首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析

GEO数据库中的数据是公开的,很多的科研工作者会下载其中的数据自己去分析,其中差异表达分析是最常见的分析策略之一,为了方便大家更好的挖掘GEO中的数据,官网提供了一个工具GEO2R, 可以方便的进行差异分析...从名字也可以看出,该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质上是通过以下两个bioconductor上的R包实现的 GEOquery limma GEOquery...用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中;limma是一个经典的差异分析软件,用于执行差异分析。...在网页上可以看到GEO2R的按钮,点击这个按钮就可以进行分析了, 除了差异分析外,GEO2R还提供了一些简单的数据可视化功能。 1....第一个参数用于选择多重假设检验的P值校正算法,第二个参数表示是否对原始的表达量进行log转换,第三个参数调整最终结果中展示的对应的platfrom的注释信息,是基于客户提供的supplement file

4.7K23
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    ArgMiner:一个用于对论点挖掘数据集进行处理、增强、训练和推理的 PyTorch 的包

    由于每个数据集都以不同的格式存储,使上述挑战变得更加复杂,这使得在实验中对数据进行标准化处理变得困难(Feedback Prize比赛就可以确认这一点,因为大部分代码都是用于处理数据的)。...本文介绍的ArgMiner是一个用于使用基于Transformer的模型对SOTA论点挖掘数据集进行标准化的数据处理、数据增强、训练和推断的pytorch的包。...本文从包特性介绍开始,然后是SOTA数据集的介绍,并详细描述了ArgMiner的处理和扩展特性。最后对论点挖掘模型的推理和评估(通过Web应用程序)进行了简要的讨论。...可以在不更改数据处理管道的情况下进行自定义增强 提供一个 用于使用任何 HuggingFace TokenClassification 模型进行论点挖掘微调的PyTorch数据集类 提供高效的训练和推理流程...ArgMiner是Early Release Access中的一个包,可以用于对SOTA论点挖掘数据集进行标准化处理、扩充、训练和执行推断 虽然包的核心已经准备好了,但是还有一些零散的部分需要解决,例如

    63440

    102-R数据整理12-缺失值的高级处理:用mice进行多重填补

    ) R中数据缺失值的处理--基于mice包 - 知乎 (zhihu.com)[2] 一种挽救你缺失数据的好方法——多重补插_处理 (sohu.com)[3] 没有完美的数据插补法,只有最适合的 - 知乎...回归填补:将缺失变量作为因变量,相关变量(其他变量)作为自变量,进行回归拟合,用预测值作为填补值。用于作为自变量的变量最好是具有完全数据(无缺失)。...多重插补方法分为三个步骤: 通过已知数值建立插值函数,估计出待插补的值,然后在数值上再加上不同的偏差,形成多组可选插补值,形成多套待评估的完整的数据集; 对所产生的数据集进行统计分析; 评价每个数据集的结果...由于在分析中引入多个模拟的数据集,因此被称为“多重补插”。因此,多重补插威力巨大,可以满足常见的缺失值处理的需要。下面就跟着我们一步一步实现这个技术。...比如为何要进行线性拟合,以及总结多重插补的不同数据集,汇总总结结果: fit <- with(mice_data, lm(Temp~Ozone+Solar.R+Wind)) #

    7.6K30

    如何对MySQL数据库中的数据进行实时同步

    通过阿里云数据传输,并使用 dts-ads-writer 插件, 可以将您在阿里云的云数据库RDS for MySQL中数据表的变更实时同步到分析型数据库中对应的实时写入表中(RDS端目前暂时仅支持MySQL...服务器上需要有Java 6或以上的运行环境(JRE/JDK)。 操作步骤 1. 在分析型数据库上创建目标表,数据更新类型为实时写入,字段名称和MySQL中的建议均相同; 2....如果需要调整RDS/分析型数据库表的主键,建议先停止writer进程; 2)一个插件进程中分析型数据库db只能是一个,由adsJdbcUrl指定; 3)一个插件进程只能对应一个数据订阅通道;如果更新通道中的订阅对象时...,需要重启进程 4)RDS for MySQL中DDL操作不做同步处理; 5)更新app.conf需要重启插件进程才能生效; 6)如果工具出现bug或某种其它原因需要重新同步历史数据,只能回溯最近24小时的数据...配置监控程序监控进程存活和日志中的常见错误码。 logs目录下的日志中的异常信息均以ErrorCode=XXXX ErrorMessage=XXXX形式给出,可以进行监控,具体如下: ?

    5.7K110

    【戴嘉乐】(上篇)运用Re-Encryption技术对你的IPFS网络数据进行多重保护

    ,当然,IPFS采用Merkle DAG技术对整个系统带来的优点有很多,今天这里我们只讨论DAG分片对文件的安全保护属性: 这是我之前上传的 自己的头像数据:Qmdv...: DAG分片之后...三、Re-Encryption技术 Re-Encryption:重加密技术起源于云计算时代对HTTP网络数据的安全性需求激增(大量用户参与,不可避免出现了隐私问题),因此而诞生的再加密技术,即:在原有的常用加密手段上对用户的隐私实现明文保密...譬如:用户的实时位置数据通过手机定位存储在手机客户端中,我们将在客户端中根据用户ID或者Cuid生成私钥,自动加密定位数据再存储在IPFS上,由于数据采用的是我的密钥进行的再加密,除非我授权(即:将密钥共享...系列篇预告 《【应用】(中篇)运用Re-Encryption技术对你的IPFS网络数据进行多重保护》 几种对于IPFS网络的Re-encryption思路 需要隐藏 Node ID 的场景: 需要隐藏...Hash 指纹的场景: 需要隐藏 File 内容的场景 需要隐藏 Object 结构的场景 《【应用】(下篇)运用Re-Encryption技术对你的IPFS网络数据进行多重保护》 工程实践为主

    77610

    R语言Copula对债券时间序列数据的流动性风险进行度量

    因此,对于债券流动性风险的度量和管理成为了投资者和金融机构的关键任务。近年来,Copula模型作为一种灵活的统计工具,已经被广泛应用于金融领域。...本文将帮助客户运用Copula模型,对债券的流动性风险进行度量,旨在提供一种新的方法来评估债券的流动性风险。...主要是写二元Copula,关于对债券的流动性风险来进行度量,先估计两个的边际分布,然后选择出最优的Copula函数进行联接,之后进行蒙特卡洛模拟。...数据为流动性风险,liq1,liq2,liq3,h这四个指标,h代表换手率,对选择债券的流动性风险进行度量。...##对随机数进行可视化 plot( 计算模拟数据的相关数据 估计边缘函数分布 绘制拟合值和实际值 模拟多元分布的样本进行拟合 (使用不同的df) ----

    36500

    在MNIST数据集上使用Pytorch中的Autoencoder进行维度操作

    首先构建一个简单的自动编码器来压缩MNIST数据集。使用自动编码器,通过编码器传递输入数据,该编码器对输入进行压缩表示。然后该表示通过解码器以重建输入数据。...通常,编码器和解码器将使用神经网络构建,然后在示例数据上进行训练。 但这些编码器和解码器到底是什么? ? 自动编码器的一般结构,通过内部表示或代码“h”将输入x映射到输出(称为重建)“r”。...自动 编码器有两个组成部分:编码器:它具有从x到h的映射,即f(映射x到h) 解码器:它具有从h到r的映射(即映射h到r)。 将了解如何连接此信息并在几段后将其应用于代码。 ?...用于数据加载的子进程数 每批加载多少个样品 准备数据加载器,现在如果自己想要尝试自动编码器的数据集,则需要创建一个特定于此目的的数据加载器。...由于要比较输入和输出图像中的像素值,因此使用适用于回归任务的损失将是最有益的。回归就是比较数量而不是概率值。

    3.5K20

    如何对CDP中的Hive元数据表进行调优

    也可能存在问题,如果集群中有关联的操作时会导致元数据库响应慢,从而影响整个Hive的性能,本文的主要目的通过对Hive 的元数据库部分表进行优化,来保障整个Hive 元数据库性能的稳定性。...,当集群中的表数量和权限数量过多时会影响性能,除非表或者权限被清理则会删除这两个表关联的数据,否则这两个表可能会无限制增长。...); ---元数据库中查看表的TBL_ID,然后关联查询TBL_COL_PRIVS,TBL_PRIVS 对于该表生成的数据条数--- select * from TBLS where TBL_NAME...,用于标记生成的权限是来自Ranger中Hive 权限策略 2.2 PART_COL_STATS 表数据量过大 在每个Hive分区表都有写入数据的情况下,通常来说这个表的数据量约为 库*表*分区数...配置如下,重启Hiveserver2 并更新配置生效: 注意:如果元数据库中这两个表已经非常大了对性能有影响了,建议做好备份后进行truncate TBL_COL_PRIVS 以及TBL_PRIVS 两个表

    3.5K10

    如何对txt文本中的不规则行进行数据分列

    一、前言 前几天在Python交流白银群【空翼】问了一道Pandas数据处理的问题,如下图所示。 文本文件中的数据格式如下图所示: 里边有12万多条数据。...二、实现过程 这个问题还是稍微有些挑战性的,这里【瑜亮老师】给了一个解答,思路确实非常不错。 后来【flag != flag】给了一个清晰后的数据,如图所示。...看上去清晰很多了,剩下的交给粉丝自己去处理了。 后来【月神】给了一个代码,直接拿下了这个有偿的需求。...代码如下所示: import pandas as pd def read_csv(path): df = pd.read_csv(path, header=1) pattern = r'...,这里摘除了,嘻嘻 path_A = r"Route_A.txt" path_B = r"Route_B.txt" dfA = read_csv(path_A) dfB = read_csv(path_B

    2K10

    对稀有飞机数据集进行多属性物体检测:使用YOLOv5的实验过程

    导读 如何使用物体的多个特征来提升物体检测的能力,使用YOLOv5进行多属性物体检测的实验。 我们发布了RarePlanes数据集和基线实验的结果。...在本系列教程中,我们将从头到尾介绍在RarePlanes数据集上训练YOLOv5模型的整个机器学习流程。...然后对这些输出进行过滤,从最终的预测中去除重叠和低置信的检测。这些包围框然后被输送到一个神经网络中进行检测。...我们建议首先对这些图像进行训练,因为它们可以提高训练速度。下载好了图片,必须按照下面的结构进行组织: YOLOv5数据层次结构 使用RarePlanes数据集,你可以为你想要检测的特性提供许多选项。...值得注意的是,该模型能够识别引擎的位置和数量,而不需要训练数据集为引擎提供特定的标注。引擎的数量与每个飞机实例相关联,而不是引擎本身。

    1K60

    R语言用关联规则和聚类模型挖掘处方数据探索药物配伍中的规律

    p=997 概要 方剂药效与剂量的关系中药不传之秘在于剂量中药配伍规律。拓端数据使用数据挖掘技术对海量的在线医院药物复方历史数据进行智能分析,并从中找出药物配伍的规律。...同时,为了探索昂贵中药材是否有其他廉价替代品的问题,对药物的配伍规律和性味归经描述来衡量药物的相似度,根据相似度对药物进行聚类。...药物配伍查询解决方案设计 关联规则模型 结合机器学习方法、数据清理、集成、变换和规约等技术对中医药方中原始数据进行了规范化处理,并用关联规则模型对药物配伍关系进行挖掘。...网络图对每个种类进行可视化 药物配伍查询系统的实现 通过建立适用于临床的药物配伍查询系统,方便医务人员适时适时查询药物配伍及药品信息,促进临床合理用药。...最后,随着政府、企业、科研机构加大对智慧医院精准医疗的资源投入,大数据将持续发挥精准医疗发展助推器作用,推动精准医疗产业发展。 本文摘选《R语言用关联规则和聚类模型挖掘处方数据探索药物配伍中的规律》

    73220

    R语言用关联规则和聚类模型挖掘处方数据探索药物配伍中的规律

    p=997 ---- 概要 方剂药效与剂量的关系中药不传之秘在于剂量中药配伍规律。拓端数据使用数据挖掘技术对海量的在线医院药物复方历史数据进行智能分析,并从中找出药物配伍的规律。...业务挑战 中医传承过程中,关于生理、病因病机以及疾病的表现和发展规律,都容易记载在书上,也容易理解和传承。然而随着医药科技的不断进步,新特药品的的种类的不断出现,给药物配伍又一次新挑战。...同时,为了探索昂贵中药材是否有其他廉价替代品的问题,对药物的配伍规律和性味归经描述来衡量药物的相似度,根据相似度对药物进行聚类。...药物配伍查询解决方案设计 关联规则模型 结合机器学习方法、数据清理、集成、变换和规约等技术对中医药方中原始数据进行了规范化处理,并用关联规则模型对药物配伍关系进行挖掘。...网络图对每个种类进行可视化 药物配伍查询系统的实现 通过建立适用于临床的药物配伍查询系统,方便医务人员适时适时查询药物配伍及药品信息,促进临床合理用药。

    1.2K20

    在VFP9中利用CA对远程数据的存取进行管理(二)

    ,还必须设置正确主键值列表(KEY LIST) 批量更新 在表缓存的模式下,如果CA的BATCHUPDATECOUNT值大于1,CA对象使用批量更新模式对远程数据进行数据更新,在这种模式下,根据不同的数据源...CA类中提供了很多的事件,这些事件可以方便的对数据进行灵活的操作,对CA事件的深入了解将有助于完全自由的控制CA的使用。当然,对初学者而言,你可以不用关心大部分的CA事件也可以完成程序的开发工作。...CA中的事件基本上可以分为如下几类,每一类都对应几个事件,这些事件又与相关的方法有紧密的联系: 一、与CA对象关联的临时表(CURSOR)相关的事件: BeforeCursorfill AfterCursorfill...值得关注的是,我们可以在这个事件中改变参数cSelectCmd的值来对CursorFill生成的临时表的结果集进行灵活控制,改变这个参数的值不会 修改CA对象中SelectCmd的属性值。...可以在这个事件中对没有附着临时表的CA的属性进行重新设置以及对自由表进行数据操作。 7、 BeforeCursorClose:在临时表关闭之前立即发生。参数:cAlias:临时表的别名。

    1.5K10

    在VFP9中利用CA对远程数据的存取进行管理(一)

    本 人一直使用VFP开发程序,对这些东西也没有一个清晰的了解(太笨了),特别对远程数据进行访问时更是不知选什么好。...CursorAdapter既可以对本地数据进行存取,又可以对远程的不同类型的数据源进行存取,不需要关心数据源,只要对 CursorAdapter的属性进行适当的设置就可以了,甚至可以在程序中动态的对这些属性进行改变...3、 在数据源本身技术限制的范围内对数据源进行共享。 4、 对与CursorAdapter相关联的临时表(CURSOR)的结构可以有选择地进行定义。...7、 通过对CursorAdapter对象的属性和方法进行设置,可以控制数据的插入、更新和删除的方式,可以有自动与程序控制两种方式。...8、 可以把CursorAdapter对象添加到容器中而不是数据环境中,比如:表单集、表单、和其它的容器中。 9、 不需要与数据环境关联而把CursorAdapter类作为一个独立的类来使用。

    1.6K10

    0885-7.1.6-如何对CDP中的Hive元数据表进行调优

    也可能存在问题,如果集群中有关联的操作时会导致元数据库响应慢,从而影响整个Hive的性能,本文的主要目的通过对Hive 的元数据库部分表进行优化,来保障整个Hive 元数据库性能的稳定性。...); ---元数据库中查看表的TBL_ID,然后关联查询TBL_COL_PRIVS,TBL_PRIVS 对于该表生成的数据条数--- select * from TBLS where TBL_NAME...,用于标记生成的权限是来自Ranger中Hive 权限策略 2.2 PART_COL_STATS 表数据量过大 在每个Hive分区表都有写入数据的情况下,通常来说这个表的数据量约为  库*表*分区数...配置如下,重启Hiveserver2 并更新配置生效: 注意:如果元数据库中这两个表已经非常大了对性能有影响了,建议做好备份后进行truncate TBL_COL_PRIVS 以及TBL_PRIVS 两个表...--date='@1657705168'  Wed Jul 13 17:39:28 CST 2022 4.参考文档 通过对如上的元数据表进行调优后,基本可以避免元数据库的性能而导致的问题 TBL_COL_PRIVS

    2.5K30

    在神经反馈任务中同时进行EEG-fMRI,多模态数据集成的大脑成像数据集

    在XP2中进行NF训练期间的平均EEG ERD时频图(N = 18个受试者) 据研究人员表示,在神经网络循环中同时进行脑电图-功能磁共振成像的只有另一个研究小组,用于训练情绪自我调节:因此,我们在这里分享和描述的数据集...它由64通道脑电图(扩展10-20系统)和功能性核磁共振数据集同时获得在一个运动图像NF任务,辅以结构核磁共振扫描。在两项研究中进行了录音。...据研究人员表示,在NF循环中同时进行EEG-fMRI训练以训练情绪自我调节的研究团队较少,只有另一个研究小组,而他们共享和描述的数据集对应于双峰NF首次实现的运动想象任务。...它由在运动想象NF任务期间同时获取的64通道EEG(扩展的10–20系统)和fMRI数据集组成,并辅以结构MRI扫描。在两项研究中进行了记录。...(b)显示了数据集XP2中所有受试者的学习步骤和测试步骤的估计fMRI-NF评分和fMRI-NF评分之间的相关性的中位数和四分位数。也显示了仅根据EEG信号估算双峰EEG-fMRI-NF评分的结果。

    2K20
    领券