在生物领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。...什么是火山图 ? 火山图，是形如火山喷发的一种图形展示方法，常被用于展示差异，比如差异基因、差异微生物等等。 上图就是一张典型的火山图，描述了差异基因的情况。...当差异基因数量过少的时候，我们可以考虑将foldchange的绝对值变为1.5，或者考虑选择pvalue小于0.05。 而图中的虚线就是根据自己的筛选标准确定添加。...利用R自带的基础画图函数也可以画，但是鉴于之后我们都几乎都选择ggplot2包进行作图，所以只展示如何用ggplot2包画图。...color=threshold))+ geom_point()+ scale_color_manual(values=c("#DC143C","#00008B","#808080"))+#确定点的颜色
专注R语言在生物医学中的使用 首先是加载R包和数据 library(tidyverse) library(ggtext) library(showtext) showtext_auto() load(..."E:/R/r-learning/r4ds/000files/df_animals_2.rdata") 主题设置 theme_set(theme_minimal(base_size = 19, base_family...geom_text(aes(y=-15,label = cal_year,color=cal_year == 2020))+ # 各种颜色设置 scale_y_continuous(...labs(title = "突出显示个别条形的重叠条形图")+ # 主题细节调整...theme(plot.title = element_markdown(), axis.text.x = element_blank() ) 本文用到了很多之前学过的R
，行代表样本名，列代表基因名 typeOrder typeOrder R中具体示例： #4.1 TCGAquery_SampleTypes（）用于获取特定组织对应的barcodes,如肿瘤组织（TP...level） title 热图的标题 filename 设置保存时的文件名，默认为“heatmap.pdf” width、height 图片的宽和高 type 设置热图中值的颜色，有“expression...names 是否在图中标记具有显著性差异的基因名称 names.fill 是否将具有显著性差异的基因名称写入方框内 show.names 展示哪种基因的名称，可设置的选项："significant"（...具有显著性差异差异基因）、"highlighted"（突出显示的基因）或者"both"（以上两种类型的基因名称都显示）。...hight.color 突出显示的gene的颜色 name.size 设置为“significant”或highlighted”名称的字体的大小 R中具体示例： #为了做图的需要，突出显示FC≥8的
无代码绘制差异基因火山图 Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图 一文解释了火山图如何解读。不太难看懂，而一旦看懂了，图也就知道怎么绘制了。...选择的文件会在文本域中显示预览（不可修改，但可以复制），点击Check Data，核对数据格式没有问题，会激活下方的必选选项。 ?...选择对应的列进行绘制，绘图就是把数据的结构用几何形状表示出来，并用颜色、大小等代表特定的属性展示。...提交后获得结果，正确了，可以下载PDF格式和相关的R代码 ?...上图中的两条垂直虚线和一条水平虚线是参数DE genes filtering threshold控制的，如果你筛选差异基因的标准(生成level列中哪些上调、哪些下调的标准)不是默认标志，则需要修改这个值为你设置的阈值
该图像显示了组织切片与突出的主要形态学区域的示意。...在这个例子中，我们展示了老鼠大脑中解剖学上不同区域的基因;STX1A在皮质，Prkcd在丘脑，HPCA在海马，Prnch在下丘脑。 颜色范围从纯红色到透明橙色，分别代表高表达和低表达。...捕获mrna的斑点之间的区域已经根据邻近斑点的颜色进行了着色。...在这个例子中，我们比较了海马体(红色)和丘脑(黑色)，这两个区域在解剖学和功能上是不同的。 下面我们列出了表达差异最大的基因。 在火山图中，您可以看到数据集中所有基因的log2 FC和p值调整变化。...将鼠标置于表中一个基因名称的上方，组织图像中的斑点将根据该基因的表达而着色。或者，通过将鼠标放在表中的值之上，您可以观察特定基因的表达，并突出显示单个集群中的斑点。
该图像显示了组织切片与突出的主要形态学区域的示意。 ?...在这个例子中，我们展示了老鼠大脑中解剖学上不同区域的基因;STX1A在皮质，Prkcd在丘脑，HPCA在海马，Prnch在下丘脑。 ? 颜色范围从纯红色到透明橙色，分别代表高表达和低表达。...捕获mrna的斑点之间的区域已经根据邻近斑点的颜色进行了着色。...在火山图中，您可以看到数据集中所有基因的log2 FC和p值调整变化。图的右侧代表海马体的高表达，左侧代表丘脑。蓝点没有通过我们预先设定的显著性或FC的标准，而红点通过了。...将鼠标置于表中一个基因名称的上方，组织图像中的斑点将根据该基因的表达而着色。或者，通过将鼠标放在表中的值之上，您可以观察特定基因的表达，并突出显示单个集群中的斑点。
R语言绘制基因表达基因的“对称散点图 转录组分析中，计算了两组间差异表达的基因后，通常怎样表示？您可能第一时间想到可以使用火山图。...的确，火山图是使用频率最多的，在火山图中可以很轻松地根据基因在两组间的Fold Change值以及显著性p值，识别和判断差异表达基因概况。...接下来通过该示例文件，展示使用R语言绘制差异基因表达“对称散点图”过程。 2 数据预处理 首先对数据做一些预处理。...treat组和control组相比，上调基因以红色表示，下调基因以绿色表示。图中的虚线代表了|log2FC|=1时的阈值线。 在该图中，我们可以很轻松地观察差异基因整体分布状态和数量比较的信息。...4 绘制差异基因散点图，颜色表示p值 上图中没有将p值信息展示出。因此另一种思路是，颜色代表p值，这样就可以在图中获得一个渐变梯度。
输入数据格式 (使用火山图的输入数据为例) 火山图需要的数据格式如下 id: 不是必须的，但一般的软件输出结果中都会包含，表示基因名字。...significant: 可选列，标记哪些基因是上调、下调、无差异；若无此列或未在参数中指定此列，默认程序会根据padj列和log2FoldChange列根据给定的阈值自动计算差异基因，并作出不同颜色的标记...label: 可选列，一般用于在图中标记出感兴趣的基因的名字。非-行的字符串都会标记在图上。...盗取火山图绘制一文中的图来显示个真正的火山图吧。这样一步步绘制很麻烦，去看一步法吧。 ?...# -c Gene1: 用特定基因的表达对点着色，单细胞分析图中常用 # -J TRUE: 见上 # -Z FALSE：默认使用geom_text_repel添加点的标记，及其智能，不会出现标签过多覆盖的情况
常见的有： 差异基因火山图： 在一般散点图的基础上，根据P value/Q value和log(FC)值给点着色，用以标注需要关注的显著差异点。...曼哈顿图： 曼哈顿图是基因组学中使用的一种特殊类型的散点图。 X轴显示基因组上的基因变异体的位置。 不同的颜色表示不同的样本。 Y轴显示的是与表型性状的关联检验的p值。...这个散点图的每一列是一个基因，每一行是一个细胞簇，不同颜色表示基因在对应细胞簇的平均表达量。...jitter plot有着尽量多的二维信息，每个点是一个基因，类似于火山图的一维展示形式，横坐标是log2(FC)，这意味着越往两侧的点，log2(FC)也就越小或者越大，即基因变化倍数越大，同时也可以用颜色标注出几个比较关注的基因...曼哈顿图在用于差异基因时表达的意思与火山图类似，但信息更多了一些。此图中每个点代表1个OTU，颜色表示OTU所属的物种分类信息，形状表示其是否显著上下调，大小代表OTU的平均丰度。
1 图表介绍1.1 热图输入数据：数值型矩阵/数据框颜色深浅代表数值的大小1.2 散点图1.3 箱线图1.3.1 输入数据横坐标：一个有重复值的离散型变量纵坐标：连续型向量1.3.2 箱线图中五条线的含义箱线图比较分布情况箱型图不显示原始数据点...此外，它们用星号显示落在箱须之外的离群值箱形图显示五个数据：1、最小的数字（最小值）2、第一个四分位数（25%位点值）3、中间的数字（中位值）4、第三个四分位数（75%位点值）5、最大的数字（最大值）箱线图用于比较单个基因在两组之间...（control/treat）之间的表达量差异在多基因中用于选出分布差异较大的基因1.4 火山图1.4.1 火山图的横纵坐标及其含义1.4.1.1 横坐标：logFCFoldchange（FC）：处理组平均值...', getGPL = F) #实现下载并读取eSet = eSet[[1]] #eSet脱离列表的壳子R语言中狭义的对象：R包的作者以某种特定的方式组织起来的数据ExpressionSet对象 出自Biobase...show_colnames =F, show_rownames = F, annotation_col=annotation_col)# 按行标准化 让热图对比更加鲜明 突出显示行内部的变化
可视化第二弹，作图专题呢，没有看到大家的索图评论，就随缘更新吧 此次带来的是带标签的火山图，众所周知我们在差异分析后会得到logFC和P值的表格，继而就是经典的火山图了。...那么如何做出一张好看的火山图呢？ 好看：颜色顺眼 + 重点突出。颜色众口难调，重点就是你想要聚焦的哪些基因咯！ 简单的推导过程得出公式：好看的火山图=标注基因，如何把他们标注在图上呢？...好的，目的明确，下面开始主线内容： library(ggplot2) library(ggthemes)#载入R包 df <- read.table('all.txt',sep = '\t',header...eg <- df[order(abs(df$logFC)),]#对数据排序 for_label 的top10，也可以自己指定基因的数据 ggplot(data =...=1, size=1,aes(color=change)) + #画点 scale_color_manual(values=c("#4DBBD5", "grey","#E64B35"))+ #设定颜色
一般来说，x轴为实验组基因表达量比上对照组基因表达量的倍数差异，而y轴则为实验组比对照组之后的p值或者校正后的p值。火山图上，一个点代表一个基因，而颜色则代表他们是显著上调还是显著下调。...在包安装完成之后，我们将它们加载到R环境中。接下来就是读取我们差异基因的文件了。差异基因文件我们存储在DEGdata.txt文件中。 ? 在R中查看文件前6行。 ?...然后我们使用添加了上调和下调基因的数据重新绘制火山图。在ggpubr中，使用color参数，可以指定点的颜色。代码和画出来的图就是这样的啦： ? ?...为了避免这样尴尬，我们为大家提供了一个进阶版的火山图。为数据增加新的一列Label，将上调和下调差异表达前十的基因绘制在火山图中。 ? ?...接下来，我们进一步修改了点的颜色，我们这里用的颜色，可是Cell杂志御用颜色呢~接下来，就是见证奇迹的时刻啦~ ? ? 这样，一张完美的火山图顺利诞生啦~（可谓历尽千辛万苦啊） ? 本期干货 · ！！
火山（Volcano Plot）图在一张图中显示了两个重要的指标（Fold change/pvalue），可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。...检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以log2（fold change）为横坐标，以T检验显著性检验P值的负对数-log10（pvalue）为纵坐标，即可得火山图（Volcano Plot）。...改变点的颜色： > r03 + geom_point(color="red") > r03 + geom_point(aes(color="red")) > r03 + geom_point(aes(...自定义颜色 > r03xy + labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC),y=expression(-log[10](FDR)))) > r03xyc...保存图片: >ggsave("volcano.png") >ggsave("volcano8.png",volcano,width=8,height=8) 好吧，学习使人疯狂，脑袋疼学起画图一样起劲的忘休息
3）如果是芯片数据，或者自己DIY的数据，数据中至少应该包括：倍数列，p值列，基因名列。分别在图中4、5、6填入。注意！这时在3的地方不要勾选。...2、出表出图： 1）图中右上角的表格是GSEA的结果，10的位置可以下载。 2) 下面的图是GSEA的结果图，可以在表格中选择想画图的基因集ID。...5、如果需要提取lncRNA(long noncoding RNA)在5这打钩 6、在8的位置会显示注释位置。 7、在6的位置点击下载注释以后的表格。...之前站长精选配色依然可以选择，如果想自己DIY，请选择YouLike，然后在调色板选颜色，火山图会实时更新。 2.升级指示基因功能。可以实现单选多选，并与表格交互。你想选哪个基因，在右边表格点一下。...配合AnnoE的功能，可以实现提取LncRNA后做火山图，具体操作看下面： 1.2更新内容： 如果想选某个基因，在2的位置勾选，在1的位置填写准确填写基因SYMBOL（如果不知道准确信息，可以到Geneinfo
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近VIP群内有朋友询问火山图的绘制方法，那么本节就来详细介绍在R中如何使用「ggplot2绘制火山图」，小编添加了详细的注释希望各位观众老爷能够喜欢。...shape = 16, size = 1) + # 从 up_genes 数据框中绘制特定形状的散点图，填充颜色为红色，边框颜色为黑色，大小为 2 geom_point(data = up_genes..., shape = 21, size = 2, fill = "red", colour = "black") + # 从 down_genes 数据框中绘制特定形状的散点图，填充颜色为钢蓝色，边框颜色为黑色...log2(2)，表示折叠变化范围为 0.5 到 2 geom_vline(xintercept = c(log2(0.5),log2(2)), linetype = "dashed") + # 在图中显示...sig_genes 数据框中基因符号的标签 geom_label_repel(data = sig_genes, aes(label = symbol), force = 2, nudge_y =
")library(dplyr)library(pathlinkR)基因表达火山图在基因表达研究中，通常首先进行的可视化分析之一是识别差异表达基因（DEGs）的数量。...，有多种选项可供选择，包括：调整阈值切换显著基因和非显著基因的颜色改变标记基因的数量调整x轴和y轴的范围绘制对数2（log2）或非对数2的倍数变化（以更好地感知变化幅度）突出显示特定感兴趣的基因集data...例如，下面我们将使用上述 Hallmark 富集的结果，从“干扰素γ反应”项中提取一个基因子网络，然后绘制这个缩减后的网络，并突出显示通路中的基因。...进行通路富集分析通路富集的核心概念是过度表达：也就是说，我们差异表达基因（DEG）列表中属于特定通路的基因数量是否比随机情况下预期的更多？...p值的颜色缩放压缩比较名称以便更好地适应绘图，并使其水平显示在比较名称下方添加用于富集的DEGs数量增加通路名称的截断截止值，以便显示更多单词从这些结果中，你可以看到，尽管许多免疫系统通路在COVID-
接着我们之前复现过的一篇NC文章（复现《nature communications》散点小提琴图+蜜蜂图），有一张关于差异蛋白的火山图，但是不同的是他的阈值设定不是我们普通的横向纵向，而是曲线阈值！...image.png 本来我以为这是一个个例，本篇文章作者博眼球的做法，但是检索了一下发现我付肤浅了，有很多文章，但是有一个特点，双曲线阈值应用在蛋白组差异基因的筛选上，这样的方式类似与“软阈值”吧，能够找到更显著的蛋白...，值得在自己的研究中使用。...ggplot做火山图同根同源(ggplot做火山图—添加任意基因标签|||突出显示标记基因)。...我们的复现结果基本和这篇NC是一样的，有以下特点： 1、上下调基因阈值使用曲线。 2、上下调基因用不同颜色显示，且大小自定义，并显示基因名称。
现在很多文章开始出现这样的一种情况，在绘制火山图中，显示我们所关注的基因，那么如何去显示呢？...很多人可能会这么做，在绘制普通的火山图之后，使用AI对图进行修改，添加部分基因，但是现在我要介绍的是如何用R绘制 library(ggpubr) library(ggthemes) data <-...ta…Group) #绘制新的火山图 ggscatter(data,x=“logFC”,y=“logp”,color=“Group”)+theme_base() #添加颜色和点的大小...如果有想了解的，可以试试，其实很简单的。 最近看到一个更加强大的包，绘制的火山图更加好看 EnhancedVolcano包 1、首先安装这个包 if (!...，自定义阈值线，可以自己查看文档 hlineType线条的类型（平行于x轴）,vline—是平行于Y轴的 cutoffLineCol线条的颜色，cutoffLineWidth线条的粗细 EnhancedVolcano
做完单细胞差异基因分析(FindMarkers/FindAllmarkers)之后，按照常规流程绘制出来的火山图看上去会很奇怪。1、为什么火山图顶部聚集了很多基因？...2、为什么火山图中间出现了空白这是因为在进行FindMarkers时默认设置了一定的阈值，可以通过修改参数的阈值来修改自己的火山图（比如下边的示例代码中的min.pct和logfc.threshold参数...(markers), NA))#自定义阈值log2FC = 0.585padj = 0.05colnames(markers)library(ggplot2)library(ggrepel) # 这个R包用于添加基因名称...横坐标 使用不同cluster细胞的的pct差值，纵坐标 使用log2FC ，P值 用颜色来表示。...针对自己的数据也进行了尝试新的火山图绘制代码# 单细胞火山图展示方式-new# Findmarkers参数设置为0！
工具入口： www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2 ---- GSEA使用方法： 1、数据准备： 1）格式csv，在上1的位置输入。...3）如果是芯片数据，或者自己DIY的数据，数据中至少应该包括：倍数列，p值列，基因名列。分别在图中4、5、6填入。以测试数据为例：分别填写，logFC，p，Symbol。注意！...这时在3的地方不要勾选。 2、出表出图： 1）图中右上角的表格是GSEA的结果，10的位置可以下载。 2) 下面的图是GSEA的结果图，可以在表格中选择想画图的基因集ID。...之前站长精选配色依然可以选择，如果想自己DIY，请选择YouLike，然后在调色板选颜色，火山图会实时更新。 2.升级指示基因功能。可以实现单选多选，并与表格交互。你想选哪个基因，在右边表格点一下。...:3838/R/AnnoE2/
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