尽管机体的固有免疫和适应性免疫具有识别和清除肿瘤细胞的免疫监视机制,但仍难以阻止肿瘤的发生和发展。...肿瘤免疫编辑中的三个阶段并不是完全独立的，它们是一个动态并相互联系的过程。“肿瘤免疫编辑”假说是当前被认可的肿瘤免疫逃逸理论。...肿瘤免疫逃逸由多个因素共同介导，其机制包括:肿瘤细胞通过低表达、遮盖抗原或抗原变异等方式直接逃逸免疫监控;肿瘤组织微环境募集或扩增多种抑制性免疫细胞来诱导肿瘤免疫抑制等。...早期研究表明:致瘤病毒诱发的肿瘤免疫原性最强，化学致癌物诱导的肿瘤免疫原性次之,自发性肿瘤的免疫原性最弱。...由于肿瘤细胞之间也存在免疫原性的差异，免疫原性较强的肿瘤细胞可以诱导有效的抗肿瘤免疫应答而易被清除，但是，免疫原性相对较弱的肿瘤细胞则能逃脱免疫系统的监视而选择性地增殖。
肿瘤免疫疗法在多种恶性肿瘤的临床治疗上取得了显著效果，然而还是存在大部分患者对于免疫疗法没有响应的问题。...为了更好的理解肿瘤和免疫细胞相互作用，科学家对来自TCGA和其他几个大型肿瘤研究项目，共20种实体瘤的NGS数据进行分析，对应文章链接如下 https://linkinghub.elsevier.com.../retrieve/pii/S2211124716317090 为了更好的查看分析结果，将相关数据整理成了一个数据库，网址如下 https://tcia.at/ ?...GSEA 分析在某种特定的肿瘤中免疫细胞是否富集，结果示意如下 ? 5. Heterogeneity 分析不同肿瘤患者的异质性，结果示意如下 ? 6....该数据库不仅可以查看TCGA中不同肿瘤的分析结果，其分析内容也值得我们借鉴，对于肿瘤样本的NGS数据， 可以进行基因表达与生存分析的关联分析，可以进行免疫细胞浸润分析，新抗原预测等分析内容。
相反，将同基因肿瘤移植到免疫活性小鼠体内是容易获得的，并为癌症免疫学研究提供了可复制的结果。同基因小鼠模型已广泛应用于肿瘤免疫学研究，并产生了大量不同免疫治疗下的肿瘤表达谱（3,4)....在这些数据库中，只有NCI OMF包含同基因肿瘤模型研究，尽管它只提供这些研究的元信息而没有表达谱。...据我们所知，目前还没有一个发表的数据库提供了全基因小鼠肿瘤的表达谱和表型数据。 在此，我们提出了肿瘤免疫同基因小鼠(TISMO)，这是一个大规模的可公开获得的同基因小鼠模型资源。...TISMO为用户提供交互式Web界面，以比较和可视化跨同基因小鼠模型、治疗和应答组的基因表达、通路富集和免疫浸润水平。TISMO的合理维护对肿瘤免疫学和免疫肿瘤学研究具有重要意义。...在“数据下载”模块中，用户可以下载数据库中所有样本的表型元数据、量化基因表达和免疫细胞浸润。文档页面总结了不同模型和处理条件下的数据处理步骤和样本数量。
scRNA-seq在肿瘤方向上的研究有很多，例如研究肿瘤微环境、研究免疫细胞或肿瘤细胞、研究肿瘤耐药等，不同研究方向的样本选择及实验设计有所不同。 ?...肿瘤免疫治疗 Clonal replacement of tumor-specific T cells following PD-1 blockade PD-1阻断后肿瘤特异性T细胞的克隆性替换 期刊...：Nature Medicine 影响因子：30.641 样本信息：11例晚期基底细胞癌(BCC)患者在位点匹配的原发肿瘤中进行抗PD-1治疗前后，从组织样本中分选的恶性细胞、免疫细胞；4例接受抗PD-...这些结果表明，预先存在的肿瘤特异性T细胞可能具有有限的恢复能力，并且T细胞对检查点阻断的反应可能来自于刚刚进入肿瘤的不同T细胞克隆库。这项研究对检查点阻断免疫疗法的设计具有重要意义。...目前精准医疗尤其免疫治疗发展迅速，但仍需更好的生物标志物；针对肿瘤微环境TME的研究可以发现更多细分的细胞亚群，有可能成为潜在的肿瘤诊断、治疗的标志物；单细胞测序还可以发现一些新的靶点，为药物研发及治疗方案提供新的方向
导语 GUIDE ╲ 肿瘤和免疫系统之间的相互作用在癌症发展和治疗反应中都起着至关重要的作用。 背景介绍 在肿瘤免疫分析十分火热的当下，灵活的运用相关数据库可以让我们的研究便捷许多。...今天小编给大家介绍的数据库是TISIDB（http://cis.hku.hk/TISIDB/）--一个通过整合研究文章和多种类型的高通量数据来建立的关于肿瘤-免疫相互作用的数据库。...用户可以通过搜索存储在 TISIDB 中的各种数据资源，轻松地查找特定基因与肿瘤发生环境中的免疫关系。 数据介绍 TISIDB集成了五种类型的数据：1、来自 PubMed 数据库的文献挖掘结果。...第五部分是淋巴细胞，可以查看CD47表达水平、拷贝数、甲基化、突变与肿瘤浸润淋巴细胞之间的相关性，x轴是肿瘤的类型，y轴是淋巴细胞，可以在下拉菜单中进行选择。...第六部分是免疫调节剂，可以查看CD47表达水平、拷贝数、甲基化、突变与免疫抑制剂、免疫增强剂、MHC分子之间的相关性。
肿瘤具有很强的异质性，同一肿瘤在不同个体之间具有不同的免疫活性，而具有相似免疫活性状况的样本则可能处于相同的免疫微环境。肿瘤样本的转录组表达水平在一定程度反映了样本的免疫活性状况。...接下来小编将从7个方面来为大家揭秘肿瘤免疫浸润分析 01 免疫亚型分析 TCGA下载肺癌的转录组数据,根据5个代表性免疫基因集: Woundhealing,macrophages,Lymphocyte...,IFN-gamma,TGF-beta的GSVA富集score将肿瘤样本分成不同的免疫亚型，每个免疫亚型代表特定的免疫微环境。...02 免疫激活和免疫细胞评分 为了研究不同肿瘤亚型在细胞类型和免疫激活上是否存在差异，我们把所有样本根据细胞类型相关基因集和免疫激活相关基因集进行了聚类分析。（如下图） ?...06 免疫调节剂IM基因分析 IM对于癌症免疫疗法至关重要，其中许多IM激动剂和拮抗剂正在临床肿瘤学中进行评估。我们发现通过IM基因的表达也能明显的区分不同的免疫亚型（如下图）。 ?
肿瘤免疫单细胞中心(TISCH)是一个专注于肿瘤微环境(TME)的scRNA-seq数据库。TISCH在单细胞水平提供了详细的细胞类型注释，使不同癌症类型的TME得以探索。...数据库主要有: Home(http://tisch.comp-genomics.org/home) Dataset(http://tisch.comp-genomics.org/gallery) Gene...所以研究肿瘤的老师可以参考啦。 ?
背景介绍 同一类型肿瘤的不同患者的免疫浸润具有异质性，可能影响临床结果。肿瘤基因组和宿主免疫系统具有复杂性，因此如何描述癌细胞与免疫浸润的相互作用仍是一个难题。...你选择任何感兴趣的基因与免疫细胞类型，该模块能够对基因表达与多种肿瘤类型中免疫浸润水平的相关性进行可视化。...提供一个带有数字的热图表，输入基因发生突变的肿瘤与输入基因没有突变的肿瘤之间的免疫浸润水平的倍性变化对数值，不同方法计算出的估计值不同。...CNA模块可以通过跨肿瘤类型的基因的sCNA状态比较免疫浸润分布。...小编总结 研究肿瘤与免疫相互作用需要对免疫浸润景观进行表征，这就需要创新的计算方法对多维数据集进行整合和反褶积。
这一篇我们继续学习基础知识其实提到的组学里面，最主要的就是肿瘤免疫(tumor immunology)。机体抗肿瘤免疫应答的机制包括固有免疫和适应性免疫两个方面。...固有免疫应答发挥了第一线抗肿瘤作用，而适应性免疫应答发挥了更为重要的特异性抗肿瘤作用。这两种机制不是孤立存在和单独发挥作用的，而是相互协调来共同杀伤肿瘤细胞。...(二)固有免疫细胞对肿瘤的识别与免疫效应1.巨噬细胞(macrophages,Mφ)在抗肿瘤免疫中不仅作为呈递抗原的抗原呈递细胞(antigen presenting cell,APC),而且也是参与杀伤肿瘤的效应细胞...、肿瘤免疫和自身免疫，并与过敏现象有关。...这两种免疫系统的共同作用实现了机体抵御外来病原物的自我保护目的。(二)适应性免疫细胞对肿瘤的识别与免疫效应1.特异性抗肿瘤细胞免疫 在抗肿瘤细胞免疫中，T细胞介导的特异性免疫应答反应起着重要作用。
CAMOIP提供用户对免疫治疗预后的生物标志物(如基因突变或基因表达：预后分析)的筛选和后续分子机制的探索 (如①表达分析，②基因突变全景分析，③免疫原性分析-TMB，免疫原性分析-NAL，免疫原性分析...-MANTIS score，④免疫浸润分析-免疫细胞，免疫浸润分析-免疫基因，免疫浸润分析-免疫分数，⑤通路富集分析-GSEA，通路富集分析-ssGSEA)。...此外，用户还可以通过使用CAMOIP对来自TCGA数据库中的所有癌症类型患者进行上述类似的分析。 目前CAMOIP也被Briefings in Bioinformatics接受了。...此外，我们后续也会检索和更新CAMOIP中的免疫治疗队列，如果大家有免疫治疗队列，也可以以邮件的形式发送发给我们，我们则会定期更新CAMOIP中数据的。...2、Immune Genes ☑在ICI-cohort或TCGA-cohort中，用户可以比较某基因突变状态(MT, WT)下免疫相关基因的表达量(如①免疫检查点相关基因)；②抗原处理和呈递相关基因；
---- 研究内容 事实上，发挥抗肿瘤免疫反应的细胞如想成功清除肿瘤必须考虑两方面的因素。...；而恰恰第二方面是肿瘤细胞逃避免疫细胞攻击的主要手段之一。...本文的研究结果为了解TA-HECs的分子和功能特征，以及它们在肿瘤免疫和免疫治疗期间淋巴细胞进入肿瘤中的作用提供了理论支持。...---- 展望 总之，这项研究结果揭示了TA-HECs的分子和功能特征，及其在肿瘤免疫和免疫治疗过程中淋巴细胞进入肿瘤的作用。...在肿瘤微环境中增加MECA-79+ TA-HECs的密度和成熟，可以增强淋巴细胞向肿瘤的转运，提高肿瘤免疫治疗的疗效。
坏死性凋亡与抗肿瘤免疫研究认为：肿瘤细胞发生坏死是为其增殖和转移创造有利环境的自我牺牲策略，但坏死性凋亡在大多数情况下发挥肿瘤抑制作用。...2016 年，Aaes 等人首次确认肿瘤中的坏死性凋亡是一种免疫原性细胞死亡。...，发现预防性疫苗的预处理抑制了小鼠的肿瘤生长，这表明发生坏死性凋亡的肿瘤细胞本身具有免疫原性，可刺激适应性免疫系统。...这些最终导致细胞因子表达升高，然后增强免疫调节过程，例如树突状细胞成熟等。总之，RIPK3 的表达与各种肿瘤类型的肿瘤浸润性免疫细胞群呈显著正相关，从而激活抗肿瘤免疫反应。...2022 年 5 月 25 日，肿瘤免疫领域又有了关于坏死性凋亡的新发现。
数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。...我们介绍过，TIMER和TISIDB数据库都是做肿瘤免疫浸润分析的神器，但是数据库之间的组合是非常有讲究的。那么，怎样用好肿瘤免疫数据库呢？这篇文章以前分享过，值得重新学习。影响因子4分+。 ?...GEO数据和TCGA数据的Meta分析，结合HPA数据库的病理染色结果，从mRNA水平到蛋白水平，该实验结果很有层次感（其实要是再有RT-PCR的实验结果就更好了）。...功能注释和信号通路分析检测AQP9在肿瘤发生、发展和预测的价值。这里是分子机制的探讨层次。 ?...作者把肿瘤免疫分析的两个数据库——TIMER和TISIDB结合使用，阐释AQP9差异表达与肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的相关性。肿瘤的免疫微环境是研究热点，也与文章的脉络和主题相承，值得学习和借鉴！
肿瘤微环境是肿瘤细胞生存和发展的土壤，其中浸润到肿瘤局部的免疫细胞介导了肿瘤免疫微环境，tumor immune microenvironment, 简称TIME。...肿瘤的免疫疗法作用于免疫微环境， 肿瘤免疫微环境的异质性与免疫疗法的不同响应率必然存在这密切的关系，免疫微环境有望作为一种biomaker来指导临床治疗，筛选能够从免疫疗法中获益的肿瘤患者群体。...研究肿瘤免疫微环境组成的技术手段有很多，基于测序技术和生物信息学分析的方法是目前较为流程的一种策略。...通过转录组测序，可以获得肿瘤样本中不同基因的表达量数据，通过对应的生物信息学软件，可以得到肿瘤免疫微环境中各种细胞的表达量，从而对肿瘤微环境进行分型，识别浸润的免疫细胞亚群，比较不同亚群的表达情况，结合生存分析...基于基因表达谱数据，分析肿瘤免疫微环境组分的软件有很多，大致分成了以下3种策略 1. marker gene 将不同免疫细胞对应的marker genes作为基因集合, 采用类似GSEA的算法来评估样本中高表达的基因在不同免疫细胞的基因集合中是否富集
在2013年，Chen和Mellman提出了肿瘤免疫循环的概念，揭示了免疫系统杀伤肿瘤细胞的机制，文章的链接如下 https://www.sciencedirect.com/science/article...共分为了以下七个步骤 肿瘤细胞释放抗原 肿瘤抗原呈递 T细胞激活 T细胞向肿瘤组织迁移 肿瘤组织T细胞浸润 T细胞识别肿瘤细胞 清除肿瘤细胞 通过上述的肿瘤免疫循环机制，机体可以有效杀死肿瘤细胞，然而肿瘤细胞也非常的狡猾...，可以通过肿瘤细胞自身的变化或者肿瘤微环境的改变，逃过免疫系统的围剿，从而维持肿瘤细胞的不断增殖，最终导致疾病的产生，这一现象称之为免疫逃逸。...肿瘤细胞的免疫逃逸本质上是通过破坏肿瘤免疫循环中的某些步骤来实现的，相对地，科学家也提出了肿瘤的免疫治疗，该疗法通过放大或者激活机体内的肿瘤免疫循环，让免疫系统来杀伤肿瘤细胞，从而实现治疗的目的。...肿瘤的免疫疗法发展迅速，以PD-1, PD-L1抗体为代表的免疫疗法取得了令人振奋的进展， 对于多种肿瘤都存在一定的治疗效果，然而也存在响应率低，个体差异明显等问题。
上次给大家介绍了TCGA肿瘤样本根据免疫情况分析不同的免疫亚型（TCGA数据挖掘-肿瘤免疫浸润分析）。这一次给大家介绍肿瘤免疫浸润的另一种研究思路。...01 免疫基因集富集情况的比较 根据样本的细胞类型和免疫激活相关基因集富集情况对不同临床分期的肿瘤人群进行聚类分析（如下图）。 ?...同时我可以根据每个免疫基因集的富集分数进行差异分析，分析不同临床分期的肿瘤病人显著差异的免疫功能（如下图）。 ?...04 肿瘤组织中的基质（STromal）和免疫评分比较 利用特定软件通过转录组数计算肿瘤基质、免疫评分。然后分析不同临床分期中免疫细胞类型score跟样本免疫打分的相关性。 ?...我们可以对免疫调节剂IM基因进行分组差异比较。IM对于癌症免疫疗法至关重要，其中许多IM激动剂和拮抗剂正在临床肿瘤学中进行评估。
提出了一个新的癌症免疫表型 ，可以看作是免疫冷肿瘤与热肿瘤的升级版。...Daniel Chen 将肿瘤分为 3 种表型：免疫炎症型，免疫豁免型和免疫沙漠型。...免疫炎症型（immune-inflamed tumor）的肿瘤内部、基质、周围环境均有大量的免疫细胞浸润，处于激活或半激活状态。ICI 容易在该免疫表型中发挥抗肿瘤效应。...免疫豁免型（immune-exclude tumor）肿瘤细胞周围也有大量免疫细胞存在，但免疫细胞不能渗透到肿瘤细胞内核，而是被限制在肿瘤细胞的外围基质。...免疫沙漠型（immnue-desert tumor）无论在肿瘤细胞内核和外围基质均缺乏 T 细胞。免疫沙漠型和免疫豁免型均被认为是非免疫感染表型。
溶瘤病毒是一种直接作用于肿瘤细胞的治疗方法。其原理是致病力较弱的病毒进行基因改造，使其只能选择性地在肿瘤细胞而不能在正常细胞中复制，进而导致肿瘤细胞裂解与死亡，达到治疗肿瘤的目的。 ?...2017年9月，《CELL》报道溶瘤病毒T-VEC与PD-1抗肿瘤药物Keytruda联合用药用于黑色素瘤，肿瘤缓解率高达62%，其中33%为完全缓解。...（绿色文字修改自火石创造） 肿瘤的治疗方法分放射疗法（放疗），化学和靶向疗法（化疗）和免疫疗法（如免疫检查点抑制剂和过继性T细胞治疗）。在实际应用中，常常是联合治疗，达到延长寿命的目的。...溶瘤病毒治疗是免疫治疗的一种，可与放疗、化疗联合使用，也可以与免疫检查点抑制剂治疗联用治疗肿瘤。 ?...因此，溶瘤病毒是治疗肿瘤极具前景的方法之一，值得关注。
肿瘤内免疫治疗是一种新兴的治疗实体肿瘤的方式。toll样受体(TLR)激动剂已显示出引起免疫反应的前景，但全身给药往往导致不良副作用的发展。...血小板膜涂层提供了增强与肿瘤微环境相互作用的手段，从而最大限度地提高R848的活性。在结直肠肿瘤模型中，瘤内给药PNP-R848可以增强局部免疫激活，并导致肿瘤完全消退，同时防止肿瘤的重复再挑战。...此外，使用肿瘤内PNP-R848治疗侵袭性乳腺癌模型可以延缓肿瘤生长并抑制肺转移。该发现突出了利用仿生纳米载体局部递送免疫刺激有效载荷的前景，该载体具有增强的生物相容性和天然靶向亲和力等优点。...图2.纳米颗粒与肿瘤细胞的相互作用。 图3.纳米颗粒的体外活性及其与免疫细胞的相互作用。 图4.MC38肿瘤模型的治疗性抗肿瘤疗效。 图5. 4T1肿瘤模型的治疗性抗肿瘤疗效。
quanTIseq基于反卷积算法，利用bulk samples的RNA_seq数据，可以对肿瘤样本中不同种类免疫细胞的组成进行预测，支持以下10种类型的免疫细胞 B cells Classically...T cells Regulatory CD4+ T(Treg) cells Dendritic cells 该软件设计成pipeline的形式，直接输入样本对应的测序原始数据，进行预处理，定量，免疫细胞组分预测...在输出结果目录会产生以下两个文件 quanTIseq_gene_tpm.txt quanTIseq_cell_fractions.txt 第一个文件为每个样本中基因的TPM表达量，第二个文件为每个样本中免疫细胞组分的定量结果...通过该软件可以方便的分析肿瘤样本的免疫细胞浸润情况，进一步结合生存分析可以从肿瘤免疫微环境中筛选相关的biomarker。
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