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使用SOAPfuse进行融合基因的分析

SOAPfuse是华大开发的一款,专门针对human的融合基因进行分析的工具,项目链接如下 http://soap.genomics.org.cn/soapfuse.html 在对应的文献中,将该工具与其他几款软件进行了比较...文件,gtf参数代表gtf文件,cbd代表从UCSC下载的cytoband文件,gf代表从HGNC下载的基因信息,sd代表软件的安装目录,rft代表gtf文件中的染色体名称和fasta文件中的染色体名称的对应关系...对于需要从数据库下载的文件,在该脚本的帮助信息中给出了非常详尽的提示, 这里就不赘述,对于rft文件,内容为\t分隔的两列,示例如下 1 chr1 2 chr2 第一列代表gtf文件中的染色体编号...ID对应的目录;在lane ID的目录下,就是样本的原始数据,以run ID作为前缀。...SOAPfuse的输出文件很多,会同时给出融合基因和融合转录本的信息,里面的信息和其他软件的输出基本类似,更加详细的解读请参考官网的说明文档。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

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    使用fusioncatcher进行融合基因的分析

    在某篇评估转录组各个分析流程所用软件的文章中,fusioncatcher 被评为分析融合基因的最佳工具,该软件的网址如下 https://github.com/ndaniel/fusioncatcher...软件的使用相对简单很多,分为以下两步 1....准备参考基因组 fusioncatcher也提供了准备参考基因组的脚本,该脚本会从Ensembl等网站自动下载数据,所以使用时需要联网,用法如下 fusioncatcher-build -g mus_musculus...对于原始序列所在的目录,在该目录下可以同时存在多个样本的结果,软件会自动识别不同样本对应的R1和R2端数据。...在输出目录中,final-list_candidate-fusion-genes.txt 就是最终预测到的所有融合基因,这个目录下文件很多,每个文件的详细解释可以参考官方文档。

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    使用STAR-fusion进行融合基因的分析

    STAR是目前主流的RNA-seq比对软件之一,而STAR-fusion就是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件,该项目的地址如下 https://github.com/STAR-Fusion.../STAR-Fusion/wiki 在对应的文献中,将STAR-fusion与其他融合基因分析软件进行了比较 1....建立reference lib 首先需要建立参考基因组对应的reference lib, 至少需要参考基因组对应的fasta文件和gtf文件,另外还可以提供已有的融合基因的注释等。...,pfam_db和anno_filter_rule可以从上图中的source压缩包中得到,而fusion_annot_lib是融合基因的注释信息,对于人和小鼠,上图中提供了对应的注释文件,如果没有,也可以不提供...其中的JunctionRead和SpanningFrag,在之前的文章中有介绍,这些reads的个数越多,为一个真实的融合基因的可能性越大,SpliceType表示断裂点breakpoint是否位于exon

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    无缝融合:使用 Python 和 PyFFmpeg 合并视频的完整指南

    从社交媒体到在线教育,视频已经成为我们生活中不可或缺的一部分。但是,有时候我们可能需要将多个视频片段合并成一个,创造出更丰富、更有吸引力的内容。...而今天,我们将向您展示如何使用 Python 和 PyFFmpeg 工具实现这一目标。...函数内部构建了一个 ffmpeg 命令,使用 -i 选项指定输入文件,并使用 -filter_complex concat 进行视频合并。...然后在命令行中执行以下命令: python merge_videos.py 脚本将会读取 input_files 列表中的视频文件,并将它们合并为一个名为 merged_video.mp4 的输出文件...总结 在本文中,我们学习了如何使用 Python 和 PyFFmpeg 工具来合并视频文件。通过简单的 Python 脚本,我们能够轻松地将多个视频片段融合为一个,为我们的创作和编辑带来更多可能性

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    Merge into的使用详解-你Merge了没有「建议收藏」

    当然是update还是insert是依据于你的指定的条件判断的,Merge into可以实现用B表来更新A表数据,如果A表中没有,则把B表的数据插入A表....如果没有匹配上则insert这样的一条语句进去。 大家看看这个merget inot的用法是不是一目了然了呀。...有人曾经分析merge是批量处理对性能贡献很大,个人觉得这个是没有考据的。 我们也可以在using后面使用视图或者子查询。...在Oracle 10g中MERGE有如下一些改进: 1、UPDATE或INSERT子句是可选的 2、UPDATE和INSERT子句可以加WHERE子句 3、在ON条件中使用常量过滤谓词来insert...,我们的insert into本身就支持这样的功能,没有必要使用merge 4.

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    lib 和 dll 的区别与使用, 没有头文件改如何使用

    include "sub.h" #include void sub(int a,int b) { std::cout<<(a-b)<<std::endl; } 由于在工程中,没有...---- 2.生成dll文件 生成dll文件的过程与上面的过程是一样的,只是在选择Dynamic Library(.dll)即可。在Debug中会生成一个.lib和.dll两种文件。...---- 3.两种文件的使用   在使用时,静态链接库只要把.h和.lib文件加入到工程文件夹中即可。而动态链接库要把.h、.lib和.dll文件加入到工程中。...//加入链接库 int main() { sub(5,4); return 0; } 4.仅有.dll文件时候的使用方法   在没有.h和.lib文件时,需要函数指针和WIN32...,在Linux下使用倒是很方便,在windows下还是自己编译的遇到了点问题,从新整理学习下,备用~~

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    找到java代码中没有被使用的公用方法

    最近,我打算对我们项目的代码进行清理,准备把一些没有被使用到的公用方法清理掉,但是我在网络找了一遍,像PMD,Findbugs等静态工具,都只能找到没有被使用的私有方法。...,0:被使用了,1:没有被使用,2:无法确定   * @param path   * @param className   * @param codeName   * @return   */  public...递归执行      checkUsed(fullPath, className, codeName);     }    }   }   return result;  }  /**   * 获取没有被使用的代码...= 0; i < classList.size(); i++)    {     //获取一个数据     classObject = classList.get(i);     //得到一个类中没有使用的属性列表...unUsedAttrList.isEmpty()))     {      //增加数据      result.addAll(unUsedAttrList);     }     //得到一个类中没有使用的属性列表

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    使用 CLIP 对没有任何标签的图像进行分类

    在高层次上,此类方法使用常见的训练任务让Transformer从相关的图像说明中学习有用的图像表示。...为未来的发现铺平道路 尽管以前的方法没有在大规模数据集上实现令人印象深刻的零样本性能,但这些基础工作提供了有用的经验教训。也就是说,之前的工作明确两点:1.自然语言是计算机视觉监督的有效来源。...CLIP 由于其对比目标提高了训练效率 在这里,训练效率是使用 ImageNet 上的零样本学习迁移率来衡量的。...我们如何在没有训练示例的情况下对图像进行分类? CLIP 执行分类的能力最初看起来像是一个谜。鉴于它只从非结构化的文本描述中学习,它怎么可能推广到图像分类中看不见的对象类别?...CLIP 实践——没有训练数据的准确分类! 在原文中,CLIP 在零样本域中进行评估,并添加了微调(即少样本或完全监督域)。

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    服务端驱动 Web UI 开发

    使用服务端驱动的 UI,前端和后端代码通常使用相同的编程语言编写。对于 Web 应用程序,以前是可以使用服务端渲染的 HTML 进行呈现的。...Jmix 扮演的角色 Jmix 是一个少代码快速应用程序开发框架,用于构建以数据为中心的业务应用。该框架的基石之一是使用 Vaadin 作为 UI 渲染引擎。...Jmix 支持在 XML 中以声明方式创建 UI 布局,相比于使用纯 Vaadin 在 Java 中以编程的方式构建更为简洁。...在某些情况下,能使用 JavaScript 生态是很关键的需求。而 Vaadin 在这里做了一层抽象,这是一把双刃剑。...与专门的 JavaScript SPA 相比,在 Vaadin 中访问 JS 并不容易。 另一个技术优势是很少有重复代码。在 Jmix/Vaadin 中,业务逻辑与 UI 可以使用相同的数据模型。

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    微服务入门:一个示例应用程序

    在我之前关于微服务和用户界面的文章中,我讨论了在微服务架构中开发基于Vaadin的应用程序的策略。...在本文中,我将向您展示使用Spring Boot和Vaadin Framework使用微服务架构开发的示例应用程序。以下是该应用程序的屏幕截图: 左侧是一个完全独立且独立的Vaadin应用程序。...使用Maven编译项目: cd vaadin-microservices-demo mvn package 启动发现服务器: cd vaadin-microservices/discovery-server...请记住,为简单起见,此演示不使用任何事件总线通信和推送功能来更新左侧显示的推文。在使用页面左侧的CRUD Web界面后,您必须重新加载页面才能查看新数据。...您可以在vaadin.com上找到更详细的教程。

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    使用Mac本打造你的高效率融合双系统

    使用Mac本打造你的高效率融合双系统 本文关键字:Mac本、Parallels、虚拟机、双系统 本着对苹果生态的敬仰,以及听说Mac本对开发者十分友好,终于在入手第四个笔记本时选择了MBP,由于需要进行大数据开发和数据分析...,买了当时的顶配版(哎呦~我的肉,还有点疼,不要想多,没有卖肾)。...对于同配置的笔记本,必然是多花了不少钱,但是却没有获得很好的体验。...另外一方面,熟悉了Windows系统,也熟悉了很多软件,然而在Mac系统中被阉割了很多功能或者根本没有相应的软件,这就导致非常的不方便。...四、果然很香 使用融合模式时,我们需要预先将Mac系统的任务栏置于屏幕的左侧或右侧,防止与Windows的任务栏打架,融合之后两个系统可以说已经浑然一体了。

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    如何使用 Hilla 管理全栈 Java 开发

    用户界面是使用 Lit 或 React 以及 Vaadin 的 40 多个开源 UI Web 组件创建的。   Hilla 通过类型安全的服务器通信和集成工具帮助更快地构建业务应用程序。 ...与使用纯 Java 方法的 Vaadin Flow 不同,Hilla 是一个经典的单页应用程序 (SPA) 框架,专注于全栈开发。 这意味着客户端是用 TypeScript 开发的。...人员被添加到 Vaadin 网格的项目属性中,“路径”属性用于定义人员属性的路径。为简单起见,此示例不使用分页。如果表包含大量记录,则应使用分页来加载数据的子集。...为此,使用了 Vaadin Web 组件,如图 10 所示。...Hilla 项目中的文件pom.xml使用带有 Vaadin 插件配置的配置文件在生产模式下创建构建(图 16)。

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    Autograd:你没有使用过的最佳的机器学习库?

    尽管去年发布的TensorFlow 2.0中 默认引入了急于执行的功能,并且这两个库之间存在着显着的融合 ,并且可以使用以下方法构建静态可执行模型 Torchscript,大多数似乎大部分都坚持使用。...我们还发现,在过去的十年中,与深度学习一起开发的许多硬件和软件课程(梯度下降,函数逼近和加速张量计算)在没有神经网络的情况下也得到了有趣的应用。...这些只是人工神经元范式不受限制的可区分编程功能的几个示例。 ? 深度学习可以归类为更一般的可区分编程的子空间。深度神经进化是指通过选择对神经网络进行优化,而没有明确的区分或梯度下降。...Autograd可能没有PyTorch或TensorFlow强大,并且没有所有最新的深度学习技巧的实现,但是在某些方面,这可能是开发某些阶段的优势。...不需要记住很多专门的API,对于熟悉Python和/或NumPy的人来说,学习曲线特别温和。它没有部署或扩展的任何条件,但是对于控制和自定义很重要的项目而言,它简单有效。

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    Rust 和 Wasm 的融合,使用 yew 构建 WebAssembly 博客应用的体验报告

    因此,笔者对 Rust 和 Wasm 的融合非常感兴趣,在此兴趣驱动之下,开发了一个前端较完整的 WebAssembly 博客应用。...并且,Rust 前端开发方面,相较于其它 js 前端库/框架的比较,也并非没有优势。...笔者进行简单的使用后,选择了 yew: 关于 Rust wasm 框架的选择以及入门教程,请参阅文章《Rust 和 Wasm 的融合,使用 yew 构建 WebAssembly 标准的 web 前端(1...发布则比较简单,编译为 html 文件后,直接使用应用服务器,如 nginx、apache 则可。目前 Rust 生态中,也有专用的 wasm 服务器。 使用。使用方面,即是 web 应用体验。...以上仅是个人使用的浅显体验,仅供参考。如果您想深入使用,建议参考一些资料,实践后再下结论。 完整源码,包括数据等,都开源在 github/zzy/surfer,欢迎您给予指导,或者功能贡献。

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    不要使用没有 DNS 过滤的公共 Wi-Fi

    使用公共 Wi-Fi 的缺点 尽管公共 Wi-Fi 必须提供许多好处,但也有一些缺点可能是完全避免使用它或在使用时采取预防措施以确保安全的原因。...当您使用公共 Wi-Fi 时,这意味着您可能容易受到许多网络威胁的攻击,例如恶意软件、病毒、黑客攻击和其他形式的入侵。它还为网络犯罪分子实施虚拟犯罪和伤害互联网用户提供了机会。...此外,您将能够过滤掉不受欢迎的内容,例如色情材料、暴力和与毒品相关的内容,以确保您的网络适合家庭,并且您会收到更少的投诉。...除此之外,您还可以接收或查看实时报告,其中列出了通过您的网络访问了哪些网站,因此您可以跟踪您的客户感兴趣的内容并向他们展示更多相关的广告。...安全DNS 十多年来,SafeDNS 一直提供出色的基于云的 Web 过滤。他们的服务包括友好的 24/7 支持、实惠的价格、易于部署和管理(您可以在几分钟内开始过滤)以及许多其他功能。

    62020

    <>(action/joingroup?code=v1)

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 Ribbon本身提供了下面几种负载均衡策略: RoundRobinRule: 轮询策略,Ribbon以轮询的方式选择服务器,这个是默认值。...,选择一个当前并发请求数最小的; WeightedResponseTimeRule: 带有加权的轮询策略,对各个服务器响应时间进行加权处理,然后在采用轮询的方式来获取相应的服务器; AvailabilityFilteringRule...: 可用过滤策略,先过滤出故障的或并发请求大于阈值一部分服务实例,然后再以线性轮询的方式从过滤后的实例清单中选出一个; ZoneAvoidanceRule: 区域感知策略,先使用主过滤条件(区域负载器...,选择最优区域)对所有实例过滤并返回过滤后的实例清单,依次使用次过滤条件列表中的过滤条件对主过滤条件的结果进行过滤,判断最小过滤数(默认1)和最小过滤百分比(默认0),最后对满足条件的服务器则使用RoundRobinRule... vaadin-bom ${ vaadin.version}</version

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    面试官问我注解的使用有没有踩过坑

    当时的我也算用过注解,顺口就回答了,用 isAnnotationPresent判断是否加了注解, getAnnotation获取注解对象,然后获取注解中的值。 大致的代码是这样子的: Class的时候,有没有什么情况会导致刚刚你说的方式是不能成功判断和读取的呢?...解决方案一 这种情况下拿到的Method也是被代理了的,所以Method上的注解自然获取不到,既然知道原因了,最简单快速的解决方法就是将多余的内容截取掉,然后重新得到一个没有被代理的Class对象,通过这个...{ String uri = method.getAnnotation(Encrypt.class).value(); }} 解决方案二 虽然问题解决了,但是还是觉得不够优雅,有没有更好的方式呢...: clazz = clazz.getSuperclass(); 因为CGLIB代理会为目标类动态生成一个子类,所以我们要获取最原始的类,直接使用getSuperclass就可以了,跟第一种方案是一致的

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