欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。..."SRR5946923", "SRR5946920") groups <- c("cd", "cd", "cd", "nonibd", "nonibd", "nonibd") metadata data.frame...order", groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...layout = "davidson-harel", initial_layout = "reingold-tilford") 进行组间比较，并绘制树状热图...<- calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图
这里使用的是之前我说过的OLE控件在Direct3D中的渲染方法, 自己不进行swf的解析, 这不现实....创建一个ShockwaveFlashObjects::IShockwaveFlash的对象 实现一个IOleClientSite来做为IShockwaveFlash的容器 绘制 通过OleDraw来把...GDI的像素数据绘制到DC上(IShockwaveFlash是一个IViewObject) 把DC的像素数据拷贝到D3D的Texture上....中间涉及像素格式的内存操作, 需要明白图像数据的内存格式. 半透明支持(可选): 如果不需要半透明支持的话, 其实可以直接OleDraw到Texture的DC上, 不用再多一次拷贝....但是有时候不得不用(像UI), 可以这参考Transparent Flash Control in plain C++, 用黑色背景和白色背景绘制两次, 比较两次结果 的Red通道计算出相应的Alpha
这一期分享 R 语言绘制热图的案例，希望大家通过案例感受 R 语言的强大，同时消除对热图等看似高大上的图形的恐惧感，在文献阅读时更加从容，今后也尝试去绘制这样炫酷的图，如果能够放到文章里面就完美了。...R 语言里面可以用来绘制热图的主要包括: 今天将按照这个顺序依次为大家分享它们的绘图方法。 一、基础安装里的 heatmap 函数 所谓基础安装，即下载安装 R 语言后即可使用的包。...图 1. heatmap 绘制热图 我们发现，在绘图的同时也绘制了系统树图，对于 NBA 这一数据，系统树图是没有太大意义的，而且颜色其实并不是我们平时所见的红色和黄色。...利用上面的 NBA 数据，我们只是在绘制热图的那一步利用 pheatmap 函数，输入以下代码： 图 3....首先介绍了 4 种绘制非交互式热图的包，其次介绍了 4 种绘制交互式热图的包，最后介绍了 lattice 和 ggplot2 绘图系统中绘制热图的方法。
最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%
作者：严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源 地理网络图与传统的网络图不同，当引用地理位置进行节点网络可视化时，需要将这些节点放置在地图上，然后绘制他们之间的连结...首先准备需要的R包，当需要一次性加载多个R包时，我们可以利用pacman，它整合了library包中的一些相关函数，利用pacman包中的p_load函数可以自动加载需要的R包，如果没有找到则会自动安装缺失的...方法二：ggplot2+ggraph ggplot2有一个名叫gggraph的扩展包（点我了解更多的ggplot2扩展包）专门为网络图的绘制添加了geoms美学，它可以帮助我们对节点和连线使用单独的标度...这里介绍一个技巧，我们可以将绘图代码放置在()中，运行一句命令即可将图形显示在你的RStudio中，而不需要再次运行p_base。...下面创建第一个需要覆盖在地图上的图层——各节点之间的连线(edges)。
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%
❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...gas_day_started_on)) 数据可视化 df %>% ggplot(aes(x=mth, y=gas_in_storage_t_wh,group=mth)) + # 使用ggforce包中的...geom_sina函数绘制sina图 ggforce::geom_sina(aes(color=gas_in_storage_t_wh), alpha=.5, shape=21)+ # 添加文本标签...), lab=c("2","4","6","8TWh")), aes(x=x, y=y, label=y),inherit.aes = FALSE)+ # 使用scico包中的...month.abb[1:12]) + scale_y_continuous(breaks=c(seq(0,8,2))) + coord_polar() + # 使用极坐标系 # 使用cowplot包中的
官方的NativeRenderPlugin Sample只是画了一个屏幕空间的三角形, 怎么改成世界空间的呢?...XMFLOAT4X4(vm)); g_CB.Projection = XMLoadFloat4x4(&DirectX::XMFLOAT4X4(pm)); } 由于DirectX Math已经是row major的,...GL.IssuePluginEvent(GetRenderEventFunc(), 1); } 这个脚本挂到Camera上即可, OnPostRender会分别针对左右眼调用两次, 所以Native那边会产生两次绘制...另外, Native这边也可以从视图矩阵中还原出眼睛位置: XMMATRIX invViewMatrix = XMMatrixInverse(nullptr, g_CB.View);...XMVECTOR eyePos = XMMatrixTranspose(invViewMatrix).r[3]; 参考资料 http://forum.unity3d.com/threads/native-c-plugin-in-world-space
1.独立样本的t检验 t.test调用格式1：其中是一个数值型变量，x为二分变量 t.test(y~x， data) t.test调用格式2：其中有y1,y2为数值型变量。...t.test(y1,y2) 例子：比较美国南方与非南方地区犯罪的监禁概率是否相同。...2.非独立样本的t检验 如，年长的男性与年轻的男性失业率概率是否相同，此时，年龄与失业率是有关的，所以是非独立的。 非独立样本的t检验假定组间差异呈正态分布。...3.卡方独立性检验 卡方检验可以使用chisq.test()函数对二维表的行变量或者列变量进行检验。...############################################################## 以下为在真实病例中的应用，检验两种不同的疾病与年龄，性别以及发病部位有无显著差异
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...，因为这限制了包开发者自己控制S3用于实现自己的方法。
并且在1.21中完善了windows系统下的extension的bug。...整体看起来效果还是非常不错的，开发者在整体上还是保留了Rstudio和visual studio中对于View()这个函数的配置，还在此基础上添加了search功能，此外对Rshiny可视化的支持也非常棒...▶ pip install radian 四 在R中安装languageserver和jsonlite R LSP client需要借助languageserver实现函数的智能识别，R session...的配置 Path中添加R的执行文件的路径，当然也可以选择radian.exe的路径（该路径存在于python的scripts文件夹中）。...中运行的话，则会出现R session watcher不启用的状况，data和plot的review窗口则会自动调用自身gui所带的review窗口，以在windows中选择radian.exe路径为例
今天给大家介绍的的图表为雷达图(Radar/Spider chart),这种类型图表在生活中较常使用，是一种以从同一点开始的轴上表示的三个或更多个定量变量的二维图表的形式显示多变量数据的图形方法。...本期推文带你使R-Python绘制雷达图，主要内容如下： R 绘制雷达图 Python 绘制雷达图 R 绘制雷达图 在R语言中，绘制雷达图的包主要为fmsb包和*ggradar包，这里我们首先介绍fmsb...包： fmsb包绘制雷达图 创建测试数据集，这里我们构建如下： # 构建测试数据集 test_data data.frame(row.names = c('Name01','Name02','Name03...Mult Var Charts 当然，我们还可以使用 「+」 对其进行其他图层熟悉的添加(和ggplot2一样) 以上就是使用R进行雷达图的绘制，接下来，小编再简单介绍下，使用Python 进行绘制。...Radar chart Python make 总结 以上就是关于雷达图(Radar chart)的R和Python绘图方法，大家可以结合自己喜好选择工具进行绘制哈(感觉还是R方便哈
也就是说二倍屏，浏览器就会以 2 个像素点的宽度来渲染一个像素，该 canvas 在 Retina 屏幕下相当于占据了2倍的空间，相当于图片被放大了一倍，因此绘制出来的图片文字等会变模糊。...类似的，在 canvas context 中也存在一个 backingStorePixelRatio 的属性，该属性的值决定了浏览器在渲染 canvas 之前会用几个像素来来存储画布信息。...由于 Canvas 放大后，相应的绘制图片时也要放大，有两种方式： 第一种方法：每一个绘制相应的放大，比如我们绘制文字： context.font = "36px Georgia"; //一倍屏下18px...= "#999"; context.fillText("我是清晰的文字", 50, 50); 这样就可以解决 canvas 在高清屏中绘制模糊的问题。...完整的demo：https://www.html.cn/demo/canvas_retina/index.html 参考文章：《解决 canvas 在高清屏中绘制模糊的问题》
⑵t-检验 t检验是很常用的一种两组来自正态总体的数据比较检验方法，在R中进行t检验的为t.test()函数。...在R中可以使用wilcox.test()函数来进行秩和分析，其使用方法与t.test()类似。...Kruskal-Wallis检验，在R中可以使用kruskal.test()函数进行，其使用格式如下所示： kruskal.test(y~A, data=data.frame) 其中A是拥有2个或更多水平的因子变量...在R中为friedman.test()函数，其使用格式如下所示： friedman.test(y~A|B, data=data.frame) friedman.test(X) 其中A为一个分组变量（groups...在R中可以使用fisher.test()函数进行fisher精确检验，其使用方法如下所示： diet=c("yes","yes","yes","yes","yes","yes","yes","yes",
概率函数为f(k;r,p)=choose(k+r-1,r-1)*p^r*(1-p)^k, 当r=1时这个特例分布是几何分布 rnbinom(n,size,prob,mu) 其中n是需要产生的随机数个数，...size是概率函数中的r，即连续成功的次数，prob是单词成功的概率，mu未知.....如某一服务设施在一定时间内到达的人数，电话交换机接到呼叫的次数，汽车站台的候客人数，机器出现的故障数，自然灾害发生的次数等等. rpois(n, lambda) dpois(x,lambda) 连续型...mean+3sd)几乎是在肯定的。...Gamma分布中的参数α，称为形状参数（shape parameter），即上式中的s，β称为尺度参数（scale parameter）上式中的a E(x)=s*a, Var(x)=s*a^2.
前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子（factor） 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。 我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。...stage I，stage II，stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组，并转换成因子 方法一、使用gsub函数 前面也给大家介绍过☞R替换函数...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组的因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾的...接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成三个组，并转换成因子 方法一、使用gsub函数 #删除组织病理学分期末尾的A，B或者C等字母，例如Stage IIIA，Stage IIIB stage=...参考资料： ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表
另外，Spring AOP采用和AspectJ一样的有限顺序来织入增强处理：在“进入”连接点时，最高优先级的增强处理将先被织入（所以给定的两个Before增强处理中，优先级高的那个会先执行）；在“退出”..."目标方法的返回结果returnValue = " + returnValue); } } 上面的程序中，定义pointcut时，表达式中增加了args(time, name)部分，意味着可以在增强处理方法...注意，在定义returning的时候，这个值（即上面的returning="returnValue"中的returnValue）作为增强处理方法的形参时，位置可以随意，即：如果上面access方法的签名可以为...我们在AdviceManager中定义一个方法，该方法的第一个参数为Date类型，第二个参数为String类型，该方法的执行将触发上面的access方法，如下： //将被AccessArgAdviceTest...，注意args参数中后面的两个点，它表示可以匹配更多参数。在例子args(param1, param2, ..)中，表示目标方法只需匹配前面param1和param2的类型即可。
all_keys = get_all_keys(YourDocument) print(all_keys) 注意事项 上述代码中，to_mongo() 方法将文档对象转换为 MongoDB 的原生文档格式...，keys() 方法返回文档中的所有键。...如果集合中的文档数量非常大，上述方法可能会比较慢。在这种情况下，可以考虑批量处理文档以提高效率。 这段代码仅获取顶级字段的键。...mongodb如何设置自动清理某个表60天前的数据 在 MongoDB 中，可以使用 TTL（Time-To-Live）索引来自动删除集合中过期的数据。...使用 with_id 方法查找文档 在使用 MongoEngine 时，通过 with_id 方法根据文档的 _id 字段查找单个文档是常见的操作。
MongoEngine 是一个用于 Python 的 ODM（对象文档映射）库，可以让你方便地与 MongoDB 数据库进行交互。...它提供了面向对象的方式来定义模型，并对 MongoDB 的数据进行 CRUD（创建、读取、更新、删除）操作。...在 MongoEngine 中，定义一个文档模型通常是通过继承 Document 类来实现的。...User.objects(name="John Doe").first() if user: user.delete() 进阶用法 嵌入文档 MongoEngine 允许你将一个文档嵌入到另一个文档中...Main St", city="New York") user = User(name="Jane Doe", addresses=[address]) user.save() 索引和唯一性 可以在字段上设置索引和唯一性约束
该方法被用于绘制关键点的匹配情况。我们看到的许多匹配结果都是使用这一方法绘制的——一左一右两张图像，匹配的关键点之间用线条链接。...keypoints1：第一张原始图像的关键点。 img2：第二张原始图像。 keypoints2：第二张原始图像的关键点。...matches1to2：从第一个图像到第二个图像的匹配，这意味着keypoints1[i]在keypoints2[Matches[i]中有一个对应的点。 outImg：绘制结果图像。...singlePointColor：没有匹配项的关键点的颜色，当singlePointColor==Scalar::all(-1) 时，代表取随机颜色。...matchesMask：确定绘制哪些匹配项的掩码。如果掩码为空，则绘制所有匹配项。 flags：绘图功能的一些标志。
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