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NC | Spatial-ID:通过迁移学习和空间嵌入进行空间高分辨转录组数据的细胞注释

腾讯 AI Lab 联合深圳华大生命科学研究院团队,开发了一种基于自监督学习的空间转录组(spatially resolved transcriptomics,SRT)细胞注释方法Spatial-ID(...该方法通过迁移学习从已有的单细胞转录组数据集迁移单细胞表达谱知识。...此外,将Spatial-ID应用于先前通过华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq获取的小鼠大脑数据集,证实了其对具有亚细胞空间分辨率的三维大视场组织的可扩展性,这为构建大视场空间转录组脑图谱提供了一个很有前景的途径...Spatial-ID有效整合了现有的参考scRNA-seq数据的知识和空间分辨转录组数据的空间信息。它的分析流程主要为3个阶段。...更重要的是,Spatial-ID在Stereo-seq测量的大视野小鼠大脑半球数据集中的应用,展示了其在构建大视野空间转录组脑图谱中的应用前景。

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NC | Spatial-ID:通过迁移学习和空间嵌入进行空间高分辨转录组数据的细胞注释

腾讯 AI Lab 联合深圳华大生命科学研究院团队,开发了一种基于自监督学习的空间转录组(spatially resolved transcriptomics,SRT)细胞注释方法Spatial-ID(...该方法通过迁移学习从已有的单细胞转录组数据集迁移单细胞表达谱知识。...此外,将Spatial-ID应用于先前通过华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq获取的小鼠大脑数据集,证实了其对具有亚细胞空间分辨率的三维大视场组织的可扩展性,这为构建大视场空间转录组脑图谱提供了一个很有前景的途径...同时,转录检测灵敏度低或基因捕获率有限,亦会增加细胞类型注释的难度。Spatial-ID是什么?Spatial-ID有效整合了现有的参考scRNA-seq数据的知识和空间分辨转录组数据的空间信息。...更重要的是,Spatial-ID在Stereo-seq测量的大视野小鼠大脑半球数据集中的应用,展示了其在构建大视野空间转录组脑图谱中的应用前景。

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    拟南芥的基因ID批量转换?差异基因,GOKEGG数据库注释(转录组直接送你全套流程)

    新手遇到的问题都是类似的,比如批量ID转换 ? 虽然我写过大量的教程:ID转换大全 不过都需要R基础,因为是大批量转换啊! 但热心肠的植物生物信息学教学大佬还是友善的给出了解决方案 ?...简单的3个步骤,不会代码也可以很容易把ID批量转换啦! 不过有趣的是我搜索电脑资料,看到了2年前写的拟南芥教程。 不过我为什么会花时间写拟南芥教程呢? ?...clusterProfiler") # biocLite("org.At.tair.db") library(clusterProfiler) library(org.At.tair.db) 2 然后导入数据...ID是没有gene symbol的,这样的基因,意义可能不大,也有可能是大部分人漏掉了 head(deg1) ## gene_id baseMean log2FoldChange lfcSE...和symbol的对应关系就出来了,根使用网页工具是类似的,感兴趣的朋友可以试试看网页工具和R代码的ID批量转换差别有多大。

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    elasticsearch

    修改一下配置文件 集群通讯超时时间 保存退出 然后去到另外两台主机进行更改 名字和本机ip 确认: /es /usr/local/es 的属主属组有没有改过来...chown -R es:es 目录 --》 将此刻目录及目录下的文件 更改属主属组 su es 切换然后运行 三台主机都要开启 再第一台主机上面再开一个终端查询状态 再当前终端进行操作...创建索引 指定类型并添加映射 添加数据 使用分词器进行简单分词操作 es常用命令 查看所有可查看项 2.显示详细信息 3.输出可以显示的列...类型的id为1的数据 12.更新文档 13.删除文档 14.查询所有记录 15.查询符合条件的记录 16.清空内存中的缓存 17.flush和refresh...translog的flush是ES在后台自动执行的,默认情况下ES每隔5s会去检测要不要 flush translog,默认条件是:每 30 分钟主动进行一次 flush,或者当 translog 文件大小大于

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    POLARDB IMCI 白皮书 云原生HTAP 数据库系统 一 列式数据是如何存储与处理的

    为了提供快照隔离,每个行组都包含一个插入版本ID(VID)映射和一个删除版本ID映射来控制并发事务处理的可见性。由于行组是追加式的,因此删除操作需要显式提供给定主键的行ID以设置该行的删除版本。...为此,PolarDB-IMCI实现了一个行ID定位器(即两层LSM树)来将主键映射到列索引中行的物理位置。 数据包布局。...也就是说,在不更改部分包的情况下生成一个新的数据包,PolarDB-IMCI在压缩后更新元数据,以将部分包替换为新的数据包(即原子地更新指向新数据包的指针)。...对于各种数据类型,列索引采用不同的压缩算法。数字列采用参考帧、增量编码和位压缩压缩的组合,而字符串列使用字典压缩。...对于各种数据类型,列索引采用不同的压缩算法。数字列采用参考帧、增量编码和位压缩压缩的组合,而字符串列使用字典压缩。

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    elasticsearch

    修改一下配置文件 集群通讯超时时间 保存退出 然后去到另外两台主机进行更改 名字和本机ip 确认: /es /usr/local/es 的属主属组有没有改过来...chown -R es:es 目录 –》 将此刻目录及目录下的文件 更改属主属组 su es 切换然后运行 三台主机都要开启 再第一台主机上面再开一个终端查询状态 再当前终端进行操作...创建索引 指定类型并添加映射 添加数据 使用分词器进行简单分词操作 es常用命令 查看所有可查看项 2.显示详细信息 3.输出可以显示的列...类型的id为1的数据 12.更新文档 13.删除文档 14.查询所有记录 15.查询符合条件的记录 16.清空内存中的缓存 17.flush和refresh...translog的flush是ES在后台自动执行的,默认情况下ES每隔5s会去检测要不要 flush translog,默认条件是:每 30 分钟主动进行一次 flush,或者当 translog 文件大小大于

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    20个常用Linux命令

    第三列是所属用户,第四列为所属组,第五列为文件大小,第六列为文件被修改的时间,最后为文件名。其中使用chown改变所属用户,chgrp改变所属组。...则 watch -n 1 -d netstat -ant 例子:每隔一秒高亮显示http连接数的变化情况 watch -n 1 -d 'pstree | grep http' 例子:十秒一次输出系统的平均负载...如果为"-i any"表示住区所有网卡数据包 -v 输出诸如ip数据包中的TTL更加详细的信息 -t 不打印时间戳 -e 显示以太网帧头部信息 -c 仅仅抓取指定数量的数据包 -x 按照十六进制显示数据包内容...如果为"-i any"表示住区所有网卡数据包 -v 输出诸如ip数据包中的TTL更加详细的信息 -t 不打印时间戳 -e 显示以太网帧头部信息 -c 仅仅抓取指定数量的数据包 -x 按照十六进制显示数据包内容...参数 描述 -n 使用IP地址表示主机 -a 显示结果中包含监听的socket -t 仅显示TCP连接 -r 显示路由信息 -i 显示网卡接口数据流量 -c 每隔1s输出一次 -o 显示socket定时器的信息

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    UDP帧同步核心原理

    ,并继续采集下一次的操作,等到下一次的发送时间一到,再次发送数据。...2、客户端:收到服务器操作,计算游戏逻辑,上报下一帧操作给服务器 帧同步:服务器每隔多少时间,向客户端发送一次操作比较合适?...帧同步的流程详解 服务器: —>比赛对象—>房间内; (1)服务器上每个比赛对象,都又一个成员frameid,保存了当前比赛,下一帧要进的id; frameid = 1; (2)我们在服务器上定一一个数据结构...服务器上启动一个定时器,每隔66MS触发一次on_logic_frame; (5)保存我们当前的操作,到match_frames (6)遍历每个玩家,每个玩家发送我们的帧操作; (7)服务器进入下一帧:...18)收到玩家的操作,更新服务器上认为玩家已经处理的帧id; (19)如果收到玩家操作的帧ID,next frame_opts.frameid不等于马上要触发的帧ID;收到玩家过时的炒作; (20)保存玩家的操作

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    Pandas 秘籍:6~11

    但是,apply方法可能返回标量值,序列或什至任何形状的数据帧,因此使其非常灵活。 每个组也仅将其称为 ,这与对每个非分组列调用一次的transform和agg形成对比。...更多 在此秘籍中,我们为每个组返回一行作为序列。 通过返回数据帧,可以为每个组返回任意数量的行和列。...Pandas 没有同时旋转,列的方法,因此我们必须一次完成这一任务。 我们通过将Property列传递给melt方法中的id_vars参数来保持年份垂直。 现在,结果中还有混乱的数据部分。...在步骤 4 中,我们必须将join的类型更改为outer,以包括所传递的数据帧中所有在调用数据帧中不存在索引的行。 在步骤 5 中,传递的数据帧的列表不能有任何共同的列。...在这种情况下,我们使用它们来查看整个组随时间分布的快照。 首先,从数据收集结束前的 18 个月开始,每三个月选择一次数据。 我们使用asfreq方法,该方法仅适用于索引中具有日期时间值的数据帧。

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    Linux下top命令高级用法详解

    top -d 1 // 每隔1秒显示所有进程的资源占用情况 top -c // 每隔3秒显示进程的资源占用情况,并显示进程的命令行参数(默认只有进程名...像shell程序、各种语言的编译器、数据库应用、web服务器和各种桌面应用都算是运行在用户地址空间的进程,这些程序如果不是处于idle状态,那么绝大多数的CPU时间都是运行在用户态。...id e USER 进程所有者的用户名 f GROUP 进程所有者的组名 g TTY 启动进程的终端名。...共享内存大小,单位kb u nFLT 页面错误次数 v nDRT 最后一次写入到现在,被修改过的页面数。...自定义显示的列 按f键可更改显示的列信息,f键后显示如下 5. 交互输入 过滤用户:在top命令显示中,输入u,然后输入用户名,则可以查看相应的用户进程。

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    【转】linux-命令top详解

    列名 含义 PID 进程id PPID 父进程id RUSER Real user name UID 进程所有者的用户id USER 进程所有者的用户名 GROUP 进程所有者的组名 TTY 启动进程的终端名...CODE 可执行代码占用的物理内存大小,单位kb DATA 可执行代码以外的部分(数据段+栈)占用的物理内存大小,单位kb SHR 共享内存大小,单位kb nFLT 页面错误次数 nDRT 最后一次写入到现在...可以通过下面的快捷键来更改显示内容。 更改显示内容通过 f 键可以选择显示的内容。按 f 键之后会显示列的列表,按 a-z 即可显示或隐藏对应的列,最后按回车键确定。 按 o 键可以改变列的显示顺序。...按小写的 a-z 可以将相应的列向右移动,而大写的 A-Z 可以将相应的列向左移动。最后按回车键确定。 按大写的 F 或 O 键,然后按 a-z 可以将进程按照相应的列进行排序。...常用操作 top //每隔5秒显式所有进程的资源占用情况 top -d 2 //每隔2秒显式所有进程的资源占用情况 top -c //每隔5秒显式进程的资源占用情况,并显示进程的命令行参数

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    Linux命令-top

    序号 列名 含义 1 PID 进程id 2 PPID 父进程id 3 RUSER 真正的用户名 4 UID 进程所有者的用户id 5 USER 进程所有者的用户名 6 GROUP 进程所有者的组名 7...RES=CODE+DATA 18 CODE 可执行代码占用的物理内存大小,单位kb 19 DATA 可执行代码以外的部分(数据段+栈)占用的物理内存大小,单位kb 20 SHR 共享内存大小,单位kb...21 nFLT 页面错误次数 22 nDRT 最后一次写入到现在,被修改过的页面数。...可以通过下面的快捷键来更改显示内容。 更改显示内容通过 f 键可以选择显示的内容。按 f 键之后会显示列的列表,按 a-z 即可显示或隐藏对应的列,最后按回车键确定。 按 o 键可以改变列的显示顺序。...这是写top配置文件的推荐方法 常用操作 命令 说明 top 每隔5秒显式所有进程的资源占用情况 top -d 2 每隔2秒显式所有进程的资源占用情况 top -c 每隔5秒显式进程的资源占用情况,并显示进程的命令行参数

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    合并多个Excel文件,Python相当轻松

    每个Excel文件都有不同的保险单数据字段,如保单编号、年龄、性别、投保金额等。这些文件有一个共同的列,即保单ID。...保险ID’) 第一次合并 这里,df_1称为左数据框架,df_2称为右数据框架,将df_2与df_1合并基本上意味着我们将两个数据帧框架的所有数据合并在一起,使用一个公共的唯一键匹配df_2到df_1中的每条记录...注意,在第一个Excel文件中,“保险ID”列包含保险编号,而在第二个Excel文件中,“ID”列包含保险编号,因此我们必须指定,对于左侧数据框架(df_1),希望使用“保险ID”列作为唯一键;而对于右侧的数据框架...图6:合并数据框架,共21行和8列 第二次合并 我们获取第一次合并操作的结果,然后与另一个df_3合并。...这一次,因为两个df都有相同的公共列“保险ID”,所以我们只需要使用on='保险ID'来指定它。最终的组合数据框架有8行11列。

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    「Hudi系列」Hudi查询&写入&常见问题汇总

    每个分区被相对于基本路径的特定分区路径区分开来。 在每个分区内,文件被组织为文件组,由文件id唯一标识。...此外,它将每个文件组的更新插入存储到基于行的增量日志中,通过文件id,将增量日志和最新版本的基本文件进行合并,从而提供近实时的数据查询。...现在,在每个文件id组中,都有一个增量日志,其中包含对基础列文件中记录的更新。在示例中,增量日志包含10:05至10:10的所有数据。与以前一样,基本列式文件仍使用提交进行版本控制。...典型的批处理作业每隔几个小时就会消费所有输入并重新计算所有输出。典型的流处理作业会连续/每隔几秒钟消费一些新的输入并重新计算新的/更改以输出。...尽管以批处理方式重新计算所有输出可能会更简单,但这很浪费并且耗费昂贵的资源。Hudi具有以流方式编写相同批处理管道的能力,每隔几分钟运行一次。

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    华为datacom-HCIA学习笔记汇总2.0

    接收规则 20 2.6.2.2.1. 1、收到一个不带tag的数据帧,添加tag字段,VLAN ID取值为本端口的值,然后查看允许通过列表 20 2.6.2.2.2. 2、收到一个带tag的数据帧,查看允许通过列表...id都是1 端口收发规则 access端口 接收规则 收到一个不带tag字段的数据帧,添加上tag字段,VLAN ID的取值为本端口PVID的值 发送规则 查看数据帧的VLAN ID和本端口的...PVID是否相同,相同去掉tag发送,不同丢掉 trunk端口 发送规则 1、首先查看数据帧的VLAN ID是否在允许通过列表中 2、 (1)在允许通过列表中,则查看数据帧的VLAN ID和本端口的...周期性发送,每隔两秒接收一次 19 1.2.11.3. TCN BPDU 19 1.2.11.3.1. 感知拓扑发生变化,通知拓扑变化信息 19 1.2.12. 根桥故障 19 1.2.12.1....BPDU包含桥ID、路径开销、端口ID、计时器等参数 配置BPDU 选举根交换机根端口指定端口 阻塞端口 周期性发送,每隔两秒接收一次 TCN BPDU 感知拓扑发生变化,通知拓扑变化信息 根桥故障

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    Linux系统用户与属组管理

    第四列 用户GID:也就是用户的组ID号,这个GID与/etc/group有关 第五列 用户描述信息:这一列可有可无,只是用来解释账号的意义而已 第六列 用户家目录:指定了用户的家目录保存位置,系统默认生成...第二列 密码位:这个字段内的数据才是真正的口令,而且是经过加密的口令 第三列 密码最近更改时间:这个字段记录了『更改系统口令那一天』的日期 第四列 密码最短有效期:账号的口令在最近一次被更改后需要经过几天后才能再次更改...第五列 密码最长有效期:指定在最近一次更改口令后,经过多久需要再次更改的时间 第六列 密码到期前的警告天数:当账号口令过期时,系统会发出『警告』给这个账号 第七列 密码过期后的宽限天数:口令有效日期为...第二列 密码占位符:通常不需要配置,这个配置通常是给『组管理员』使用的. 第三列 组ID号(GID):就是群组的 ID 号码....◆ id命令可以显示真实有效的用户ID(UID)和组ID(GID),UID 是对一个用户的单一身份标识,组ID(GID)则对应多个UID,id命令已经默认预装在大多数Linux系统中,要使用它,只需要在你的控制台输入

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    Linux学习笔记-Day13

    生物信息学常见格式fasta一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式fna, faa, fas, fa, fasta分为两部分:id行和序列行id行:以>开头,有时包含注释信息序列行:一个字母代表一个碱基...:+开头,保留行,可能再次出现序列的标识及描述信息第四行:为碱基质量值,与第二行的序列相对应,长度必须与第二行相同,#H、I、Ggff基因组注释文件,共9列seqname:序列的名称。...:换行符之外的任意单个字符?:匹配之前项的0次或一次。#使用时应为"f\?ee",否则会被认为是搜索“?”这个字符。#或grep -E。+:匹配之前项1次或多次。#同上。*:匹配之前项0次或多次。...删除某一行或某几行,也可删除匹配上的行#可用于去掉标题行c∶change,改变指定行的内容s∶更改或替换字符串 's/pattern/new/flags' ,将pattern 替换成new,可以指定flags...#$0代表整个文本行#$1代表文本行中的第一个数据字段#$NF代表文本行中的最后一个数据字段awk默认的字段分隔符是任意空白字符awk内置变量FS:定义输入字段分隔符,Field Separator,同

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    深入理解计算机系统(第三版) CSAPP 杂谈,第6章:储存器层次结构

    SRAM 贵,稳定,集成度低,用于高速缓存存储器 DRAM 较便宜,不稳定,集成度高,需要定时重新读写和纠错码,用于主存和帧缓冲区 DRAM 的存储单元(超单元)以二元阵列排列而不是线性排列...请求某个超单元先发送行,此时会将行缓存到内部行缓冲区;然后发送列,此时将该行该列的超单元数据返回给请求者。传统的 DRAM 会将剩余的数据丢掉,而 FPM DRAM会缓存整行。...可擦写编程器 EEPROM 掉电数据不丢失,主要用于存储数据,如闪存(U盘) 一般的程序都具有良好的局部性,即访问的数据都是在一个较密集的区间内,这样可以提高访问效率。...组选择(一般用内存中间的位避免相邻的内存分到同一个组) * 2.行匹配 3. 字抽取(返回) 直接映射高速缓存命中遵循定的策略,在真实的程序中很常见,会导致令人困惑的性能问题。...组相联高速缓存每组可以有多行,冲突不命中的问题得到缓解。 缓存经常会用到 write-back 机制,即更新的数据不会立刻写入到下一层,而是每隔一段时间写一次,以获得更高的性能。

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    Mysql资料 主键

    一.简介 主键意味着表中每一行都应该有可以唯一标识自己的一列(或一组列)。 一个顾客可以使用顾客编号列,而订单可以使用订单ID,雇员可以使用雇员ID 或 雇员社会保险号。...主键(primary key) 一列(或一组列),其值能够唯一区分表中的每个行。 唯一标识表中每行的这个列(或这组列)称为主键。...没有主键,更新或删除表中特定行很困难,因为没有安全的方法保证只设计相关的行。 虽然并不总是都需要主键,但大多数数据库设计人员都应保证他们创建的每个表有一个主键,以便于以后数据操纵和管理。...: 1、不更新主键列的值 2、不重用主键列的值 3、不在主键列中使用可能会更改的值(例如,如果使用一个名字作为主键以标识某个供应商,应该供应商合并和更改其名字时,必须更改这个主键) 总之:不应该使用一个具有意义的...如果没有显式地在表定义时指定主键,InnoDB存储引擎会为每一行生成一个6字节的ROWID,并一次作为主键。 mysql 在频繁的更新、删除操作,会产生碎片。而含碎片比较大的表,查询效率会降低。

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    包含列的索引:SQL Server索引进阶 Level 5

    在聚集索引中,索引条目是表的实际行。 在非聚集索引中,条目与数据行分开; 由索引键列和书签值组成,以将索引键列映射到表的实际行。 前面句子的后半部分是正确的,但不完整。...例如,修改日期为2002年1月1日(以粗体突出显示)的产品708的五行在索引中是连续的,每隔一个ProductID / ModifiedDate组合的行也是如此。 你可能会问“为什么甚至包括列?...它迅速跳到第一个要求的条目,阅读了39个连续的条目,对每个条目进行了总计算,读取完成。 测试第二个查询:基于日期的活动总数 我们的第二个查询与第一个查询是相同的,除了WHERE子句的更改。...表2:使用可用的不同非聚簇索引三次运行第二个查询的结果 第一次和第二次测试都是相同的计划。对SaleOrderDetail表的完整扫描。...由于第4级中详细说明的原因,WHERE子句没有足够的选择性从非覆盖索引中受益。而且,包含任何一个组的行都散布在整个表格中。正在读表时,每一行都必须与其组相匹配。以及消耗处理器时间和内存的操作。

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    领券