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基因组深度学习模型很难很好地解释个体转录组的变异

在这里,作者对四种最先进的模型进行了个体基因组与转录组数据配对的评估,发现在解释个体间表达变异方面的性能有限。...随着深度学习的快速发展和用于训练的数据集的增长,最近在直接从参考基因组序列中预测基因表达水平、3D基因组折叠以及表观遗传特征,如转录因子结合、组蛋白修饰和染色质可及性等取得了成功。...然而,将这些模型应用于个人基因组的序列,以解释不同个体之间的基因表达差异(图1a),在很大程度上尚未被探索。...图 1 为了在个人基因组变异上测试这些现有的序列到表达模型,作者使用了来自Geuvadis的RNA测序数据,这些数据是在淋巴细胞母细胞系(LCLs)上测量的,并且与1000个基因组计划中的421名个体的全基因组测序...然后,作者使用所有四个模型计算每个个体以及参考基因组序列的基因表达预测结果。对于每个模型,我们使用输出表达预测轨迹,其与用于Geuvadis测量的LCLs最相似的细胞类型相对应。

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    创建用于云支持的枢纽

    对云计算的这种需求正在改变数据中心运营商的作用,并且通过不仅仅是传统的服务来增加他们的收入。按需连接平台允许运营商通过专门为云服务而设计的新网络服务扩展其服务能力。 ?...>>>> 取代传统网络模型 随着云驱动在全球网络市场的变化,企业的期望已经超越传统模式。网络现在期望通过镱像效用,超越简单的A到B的连接。...合作伙伴已经与网络服务供应商建立了合作伙伴关系,并创建了一个可以满足数据中心运营商企业客户需求的集成平台。他们已经做了一切努力。...那些提供云计算解决方案的厂商将成为当今企业理想和值得信赖的合作伙伴。 •新的和可持续的收入。云连接平台允许运营商立即区分其业务。...在为客户提供一站式服务的同时,它们成为全球关键的基础架构提供商和企业云服务的支持者。这一职位将提供可持续的高利润机会。 数据中心运营商的云连接平台可以在几乎全球范围内立即为客户的云需求提供服务。

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    FreeRTOS事件组之事件组的创建(xEventGroupCreate())

    1.使用事件组的前提: (1)与互斥量、队列集等其他内核资源不同,想要使用事件组(xEventGroup)重点不在宏定义上是否配置为1,重点在组织程序以及程序编译的时候是否包括event_groups.c...(2)另外需要将宏configSUPPORT_DYNAMIC_ALLOCATION设置为1,否则不能应用事件组创建函数(xEventGroupCreate()); 2.函数说明(xEventGroupCreate...如果内存堆没有足够的内存则会返回NULL(创建失败)。...3.执行过程分析: 事件组的结构体不是用队列实现的(互斥量,信号量,队列的结构体都是用队列来实现的),其有自己的结构体叫EventGroup_t。...:(另外需要说明的是,事件组的建立对任务控制块的成员组成没有影响(与之对比,互斥量的使用就需要改变任务控制块的成员组成))。

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    可用于集群的开源软件赏:Chef

    因此我们通过学习、利用开源软件,就能逐步的完成服务器集群系统设计的困难工作。 今天的主题是关注集群服务器系统的安装部署。我们关注的是一款流行的开源安装部署专用软件——Chef。...同时这些服务器软件不是安装到一个服务器上,而是要按某种规划,分种类安装到不同的服务器上,组成服务器组。这样除了要安装开源软件外,还涉及复杂的互相连接配置的设置工作。...[一个基本的开源电子商务集群架构] Chef是一个使用Ruby脚本的集群部署配置系统。它可以运行在各种Linux平台上。...Data Bags & Enviroments 我们在部署集群系统的时候,需要很多公共变量,比如安装路径之类的。...集群部署配置系统的思考 我们可以考虑一般的集群部署配置系统,我们往往使用基本的Linux Shell作为脚本,然后对常见的配置数据建立模型,最后使用一些代理进程来下发配置。

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    SpatialCPie:用于空间转录组聚类评估的工具

    新兴的空间转录组(ST)领域的技术发展开辟了一个未经探索的领域,将转录信息置于空间环境中。聚类通常是分析这类数据的核心组成部分。...然而,在这些类型的分析中,选择适当的超参数,例如使用正确数量的聚类,是一个挑战。...来自瑞典和美国的科研团队开发了SpatialCPie,一个易于使用的R包,可以让用户直观地了解ST数据中的“簇”是如何相互关联的,以及二维ST阵列上的每个区域与每个“簇”的关联程度。...心室的Sub-clustering (图3)显示了横跨组织外周紧凑的心室肌。此外,开发团队还发现左心室和右心室表现出略微不同的聚类亲和力,这表明它们的差异可能是一个值得进一步研究的有趣特性。...图3 发育中的心脏左心室和右心室的Sub-clustering SpatialCPie为分析ST数据的聚类提供了一个用户友好的界面,并使用可视化技术帮助分析人员发现和探索隐藏的基因表达模式。

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    SpatialCPie:用于空间转录组聚类评估的工具

    新兴的空间转录组(ST)领域的技术发展开辟了一个未经探索的领域,将转录信息置于空间环境中。聚类通常是分析这类数据的核心组成部分。...然而,在这些类型的分析中,选择适当的超参数,例如使用正确数量的聚类,是一个挑战。...来自瑞典和美国的科研团队开发了SpatialCPie,一个易于使用的R包,可以让用户直观地了解ST数据中的“簇”是如何相互关联的,以及二维ST阵列上的每个区域与每个“簇”的关联程度。 ?...Sub-clustering 在ST数据的典型分析中,经常会出现这样的情况,即组织中的某些部分明显地以低分辨率聚类,对进一步的探索作用不大。...SpatialCPie的实例演示 SpatialCPie可以用来分析任何具有空间分布的计数数据的数据集,开发团队展示了其在三个公开的ST数据集(发育中的人类心脏、原位乳腺癌和黑色素瘤)上的实用性,在此之前所有数据均使用

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    用于创建树形部件的 jQuery 插件:jsTree

    jsTree 是一个基于 jQuery 和 Sarissa 的免费网页树形部件,它设置灵活,并且支持几乎主流的浏览器,如:Internet Explorer 6 +, Mozilla Firefox,...jsTree 支持三种数据源头: 预先定义好的 HTML -嵌套的列表结构 JSON XML jsTree 的主要功能有: 同步导入 - 只需要提供一个 URL,就会去请求数据(只适合 JSON 和 XML...支持打开,关闭,重命名,创建,删除节点(通过预先定义好的规则) 支持多种回调函数(onchange, oncreate, ondelete, onload, 等等) 支持拖拉 支持多重选择 支持多种语言...支持主题(可以修改图标,大小和背景等等) 可以支持动态打开和关闭(configurable) 可选的快捷键导航 支持多个树形部件 另外还可以做为 jQuery 插件。

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    Spring用于创建对象的注解@Autowired @Qualifier @Resource

    用于注入数据的注解 @Autowired注解 用于注入数据的 他们的作用就和在XML配置文件中bean标签中写一个标签的作用是一样的 @Autowired: 作用:...但是在给方法参数注入时可以 属性: value:用于指定bean的id @Resource 作用:直接按照bean的id注入。...它可以独立使用 属性: name:用于指定bean的id 以上三个注解都只能注入其他bean类型的数据,而基本类型和String类型无法使用上述注解实现 另外,集合类型的注入只能通过...此时就不知道选择谁了会报错 先通过数据类型IAccountDao圈定出来匹配的几个对象 再通过变量名称作为bean的id accountDao查找和他一样的 都不一样就报错 用于指定类型注入...它可以独立使用 属性: name:用于指定bean的id 顺利执行

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    BackPress:用于创建网页程序的 PHP 库

    它包括可用于创建强劲的,并可扩展的网页程序的基本功能: 登录(主要采用 bbPresss 的登录代码)到文件/数据库/其他。...用户角色管理 -- 用户部分程序的访问控制 用户管理 -- 包括用户的元数据(meta data)和数据库模式支持,用于管理核心的用户信息和其他相关的信息。...数据库抽象 -- 支持使用多个数据库服务器,集群和数据中心 XML-RPC 服务器端和客户端 -- 用于和其他系统交互。 邮件发送 -- 通过 SMTP 和 sendmail,支持附件。...任意的分类管理 -- tag,分类,其他分类系统。 选项管理 -- 用于管理程序全局的选项和设置。 兼容性功能 -- 支持绝大部分 PHP 版本。 格式化 --用于处理各种字符串。...Shortcode API -- 支持 [bbcode] 样式的 shortcode. Pseudo-cron 功能 -- 让你的程序中的事件可以自动运行,这是通过用于访问来驱动的。

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    EMR(弹性MapReduce)入门之EMR集群的创建和集群的销毁(二)

    前言 上一节我们已经了解了一下EMR,这次就跟着我一起去创建集群吧。超级简单的!!!...image.png 腾讯云弹性 MapReduce 由一系列大数据生态的开源应用程序组成。每个弹性 MapReduce 的版本,包含了一组特定版本的开源程序。...后续如果版本升级到了EMR-V2.1.0,Hadoop 到了2.8.4,Spark 到了2.3.2也不会影响到已经创建出来的集群。只有新的集群才会使用新的镜像。...3、其他配置 image.png image.png 1、所属项目 该集群所在的项目 2、集群名称 用于区分集群,创建后可以修改 3、远程登录 开启后,可以选择使用xshell等远程工具登录。...完成这几项操作就可以,等待十几分钟,您想要的集群就会创建好。即可在EMR控制台中找到刚刚创建的集群(集群生产需要一定的时间)。

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    MySQL集群优化的0.4毫秒逻辑分析

    最近做了一个集群服务的在线切换,将原来的主从环境做了切换,当然后端的处理工作是比较复杂的,涉及到主从服务器的在线迁移和硬件变更。...总体来说,切换后的读延迟比原本降低了0.4毫秒左右,对于一个延迟季度敏感的业务来说,0.4毫秒是一个很高的比例,按照既定的比例规则,差不多是优化了25-30%的比例。...,所以我们试着通过如下的逻辑进行分析。...所以业务2的延迟应该没有变化或者有细小的差异才说得通,但是在这里可以很清楚的看到,延迟是有近30%的提升,这就说不通了,所以单纯的碎片清理带来的收益确实没有期望那么高。...到了这里,我们可以看到延迟的指标对于逻辑卷和不同分区的差别还是很明显的,虽然单个指标的提升在10%左右,但是所有的指标都是略高一筹。

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    使用kubeadm创建生产就绪的Kubernetes集群

    还包括用于管理已经引导的集群的实用程序,例如控制平面升级以及令牌和证书续订。...稳定的底层实现 - kubeadm现在使用不会很快改变的方法创建一个新的Kubernetes集群。...例如,控制平面作为一组静态Pod运行,引导令牌用于kubeadm连接流,ComponentConfig用于配置kubelet。...您是云供应商,希望将Kubernetes产品添加到您的云服务套件中。 kubeadm是用于在较低级别创建集群的首选工具。 您是一个需要高度定制的Kubernetes集群的组织。...您正在创建一个比kubeadm更高级别的集群创建工具,从头开始构建集群体验,但您不想重新发明轮子。您可以在kubeadm之上“rebase”并使用kubeadm为您提供的常用引导工具。

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    pyDatalog: python的逻辑编程引擎(用于推理、查询等)【一:序言】

    在探索"知识推理"的时候找到了pyDatalog这个工具。它借鉴了Datalog这种声明式语言,可以很方便自然地表达一些逻辑命题和数学公式,并且它是在我现在最爱的python上实现的。...尝试以后,其简洁优雅的形式一下子把我吸引住了。...来看一个官网上用它实现阶乘的例子: from pyDatalog import pyDatalog pyDatalog.create_terms('factorial, N') factorial[N]...= N*factorial[N-1] factorial[1] = 1 print(factorial[3]==N) # prints N=6 (如同数学公式一般的简洁) 还有一个我自己写的一个关于推理的例子...fatherOf["雍正"] = "康熙" print(grandfatherOf["乾隆"] == X) X -- 康熙 CSDN上目前还没有太多相关资料,所以后面我将翻译官方教程到这边来,我也会加入我个人的一些理解和对原文档的纠错

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