estimate的两个打分值高低分组看蛋白编码基因表达量差异 使用CIBERSORT算法推断全部tcga样品的免疫细胞比例 这些工具都是依据肿瘤病人的转录组测序表达量矩阵进行的分析，也有几百篇类似的数据挖掘文章了...而现在各个疾病研究领域的单细胞转录组公开数据多如牛毛，我们自己对单细胞转录组数据的降维聚类分群和命名后的信息，如果可以用来推断bulk转录组细胞比例会更加精准。...下面我们就介绍一下使用MuSiC以及MuSiC2来根据单细胞转录组结果推断bulk转录组细胞比例。...，看起来就是普普通通的counts矩阵，虽然bulk转录组矩阵存储成为了 ExpressionSet 对象，但是后续在使用MuSiC以及MuSiC2需要的都是从 ExpressionSet 对象里面拿到的普普通通的...T2D') 就得到了需要分解的单细胞亚群（ delta gamma acinar ductal beta alpha ）在每个样品的比例情况，可以看到它的区别居然是把需要分解的bulk转录组矩阵根据其表型分开了一下
Methylation datasets of 529 TCGA COADREAD samples were obtained from https://tcg...
---- CDA数据分析师 出品 导读：本文主要介绍SQL环境下的关联子查询，如何理解关联子查询，以及如何使用关联子查询解决组内筛选的问题。...因为这种可以使用关联列的灵活性，将SQL查询写成子查询的形式往往可以极大的简化SQL语句，也使得SQL查询语句更方便理解。...外部查询的每行数据传递一个值给子查询，然后子查询为每一行数据执行一次并返回它的记录。然后，外部查询根据返回的记录做出决策。...内部查询利用关联子查询涉及外部查询提供的信息，外部查询也会根据内部查询返回的记录进行决策。内部查询的执行依赖于外部查询，不能单独执行。 应用场景 在细分的组内进行比较时，需要使用关联子查询。...比如查询三门课程分数相同的学生，需要将各科考试成绩的记录按照学生进行分组，同一个学生的三科成绩分为一组，对组内的三科成绩进行比较是否相同，来筛选满足条件的学生。
预先处理了所有的TCGA数据 只需要根据每个样本的表达矩阵来计算3个得分，The website presents the scores for all TCGA tumor types....estimateScore得到计算好的3个score值并且保存到本地文件。...值如下： StromalScore ImmuneScore ESTIMATEScore TumorPurity s516 -281.81487 171.5411 -110.2737...2715.1029 0.5373262 s527 -709.33568 1312.8416 603.5059 0.7689656 最后一个 plotPurity函数，根据保存好的文件来挑选对应的样本进行可视化...单个样本NGS数据如何做拷贝数变异分析呢 肿瘤配对样本用varscan 做cnv分析 使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv 肿瘤突变数据可视化神器-maftools 使用sequenza软件判定肿瘤纯度
本文介绍Pyradiomics的使用方法，和安装时遇到的坑。...上一篇文章（医学影像组学特征值（Radiomics Features）提取之Pyradiomics（一）理论篇）介绍了Pyradiomics支持的图像类型和组学特征类型，将医学图像和Mask用作PyRadiomics...的输入，对原图和经过滤波的派生图像进行影像组学特征提取，之后可以对组学特征进行进一步分析。...发现有问题，我们就按照报错提示的进行处理，可以发现这样就没问题了，可以正常import和使用了。 ? 我们可以查看一下这个radiomics包所在的位置 ?...这里补充一下两种方法使用时的区别，如果之前已经用第一种方法安装了radiomics包，那在用第二种方法再安装之后，python环境默认首先使用第一种方法，这里有一些不兼容的地方，如： from radiomics
+---------------------- safewater | 68 30 */ 6. bysort var1(var2): keep if _n= 1：保留组内最大值..._n 和 _N sysuse auto, clear keep rep78 sort rep78 gen n = _n //观测值序号 bys rep78: gen...group_n = _n //按组分割后的观测值序号 gen N = _N //观测值总数 bys rep78: gen group_N...使用循环批量修改变量名称 sysuse census, clear *全部变量 foreach var of varlist _all { rename `var' `var...region: asgen medage_m1 = medage //均值 bys region: egen medage_m2 = mean(medage) //与上方命令等价 bys
ROS(indigo) 安装和使用更新版本的Gazebo，本文以7为例。...，如何在ROS（indigo）中使用更新版本的Gazebo呢？...比赛时候可能会对gazebo_visual部分作一定的改动，比如根据真实机器人的一般情况限制机器人的平移速度、旋转速度等，这些改动将通知到每一个队伍。...在sim_config文件中更改cyan/prefix以及magenta/prefix的值为参赛双方的队伍名字; 打开Gazebo，即$ roslaunch nubot_gazebo game_ready.launch...本软件使用git作为版本控制，托管于GitHub网站。
SQL>show user USER 为 “BYS” 使用服务名登陆，as sysdba即使用SYSDBA用户权限登陆 SQL>conn sys/oraclesys@orcl as sysdba...SQL>show user USER 为 “PUBLIC” 登陆时可以使用IP+端口+服务名或主机名+端口+服务名 SQL>conn bys/bys@192.168.0.181:1521/orcl.../bys@192.168.1.211/bys3 如果不想在命令中输入密码，可以使用：或者为用监听名时： [oracle@bys3 dbs]$ sqlplus bys SQL*Plus: Release...三.SQLPLUS中显示设置-列长、分页 1.更改分页、行宽设置 show linesize show pagesize set linesize 100 ——默认80字符–这里应该根据实际需要设置...将所有列的显示属性设为缺省值 SQL>CLEAR COLUMNS 显示列值时，如果列值为NULL值，用text值代替NULL值 SQL>COL COMM NULL text 显示列的当前的显示属性值
关于连接组 当启用IM列存储时，数据库可以使用连接组来优化在IM列存储中填充的表的连接。 使用连接组的目的 在某些查询中，连接组消除了解压缩和哈希列值的性能开销。...监控连接组的使用情况 要确定查询是否正在使用连接组，可以将SQL ID传递给DBMS_SQLTUNE.REPORT_SQL_MONITOR_XML函数。...图6-2连接组的通用字典 当数据库使用通用字典时，每个CU的本地字典不存储原始值：Audi，BMW等。 相反，本地字典存储对通用字典中存储的值的引用。...因此，Oracle建议您在初始填充表之前创建连接组。 创建一个连接组： 在SQL * Plus或SQL Developer中，以具有必要权限的用户身份登录到数据库。...05监控连接组的使用情况 要确定查询是否正在使用连接组，可以将SQL ID传递给DBMS_SQLTUNE.REPORT_SQL_MONITOR_XML函数。
二、Netty中的粘包拆包如何解决 使用自定义协议 + 编解码器来解决。说人话就是：服务端你不是不知道消息的长度吗？...创建事件循环组 EventLoopGroup eventLoopGroup = new NioEventLoopGroup(); try { //...设置相关参数 bootstrap.group(eventLoopGroup) // 设置线程组 .channel(NioSocketChannel.class...配置启动参数 bootstrap.group(bossGroup, workGroup) // 设置两个线程组 .channel(NioServerSocketChannel.class...) // 使用NioSocketChannel 作为服务器的通道 .childHandler(new NettyServerInitializer());
DataX 是阿里云DataWorks数据集成的开源版本，在阿里巴巴集团内被广泛使用的离线数据同步工具/平台。...切分多个Task之后，DataX Job会调用Scheduler模块，根据配置的并发数据量，将拆分成的Task重新组合，组装成TaskGroup(任务组)。...每一个TaskGroup负责以一定的并发运行完毕分配好的所有Task，默认单个任务组的并发数量为5。...否则，异常退出，进程退出值非0 DataX调度流程： 举例来说，用户提交了一个DataX作业，并且配置了20个并发，目的是将一个100张分表的mysql数据同步到odps里面。...DataX的调度决策思路是： DataXJob根据分库分表切分成了100个Task。 根据20个并发，DataX计算共需要分配4个TaskGroup。
为了方便使用，IP地址经常被写成十进制的形式，中间使用符号“.”分隔不同的字节。于是，上面的IP地址可以表示为“192.168.1.66”。...为了扩大地址空间，通过IPv6重新定义地址空间，采用128位地址长度，每16个字节一组，分成8组十六进制数，这样就解决了网络地址资源数量不够的问题 DOS常用命令： ipconfig：查看本机...byte[] bys = "hello,udp,我来了".getBytes(); DatagramPacket dp = new DatagramPacket(bys,bys.length...组播用于对一组特定的主机进行通信 广播 广播用于一个主机对整个局域网上所有主机上的数据通信 2.5UDP组播实现【理解】 实现步骤 发送端 创建发送端的Socket对象(DatagramSocket...服务端创建对象，使用输入流接受数据 服务端使用输出流给出反馈数据 客户端使用输入流接受反馈数据 代码实现 // 客户端 public class ClientDemo { public static
：表示一组数据命令和一个数据库连接，它们用于填充 DataSet 和更新数据源。...：表示一组数据命令和一个数据库连接，它们用于填充 DataSet 和更新数据源。...，它们用于填充 DataSet 和更新数据源。.../// /// 表示一组数据命令和一个数据库连接，它们用于填充 DataSet 和更新数据源。...param> /// OleDbParameter可选参数 /// 第一行第一列的值<
本章节中会使用Navicat工具对Postgre的数据库进行操作，如果你能按照教程操作，这将会帮助你加深印象。 初遇自增 顾名思义，就是自动增加，最终产生的结果会生成一组有序的值，也称作序列值。...声明自增变量 首先，我们使用下面的SQL命令创建一个自增变量，语法如下： --auto 是自定义变量的名称，你可以使用任意名称 CREATE SEQUENCE "public"."...--缓存值的数量，缺省值为1，表示每次只产生1个新的值 引用自增变量 其次，将该函数赋值给字段的默认值，这样我们就完成了自增字段的设置 nextval('auto'::regclass) 实例操作...自增变量不依赖任何表，即使数据库中没有任何表，你依然可以创建，查看，修改或删除自增变量 不同表之间引用同一个自增变量，得到的序列值按照表数据的添加顺序分配序序列值 同一张表不同字段引用同一个自增变量，得到的序列值按照字段顺序从左到右分配序列值...auto"', 1, false); 更新到下个序列值 SELECT nextval('auto'); 删除序列值 DROP SEQUENCE "public"."
，的时候不太适用， 因为根据我们实际线上的业务表现是 Postgre SQL可能会选错索引。...在单行更新上有明显优势，尤其是启用了HOT UPDATE后， 性能比MYSQL高了一个数量级 在SQL的标准实现上要比MySQL完善，而且功能实现比较严谨，比较学院化； Postgre SQL主表采用堆表存放...而 Postgre SQL 的列里有隐藏的乐观锁 version 字段, 默认的 repeatable read 级别就能保证并发更新的正确性, 并且又有乐观锁的性能....Postgre SQL之于MySQL相对劣势： Postgre SQL系统表设计相对复杂， 在进行一些系统表的统计、操作等方面比较复杂 Postgre SQL 的索引选择方面，选错的概率稍高一些(实测)...， 而且不能跟mysql 一样方便的使用force_index Postgre SQL 存在vacuum， 需要结合具体使用场景，来调整vacuum的参数
用户可以将该配置设置为0以强制新数据写入新的文件组，或设置为更高的值以确保新数据被"填充"到现有小的文件组中，直到达到指定大小为止，但其会增加摄取延迟。...•根据特定条件对符合Clustering条件的文件进行分组。每个组的数据大小应为targetFileSize的倍数。分组是计划中定义的"策略"的一部分。...•对于每个组使用strategyParams实例化适当的策略类（例如：sortColumns），然后应用该策略重写数据。...用户始终使用会话谓词查询数据，单个会话的数据会分布在多个数据文件中，因为数据摄取会根据到达时间对数据进行分组。...总结 使用Clustering，我们可以通过以下方式提高查询性能： •利用空间填充曲线之类的概念来适应数据湖布局并减少查询读取的数据量。•将小文件合并成较大的文件以减少查询引擎需要扫描的文件总数。
PostgreSQL是一个的开源对象关系型数据库系统，使用和扩展了SQL语言，通常带有C、per、python扩展语言。...Postgre SQL还具有高度的可扩展性，比如自定义数据类型、构建自定义函数等。 0x02....9193) 从postgresql 9.3 版本开始，PostgreSQL实现了COPY TO/FROM PROGRAM这个新的功能，它允许数据库的超级用户以及pg_read_server_files组用户执行任意的操作系统命令...因为只有数据库超级用户和pg_read_server_files组用户可以执行系统命令，所以第一步要先看自身的权限是否足够。...当写入文件失败之后，又尝试了一下使用bash反弹shell。
如果希望使用聚合函数返回的值指定选择条件，请使用HAVING子句。 WHERE子句可以使用=(内部连接)符号连接操作符指定两个表之间的显式连接。...WHERE子句可以使用箭头语法(- >)操作符在基表和来自另一个表的字段之间指定隐式连接。 GROUP BY子句 GROUP BY子句接受查询的结果行，并根据一个或多个数据库列将它们分成单独的组。...当将SELECT与GROUP BY结合使用时，将为GROUP BY字段的每个不同值检索一行。...GROUP BY子句在概念上类似于 IRIS扩展%FOREACH，但是GROUP BY操作整个查询，而%FOREACH允许在子填充上选择聚合，而不限制整个查询填充。...下面的嵌入式SQL程序从一条记录中检索数据值，并将它们放在INTO子句中指定的输出主机变量中。
4.2 代理对象生成MybatisPlus 根据接口的信息以及自定义的 SQL 语句，动态生成一个代理对象。该代理对象实现了接口中定义的方法，并可以拦截方法的调用。...4.4 SQL 执行在方法拦截的过程中，MybatisPlus 会根据方法的信息和自定义的 SQL 语句，执行相应的数据库操作。这包括查询、插入、更新和删除等操作。...6.2 自动填充字段在数据库表中，有些字段的值是自动填充的，例如创建时间、更新时间等。MybatisPlus提供了自动填充字段的功能，可以在插入或更新操作时自动填充这些字段的值。...在插入或更新操作时，MybatisPlus会自动为这些字段填充相应的值。6.3 逻辑删除逻辑删除是指通过修改记录的状态而非直接删除记录来实现“删除”的操作。...GROUP BY用于分组聚合，它将相同的值归为一组，并对每组进行聚合操作（如计数、求和等）。使用GROUP BY会返回每组的聚合结果，而不会对组内的重复值进行去重。
组A使用多维映射（稀疏，分布式，持久多维排序映射）。 通常，行名，列名和时间戳足以唯一地映射到数据库中的值。 B组使用传统的关系数据模型。 这种区别造成了很大的混乱。...但是，主要区别是每个列都是单独存储的，而不是像A组中那样的列族（此语句忽略B组中的细粒度混合选项）。 接口：组A是作为NoSQL的一部分，并且通常不具有传统的SQL接口。 B组支持标准SQL接口。...因此，数据仓库是B组的理想市场，因为它们通常是批量加载的，需要许多复杂的读取查询，并且很少更新。相比之下，组A可以处理更多样化的应用程序需求集合（特别是Cassandra可以处理更高的更新速率）。...请注意，这意味着必须明确存储特定行的未定义的列作为列在列表中的NULL;否则我们不能再根据它们在相应列表中的位置来匹配值。 同时，组A中的系统将为每个值显式存储行名称，列名称或二者。...原因是组A使用稀疏数据模型（不同的行可以定义非常不同的列集合）。为每个未定义的列存储NULL可能很快导致大多数数据库填充NULL。
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