背景 Tidyverse 是 Rstudio 公司推出的专门使用 R 进行数据分析的一整套工具集合，里面包括了readr，tidyr， dplyr，purrr，tibble，stringr...tidyr 与 dplyr 包是用 R 语言中用来处理各种数据整合分析的包，可以说是 R 数据整合的“瑞士军刀”，tidyr 包负责将数据重新整合，dplyr 包可以完成数据的排序，筛选，分类计算等都等操作...官网：https://www.tidyverse.org/ 一、tidyr 数据整理 tidyr 包用于将数据重新整合，替代之前的 reshape 和 reshape2 包，用于数据的重塑与聚合...目前最新的版本中主要提供 pivot_longer，pivot_wider 等函数。...1.1 整洁数据 tidyr 名字来自于 tidy(整洁)一词。所谓“整洁数据”，根据 Hadley Wickham 对整洁数据的专门研究，其定义如下： 1.
主要介绍使用pivot_longer进行长宽数据转换，这两个函数都是来自于tidyr包 问题背景 现在有一个表达矩阵，要画箱线图 但是，上面表格不满足向ggplot2画箱线图的函数传递参数的需求，要变换成数据框把所有数字变成一列传递给...首先行列转置 把原来的行名变成第一列 把原来的列名变成第二列 就变成数据框形式了。也就是把宽数据变成长数据。 代码如何实现？...rownames(exp) = paste0("gene",1:3) colnames(exp) = paste0("test",1:6) exp[,1:3] = exp[,1:3]+1 exp library(tidyr...，用于画图上不同颜色 pdat = dat%>% pivot_longer(cols = starts_with("gene"), # gene开头的列 names_to...()函数直接解析 列名中含有多个变量可以用正则表达式拆分成多列 一行有多个观测 列名有重复 详见使用pivot_longer和pivot_wider进行长宽数据转换-CSDN博客
在实际工作中，存在长、宽两种数据格式，宽数据是每个样本的信息在表中只占一行，而长数据每个样本的信息在表中占据多行。 本文简单介绍一下通过tidyr包进行长、宽数据格式转换。...安装 install.packages("tidyr") # 或者 install.packages("tidyverse") 加载 library(tidyr) # 或者 library(tidyverse...tidyr提供pivot_longer函数可以将宽数据变长。...tidyr中的pivot_wider与pivot_longer的操作正好相反，可以将长数据转换为宽数据。...最后总结 tidyr包最重要的两个函数是： pivot_longer，将宽数据转换为长数据，就是将很多列变成两列。 pivot_wider，将长数据转换为宽数据，就是将两列变成很多列。
有时数据集来自多个地方，我们需要将两个或多个数据集合并成一个数据集。合并数据框的操作包括纵向合并、横向合并和按照某个共有变量合并。...，例如 bind_rows( )、bind_cols( )、left_join( )、right_join( ) 等，你可以查看这些函数的帮助文档了解它们的用法。...tidyr 包以一种比较简洁统一的格式实现数据长宽格式的转换，其中，函数 pivot_wider( ) 用于把长格式数据转换为宽格式，而函数 pivot_longer( ) 用于把宽格式数据转换为长格式...数据框 wide 也能重新转换为长格式： long pivot_longer(wide, -Subject, names_to = "time", values_to...tidyr 包中的 gather() 和 spread() 同样可以用于长型、宽型数据类型转换，详见 Cookbook for R。
一旦你有了整洁的数据和一些包提供的整洁工具，您将花费很少时间将数据从一种表示转换到另一种，从而可以将更多的时间花在分析问题上。 本文将为您提供整理数据的实用介绍以及tidyr包中附带的工具。...该例子来自《R for data science》[2],案例数据来自tidyr::who，其包含按年份，国家，年龄，性别和诊断方法细分的结核病（TB）病例。...数据来自2014年世界卫生组织《全球结核病报告》[3]。 library(tidyverse) #加载包 who #数据展示 ? 这是一个非常典型的现实示例数据集。...我们知道单元格代表案件数，因此我们将变量数存储在cases中,并用na.rm去除含有缺失值的行。这里使用pivot_longer()将数据变长，具体见后面函数详情。...()、poivot_wider() pivot_longer() 将在列中列名（数值）转换到一列上。
构建表达矩阵（瞎编的数据）set.seed(10010)exp=matrix(rnorm(18),nrow=6)exp=round(exp,2)colnames(exp)=past0("gene",1:...3)rownames(exp)=past0("test",1:6)转志library(tidyr)library(tibble)library(dplyr)dat=t(exp)%>% as.data.frame...() rownames_to_colomn() #ggplot2是不识别行名的，因此把行名变成一列 mutate(group = rep(c("control","treat"),each...= 3)) #编数据，前三个是control 后三个是treat 宽变长pdat = dat%>% pivot_longer(cols = starts_with("gene"), #或者...pivot_longer(cols = 2：4, names_to = "gene", #新建基因名列起名为“gene” values_to =
各位科研小伙伴，是不是经常遇到这样的情况：看到论文里一个超级赞的图，结果作者既没有标明图的类型，也没提供相应的代码？只能干瞪眼，到处求源代码 接下来，小编就要教你一招绝活。...requireNamespace("tidyr", quietly = TRUE)) install.packages("tidyr") if (!..., ko_K15868 = sample(0:4, 100, replace = TRUE) ) # 将KO功能注释转换为长格式 KO_long % pivot_longer...requireNamespace("tidyr", quietly = TRUE)) install.packages("tidyr") if (!..., ko_K15868 = sample(0:4, 100, replace = TRUE) ) # 将KO功能注释转换为长格式 KO_long % pivot_longer
问题来了，什么是「长数据」，什么是「宽数据」（不是短数据，这不是反义词，谢谢） 「宽数据：」 ❝即变量是多列数据，每一列都是一个值，比如株高数据，第一年的株高是一列，第二年的株高是一列，第三年的株高是一列...现在我用melt函数时，就不用载入reshape2了，直接用data.table包就行 tidyverse中的tidyr中的pivot_longer函数，这个更简单，用过这个函数，再也没有迷路过。...因为melt函数语法比较复杂，经常需要查看帮助文档或者以前的笔记。...180 300 500 4 80005 46 168 301 510 700 5 80008 33 135 271 470 670 6 80026 30 132 258 390 570 然后用pivot_longer...函数，将其转化为长数据： > re = dd %>% pivot_longer(.,-1,names_to = "Year",values_to = "Height") > head(re) # A
pivot_longer函数，是tidyr包下面的一个函数。...函数的网页讲解：https://tidyr.tidyverse.org/reference/pivot_longer.html图片pivot_longer( data, cols, names_to...$75-100k` , `$100-150k` ,#> # `>150k` , `Don't know/refused` relig_income %>% pivot_longer...Agnostic Don't know/refused 96#> # … with 170 more rows同时也可以加入管道符%>%##examplelibrary(dplyer)library(tidyr...)new % pivot_longer(-Sample, names_to = "new", values_to = "count")总结R语言不只是一个强大的可视化软件，在做的组学多了后
前面介绍了超多DCA的实现方法，基本上常见的方法都包括了，代码和数据获取方法也给了大家。 今天介绍的是如何实现其他模型的DCA，比如lasso回归、随机森林、决策树、SVM、xgboost等。...我给大家演示一遍基于stdca.r的方法，给大家开阔思路，代码可能不够简洁，但是思路没问题，无非就是各种数据整理与转换。..../000files/stdca.R") # 原函数有问题 # 构建一个多元cox回归 df_surv$cancer <- as.numeric(df_surv$cancer) # stdca函数需要结果变量是...predictors = c("prob13","prob23","prob33"), smooth=TRUE, graph = FALSE ) library(tidyr...library(ggplot2) library(ggsci) library(tidyr) df_lasso$net.benefit %>% pivot_longer(cols = -threshold
keep or drop columns Dplyr Slice select rows by position Dplyr Filter keep rows that match a condition Tidyr...Pivot Longer from wide Tidyr Pivot Wider from long Dplyr Arrange rows arrange 函数用于对数据框按照指定变量进行排序，可以根据一个或多个变量对数据进行升序或降序排列...Dplyr Rename columns rename 函数用于重命名数据框中的变量名，能够快速修改变量的名称，使得数据的列名更符合用户的需求和习惯。...Tidyr Pivot Longer from wide pivot_longer 函数用于将宽格式数据转换为长格式数据，能够根据用户指定的列将数据框中的多个列整理成一对 “名-值” 对，便于进一步的分析和处理...Tidyr Pivot Wider from long pivot_wider 函数用于将长格式数据转换为宽格式数据，能够将数据框中的一列分成多个列，根据指定的列名进行展开，使得数据以更直观的宽格式形式呈现
/tutorials/gpu/gpu-basics-similarity/gpu-basics-similarity.html 代码中有错误，关于GpuMat OpenCV代码中没有对其进行操作符运算的重载...，所有编译的时候有错误。...对于GpuMat的运算只能调用相关函数才行，后面我嫌麻烦就没有重写 // PSNR.cpp : 定义控制台应用程序的入口点。
当数据集中包含了分类变量和连续变量时，我们想了解连续变量是怎样随着不同的分类变量水平变化而变化，这时散点图中则会出现大量重叠，而箱式图则可以更清晰的展示这类数据。...rownames(exp) = paste0("gene",1:3) colnames(exp) = paste0("sample",1:8) 2 数据处理 2.1 添加分组信息 library(tidyr..."),each = 4)) # 新增group列 转置后的表达矩阵 2.2 宽数据转换长数据 宽数据是比较常用的数据收集与储存样式，而长数据常用于画图，此处我们采用pivot_longer()进行转换...pivot_longer() "lengthens" data, increasing the number of rows and decreasing the number of columns....pdat = pivot_longer(data = dat, cols = starts_with("gene"), # 宽变长 选择以"gene"为开头的行
今天推文重复的图来自于 论文 Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestication history...image.png 这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的提供的数据来试着复原一些论文中的图了。...本来已经重复到了论文中Fig1的2c，但是试着做局部放大的时候遇到了一些问题，暂时还搞不定，看了其他的图实现起来还有一定的难度。所以先挑一个相对比较简单的箱线图来模仿一下吧。...，如果使用ggplot2作图需要转换成长格式，这里本来想尝试一下tidyr包中的pivot_longer()函数了，帮助文档没有看明白。...image.png 箭头指的地方如何用代码缩短暂时不知道了，出图后手动调整吧 最终结果 ? image.png 这里遇到的问题是 如何将箱线图的垂直线改成虚线呢？
数据为真实数据修改后的数据。 很早之前给师姐调试了一个适配她大批量实验的作图代码，最近她发现有些问题，部分组数据只有四个，但图中却出现了五个点！...使用代码如下 rm(list = ls()) data = read.csv(file = "test.txt",header = T,sep = "\t") library(tidyr) ldata...= pivot_longer(data = data, cols = starts_with("X"), names_to...其实问题非常简单，geom_boxplot() 函数里有一批专门针对离群值 (outlier) 进行标注的参数。...outlier.colour：离群点的颜色 outlier.fill：离群点的填充色 outlier.shape：离群点的形状 outlier.size：离群点的大小 outlier.alpha：离群点的透明度
我们可以使用tidyverse 系统来操作，其中包括了magrittr 包，readr 包，dplyr 包和 tidyr 包等。...2.4 drop_na 效果和na.omit 一样，但是高级之处在于，其可以指定列，对数据框某列存在NA 的行直接删除： > library(tidyr) > drop_na(X,X1) X1 X2...pivot_longer/pivot_wider 大部分功能是类似的，这里主要说下pivot_longer 针对下面情况的功能： 我们需要 指定切分变量名和随访号的模式，以解决一行中有多个属性的多次观测的情形...，在对应的 names_to 中用特殊的".value" 名字表示切分出来的那一部分实际是变量名，这 时不需要 values_to 选项： dwide4 %>% pivot_longer( -id, names_pattern...", "type"), values_from = "count" ) %>% knitr::kable() 长宽混合转换 有时候，需要将数据框先转换为宽列表，再转换回长列表，比如： 这个数据的问题是
Python调试和部署总会碰到各种各样的问题，Python的版本问题，各种包的版本问题，Python的调试和部署快成了一门玄学，这次遭遇到的是FastAPI文档界面无法显示的问题，中间也测试过几种方案。...FastAPI部署后，各页面均正常响应，除了文档页，经查证是FastAPI接口文档中默认使用的是https://cdn.jsdelivr.net/npm/swagger-ui-dist@5.9.0/swagger-ui.css...对于这个问题解决方案有好多种，一个是安装pip install fastapi_cdn_host from fastapi_cdn_host import monkey_patch_for_docs_ui...一个是把这两个URL对应的文件下载到本地的static目录中并挂载它，太麻烦，放弃了。...，选择用FastAPI离线文档方式。
()和melt()位于reshape2包中；spread()、gather()、pivot_wide()和pivot_long()位于tidyr包中，其中pivot_wide()和pivot_long(...)两个函数要求tidyr从0.8.3版本升级到1.0.0版本，才有这两个函数。...= c("male", "male", "female"), education = c("master", "Bachelor", "PhD"))wide_datawide_data %>% pivot_longer...5 总结 Python中pandas库和dfply库中的函数都可以实现长宽格式数据相互转换；R语言中reshape2包和tidyr包中的函数都可以实现长宽格式数据之间相互转换，建议Python...中使用dfply库中函数，R中使用tidyr包中函数，因为key键和value值比较明确。
SARS-CoV-2 emerged via the wildlife trade https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2214427119 在 饶毅科学 公众号 看到的推文...美国科学院院刊：逐条反驳新冠是实验室产物的错误说法 其中有一个图是 image.png 今天的推文我们来试着复现一下这个图 首先是一个多序列比对文件 image.png 读取数据 df <-...phylotools::read.fasta("data/20221126/pnas.fasta") df 把序列拆分成一个碱基一列 df %>% tidyr::separate(seq.text...)),'') %>% select(-col01) %>% mutate(seq.name=factor(seq.name,levels = rev(seq.name))) %>% pivot_longer...seq.name) -> new.df 这里有一个问题是序列是27个碱基，拆分的时候需要指定28列，然后第一列是空的，暂时没有想明白是为啥 首先是多序列比对 p1% ggplot
这一次的内容太多了，我讲了 2 小时都没讲完，后续再放视频吧。有一段还忘记录了。。。...涉及编程的数据和代码都会放到 https://github.com/XSLiuLab/Workshop 推荐图书 《R for Data Science》[1] 《R 语言编程指南》 《R 实战》 其他推荐见...字符处理 substr stringr包与正则表达式略微复杂，可以单独讲一次 转换 tidyr Tidy 数据格式 ? ?...宽转长 pivot_longer, gather ?...、文档和《R 语言编程指南》 后几期主题 本期未讲述的内容？？？
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