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图查询语言的历史回顾短文

[graph-query-language-review] 本文首发于 Nebula 公众号：图查询语言的历史回顾短文前言最近在对图查询语言 GQL 和国际标准草案做个梳理，调研过程中找到下面这篇...[graph-query-language-review] 因为 Cypher 的历史和 Neo4j 紧密相关，本文会提一些 Neo4j 早期的历史。...Gremlin、Cypher、PGQL 和 G-CORE 的演进 Neo4j 的早期历史 Neo4j 和属性图这种数据模型，最早构想于 2000 年。...图或者说网络类型的数据模型（多对多的关系）和其数据库的历史，可以追溯到 80 年代。见 Kleppmann 2017第二章（见参考文献部分）。...一些个人看法除去学术上的探索和一些零散的工程尝试，以 Cypher 作为主流属性图查询语言工程实践的历史基准，也就 10 年的时间。

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安装退出历史舞台的R包

://cran.r-project.org/package=customLayout 会根据包的情况自动跳转，这个包就进入了：https://cran.r-project.org/web/packages...所以只能是看历史版本：https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/customLayout/ 可以看到有多个时间线的版本： customLayout_0.1.0...退出历史舞台的R包： packageurl r-project.org/src/contrib/Archive/customLayout/customLayout..._0.3.2.tar.gz' install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source") 大概率是缺这个退出历史舞台的R包的相关依赖包，比如我电脑就缺了一个...需要基本生信背景知识当然需要读者具备计算机基础知识，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理：《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》《生信分析人员如何系统入门

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您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

是Excel的图，不！是R的图

R作为可视化的大势，自然也可以画出这些图，有一篇就通过ggplot2包进行了部分总结，甚是有趣，小编复刻学习了一番，现对代码做简单注释，以作分享。...饼图饼图，将一般的柱图进行直角坐标轴到极坐标轴的转换（coord_polar()) ggplot(df,aes(x=factor(1),a,fill=factor(var)))+ geom_bar...) # 点和线距图是对象a的数据有盘高盘低，条形图是关于对象b的图，成交量 # facet_grid(item~....瀑布图瀑布图可表现图形涨跌趋势，后一个柱子和前一个柱子有增长和下降的关系。...漏斗图漏斗图的数据分布在图形中间，用coord_flip()转换方向，可以看到不同组的最大，最小值的差异 df_tmp4% select(1:3) %>% arrange(a) %

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Linux用ctrl + r 查找以前（历史）输入的命令

在Linux系统下一直用上下键查找以前输入的命令，这个找刚输入不久的命令还是很方便的，但是比较久远的命令，用上下键效率就不高了。...那个history命令也是个花架子，虽然功能多，但不好用，网上找了下，发现了用ctrl + r这个快捷键查找历史命令，研究了一下发现真是好用。...按下这个快捷键后，进入了反向搜索状态，这时你输入一个字符，系统会找到最近一个包含这个字符的命令，如果不是你想要的命令，你可以继续输入，系统继续查找最近一个包含你所输入的字符串的命令，直到找到你要的命令。...找到你想要的命令后，你可以按回车执行这条命令，还可以按上下键查找该命令前后的命令，按左右键移动光标并修改这条命令。...为了提高查找效率，你应该输入该条命令中最特别的字符（别的命令不包含的字符）例如，我要查找最近曾经输入的后台执行的命令： nohup .

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讲座预告 | 清华软件论坛：子图匹配的历史

0b09905f290e947a189051a835f1a5d4.png^0|0|1|0|0|0|1|1|0|0|1|2^^$0|@$1|2|3|4|5|6|7|O|8|@]|9|@$A|P|B|Q|1|R]

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R语言复杂热图的绘制

大家对热图应该都不陌生，但是混合的复杂热图在我们的应用中并不是太多见。今天给大家介绍一个绘制复杂热图的R包ComplexHeatmap。...首先我们看下安装和载入，其安装通过bioconductor安装： source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ComplexHeatmap...matrix(rnorm(40, -2), 4,10)) rownames(mat) = paste0("R", 1:12) colnames(mat) = paste0("C", 1:10) Heatmap...#下面是中间的热图提供数据，此处直接可以不绘制热图只绘制我们想要结合在一起的图。...其中主要的函数是： oncoPrint（）其为绘制热图的核心函数，其主要可以对热图的中的cell进行分割，更加细致显示数据的分布。其主要参数如下： ?

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R基础绘图篇 | 旭日图与冰柱图的绘制

写在前面旭日图（sunbrust diagram），通常也被称为多层饼图（multi-level pie chart）或径向树图，通常会用来展示层级占比关系，通过一系列的圆环展示层次结构。...冰柱图（icicle diagram）也叫分区层图（partition layer chart），也就是直角坐标系下的旭日图，他们都是展示层级占比关系的王者。...开始绘图需要调用的R包有以下4个 library(ggraph) library(igraph) library(RColorBrewer) library(dplyr) 读取数据 #df图.csv',header=TRUE,stringsAsFactors=FALSE) df<-read.csv(file.choose( ),header=TRUE,stringsAsFactors...=FALSE) 旭日图分割角度均等平分 edges<- data.frame(rbind( cbind(rep('origin',4),unique(as.character(df$Season)))

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R语言动态可视化：制作历史全球平均温度的累积动态折线图动画gif视频图

使用for循环绘制并保存每年的图表要制作点和线的累积动画，我们需要编写一个循环为每帧创建一个单独的图像。...这部分代码将遍历列表中的每个条目：for (y in years)。该代码使用相同的原理来绘制并保存每年的图表：该代码如何工作对于每一年，y该代码首先都会使一个称为R的R对象。...然后，它创建一个名为的R对象chart，这是从该数据绘制的静态ggplot2图表。然后，使用该ggsave函数以定义的尺寸和分辨率保存该图表，从而在循环上进行进度更新。...该ggsave代码利用了R函数paste0。...为了说明这一点，我们将加载NASA数据，该数据显示来自气候模型的模拟，该模拟比较了自然事件（例如，来自太阳的辐射变化和来自火山喷发的烟尘的冷却效应）在自然事件的影响下的全球平均温度将如何变化。

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R中优雅的绘制物种冲积图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

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R中优雅的绘制环状sina图

❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...❞ 「sina图的主要优点是它可以清楚地显示每个数据点，而不是简单地显示数据的总体分布。这使得sina图特别适用于小样本大小的数据集，其中每个数据点的值都很重要。」...加载R包 library(tidyverse) library(lubridate) library(scico) library(ggforce) 导入数据 df 图 ggforce::geom_sina(aes(color=gas_in_storage_t_wh), alpha=.5, shape=21)+ # 添加文本标签 geom_text...", direction=-1, labels=scales::label_number(suffix="TWh")) + # 设置x轴和y轴的刻度

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R语言画肿瘤领域的瀑布图

今天要说的是肿瘤治疗领域常用的瀑布图，不是生物信息学领域的瀑布图。...瀑布图和泳道图经常一起出现，泳道图的绘制请看历史推文：用ggplot2画肿瘤领域常见的泳道图 ggplot2画泳道图箭头如何显示瀑布图可以展示同一个药物治疗不同组别患者之间的治疗效果。...肿瘤领域的瀑布图其实就是普通的条形图。...如果你需要展示更多的信息，只要再增加列即可。...，并不能看出什么效果，不过画一个瀑布图就是这么简单！

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R语言-饼图和线图的起源

从这个意义上讲，统计图形的重要性自然不言而喻。在统计图形历史上，能够达到“揭示人们不曾料到的信息”这种高度的图形并不多，那么这里我们首先欣赏四幅前人创造出的名垂青史的统计图形。...这是历史上第一幅饼图，描述了法国大革命前后一些欧洲国家的统计数据。...Nightingale)是我们耳熟能详的“提灯女士”，她不仅是现代护理的鼻祖及现代护理专业的创始人，而且是历史上使用极坐标面积图的先驱。...图3: 南丁格尔的极坐标面积图:两幅图分别是1854年和1855年的军队伤亡人数，一年12个月恰好可以将极坐标分为12等分，每一瓣代表一个月。图中用颜色标记出了三种死亡原因。...—同时也是欧洲历史上集结的最大规模的部队—开赴莫斯科。

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R中优雅的绘制物种冲积图

最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

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Excel-R-Python: 峰峦图的实现

《R语言数据可视化之美》中详细介绍了各种峰峦图的绘制方法。其中关于R-ggridges包的问题1今天有了新的认识，并做修正奉献给大家。...ggridges包有一个很惊艳的函数geom_density_ridges_gradient（）可以绘制多数据系列的核密度估计图，如下图所示：在这个函数中，fill的颜色还可以以x轴的数值作为映射，...如下图所示：新书《Python数据可视化之美》也介绍了这种图的绘制方法，joypy 包提供了joyplot()函数，它根据数据可以直接绘制不同颜色的核密度估计峰峦图，其具体代码如下： import...新插件可以轻松绘制矩阵气泡图，一键生成的效果如下图所示：我们即将推出的Excel插件EasyCharts 1.0的升级版-EasyShu，也可以一键绘制峰峦图，其效果图如下所示。...增强版配套源代码下载地址 Github https://github.com/Easy-Shu/Beautiful-Visualization-with-R 百度云下载 https://pan.baidu.com

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R语言实现GWAS曼哈顿图的绘制

如何让GWAS的结果可视化，我们就用到了曼哈顿图来展示其结果。那么在R语言中当然也有研究者开发了相关的R包“qqman”。...其中的主要参数： X不用多说就是数据集了，其数据的结构是 ? ? 参数中的chr,bp,p,snp分别对应数据集中的变量，当然如果你的染色体包含X，Y或者MT需要自己对其更换为对应的排序数字。...或者你如果执意要显示对应的X，Y或者MT那么就用到我们的另一个参数chrlabs，用一个向量替换掉原有的值即可达到我们的目的。 Col参数主要控制每个染色体对应的颜色。...annotatePval如果设置对应的值那我们如果annotateTop设为TRUE就会显示每个SNP点的顶点的值；如果annotateTop设为FALSE这样可以将所有在阈值下的SNP位点显示在图中。...还有未出现的参数main，为图提供标题。以上就是曼哈顿函数的主要参数。具体的实现过程，我们以官方的样例进行展示： ? manhattan(gwasResults)#绘制曼哈顿图 ?

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R 语言绘制热图的 10 种方法

这一期分享 R 语言绘制热图的案例，希望大家通过案例感受 R 语言的强大，同时消除对热图等看似高大上的图形的恐惧感，在文献阅读时更加从容，今后也尝试去绘制这样炫酷的图，如果能够放到文章里面就完美了。...值得注意的是，开发一个 R 包就可以发表一篇不错的文章了。什么是热图？热图是矩阵中的数值以颜色来显示的图形化表示。热图因其丰富的色彩变化和生动饱满的信息表达被广泛应用于各种大数据分析场景。...R 语言里面可以用来绘制热图的主要包括: 今天将按照这个顺序依次为大家分享它们的绘图方法。一、基础安装里的 heatmap 函数所谓基础安装，即下载安装 R 语言后即可使用的包。...具体的参数可用 ?ComplexHeatmap::Heatmap 进行查询，试一下以下这段代码：图 11. 用Heatmap绘制的热图这样也是可以得到类似于基础安装里面的 heatmap 的。...用 ggplot 绘制的热图总结：这篇文章带领我们快速浏览了 R 语言里面的 10 种热图的绘制方式，并且提供了代码。

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R 案例｜绘制不同分布的 QQ 图

简单版本绘制正态分布的 QQ 图对于经典的正态分布的 QQ 图，大家可能并不陌生，并且在网上可以找到很多“搬运”的中文推文。但是解释的都不是很清楚。...QQ 图这里先绘制其指数分布的 QQ 图。...具体如何拟合，读者自行搜索 R 包中的相关函数。其他代码基本不变，主要是将 stat_qq_line() 和 stat_qq_point() 中的分布设定下，参数设定下。...读者可以使用其他分布进行拟合，并比较对应的 QQ 图，寻找最合适的分布。然后把这些 QQ 图合并到一起，通过可视化直观的进行比较。这里使用 cowplot[2] 包，将两图进行合并。...小编对该包的介绍做过几期，可见：cowplot包：用R添加水印。其他合并的方式还有：R可视乎｜合并多幅图形。

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R语言三维图的绘制

R语言在可视化方面的地位是毋庸置疑的，但是呢相对于MatalabR语言在三维图形的展示上存在一定的劣势。...当然，作为大众的免费软件，指定不服，很多人为此也基于R语言开发了一些相应的三维图的绘制包，像rgl，gg3D，plot3D，scatterplot3d等，我们今天就介绍一下其中的scatterplot3d...基础的函数三维图绘制： z<- seq(-10, 10, 0.01) x<- cos(z) y<- sin(z) scatterplot3d(x, y, z, col.axis="blue",...单纯的点的三维图绘制： temp <- seq(-pi, 0, length = 50) x<- c(rep(1, 50) %*% t(cos(temp))) y的三维图的绘制： my.mat <- matrix(runif(25), nrow=5) dimnames(my.mat) <- list(LETTERS[1:5], letters[11:15

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【R语言】复现paper中的韦恩图

韦恩图（venn）又称文氏图，是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。一般用于展示2-5个集合之间的交并集关系。...集合数目更多时，将会比较难分辨，更多集合的展示方式一般使用upSetView。绘制韦恩图的工具有很多，这里小编先给没有任何编程基础的人推荐几款比较好用的网络工具。 1....=========华丽的分割线============ 对于掌控性要求比较高的同学，可以试着自己写R代码来绘制韦恩图。...今天我们就来重现下面这篇学术论文里面的韦恩图 Fig3为韦恩图下面我们用R里面的VennDiagram包来重现这个图我们这里就不用原文作者的数据了，而是随机产生了4个gene list，这四个...R的UpSetR包来画Upset plot，如下

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R语言ggplot2做玫瑰图（花瓣图）的简单小例子

P0(FN2ZN}QH8QSC$2~ZEJGI.jpg 今天在一个交流群里看到有人问这个图如何实现？...这种图叫玫瑰图或者花瓣图，如果使用R语言的ggplot2来做的话，比较常规的实现办法是先做柱形图，然后再用极坐标，比如 df的图。...，我们试着用R语言的ggplot2试一下假设我们有10个数据 x<-1:180 x y<-sin(10*x*pi/180) df<-data.frame(x=x,y=abs(y)) df$yz的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记

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