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    R语言ggplot2作图如何去掉图例NA

    遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树时候,我想给进化树枝分组映射颜色,对应推文是跟着Nature Genetics学画图:R语言ggtree给进化树枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧图例最下方式有一个NA,如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...image.png 欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python...做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己学习笔记!

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    R语言基础绘图教程——第2章:散点图

    利用plot()绘制散点图 R语言中plot()函数基本格式如下: plot(x,y,...) plot函数,x和y分别表示所绘图形横坐标和纵坐标;函数...为附加参数。...主要参数含义如下: (1)type为一个字符字符串,用于给定绘图类型,可选值如下: "p":绘点(默认值); "l":绘制线; "b":同时绘制点和线; "c":仅绘制参数"b"所示线; "...o":同时绘制点和线,且线穿过点; "h":绘制出点到横坐标轴垂直线; "s":绘制出阶梯图(先横后纵); "S":绘制出阶梯图(先纵后竖); "n":作空图。...(2)main参数 字符串,给出图形标题; (3)sub参数 字符串,给出图形子标题; (4)xlab 和 ylab参数 字符串,用于给出x轴和y轴标签。...ggplot(data, aes(x, y)) + geom_point() aesx,y值分别表示在x,y轴变量;geom_point表示增加散点图图层。

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    (数据科学学习手札38)ggplot2基本图形简述

    一、简介   上一篇我们介绍了ggplot2基本语法规则,为了生成各种复杂叠加图层,需要了解ggplot2一些基本几何图形构造规则,本文便就常见基础几何图形进行说明; 二、各基础图形 2.1...abline()、hline()与vline()   在R基础绘图系统我们可以在已绘制图床上通过abline来添加线条,在ggplot2当然也有类似的方法: geom_abline():   ...():   如果你想添加直线垂直于x轴,则可以使用geom_vline()来快捷地添加垂直线条,xintercept传入参数即为线条在x轴上位置,若传入向量则可同时添加多条线条: library...,我们先从一维说起: geom_density():   和R基本绘图系统密度曲线绘制方法很接近: library(ggplot2) data <- data.frame(matrix(rnorm...,箱线图是非常有代表性,它通过图形表现五概括情况,在数据基本描述性统计具有重要意义,而ggplot2必然可以绘制箱线图,而且可以绘制得非常精美,下面先看一个最朴素分组箱线图形式: p <-

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    空间地理数据可视化之 ggplot2 包及其拓展

    众所周知,地图对于传达地理空间信息非常有用,我们将介绍一些简单例子,展示一些在 R 语言中常用于制图包,即 ggplot2 、tmap 、leaflet 和 mapview 等。...形状是用 geom_*() 函数指定,例如,geom_point() 用于表示点,geom_histogram() 用于表示柱状图; 几何对象美化,如颜色、大小等。...其中,aes() 用于将数据变量映射为对象视觉属性; 可选元素,如标尺、标题、标签、图例和主题等。 我们可以使用 geom_sf() 函数和一个简单特征对象( sf 类)来创建地图。...将数据点作为背景: 加入参数shadow_mark(alpha = 0.3, size = 0.5),使得数据点作为动画演示背景。...~carat, y = ~price, color = ~carat,size = ~carat, text = ~paste("Clarity: ", clarity)) poltly 创建钻石克拉与价格之间变动关系

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    R语言可视化——ggplot携手plotly,让你图表灵动起来!

    最近发现R语言官方CRAN中有一款名叫plotly包,详细了解了下,这个plotly是基于js脚本语言开发用于动态交互可视化利器,开发有在线版和桌面本,而且效果相当不错!...而这里提到plotly包就是该机构专门针对R语言环境发布可视化包(具有不仅R语言,给MATLAB和Python都留有接口),不但可以协助ggplot2包将静态图表动态化,而且拥有自己独特作图函数语法...今天只涉及ggplot结合plotly而动态化图表功能,暂不涉及plotly独有作图函数。(主要是自己也正摸索,找个合适时间再跟大家分享)。...,当鼠标点击图例分类标识时,显示对应分类项下据点,而其他未被选中据点均会自动隐藏或者淡化(变成浅灰色)。...更加不可思议是,当你用鼠标单击右侧图例对应分类项,则图表中会对应只显示选中分类项目数据点; 右上角菜单你可以自由选择将图表聚焦呈现、放大缩小、保存为图片等多种功能。 ?

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    生信技能树七天学习小组 Day4笔记——R语言基础

    因为之前自己已经学习过R语言基础一些内容,包括:数据类型与数据结构、函数与R包、R语言作图基础等,今天学习内容主要是《R数据科学》这本书第一章——使用ggplot2进行数据可视化。...1.1准备工作ggplot2是tidyverse一个核心R包,首先需要加载tidyverselibrary(tidyverse)此处用到内置数据mpg(mpg是一个数据框)复习数据框概念:变量(列)...1.6.2 几何对象函数geom_point()geom_smooth()ggplot2每个几何对象函数都有一个mapping参数同一张图中可以放置多个几何对象ggplot(data = mpg)+...接着在R运行代码,并检查你预测是否正确。...stat_summary()函数默认几何对象:pointrangegeom_pointrange用于绘制数据点范围(2)geom_col()函数功能是什么?它和geom_bar()函数有何不同?

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    ggplot2ylim

    ​在ggplot2很容易出现一个修改坐标轴范围问题,喜欢用ggplot2画图需要注意一下。...ylim和coord_cartesian都是调整坐标轴范围,但是它们结果是有可能不一样,看下面的一个例子: data(diamonds) p <- ggplot(data = diamonds, aes...image 截取0到60部分: ? image 可以看到第二张图跟原图是不一样,比如Fair第一个box原数据最高是超过60,但是截取之后不到60了。这是一个不太容易注意到坑。...这里是因为ylim是直接处理数据导致,比如例子不在范围数据就直接被移除。同等操作应该用coord_cartesian来实现。...coord_cartesian指定参数控制图形特定区域放大显示,只影响图形展示,不影响内部数据值。即使用原数据作图,再对图形进行变动。

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    Day7:R语言课程 (R语言进行数据可视化)

    在本课主要学习ggplot2绘图。 基础包绘图应用越来越少,因为ggplot2与基本R绘图函数相比功能更强大。ggplot2语法需要一些时间来适应,但一旦学会,会发现它非常强大、灵活。...加载ggplot2,它是tidyverse包一部分。 library(ggplot2) ggplot()函数用于初始化基本图形结构。基本思想是指定绘图不同部分,并使用+运算符将它们添加到一起。...ggscatter3 数据点尺寸非常小。可以调整geom_point()大小,但并不需要列入aes(),因为是指定点大小,而不是将其映射到一个变量。....pdf)用于使用ggplot2绘图。...注意:不限于上面指定颜色,你可以使用十六进制代码选择许多颜色,获取有关R调色板更多信息:http://www.cookbook-r.com/Graphs/Colors_(ggplot2)/。

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    数组重复

    之前有写过 找出数组只出现一次,今天再来看下怎么找出数组重复出现。 有一个长度为 n 数组,所有的数字都在 0~n-1 范围,现在要求找出数组任意一个重复数字。...思路一: 先给数组排序,然后再遍历一遍有序数组,依次比较相邻元素,就很容易能找出数组重复值。使用快排排序的话时间复杂度为 O(nlogn) 。...思路二: 利用空间换时间思想,新建一个哈希表,然后遍历数组,每扫描一个元素都去哈希表里查找是否也存在该元素,如果存在,即找到一个重复,如果不存在,则将该元素保存到哈希表。...== i,换句话说就是不断调整数组,使其满足 arr[i] == i,比如数组第一个元素 arr[0] 为 4 ,那就要把元素 4 放到下标为 4 位置上去。...推荐文章: 找出数组只出现一次 我给自己配置第一份保险 每天微学习, 长按加入一起成长.

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    ggplot2position参数解析

    ❝本节来回答一个老爷问题,介绍常见绘图案例几个基本参数设置问题,主要用在柱状图与箱线图中。下面小编通过两个案例来进行展示,图形仅供展示用过程仅参考,希望各位观众老爷能够喜欢。...代码直接复制粘贴即可运行 ❞ 关注下方公众号下回更新不迷路 加载R包 library(tidyverse) library(patchwork) 导入数据 df % pivot_longer...position_dodge2(preserve = "single"))+ labs(x=NULL,y=NULL)+ theme(legend.position ="non") p1+p2+p3 ❝在上方代码可以看到...position_dodge(), position = "dodge"和position_dodge2()这三个参数,该系统参数都用于调整图层元素(如柱子或点)位置,以避免重叠。...使用position_dodge2(preserve="single"),如果A=1和A=2柱子高度不同,那么A=1两个柱子会比A=2两个柱子更接近,因为它们宽度被保留了。

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    原创 | R基础及进阶数据可视化功能包介绍

    在拥有空白画布基础上,我们可以使用R自带可视化功能语句plot()来描绘散点图、折线图、柱状图等,辅助用户用于观察整个数据集潜在趋势。...在plot()语句括号,逗号前我们定义了数据点X轴坐标值,逗号后定义了对应数据点Y轴坐标值,两个都是用数组方式表达。...R数据可视化工具 在R语言里,除了R自带可视化工具plot(),还有很多精彩工具包,比如ggplot2, 以及gganimate。 ggplot2 ggplot2R中被广泛应用绘图包。...我们将使用R Studio自带数据集mpg来进行ggplot2可视化演示根据R绘图原理,我们需要在ggplot2将一个图表拆分成若干个子元素并进行叠加绘制。...在绘完数据点后,参考plot(),在ggplot2我们也通过使用第三个元素,geom_point()来改变几何对象类型。

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    R可视乎|克利夫兰点图系列

    简介 在可靠性实验,不同产品测试失效时间可以通过克利夫兰点图进行可视化,今天就对该系列图进行系统介绍。主要参考张杰博士R语言数据可视化之美》[1],并结合我实际使用经验进行修改。...使用 ggplot2散点绘制函数geom_point()及连接线函数 geom_segment()来绘制棒棒图。...当然在实际使用,尤其是在生存分析,可靠性分析。数据可能包含产品测试起始时间和终点时间。这时只需将segementx参数进行变化即可。...哑铃图 哑铃图(dumbbell plot):可以看成多数据系列克利夫兰点图,只是使用直线连接了两个数据系列据点。...哑铃图主要用于: ①展示在同一时间段两个数据点相对位置(增加或者减少); ②比较两个类别之间数据值差别。 这里,我们模拟数据就不大适合了,为了绘制该图,我将数据进行变化。

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    R可视乎 | 散点图系列(1)

    散点图是使用一系列散点在直角坐标系展示变量数值分布。在二维散点图中,可以通过观察两个变量数据变化,发现两者关系与相关性。...ggplot2绘制时,使用geom_point绘制散点图,geom_smooth加入拟合曲线,method选择为loess,se=TRUE表示加入置信带,span控制loess平滑平滑量,较小数字产生波动线...具体非线性模型相关资料可参考:R语言里非线性模型:多项式回归、局部样条、平滑样条、广义加性模型分析[2] ggplot(data = mydata, aes(x,y)) + geom_point(fill...这两个图采用黑色到红色渐变颜色和气泡面积大小两个视觉暗示对应残差绝对值大小,用于实际数据点表示;而拟合数据点则用小空心圆圈表示,并放置在灰色拟合曲线上。用直线连接实际数据点和拟合数据点。...4.3 有趣拓展 R ggimage[3]包提供了geom_image()函数可以将对应圆形数据点使用图片替代展示。我们将其运用到上面的数据集中,就可以得到有趣图了。

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