首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

轨迹中链接的OpenMDAO阶段是否需要具有相同的转录?

OpenMDAO是一个用于多学科优化的开源框架,它允许用户将不同学科的模型组合在一起进行优化。在OpenMDAO中,轨迹是指优化过程中的一系列迭代步骤,每个步骤都包含了一组设计变量和相应的目标函数和约束条件。

在OpenMDAO中,轨迹中链接的阶段不一定需要具有相同的转录。转录是指将连续域问题转化为离散域问题的过程,常见的转录方法包括直接转录、伪谱法、有限元法等。不同的转录方法适用于不同类型的问题,具有不同的优势和适用场景。

对于OpenMDAO中的每个阶段,用户可以根据具体问题选择合适的转录方法。例如,对于具有连续变量的优化问题,可以选择直接转录方法,将连续变量离散化为一组离散的设计变量。而对于具有周期性特征的问题,可以选择伪谱法进行转录,以更好地捕捉周期性变化。

在腾讯云的产品中,没有直接与OpenMDAO相关的产品。然而,腾讯云提供了一系列云计算产品和服务,可以支持用户在云环境中进行各种计算任务和应用开发。例如,腾讯云的云服务器、容器服务、函数计算等产品可以提供计算资源;云数据库、云存储等产品可以提供数据存储和管理;云网络、云安全等产品可以提供网络通信和安全保障。

总之,OpenMDAO中轨迹中链接的阶段是否需要具有相同的转录取决于具体问题和用户的需求,可以根据实际情况选择合适的转录方法。腾讯云提供了丰富的云计算产品和服务,可以支持用户在云环境中进行各种计算任务和应用开发。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

Nature|单细胞多组学绘制小鼠新皮质发育图谱

本研究,作者采用单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序以及空间转录组技术,单细胞多组学结合生成了发育小鼠新皮质综合图谱,绘制了整个小鼠皮质发生过程中所有细胞类型发育轨迹,确定了伴随个体细胞类型谱系规范纵向分子动力学...单细胞图谱也显示相同顺序(图2b,左),表明了基因表达时空梯度。...接着,URD轨迹树还绘制了神经元和神经胶质类分化轨迹上不同转录变化。...图3 新皮质细胞类型发育轨迹 4.表观基因组与转录一致性 为了研究表观遗传调控是否显示出相似的轨迹,研究者又在 E13.5、E15.5 和 E18.5 分析单细胞染色质可及性(scATAC-seq...其次,研究者使用 scATAC-seq 基因活性来构建皮质细胞发育轨迹树,可以根据取样时间和细胞分化状态进行拟时间排列(图4b、c),这结果与包含相同三个时间点scRNA-seq轨迹树相当(图4d

79710

. | 哺乳动物胚胎发生细胞轨迹系统重建

此外,作者定义了跨越E3.5到E1319个连续阶段每个阶段细胞状态,试探性地将它们与其伪祖先和伪后代联系起来。...最后,为了便于脊椎动物之间比较,作者对斑马鱼和青蛙胚胎发育相关单细胞数据集应用相同程序,并根据共享调节器和转录状态指定“细胞类型同源物”。...如果共同嵌入这些数据并遵循上述程序,将E6.5处5个细胞状态与E6.25处具有相同注释5个细胞状态紧密连接起来。...关于“分子系统发育轨迹是否能概括细胞系统发育”这一问题,需要注意以下几点: 首先,胚胎外细胞状态和胚胎细胞状态之间没有边缘,不同胚层胚胎细胞状态之间边缘相对较少。...小鼠、斑马鱼和青蛙胚胎发生细胞轨迹系统比较 为促进脊椎动物细胞类型系统排列,利用公开单细胞RNA-seq数据集将与TOME相同策略应用于斑马鱼和青蛙胚胎发生。

41130
  • 王炸组合『单细胞+空间转录组』科研应用【3】:胚胎发育干细胞分化

    最近一些研究利用系统化单细胞转录组来构建系谱树,例如利用Drop-seq对大量单细胞进行了高时间分辨率测序,以揭示斑马鱼胚胎发生过程转录轨迹。...然而干细胞分化命运并非只是简单线性,其路径具有多种复杂结构,目前轨迹推断方法仍有限制,需要改进实验和计算方法来用于复杂发育轨迹。...但需要注意是,空间转录组学还处于持续和快速发展不成熟阶段,符合高分辨率以及高通量空间转录组学方案及相应计算分析策略仍有待开发。...scRNA-seq+空间转录组用于绘制原肠胚发育过程细胞命运图谱 哺乳动物胚胎发育具有细胞分化和组织模式形成调节模式,使其能够在时间和空间分辨率上进行细胞命运决定定量分析。...在新兴技术,单细胞分析和空间转录组分析为描述早期发育过程细胞谱系起源和轨迹提供了有效工具。

    60220

    王炸组合『单细胞+空间转录组』科研应用【3】:胚胎发育干细胞分化

    最近一些研究利用系统化单细胞转录组来构建系谱树,例如利用Drop-seq对大量单细胞进行了高时间分辨率测序,以揭示斑马鱼胚胎发生过程转录轨迹。...然而干细胞分化命运并非只是简单线性,其路径具有多种复杂结构,目前轨迹推断方法仍有限制,需要改进实验和计算方法来用于复杂发育轨迹。...但需要注意是,空间转录组学还处于持续和快速发展不成熟阶段,符合高分辨率以及高通量空间转录组学方案及相应计算分析策略仍有待开发。...scRNA-seq+空间转录组 用于绘制原肠胚发育过程细胞命运图谱 单细胞和空间转录组方法绘制细胞谱系 哺乳动物胚胎发育具有细胞分化和组织模式形成调节模式,使其能够在时间和空间分辨率上进行细胞命运决定定量分析...在新兴技术,单细胞分析和空间转录组分析为描述早期发育过程细胞谱系起源和轨迹提供了有效工具。

    57120

    RNAvelocity1:RNA速率简介及scVelo安装

    分享是一种态度 1.简介 测量单个细胞基因活性需要破坏这些细胞以读取其内容,这使得研究动态过程和了解细胞命运决定具有挑战性。La Manno et al....剪接动力学 在基于似然期望最大化框架,通过迭代估计反应速率和潜在细胞特异性变量参数,即转录状态k和细胞内部潜在时间t来解决。 因此,它旨在学习未拼接/拼接相位轨迹。...在期望步骤,对于未拼接/拼接相位轨迹给定模型估计,通过最小化其与相位轨迹距离,将潜在时间分配给观察到 mRNA 。...然后通过将可能性与相位轨迹各个片段(诱导、抑制、活跃和不活跃稳态)相关联来分配转录状态。然后在最大化步骤,通过更新反应速率参数来优化整体可能性。...,将包链接到原始克隆位置,这样拉取更改也会反映在环境

    2.2K11

    单细胞文献分享-利用单细胞测序技术分析根韧皮部细胞图谱,揭示了初生韧皮部邻近细胞中常见转录模式

    此外,这些轨迹与使用scVelo43进行RNA速度分析一致,速度向量朝向这些轨迹末端(扩展数据图2C)。图片确定了MSE发育首要阶段MSE很难识别,因为没有可用于该细胞类型特定标记。...这些数据还表明,实质细胞在不同器官具有相似性,强调了它们与韧皮部相关性图片韧皮部极细胞共享转录程序为了确定在韧皮部表现出不同表达模式基因组,使用'bigScale2'47实现算法从单细胞RNA-seq...图片PAPL蛋白将PEAR基因与根部生理学联系起来接下来,我们决定检查PAPL基因是否在PEAR基因下游,以控制皮层细胞分裂。...相反,MAKR5在pear1pear2突变体背景中表达延迟(扩展数据图10b),APL在pear sext33表达高度减少,表明PAPL基因不履行与PEAR基因相同作用。...根周细胞和叶子韧皮部细胞之间相似性表明,尽管韧皮部细胞存在于不同器官具有不同解剖结构,但具有共同特征,并加强了PSE作为韧皮部组织者地位。

    81350

    时空轨迹和空间细胞相互作用

    1、伪时空(PSTS、pseudo-time-space),来模拟和揭示经历动态变化组织细胞转录状态之间关系。...每个方向都有了很多内容空间轨迹方向单细胞、空间、外显子分析方法更新空间轨迹向量场2单细胞轨迹分析之应用篇空间轨迹向量场单细胞个性化分析之轨迹分析篇时空轨迹分析导论空间转录组之空间基因和细胞轨迹空间通讯方向...单细胞RNA测序(scRNA-seq)是一种具有单个细胞分辨率超灵敏和高通量技术,它出现导致了新细胞类型发现,也扩大了我们对细胞转录状态如何随实验刺激和/或环境变化而变化理解。...空间转录组学(ST)可以在不需要组织分离情况下以无偏方式分析转录组范围内基因表达,从而保留空间信息。...此外,scRNA-seq数据轨迹重建是在相同细胞类型所有细胞都是从相似的祖细胞和/或细胞状态发育而来假设下产生

    18220

    scRNA-seq计算方法优势和局限性

    应用轨迹推断时应当注意,这些方法通常倾向于将所有输入细胞用轨迹连接起来,而不考虑其是否真的参与该动态过程。因此,事先确定细胞亚群,严格限定用于轨迹推断数据范围十分重要。...基于密度方法致力于对细胞经过核心轨迹取近似,而对轨迹细节留有大量不确定性,因为在相同密度模式下可能出现完全不同情景(图6b)。...审查mRNA分子在其生命周期不同阶段(即新生转录、加工和降解)平衡,可以推断出一个细胞在拍摄快照前后动态。...RNA速率能揭示复杂轨迹流形式,如分支、循环或逆流(图6c,f)。该途径不需要遍历性假设,然而,它仍有局限性。实际动态过程必须与mRNA剪接动力学在时间尺度上具有可比性。...目前估计方法局限于具有足够长内含子区转录本,因此可能引入明显不确定性,并且需要在细胞邻近关系取平均来提高稳健性。

    1.1K20

    一千个读者心中有一千个哈姆雷特

    作者依据转录组数据构建了子宫内膜4个主要转化阶段,并发现了一种未曾报道过纤毛细胞(ciliated epithelia)。...作者分别对非纤毛上皮和基质成纤维细胞利用全转录组做 tSNE 降维,大致将月经周期转录动态划分为 4 个阶段(Phase 1 - 4)。...在成功构建了非纤毛上皮细胞和基质成纤维细胞月经周期轨迹之后,作者进一步鉴定了月经周期调控相关转录因子,并且比较了经典和新鉴定标记基因。...进一步区分腺上皮和管腔上皮转录动态 作者注意到,在非纤毛上皮细胞 tSNE 图中,细胞在与拟时间轨迹垂直两个方向上呈现另一种分布。...作者于是进一步阐述了两个具有一定空间意义细胞分群在月经周期转录动态,并通过功能富集分析揭示了管腔上皮在增殖期表现出解剖结构改变、小管生成和 Wnt 通路激活等特征。 ?

    83720

    单细胞空间数据分析之VDJ与肿瘤

    目前而言,单细胞空间技术已经涵盖到单细胞转录组、单细胞VDJ、空间转录组、空间VDJ,空间原位等,对于转录组方面的研究已经非常成熟,也是目前单细胞空间发表文章涉及到主要技术;相较于转录组,VDJ方面的认知仍然存在很大空白...:(1)比较对照和疾病组之间VDJ差异,借此分析富集到VDJ基因或组合生物学作用;(2)比较相同疾病不同病人之间VDJ基因丰度差异,借此研究疾病反应异质性;(3)研究不同阶段,或者用药前后免疫变化...同时,基于T细胞转录组数据及T细胞受体(TCR)序列,研究浸润性免疫细胞迁移属性,为临床研究提供借鉴。研究具有非常大价值,但是取样要求比较高。...图片手段三:VDJ时间轨迹变化疾病在演化过程,T细胞针对疾病发生也在进行相应演化,最近很多研究都在依靠免疫细胞轨迹发生来研究其带来VDJ克隆变化,这是一个双向过程,这对于研究疾病发生和个人反应具有重要意义...,如下图[3]:图片克隆轨迹特点体现了组织选择性结果,保留了具有效应免疫细胞,TCR克隆信息和伪时序分析来解析了不同亚型T细胞之间细胞状态转换,阐明了复杂免疫细胞分化过程以及识别不同免疫细胞耗竭轨迹

    51130

    MultiVelo推断动态解耦基因调控

    编译 | 刘悦 单细胞多组学数据旨在相同细胞捕获细胞多分子模式,提供了探索细胞表观基因组和转录组关系机会。作者开发了MultiVelo,这是一种基因表达机制模型。...接下来,作者研究了这些推断状态和时间间隔是否可以准确地捕获胚胎小鼠脑细胞中表观基因组学和转录组学变化之间相互作用。...血细胞分化是一个具有挑战性系统,需要用RNA速率进行建模,但作者发现,结合染色质信息可显著提高预测细胞方向局部一致性和生物学准确性(图4A)。...如果作者检查骨髓,红系和血小板谱系单独轨迹,许多G2 / M相标记基因显示清晰 Model 2 模式,在表达开始下降后具有最高染色质可及性(图4D)....有趣是,仅RNA模型预测MEF2C是一种Model2基因,具有大部分抑制期。 然而,染色质信息添加允许正确预测基因具有诱导和抑制阶段

    72730

    人类外周血多维单细胞分析揭示了衰老和虚弱免疫系统特征

    单细胞转录组数据情况 数据链接是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...分析发现随着年龄增长,T细胞组成向更发达记忆性T细胞转移 通过细胞轨迹分析来检验各种免疫细胞类型是否相同速度老化,幼稚T细胞是最大细胞群,占所分析细胞总数21.9%。...细胞轨迹分析描绘了来自不同年龄组幼稚T细胞沿着拟时间尺度递增 文章小结: 在确定免疫细胞类型,观察到细胞异质性和转录组变异性年龄相关性积累。...在特定年龄段特定免疫细胞类型,通过特定基因组表达,鉴定出具有特征转录因子。 通过轨迹分析显示,非虚弱和虚弱老年人细胞通常处于不同轨迹,尽管年龄相似。...在衰老和虚弱T细胞亚群,存在大量TCR克隆型,提示衰老T细胞具有分化多能性和抗衰老能力。 鉴定了一个脆弱单核细胞亚群,该亚群仅高表达lncRNAs NEAT1和MALAT1。

    45710

    重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析最佳实践教程 (原理、代码和评述)

    质控有3个指标: 测到转录本分子总数 测到基因总数 来源于线粒体基因转录本所占比例 质控就是检查这3个指标的分布是否存在异常峰并设置阈值去除。...尽管层顺序代表了scRNA-seq分析典型工作流程,但也可以跳过某一步或在处理阶段顺序稍作更改。例如,单批次数据集可能不需要批次校正。...差异基因检测零假设(null hypothesis)是两组细胞整体基因表达值具有相同分布。然而,由于这两个聚类组是基于基因表达变化聚类结果得到,其基因表达谱从本质上肯定存在差异。...很少有TI方法在其模型包括不确定性评估(Griffiths et al., 2018)。因此,需要更多信息来验证是否确实捕获了生物过程。...推断轨迹需要完全对应生物过程, 应该收集更多证据来解释轨迹。 基因表达动力学。推断轨迹也可能是转录噪声拟合结果,一个排除方式是在基因水平上对鉴定出轨迹进行进一步分析。

    2.4K51

    单细胞RNA-seq数据分析最佳实践(下)

    这种方法需要输入预期簇数量,通常是未知,必须进行启发式校准。k-means 应用于单细胞数据距离指标各不相同。...DE 检验隐含无效假设是基因在两组之间具有相同表达值分布。然而,由于这两组是由标记基因检测聚类方法输出定义,它们基因表达谱在设计上存在差异。...因此,为了捕捉细胞身份、分支分化过程或生物功能渐进、不同步变化,我们需要基因表达动态模型,这类方法称为轨迹推断(TI)。 轨迹推理方法将单细胞数据解释为连续过程快照。...少数 TI 方法包括对其模型不确定性评价 (Griffiths et al,2018)。因此,需要更多信息来确认是否确实采集了生物过程。...随着未来新和更好工具发展,以及进一步比较研究,这里提出个别工具建议将需要更新,但关于数据处理阶段一般考虑应保持不变。

    2.9K21

    单细胞揭示DBA患者红系谱系衰竭机制

    然而,人类细胞模型和细胞系模型得到不一致发现,尚不清楚是否有其他机制导致 DBA 红系衰竭。...,与正常骨髓具有相同细胞状态和结构。...在 RPS-DBA 中用于分析 EB 太少,但在 RPL-DBA 确定了 与对照组骨髓EB 发育所有相同阶段(图 3B),在RPL -DBA EP 与 EB 发育相对滞留。...为进一步探讨DBA疗法,目前外源性糖皮质激素仍然是 DBA 唯一药物疗法,应激性红细胞生成需要内源依赖性糖皮质激素转录程序,该程序以分化为代价促进 EP 扩增来增加红细胞输出。...和红细胞前提研究,不包括成熟髓系和免疫等细胞 RP基因单倍体不足导致糖皮质导致糖皮质激素反应通路受损的确切机制有待研究 需要对DBA具有不同基因型(RPS-DBA、RPL-DBA或其它)大量患者进行调查

    82410

    Science:通过单细胞转录组测序揭示玉米减数分裂进程 | 很好单细胞分析案例

    在前减数分裂孢子细胞分化过程是否存在特定基因表达中间阶段?基因表达大幅改变是否就意味着减数分裂前期开始? 本文就是为了解决这两个问题。 文章简介 在多细胞生物体,减数分裂是一个复杂过程。...3 减数分裂阶段基因表达改变 减数分裂前期两个转录水平改变是否与减数分裂过程细胞所处分裂阶段有关?分裂阶段定义基于染色体细胞学形态。...为了探索Pr1或Pr2表达变化是否受控于体细胞或减数分裂过程染色体形态变化,检测了Pr1和Pr2标记基因是否在体细胞分化或减数分裂进程相关功能缺失突变体表达。...标记基因在am1-489突变体2 mm花药阶段(正常花药I期后期)异常表达,而在2.5 mm花药(正常减数分裂四分体时期)阶段标记基因表达量与野生型相同(图3H),其染色体形态在2.5 mm是仍然保持异常...花药根据核是否存在致密染色体,核仁定位和knob形态分为4个细胞学形态。 (C) 在细线期早期细胞形态学和基因表达之间关系。

    2.4K30

    人早期胚胎整合分析

    一方面,近期研究表明,在人胚TE/PrE/EPI谱系建立是同时发生,而非小鼠那样两步模型;另一方面,整合多个早期胚胎scRNA-seq分析发现,人存在不同于EPI和PrE早期ICM阶段,这意味着具有两步模型...拟时分析鉴定了一个共同祖细胞pool,随后产生了两个分支: 拟时值表明了祖细胞转录水平变化: 将发育阶段注释到拟时轨迹上,确定了初始未定义分支主要由16细胞桑葚胚组成。...B3阶段转录水平上变得明显不同: 这一结果与小鼠明显不同:小鼠ICM/TE间分支出现得更早,介于16-32细胞阶段(见第五图)。...本研究发现,morula期细胞异质性增强但未到细胞命运决定阶段。与小鼠相比,人TE/ICM转录特征出现较迟,这表明,除了致密化之外,可能需要其他途径调节谱系分离,有可能是细胞分裂或其他因素。...这表明,在细胞启动/完成ICM/TE 相关转录程序之前,需要经过致密化后两轮细胞分裂;这一阶段与小鼠相似但小鼠略微更早:小鼠在8细胞期开始致密化,32细胞期出现不同细胞表达。

    1.6K22

    Nature -- 空间表观组学与转录组学联合分析,揭示基因表达精准调控

    为充分理解组织单细胞基因表达调控,需要在单细胞水平以空间分辨率方式集成不同分子信息不同层面,包括表观基因组和转录组数据。...同样,RNA聚类与特定标记基因相关,例如在聚类R10与胚胎眼相关Six6。重要是,相应ATAC和RNA聚类可以识别相同细胞类型。...通过伪时分析探究胚胎大脑发育过程基因表达时序调控,将染色质可及性和基因表达沿着发育轨迹进行映射。...在发育过程,与祖细胞维持相关基因失去染色质可及性,随后在RNA水平下调;而与神经元身份有关基因在早期阶段具有可访问染色质(提示了分化准备),在RNA水平上表达。...与E13相比,P22小鼠大脑具有更高数量ATAC簇(14)而不是RNA簇(11),这表明大多数细胞类型已经达到末分化阶段

    63540

    单细胞转录组测序揭示了透明细胞肾细胞癌发展过程异常激活肿瘤间细胞信号通路

    从文献方法部分,我们可以得知使用单细胞数据是GEO数据库GSE159115数据集,链接为:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...鉴定ccRCC样本具有两种不同转录肿瘤细胞 为了准确区分ccRCC组织“上皮/肿瘤”,文中使用四种方法对ccRCC组织4252个“上皮/肿瘤”细胞和正常肾脏组织1604个上皮细胞进行了深入分析...值得注意是,在两种类型样本中都观察到簇 2、5、11 和 12,表明这些细胞具有可比转录特征。...就单个细胞转录特征而言,这些E.T细胞表现出介于上皮细胞和恶性细胞之间中间转录状态。起源于上皮细胞癌症在发展早期阶段保留了其上皮细胞特征。...我们使用相同分析方法检查了 ANGPTL、SPP1 和 VISFATIN 信号通路(图 6D-F)。

    31310

    单细胞测序基础知识

    分享是一种态度 一、单细胞测序 学习scRNA-seq先了解一下Bulk RNA-seq Bulk RNA-seq:测量一个大细胞群体每一个基因平均表达水平,对比较转录组学(例如比较 不同物种相同组织...对于想要分离特定细胞群研究很有效;另外一个优势就是,可以对细胞进行拍照,帮助确定孔是否存在损伤或者重复细胞。缺点是通量低,对每个细胞进行操作需要很大工作量。...这些单细胞分离方案具有各自优点,可以根据研究目的来选择合适分离方法。...四、分析流程 黄色部分对于高通量数据处理都是差不多流程; 橙色部分需要整合多个转录组分析流程以及显著性分析,来解决单细胞测序技术误差; 蓝色是下游表达量、通路、互作网络等分析,需要使用针对单细胞研发方法...基因,绘制干细胞发育和分化轨迹,解析干细胞发育和分化分子机理。

    2.4K31
    领券