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    【生信技能树培训笔记】R语言基础(20230112更新)

    详见帮助文档(二)矩阵(matrix)矩阵是二维的。只允许一种数据类型。Tips: 判断数据结构根据生成他的函数来判断用函数class或is族函数来判断I.新建矩阵和取子集矩阵取子集,不支持$符号。...> rownames(df1) #提取行名[1] "1" "2" "3" "4"> colnames(df1) #提取列名[1] "gene" "change" "score" 数据框取子集用...#第二种方式是不可以的,因为第二种方式首先提取出gene这一列(df1$gene)已经是向量了,再取向量子集,仍然是向量。...重点与Tips:数据框按照逻辑值取子集,TRUE对应的行/列留下,FALSE对应的行/列丢掉。用于取子集的逻辑值向量,与原集对应即可,不必一定由原集生成。...如上例中,取出的子集是矩阵。若用1个中括号,取出来的子集数据结构仍然是列表,内容虽然一致。

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    解读 Optimizing Queries Using Materialized Views:A Practical, Scalable Solution

    ,因此视图包含查询表达式所需的所有行 All required rows can be selected from the view:应用谓词条件,可实现所有行从视图中提取 All output expressions...可根据谓词条件函数中可适用的等价关系来设计不同复杂程度的匹配算法。例如:简单谓词条件函数识别 ,复杂函数识别 。...然后,逐个考虑范围谓词 ,找到包含被引用列的等价类,并根据谓词条件调整范围。...这些条件相互独立,可以按任意顺序组合以创建一个过滤树。...视图分组列等价类为键 查询分组列等价类 超集 范围约束条件 视图约束列等价类为键 查询约束列等价类 子集 剩余谓词条件 视图剩余谓词列等价类为键 查询剩余谓词列等价类 子集 输出表达式条件 视图输出表达式为键

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    python单细胞学习笔记-day4

    01:20:19 numpy 矩阵:没有行名和列名 numpy 矩阵:推荐只存放一种数据类型的数据,但可允许多种数据类型 2.1 新建矩阵 使用numpy模块中的array()函数 2.2 取子集 使用下标和切片法...Note:会丢失行名和列名 df2.values df2.to_numpy() np.array(df2) 2.4 转置 m1.T 3.数据框 3.1 新建数据框 方式1: DataFrame函数:创建一个字典...df1.gene.tolist() # series 转为list df1[['gene']] # 返回数据框 提取多列:在方括号里面写有列名组成的列表 3.3 提取行和列 .iloc:基于整数位置...# 以下方式返回的都是series print(df1.iloc[0]) print(df1.iloc[0,]) print(df1.iloc[0,:]) 提取多行多列: .loc() 按照行名列名取子集....loc按照布尔值取子集:使用多个条件时,可以用and/or/&/|运算符 3.4 属性 写法与method类型,不带括号 df1.shape df1.index # 行名 df1.columns #

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    模块化、反事实推理、特征分离,「因果表示学习」的最新研究都在讲什么?

    请注意,键中的维度可以拆分为多个头(heads),然后分别计算它们的注意力矩阵和写入值。...时间 t 的输入值 x_t 被视为一组元素,结构为一个矩阵的行(对于图像数据,它可以是 CNN 的输出)。首先连接生成一个全零行向量,以获得: ? ⊕表示行级级联操作。定义线性转换构造键(K=XW....^q,每个 RIM 注意头一个),其中 R 是每行(r_i)与单个 RIM 的隐藏状态相对应的矩阵。W_v 是从一个从输入元素到相应的加权注意值向量的映射矩阵,W_k 为权重矩阵,它将输入映射到键。...模块和反事实图像的无监督检测 这篇文章所介绍的杂交方法的一个挑战,特别是对于每层包含大量单元或通道的网络,就是如何选择要干预的子集 E,作者使用从细到粗(fine to coarse)的方法提取子集。...从得到的两个因子矩阵中,得到 K 聚类模板模式(通过根据图像维度重塑 H 的每一行得到),以及每一个模式对单个映射(在 W 中编码)贡献的权重表示。每个影响图都是一个基于模板模式的最大权重聚类。

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    3.9生信

    matrix :矩阵,整个表只允许一种数据类型 data.frame:数据框,每一列只允许一种数据类型 可以根据生成的函数或者用class或者is族函数判断。...数据框取子集 a.$ df1$gene #删掉“gene”,按tab键,可以提示出表格的全部列名 小技巧:在今后把 df1$gene 看作一个整体,是一个向量,这样不容易产生困惑。...按名字 df1【,"gene"】 df1【,c('gene','change')】 d.按条件(逻辑值) df1【df1$score>0,】 图片 图片 如何取数据框的最后一列?...all.x = all, all.y = all,“不放弃每一个人”,不舍弃无法合并的内容 图片 矩阵 取子集:不支持$ 图片 新建矩阵: m = matrix(1:9, nrow = 3) colnames...(m) = c("a","b","c") #加列名 rownames(m) = c("q","w","e") #加行名 矩阵的转置和转换: 转置:t(m) 行变列,列变行 转换:as.data.frame

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    生信技能树学习笔记 Day 3

    函数stringr功能str_length() #测定字符串长度str_split() #拆分字符串str_sub() #按照位置提取字符 str_detect() #检测是否包含某个字符str_replace...筛选filter() #筛选行select() #筛选列逻辑算法① 管道符号快捷键shift + control + M ② 条件代码if(条件,一个逻辑值){条件正确执行操作}else{条件错误进行的操作...}if(条件,一个逻辑值){条件正确执行操作}else if(条件){第二个条件正确进行的操作}用上述方法就可以同时实现多个条件ifelse条件函数ifelse(条件, 条件成立输出, 条件不成立输出)...tumor', "normal") #如果样本名中包含tumor则输出tumor,反之则输出normaldata[, 4] = ifelse(t1, "tumor', "normal") #在data矩阵中增加一列...x){s= s+i}(2)下标循环for (i in 1:length(x)){s= s+x[[i]]}元素循环无法保存,下标循环可以保存;注意要对for循环结果进行保存for循环中取子集需要用两个[]

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    生信技能树数据挖掘笔记

    ————————图片转载自小洁忘了怎么分身图片R/Rstudio图片数据类型与向量图片tab键、上下键、ctr+L(back)逻辑型数据图片转换和判断图片数据的结构图片脚本直接双击打开,数据要load加载向量的生成图片数据类型的转换优先顺序图片对单个向量进行操作图片赋值是实际改变文件的方法图片图片...lis列表t可装万物图片数据框的来源图片新建数据框图片从文件中读取(放在工作目录下)图片数据框的属性图片dim()多少行、多少列,nrow()多少行,ncol()多少列,rownames()行名数据框取子集图片图片图片图片图片图片图片数据库数据框的修改图片图片图片图片图片图片图片矩阵新建和取子集...(不支持$)图片矩阵的的转置、转换图片图片图片矩阵画热图图片图片列表的的新建和取子集图片l[[2]]:取第二个子集,再取矩阵的子集列表支持$图片图片数据结构的总结图片函数和R包图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片...适用于大文件);R语言读取图片常见分隔符:逗号;空格;制表符(\t)图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片R语言作图图片图片图片图片图片图片图片图片映射,根据数据框某一列的属性来定义图的某个属性图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片...(每行是x中的一个字符串,拆分后的每列是一个片段),它可以转换为data.frame图片图片图片图片玩转数据框图片图片keep_all=T时,考察完输入列的独立性后,其他列保留输出图片图片图片图片条件语句和循环语句图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片表达矩阵画箱线图图片图片图片图片图片图片

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    2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

    本节课程大纲 六个专题—— 1.玩转字符串★★★ 2.玩转数据框★★★ 3.条件和循环★★★★★ 4.表达矩阵画箱线图★★★★ 5.隐式循环★★★ 6.两个数据框的连接★★ 课前提示: 六个专题互不干扰互相独立...-(3)注意:之前提到过,矩阵的某一列不能单独转换数据类型,需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型;或者把这列单独提取出来再转换其数据类型; ### 2.字符串拆分 str_split(x," "...3. str_sub() 按位置提取字符串子集 str_sub(x,5,9) #提取x的第5到9个字符 4. str_detect() 字符串检测【重要】 -(1)判断每个字符串含不含有某个字母或者多个字母的组合...; -(2)判断之后得到一个与x2相等的逻辑值向量; -(3)可以用来做“根据逻辑值提取x的子集”; str_detect(x2,"h") #判断x的每个字符串含不含有某个字母或者多个字母的组合; str_starts...require(tidyr)) install.packages('tidyr') #根据一个包是否library成功来决定要不要安装这个包 练习7-1 图片 # 1.读取group.csv,从第二列中提取圈出来的信息

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    上下文系列小讲堂(三)

    公式依旧未变,但数据子集继续变化。显然,这个度量值会根据矩阵环境的变化而对汇总进行自动匹配 同理,继续加入其他过滤条件,度量值的范围也会跟随条件越来越精细 ? ?...还记不记得前文“行上下文”的时候,也提过这个问题 度量值不会创建“行上下文”,那必定存在另一种上下文——对,就是“筛选上下文” 不单单是上面这个汇总公式SUM,几乎所有的DAX公式,都会根据筛选上下文而给出不同的结果...由上图我们可以知道,一个单元格的筛选上下文由一系列筛选条件组成,上图矩阵中的数值“36”,就来源于六个筛选条件,如果继续往上图中加入可视化元素,添加其他维度——诸如产品颜色、尺寸、供应商、客户等属性,那么筛选上下文仍会继续变动...,单元格内的值也会随之不同 所有的这些筛选决定了该单元格的“筛选上下文”,DAX公式在计算前,将先把筛选上下文应用到数据模型,得到筛选子集后,再进行计算 因此,筛选上下文是多个筛选的集合,这便是它的入门定义...如何创建“筛选上下文” ?

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    2023.4生信马拉松day3-数据结构

    -数据框二维数据;约等于表格 但是:列有要求(同一列只允许同一种数据类型);不是文件(可以导出来成为一个文件);数据框单独拿出的一列是向量,视为一个整体;-矩阵二维数据;同一列同一行都只允许一种数据类型...colnames(df1) #看所有列名3.数据框取子集-(1)按列名取列——【最重要】df1$score #删掉score,按tab键试试:会自动补齐df1$scoremean(df1$score...-(4)按条件(逻辑值)取子集【理解!!!】...#新建矩阵m 子集——注意矩阵中不能使用$进行取子集m[2,]m[,1]m[...+l小结图片-练习3-2# 1.统计内置数据iris最后一列有哪几个取值,每个取值重复了多少次table(iris[,ncol(iris)])# 2.提取内置数据iris的前5行,前4列,并转换为矩阵,

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    【深度学习】Pytorch 教程(十一):PyTorch数据结构:4、张量操作(2):索引和切片操作

    向量范数、矩阵范数、与谱半径详解 【深度学习】Pytorch 系列教程(五):PyTorch数据结构:2、张量的数学运算(3):向量范数(0、1、2、p、无穷)、矩阵范数(弗罗贝尼乌斯、列和、行和、谱范数...使用布尔索引访问满足条件的元素 import torch x = torch.tensor([1, 2, 3, 4, 5]) mask = x > 2 # 创建一个布尔掩码 elements = x...[mask] # 访问大于2的元素 print(elements) 输出: tensor([3, 4, 5]) e. torch.where()函数根据条件选择元素 import torch x =...condition = torch.tensor([True, False, True, False, True]) result = torch.where(condition, x, y) # 根据条件选择...7, 9]]) 使用高级切片选择了张量中从第二行开始到最后一行的子集,并且每隔一列选择一个元素。

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    Jelys Note之生信入门class3

    不能用$】【矩阵可以用中括号,y[]】 1)提取数据框的列名函数$:df1$change 【一次只能取一列】 [1] "up" "up" "down" "down" 2)平均值的函数: mean...gene change 1 gene1 up 3 gene3 down 5)向量x只有一个维度=只有一行,无法取行列; 只有数据框或矩阵才有两个以上的维度才可以直接用中括号取子集 >x[1,5...取出来的是符合条件的子集】 筛选score > 0的基因 > df1[df1$score > 0,]内容写在逗号前取子集是按行来取子集 取df1数据框中score那一列大于0的df1值如第一行、第二行...【当默认的设置不符合你的预期,可以在作者允许的范围内自定义】 (9)列表新建和取子集 #list生成列表、矩阵的函数【包容性很强!】...两种提取方式!! (10)从列表中提取矩阵 【矩阵】l[[2]]只把矩阵提取出来!

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