局部整体（二）利用python绘制维恩图 维恩图（ Venn Diagram）简介 维恩图显示集与集之间所有可能存在的逻辑关系，每个集通常以一个圆圈表示，每个集都是一组具有共同之处的物件或数据。...2组 venn2(subsets = (10, 5, 2), set_labels = ('Group A', 'Group B')) plt.show() 定制多样化的维恩图 自定义维恩图一般是结合使用场景对相关参数进行修改...matplotlib import pyplot as plt import numpy as np from matplotlib_venn import venn3, venn3_circles # 绘制维恩图...2、下方的点图表示出现的所有交集情况 3、上方的条形图对应交集内的元素数量 更多方法可参考UpSetPlot documentation[2] 总结 以上通过matplotlib_venn快速绘制维恩图...，并通过修改参数或者辅以其他绘图知识自定义各种各样的维恩图来适应相关使用场景。
http://omics.pnl.gov/software/venn-diagram-plotter R packages VennDiagram (non-proportional) R语言学习 - 韦恩图
在数据可视化的时候，对于两个分类或者多个数据集来进行交集和并集可视化经常要用到韦恩图(Venn)来进行展示。对于韦恩图可视化，网上还是有很多相关的工具的。...但是韦恩图绘制工具的，图形调整度没那么自由，进而就导致绘制的图形比较难看。所以今天就来推荐一个在线绘制韦恩图的工具。...关于韦恩图 当我们有两组或者多组数据需要进行交叉分析的时候，往往第一步是要对这些数据进行交叉信息进行简单的统计。来看看这些数据当中的哪些数据是有交叉的，哪些是没有交叉的。...所以就放一张这个软件可以做的图吧。以下就是一个四个集合绘制的韦恩图。 韦恩图的替代 对于韦恩图而言，如果是五个以下的数据来进行取可视化的话，还是可以很清楚的展示数据的分组的。...关于upset的绘制的话，我们之前介绍过的tbtools是可以绘制的。另外tbtools也是可以绘制韦恩图的。所以还是很推荐的。
如何绘制多个子图的图表？这次写个小短文来讲一讲。 fig和axis的区别？ 相信不少小伙伴一开始都是直接用plt.plot来绘图，非常简单，但这是偷懒的做法，不建议大家这样。...fig相当于是一个大的画布，ax相当于是小的子图，一个画布可以有一个或多个子图。 单个图表任何操作都是在axes对象上进行的，包括坐标轴、刻度、图例等。 具体怎么用，下面讲到。...绘制多子图 使用Matplotlib绘图单图相对比较容易，但有时候需要将多张图放在一张图表里，这就用到子图操作。...对应的有plt的subplot和figure的add_subplot的方法，参数可以是一个三位数字（例如111），也可以是一个数组（例如[1,1,1]），3个数字分别代表： 子图总行数 子图总列数 子图位置...=[0,0.05,0,0]) # 画第4个图：条形图 ax[1][1].bar([20,10,30,25,15],[25,15,35,30,20],color='b') plt.show() 绘制不规则子图
「ggVennDiagram」-韦恩图也可以快速绘制~ 今天在整理我们的R语言可视化课程相关的资料时，发现了一个绘制韦恩图的可视化工具-「ggVennDiagram」，赶紧分享给大家~~ 韦恩图的含义...它由英国逻辑学家约翰·韦恩（John Venn）于1880年提出，常用于逻辑学、统计学和信息可视化领域。 韦恩图通常由多个圆形或椭圆形区域组成，每个区域代表一个集合，而各种组合区域表示集合之间的交集。...在韦恩图中，常用的术语包括： 「交集（Intersection）」：两个或多个集合共有的部分，表示为不同区域的重叠部分。 「并集（Union）」：所有集合的总体，表示为整个韦恩图的所有区域的总和。...通过观察韦恩图，可以快速了解各个集合之间的重叠情况和关系，从而有助于进行数据分析、分类和可视化。 韦恩图常用于以下场景： 「展示数据集之间的交集和差异」：比较不同数据集之间的共有元素和独立元素。...ggVennDiagram 介绍 ggVennDiagram包可以绘制2~7个数据集合的韦恩图且结果可直接用于出版使用。
（1）计算韦恩venn图交集的P值 #======================================================= #=======================...计算韦恩图P值的代码为 > phyper(inter-1, a, 20000-a, b, lower.tail = F) [1] 2.098632e-06 可以看到P值小于0.05，因此该overlap...的基因不是随机生成的，是可以被接纳的。...计算venn图P值的具体资料大家可以检索：超几何分布检验（hypergeometric test）与费歇尔精确检验（fisher's exact test）； Statistical significance...（2）绘制韦恩venn图 categrory1 <- c("DEG", "PRG") lty1 <- rep("blank", 2) fill1 <- c("light blue", "pink"
导语 GUIDE ╲ 维恩图用于展示在不同的事物群组（集合）之间的数学或逻辑联系，尤其适合用来表示集合（或）类之间的“大致关系”，它也常常被用来帮助推导（或理解推导过程）关于集合运算（或类运算）的一些规律...背景介绍 绘制韦恩图可能是大家在对自己数据进行可视化时经常会碰到的问题，低维度的数据还好说，对于复杂点的数据如何画出美观的韦恩图呢？...今天小编给大家介绍的R包是ggVennDiagram，一个专注于韦恩图绘制的工具，作者在在对其不断的进行版本完善，接下来就让我们看看如何使用吧！...(data)) + geom_sf_label(aes(label = count), data = venn_region(data)) + theme_void() 小编总结 作为韦恩图绘制使用非常广泛的一个包...，ggVennDiagram的功能是十分全面且细致的，作者也在不断的更新维护，希望大家多多学起来，用到自己的工作中吧！
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何使用「ggcoverage」来对各种测序数据进行分析，包括WGS、RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等，下面小编来简单介绍下，更多详细的案例内容请参考作者官方文档
本文目录 导入绘图数据 绘制三维图 2.1 绘制三维线性图 2.2 用股票数据绘制三维折线图 2.3 用股票数据绘制三维散点图 2.4 用股票数据绘制三维柱状图 2.5 用bar3d函数绘制三维柱状图...二、绘制三维图 ?...1 绘制三维线性图 为了熟悉三维空间图形的绘图原理，首先创建由5个点依次连接而成的三维线图，具体语句如下： import matplotlib.pyplot as plt #导入库...4 用股票数据绘制三维柱状图 按年月分组，统计股票收盘价的均值。...至此，在Python中绘制三维图已全部讲解完毕，感兴趣的同学可以自己实现一遍
欢迎关注R语言数据分析指南 论文 https://www.nature.com/articles/s41522-023-00395-3 原图 仿图 ❝更新ggplot2 3.5版之后即可实现渐变填充功能...，需要注意的是Windows系统需要做额外的一些设置 ❞ 加载R包 library(ggvenn) install.packages("ggplot2") library(tidyverse) 导入数据
2017.12.15日厦大生命科学前沿课上，一位博士师姐分享的一篇论文中，多次应用韦恩图，看起来特别美，于是特地去R语言官网阅读关于Venn Diagram的使用。...从网上高手博客中看到一些例子，故敲一遍代码以熟悉Venn Diagram包的使用。...这种方式画的图与第一种方式画出结果一样！...接下来利用draw.triple.venn绘制三个集合的韦恩图 > draw.triple.venn(area1=Length_A, area2=Length_B, area3=Length_C,n12...当然韦恩图会画，最重要的还是要会分析！
本版块会持续分享一些常用的结果展示的图形。 在得到数据之后，我们经常会用到维恩图来展示各个数据集之间的重叠关系。本文简单的介绍R语言中的VennDiagram包绘制数据集的维恩图。...三 知道各个数据集的个数以及重叠（交叉）的个数 2.1 两个已知数据集的韦恩图 # 圆的大小不会根据数据量多少改变 venn.plot 的韦恩图 venn.plot <- draw.triple.venn(area1 = 80,area2 = 70,area3 = 50,n12 = 38,n23 = 18,n13...lty = "blank",cex = 2,cat.cex = 2,cat.col = c("blue", "red", "green")) grid.draw(venn.plot) 四 根据数据集合绘制韦恩图...VennDiagram函数包最大能绘制5个数据集合的韦恩图，可以看到已经有点乱了，当更多集合的时候，可以使用之前分享的R|UpSet-集合可视化进行绘制。 韦恩图，走你。
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍一款基于matplotlib实现的圆形可视化python包「pyCirclize」，作者结合了「circlize」&「circos」的特点功能更加的强大，结果展示也是非常的丰富.../getting_started/ ❞ 安装Python包 pip install pycirclize conda install -c conda-forge pycirclize 案例1 绘制和弦图...", 2, 8), color="violet", ec="red", lw=1.0, ls="dashed") circos.savefig("example01.png") 案例2 基础和弦图...size=12), link_kws=dict(ec="black", lw=0.5, direction=1), ) circos.savefig("example02.png") 案例3 绘制基因组图....1f} Kb", label_orientation="vertical", line_kws=dict(ec="grey"), ) fig = circos.plotfig() 绘制人基因组图
我们总能在文献中看到的火山图是怎么绘制的，本期就介绍火山图原理并且一起进行R代码实操训练，绘制自己的火山图。...导语： 火山图原理介绍； 阈值介绍； R代码实操； 火山图介绍 简介 火山图是一种用于可视化基因表达数据的图形，通常用于比较不同条件下的基因表达差异。...原理 火山图的横轴表示基因表达的对数变化（Log2 Fold Change），而纵轴表示显著性水平的负对数（-log10(P值)）。...通过这种方式，图中的每个点代表一个基因，点的位置反映了该基因在不同条件下的表达变化和显著性。 功能 识别显著基因：快速识别上调和下调的基因。 可视化数据：将复杂的基因表达数据以直观的方式呈现。...实战演练 接下来就让我们通过复现一篇natrure文章的火山图，文献为： 文章原图： 数据可以从文章中下载，数据格式为： 复现代码： ## volcano_plot library(readxl) library
强烈的好奇心驱使下，零零碎碎看了相关文献，都看不懂。...大约2009年深秋，我读到的最早且能看懂的关于Contour绘制的文章，也是我写Contour的最主要参考： Contour Plotter and 3D Function Grapher Together...上图关键代码查看我的CSDN博客文章： https://blog.csdn.net/xsolver/article/details/8913567 Download all 'fla' and 'as'...话说这些技术貌似已经过时了，其实也很有必要去看，这样你会理解它的工作原理：包括三角单元剖分，染色、Z排序，3D图形在2D平面显示的算法等。
R语言在可视化方面的地位是毋庸置疑的，但是呢相对于MatalabR语言在三维图形的展示上存在一定的劣势。...当然，作为大众的免费软件，指定不服，很多人为此也基于R语言开发了一些相应的三维图的绘制包，像rgl，gg3D，plot3D，scatterplot3d等，我们今天就介绍一下其中的scatterplot3d...基础的函数三维图绘制： z<- seq(-10, 10, 0.01) x<- cos(z) y<- sin(z) scatterplot3d(x, y, z, col.axis="blue",...单纯的点的三维图绘制： temp <- seq(-pi, 0, length = 50) x<- c(rep(1, 50) %*% t(cos(temp))) y的三维图的绘制： my.mat <- matrix(runif(25), nrow=5) dimnames(my.mat) <- list(LETTERS[1:5], letters[11:15
韦恩图（Venn diagram）是一种能直观展示不同数据集之间的集合关系的图，常见的集合运算主要包括：交集（intersection），并集（union）和补集（complement）。...在R语言中，有很多R包可以实现韦恩图的绘制，米老鼠在这里推荐“ggvenn”和“ggVennDiagram”这两个R包，它们都是基于ggplot2的绘图系统，和其它ggplot2绘制的图兼容性好，这里主要介绍...“ggvenn”这个R包的用法。...ggvenn()函数，该函数的参数比较丰富，主要包括如下内容： （1）data：用于绘制韦恩图的数据集，可以是数据框，也可以是列表； （2）columns：针对数据框，可以提取特定的列绘图； （3）show_elements...cowplot::plot_grid(p1, p2) #将图1和图2合并起来 关于韦恩图的简单绘制就讲到这里，有兴趣的小伙伴可以学学“ggVennDiagram”这个包。
什么是维恩图 (Venn Diagram)？ 维恩图是集合之间以及共享某些共同点的对象组之间关系的图示。有时，维恩图被用作视觉头脑风暴工具，用于比较和对比两种（有时是三种或更多种）不同的东西。...在交叉空间的任何一侧，你会写出两件事之间的差异。 创建维恩图的指南 维恩图对于展示两个或多个主题或事物之间的关系最有用。主题必须以某种方式相关或可比较，或者它们不适用于维恩图模型。...UML和SysML都是对象管理组支持的建模标准。他们确实有一些共同之处。在这个维恩图中，您可以轻松查看它们支持的各种图表以及它们支持的图表类型。...image.png 使用Visual Paradigm Online的维恩图创建者绘制维恩图。只需单击“使用此模板”即可从此模板进行编辑，或单击“创建空白”以从头开始。无需事先登记。...绘制图 使用此模板 创建空白 其他例子 维恩图示例 所有图表示例
它帮助我们查看集合元素的分布关系，特别适用于图形化描述多个集合之间的交集、并集和差异。维恩图被广泛用于数学、统计学、逻辑、计算机科学和商业分析。它能够表示两组或更多组数据之间的逻辑关系。...突出显示组合和重叠：当我们需要通过消除工作流冗余来削减成本时，可以使用维恩图的重叠部分来定位任务。通过将方案细化并拆分为多个任务，我们可以解决问题或满足需求。...通过维恩图，我们可以更好地理解集合之间的相同和不同之处，将抽象的事物图形化，降低复杂性，做出最优选择。 下面展示一个绘制维恩图的例子，参考了一篇 Cell 论文里的维恩图。...借助 EVenn 可以轻松绘制和分析维恩图。 轻松在线创建可重复、可编辑和可统计的维恩图和维恩-替代图。 支持 5 种类型的集合关系可视化。 开发一个统一的矩阵，作为所有 7 个工具的输入。...然而，这需要花费更多时间来学习 Python、组织数据和调整图表参数，以确保绘制的维恩图既美观又具有高分辨率，适合用于出版物。个人认为，维恩图的绘制相对简单、直观，因此通过编程绘制可能并非必要。
ComplexHeatmap R包是Zuguang Gu编写的，也是现在文章中利用的较多的R包。...这个包能实现的功能很强大，今天给大家介绍一下利用ComplexHeatmap R包中的oncoprint绘制突变景观图。...Bar图。...anno_barplot(1:26)), column_title = column_title, heatmap_legend_param = heatmap_legend_param) 绘制一张带有分组注释的突变景观图就完成了...，同时还能对此图增加聚类热图来显示更多信息。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
云直播
对象存储
腾讯会议
