓库。...(也就是git config命令不带任何选项) 一般来说，我们在配置的时候都是针对当前用户来进行的，即使用选项--global，因为我们大多数时候都是开发公司内部的项目，代码是上传到公司的gitlab...除非是你们公司或者是团体作为某一开源项目的参与者，所有人使用一台服务器来进行开发，开发完以后的提交的时候可能是你们公司或者团体的公共名称以及邮箱。
Python参数传递（三种常用的方式） 1、sys.argv 2、argparse 3、tf.app.run 如果在运行python脚本时需要传入一些参数，例如gpus与batch_size，可以使用如下三种方式...，脚本运行命令python script.py -gpus=0,1,2 --batch-size=10中的--batch-size会被自动解析成 batch_size. parser.add_argument...bool类型的解析比较特殊，传入任何值都会被解析成True，传入空值时才为False python script.py --bool-val=0 # args.bool_val=True python...脚本中需要定义一个接收一个参数的main方法：def main(_):，这个传入的参数是脚本名，一般用不到， 所以用下划线接收。...以batch_size参数为例，传入这个参数时使用的名称为–batch_size，也就是说，中划线不会像在argparse 中一样被解析成下划线。
1.变量 所有字母都使用小写，使用'_'作为每个词的分界，如$user_name 2.函数 函数的命名使用小写字母和下划线的方式，如get_client_ip 3.方法 方法的命名使用驼峰法，并且首字母小写或者使用下划线...“_”，例如 getUserInfo，_formatAge，通常下划线开头的方法属于私有方法； 以双下划线“__”打头的函数或方法作为魔法方法，例如 __call 和 __autoload； 4.类名...并且首字母大写，另外类名和文件名保持一致 5.常量 常量以大写字母和下划线命名，例如 HAS_ONE和 MANY_TO_MANY； 配置参数以大写字母和下划线命名，例如HTML_CACHE_ON 6.属性名 属性的命名使用驼峰法...，并且首字母小写或者使用下划线“_”，例如 tableUser、_instance，通常下划线开头的属性属于私有属性；
本篇文章我分享下自己在实际开发工作中的经验，我个人理解,调试分三种,注意我所讲的是调试并非测试 功能调试 组件调试 片段调试 功能调试是指在完成一个功能或者正在完成功能的过程中进行的错误、逻辑、结果的测试...断点调试 说实在的,这种方式如果仅仅是看看输出结果，完全没必要，看似高大上实际浪费时间经历，一般我都会在代码块写好之后跑一遍debug，检查一下流程和结果是否在我的预期内或者遇到了某些逻辑问题无法察觉，...执行运行PHP代码 片段调试 当你突然想起一个方法或者算法急于去验证他，但又不愿意打开编辑器或者执行php自带的命令行的话。...测试我推荐使用PHPunit，更好的去理解自己的代码，才是一个合格的程序员。...致谢 这并不是一篇酝酿了很久的文章，是在我日常的开发中经常使用的几种调试方法。 感谢你看到这里，希望本篇文章可以帮助到你，有什么问题可以在评论区留言。
Linux下PHP执行的流程 在查看PHP执行过程前，我们要学习一个linux命令，也就是strace 命令 strace 命令介绍 strace是Linux环境下的一款程序调试工具，用来监察一个应用程序所使用的系统调用及它所接收的系统信息...-ff 如果提供-o filename,则所有进程的跟踪结果输出到相应的filename.pid中,pid是各进程的进程号. -F 尝试跟踪vfork调用.在-f时,vfork不被跟踪....-u username 以username 的UID和GID执行被跟踪的命令 知道这个命令之后，我们就可以来进行查看PHP解析器的调用过程 查看调用 新建一个test.php 文件，输出 hello...利用strace命令来查看脚本，执行 strace -f -s 65500 php test.php 来查看打印 ?...dump 文件，其中利用readelf -h 命令即可查看 2、 通过查看php文件执行过程，我们可以举一反三，是不是我们利用 go run xxx.go 或者 python xxx.py 执行文件时
1、运行php文件 demo.php php echo 'hello php' ....PHP_EOL; 运行，-f 参数可省略 $ php -f demo.php hello php $ php demo.php hello php 2、执行php代码片段 $ php -r "echo...PHP_EOL;" hello php 3、运行php shell $ php -a php > echo 'hello php' ....PHP_EOL; hello php 4、作为脚本执行 demo.php #!/usr/bin/php php echo 'hello php' ....PHP_EOL; 执行 $ chmod +x ./demo.php # 赋予执行权限 $ ./demo.php hello php
周一我就有个困惑，还写成文章了：如何从 Spark 的 DataFrame 中取出具体某一行，里面提了自己猜想的几种解决方案。...我的操场上，有 2200 个班级，每个班级有 16 万人。我的教室也很大，但是肯定装不下 2200 × 16 万人 ≈ 3 亿人。 于是我就想着，我一个班一个班测，这是最直观的、最好管理的。...我初步设置为 100 班为一批进教室： 原来我需要做『喊孩子们进教室』这件事 2200 次（每个班含一次） 现在我只做『喊孩子们进教室』这件事 22 次，你看看，是不是快了 100 倍 对照解释 上面其实就是我做的事的简化版...老师干活很利索，就是孩子们进教室有点费劲 以下是我的工作日志节选（脱敏版）： 首先我是『把每个班级单独叫进教室』，很耗时。...要是用时15小时的代码不是1个月前的我写的，而是别人写的，那我把他调到 12 分钟，还显得我蛮厉害的? 开个玩笑，我希望大家写出的代码都是很棒的，这样咱们都可以节省出时间休息?
这不是一篇鸡汤文，因为我并没有在使用 Linux 一万小时后成为 Linux 达人，甚至在很多方面，我连新手都算不上。...我走的这些弯路能篇成一本很有参考价值的反面教材，下面，我来讲讲我用 Linux 都折腾了啥。 Gentoo 在 Ubuntu 还没有出生的年代，各种发行版百花齐放。...而像我这样的强迫症，总觉得下一次编译换一个参数也许可以使程序运行得更快，以至于很多常用工具我都编译了不下三遍。另外编译内核和格式化硬盘重装 Gentoo 的事真是数也数不清了。...不过我并没有感觉到 Linux 不主流，有很多在线论坛有大量热心的 Linux 用户能帮你解决各种技术问题。而同一时期那些 Windows 相关的社区全在共享盗版软件。...我很后悔没有早点明白，在 Linux 下绘图这件事就是自讨苦吃，同一时期在 Windows 下的各种绘图体验会愉快很多。
另外每个数据集对应的参数param.json文件对应的什么 ? ? 找不到那个文件，没办法，把另一个文件夹的文件拷贝过去了 ? 再运行： ?
Trait 是从 PHP 5.4 加入的一种细粒度代码复用的语法。以下是官方手册对 Trait 的描述： Trait是为类似 PHP 的单继承语言而准备的一种代码复用机制。...我的看法是这样的： Trait，译作 “特性”、“特征”、“特点” 。那么问题就来了：什么才是特性？ 一个销售公司有很多种产品：电视，电脑与鼠标垫，卡通手办等。...但是你会发现：你有多个需要区别的特性时，由于 PHP只有单继承的原因，你不得不组合很多个基类出来，将他们层叠，最终得到的树状结构是很复杂的。这也是 Trait 所带来的优势：随意组合，代码清晰。...这就是我理解的 Trait： 它不仅仅是可复用代码段的集合，它应该是一组描述了某个特性的的属性与方法的集合。它的优点再于随意组合，耦合性低，可读性高。...； 拆分时如果给 Trait 起名困难时，请认真思考你是否真的拆分对了，因为正确的拆分是很容易描述 “它是一个具有什么功能的特性” 的； 总之一定要记住：不要为了让两段相同的代码提到一起这样简单粗暴的方式来拆分
=>$new ]; //print_r($data1);exit(); $this->ajaxReturn($data); } 后台进行修改操作时,...需要在修改函数中加入一个去除空字符串的函数. /** * 去除数组中的空字符串 */ function removeEmpty($arr) { $array = $arr; foreach
Trait 是从 PHP 5.4 加入的一种细粒度代码复用的语法。以下是官方手册对 Trait 的描述： Trait 是为类似 PHP 的单继承语言而准备的一种代码复用机制。...那么，我们应该怎么样去拆分我们的代码才是合适的呢？我的看法是这样的： Trait，译作 “特性”、“特征”、“特点” 。那么问题就来了：什么才是特性？...但是你会发现：你有多个需要区别的特性时，由于 PHP 只有单继承的原因，你不得不组合很多个基类出来，将他们层叠，最终得到的树状结构是很复杂的。这也是 Trait 所带来的优势：随意组合，代码清晰。...你想说没有可读性是因为我基类的名称没起好？可是，这种各种特性组合的一个基类是根本无法起一个见名知义的名称的，不信你可以试一下。...； 拆分时如果给 Trait 起名困难时，请认真思考你是否真的拆分对了，因为正确的拆分是很容易描述 “它是一个具有什么功能的特性” 的； 总之一定要记住：不要为了让两段相同的代码提到一起这样简单粗暴的方式来拆分
众所周知，WordPress的侧边栏和文章不能够直接运行自定义的php代码，reizhi今天给各位介绍一个插件，它能改变这一现状。...插件名称:Exec-PHP 点我下载 使用方法：上传以后启用即可。 值得注意的是，启用以后在新建文章页面会看到一个大大的提示。只要到“用户》我的配置”关闭“启用可视化编辑器”即可。...在侧边栏使用PHP代码直接添加”文本“小工具然后在其中加入代码即可。 在文章中使用PHP代码请切换到HTML编辑器模式，或者使用第三方编辑器，直接输入代码。不要使用所见即所得编辑模式。...插件作者页面：http://bluesome.net/post/2005/08/18/50/ 插件的设置很简单，只有一个选项。而另外的则是一些运行信息。 点小图看大图，图来自作者博客。
出处：程序员最幽默（ID：humor1024）整理 0、独自编程的我 VS 面试时编程的我 1、技术面试 VS 实际工作 2、面试中的我 VS 工作一个星期后 3、简历中的我 VS 现实中的我 4、网爆朋友圈的...“最牛简历” 看完令人心酸 5、独自一人时写代码 VS 其他人在旁边时写代码 6、独自一人编程 VS 老板在旁边看我编程 7、世界上有两种人 --end--
bash shell 脚本执行的方法有多种，本文作一个总结，供大家学习参考。 假设我们编写好的shell脚本的文件名为hello.sh，文件位置在/data/shell目录中并已有执行权限。...方法一：切换到shell脚本所在的目录（此时，称为工作目录）执行shell脚本： cd /data/shell ./hello.sh ./的意思是说在当前的工作目录下执行hello.sh。...脚本时都是在当前shell（称为父shell）开启一个子shell环境，此shell脚本就在这个子shell环境中执行。...shell脚本执行完后子shell环境随即关闭，然后又回到父shell中。而方法四则是在当前shell中执行的。 假设shell脚本文件为hello.sh 放在/root目录下。...1.切换到shell脚本所在的目录，执行： 代码如下: [root@localhost ~]# .
在开发过程中，经常会需要做批量处理，例如数据同步或格式转换时往往涉及大批量的数据处理，由于数据量大，数据里往往存在各种的差异，导致运行过程容易出问题，所以能在运行过程中实时输出每条记录运行的情况（成功或失败...，失败的原因及引发异常的原始数据信息）是非常有助于排查问题的，我这里分享两个自己做了简单封装的方法，我自己觉得很好用，希望也对你们有用。...先做一下简单的说明：第一个方法是在你需要实时输出的方法最前面调用；第二个方法是需要输出内容时再调用，举个例子： public function testApi(){ Tools::realTimeOutputPrepare...(); $i = 1; while($i < 100){ sleep(1); Tools::realTimeOutput($i++); } die; } 这两个方法的具体内容是:..."; flush(); } 我的方法是以静态方法的形菜定义到一个叫Tools的工具类里的，建议你可以把这两个方法也放到你自己的工具类里，使用起来就非常方便了。 看到了吗？
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