是否有一个版本的str_detect可以查找重复项？ - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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day 6

str_length()字符串拆分 str_split()按照位置提取字符 str_sub()字符检测 str_detect()字符替换：str_replace(只替换字符串里第一个对象)str_replace_all...；必须无双引号，不然不报错也不执行arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小unique()#向量去重复的函数duplicated()#判断向量中每一个值是否发生重复的函数...;重复定义：从左往右第二次到第多次出现算重复# 1.多次赋值，产生多个中间的变量x1 = select(iris,-5)#减去第5列x2 = as.matrix(x1)x3 = head(x2,50)#...全连接left_join 左连接左边的表更重要right_join 右链接右边的表更重要表达矩阵画箱线图（老师跳过了）7、一些优秀函数1）match和order的使用场景match函数：查找第一个向量...数据框列名错误：尝试用$访问不存在的列（如df$x但df无x列）。今日查缺补漏tips代码的运行不能撤销，但是可以执行之前的步骤再来一次。向量可以有名字，每个元素对应一个

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day 7-8 GEO数据挖掘

，注意及时升级R 不鼓励官网下载包手动安装的方式 1.3 常见的图 1、热图：有聚类和基因上调下调的信息 2、散点图和箱线图：箱线图是散点图的精华箱线图输入数据是一个连续型数据和一个有重复值的离散值向量...：组内重复是否号，组件差别是否大主成分：为多个旧变量组合的新变量原本十几个变量，现在可能只需要2~3个主成分就能代表大部分信息，而且这些主成分之间互不相关！...2.2分析思路： 2.2.1分析流程：找数据-下载并读取数据-表达矩阵+临床分组信息- GPL编号（探针注释：探针和基因之间的对应关系）——数据探索（分组间是否有差异：PCA/最离散的一些基因的热图...#如果0行说明不是表达芯片或者是遇到特殊情况，不能用此流程分析 dim(exp)#检查行列的函数 #⭐二个要检查的地方 range(exp)#看数据范围决定是否需要log，是否有负值，异常值，如有负值.../机器学习/热图） 4、没取过log且有负值：提示错误数据（建议换一个数据或处理原始数据） 5、取过1og，有少量的负数，但是4<中位数<15 这种数据正常 3、优先找靠谱正常数据降低难度 4、代码需要修代的地方

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R语言综合应用

1位到第4位 [1] "jimm" "nick" 3.字符检测（str_detect） > str_detect(x2,"h") #x2里是否有h [1] TRUE TRUE FALSE FALSE....去重复distinct（) distinct(test,Species,.keep_all = T)# distinct，数据框按照某一列去重复 3.数据框新增一列（另一种方法）mutate（） mutate...，作为下一个函数的第一个参数，逗号前的数据分别与下列的iris、x1、x2、x3对应 # 2.多次赋值，产生多个变量 x1 = filter(iris,Sepal.Width>3) x2 = select...normal3") > k1 = str_detect(samples,"tumor");k1 #查找哪些样本里有tumor这个字符 [1] TRUE TRUE TRUE FALSE...如in后面的向量有8个元素，则8次循环。

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听说WGCNA官网崩了？那还能做基因共表达分析吗？

主要的变异来源是发育阶段、组织和重复样本。我通常会制作一个汇总表来指导我的下游分析：发育阶段可以作为数值变量或定性变量进行分析。现在我们了解了实验设计，接下来我们将确定实验中变异的主要驱动因素。...Gene co-expression分析（接下来正式进行类似的wgcna的模块分析，共表达） 1.首先对重复的样本进行取均值这不是一个必须的操作，只因为我们对组织-阶段组合之间的生物学变异感兴趣，而对同一处理中复制品之间的噪声不太感兴趣...选择高变异基因有多种方法和多个截止值。例如，你可以计算所有基因的logTPM的基因级方差，并取上三分位数。你可以选择在所有组织中具有一定表达水平的基因（比如说> 5 tpm），然后取高变异基因。...，一个好方法是查看诱饵基因是否在方差最高的基因之中。...我将这一步称为“边的选择”，其中每个基因是一个节点，每个相关性是一条边。我有两种方法可以做到这一点。

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在学术不端的数据取舍上面反复横跳

然后第一种文章是再次对每个亚群继续细分走三件套（亚群注释，拟时序，转录因子）这样就可以凑三五个图表。第二种文章是针对其中一个亚群探索三五个大图。...，将对应的行赋值为一个新的ids ids[str_detect(ids$symbol,"PVRL2"),]#查看PVRL2基因对应的探针及表达量 ids[str_detect(ids$symbol,"...duplicated(ids$symbol),]#将symbol这一列取取出重复项，'!'...为否，即取出不重复的项，去除重复的gene ，保留每个基因最大表达量结果 dat=dat[ids$probe_id,] #新的ids取出probe_id这一列，将dat按照取出的这一列中的每一行组成一个新的...这个时候需要根据你自己不合格的3张图，仔细探索哪些样本是离群点，自行查询中间过程可能的问题所在，或者检查是否有其它混杂因素，都是会影响我们的差异分析结果的生物学解释。

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R练习50题 - 第一期

问题分析首先，我们需要把股票代码symbol中包含8的那些观测找出来。我们可以借助与stringr这个字符串处理包。这一步不难，稍微有些挑战的是去重。如果我们不去重，那么我们会得到非常多的重复观测。...str_detect(symbol, "8")含义为：对于symbol向量，判断其是否含有字符8，如果有，则为True，否则Faulse。 unique：找出symbol中不重复的值。...其次，对于每个组，我们需要生成两个统计数字：一个统计上涨的个数，一个统计下跌的个数。最终结果如下： ? 可以看到，对于每个date，它都对应了两个观测，一个是“UP”，一个是“DOWN”。...代码第二行生成了一个新变量num。由于在keyby语句中我们已经按照日期与涨跌进行了分组，所以这一步我们只需要统计每个组有多少个股票就可以了。我们在这里使用了uniqueN这个函数。...它是data.table内置函数之一，和unique几乎执行相同的操作，唯一不同的是，unique返回的是不重复的item（是一个向量），而uniqueN返回的是不重复的数量（是一个数字）。

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字符串数据框管道符号条件语句循环语句

(x2,"h")#检测x中的每个字符串是否含有“h”str_starts(x2,"T")#检测x中的每个字符串是否以“T”开头str_ends(x2,"e")#检测是否以“e”结尾### 5.字符串替换...x2str_replace(x2,"o","A")#只替换字符串中第一个str_replace_all(x2,"o","A")#替换所有### 6.字符删除xstr_remove(x," ")#只删除第一个空格...library(dplyr)arrange(test, Sepal.Length) #从小到大arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小# distinct，数据框按照某一列去重复...distinct(test,Species,.keep_all = T)#将数据框test中的Species列去重复# mutate，数据框新增一列mutate(test, new = Sepal.Length...require(tidyr)) install.packages('tidyr')#### (2)有elsei =1if (i>0){print('+')}else {print("-")}i = 1ifelse

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WGCNA实战—急性心肌梗死的 NETosis 模式与免疫特点的综合分析（一）

duplicated(ids$symbol),]#将symbol这一列取取出重复项，'!'...为否，即取出不重复的项，去除重复的gene ，保留每个基因最大表达量结果 dat=dat[ids$probe_id,] #新的ids取出probe_id这一列，将dat按照取出的这一列中的每一行组成一个新的...(exp) #有很明显的批次效应 #我们先构建一个向量，是三个GSE各自对应一个批次 batch 一个可以参考的标准是选择无标度拓扑R^2在0.8以上的第一个β值，因为平均连通性是β的单调递减函数。...ME2可能是对应文献中MEblue的模块可以看到ME2应该是与AMI表型最正相关的一个模块。

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R数据科学|第十章内容介绍

重复正则表达式的另一项强大功能是，其可以控制一个模式的匹配次数。 ?：0 次或 1 次。 +：1 次或多次。 *：0 次或多次。...分组与回溯引用以下的正则表达式可以找出名称中有重复的一对字母的所有水果： str_view(fruit, "(.)\\1", match = TRUE) ? .：匹配任意字符 (.)...：将匹配项括起来，并将其命名为\\1；如果有两个括号，就命名为\\1和\\2。 \\1：表示回溯引用因此，(.)\\1的意思是，匹配到了字符，后面还希望有个相同的字符。....)\\2\\1", match = TRUE) 匹配检测要想确定一个字符向量能否匹配一种模式，可以使用str_detect()函数。...x <- c("apple", "banana", "pear") str_detect(x, "e") #> [1] TRUE FALSE TRUE str_detect() 函数的一种变体是str_count

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 06 R应用专题

##用来检测元素中的字符，生成与向量元素相等的逻辑值向量，可以用来取子集 str_starts(x2,"T") ##检测是否以T开头 str_ends(x2,"e") ##检测是否以e结尾图片 5...= T) ##某一个数据第一次出现视为不重复，之后出现的为重复图片 2.mutate（）数据新增列 # mutate，数据框新增一列，新增一列是两列数值的乘积 mutate(test, new =...可以用来进行分组，通过str_detect函数识别数据中的关键词，然后进行分组 samples = c("tumor1","tumor2","tumor3","normal1","normal2","...(l1,l2) ##判断两个数据是否一致 #如何将结果存下来?...操作的函数，批量操作图片图片分批次将运行结果保存为R.data格式便于管理数据图片大段代码暂时不运行可以进行折叠，并加入一个if 判断或者注释掉表达矩阵箱线图表达矩阵 R 语言作图要求将宽数据的表达矩阵转变成长数据后昨天

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生信技能树学习笔记 Day 3

函数stringr功能str_length() #测定字符串长度str_split() #拆分字符串str_sub() #按照位置提取字符 str_detect() #检测是否包含某个字符str_replace...筛选filter() #筛选行select() #筛选列逻辑算法① 管道符号快捷键shift + control + M ② 条件代码if(条件，一个逻辑值){条件正确执行操作}else{条件错误进行的操作...}if(条件，一个逻辑值){条件正确执行操作}else if(条件){第二个条件正确进行的操作}用上述方法就可以同时实现多个条件ifelse条件函数ifelse(条件, 条件成立输出, 条件不成立输出)...t1 = str_detect(samples, "tumor") # 检测样本名中是否有tumorifelse(t1, "tumor', "normal") #如果样本名中包含tumor则输出tumor...，反之则输出normaldata[, 4] = ifelse(t1, "tumor', "normal") #在data矩阵中增加一列，内容为分组情况ifelse()中条件不成立输出的一栏可以再增加ifelse

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阿榜的生信笔记7—R语言的综合运用1

这份学习目录可以让大家更容易地了解笔记里面的内容哦?： R语言的综合运用内容较多，所以我将其分为两篇文章进行讲解。...,"T") str_ends(x2,"e") str_detect函数检查x2字符串中是否包含字母"h"，返回一个逻辑值。...str_starts函数检查x2字符串是否以字母"T"开头，返回一个逻辑值。 str_ends函数检查x2字符串是否以字母"e"结尾，返回一个逻辑值。...= T)，这行代码是用来从数据框test中筛选出不重复的Species列，并保留所有列数据。...) { print('0') } else if (i< 0){ print('-') } ifelse(i>0,"+",ifelse(i<0,"-","0")) ⑥、for循环 for循环可以机械重复操作符合同一条件的数据

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R语言学习笔记-Day6

计算一个"字符串"内的字符数。...，是否存在该字符（输出值为T或F）1.5 字符的替换str_replace(x2,"o","A")只会对第一次出现的"o"替换成"A"#改进：str_replace_all(x2,"o","A")对所有的...#整行移动#升序排序降序排序arrange(test,desc(Sepal.Length))##列名不能加""2.2 去重复distinct(test,Species,.keep_all=T)#对某一列中重复的元素去重复...*1if(F){...} #{}内所有代码被跳过if(T){...} #{}内代码执行#针对限速步骤可以将限速步骤保存为.Rdata，之后加载该文件即可#下载数据的代码，可保留但不反复运行*2分成多个脚本...k2,"tumor","normal")3.4 for循环for(i in x){CODE}#对x中的每个元素i执行相同的代码CODE#有几个元素则执行几次，函数本身不存在判断条件，可自行添加其它函数进行判断

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生信技能树- R语言-day7

TURE，生成长度相等的逻辑值向量，可以用来取子集，可以提出来含有h的地雷str_starts(x2,"T") #是否以t开头str_ends(x2,"e")#是否e结束5.字符串替换x2str_replace...unique 给向量去掉重复duplicated 判断是否发生了重复（逻辑值关系，遇到第二次就变成ture）distinct(test,Species,.keep_all = T)mm[!...，根据逻辑值向量生成有两个取值的字符型向量ifelse() + str_detect()samples = c("tumor1","tumor2","tumor3","normal1","normal2...require(g,character.only = T))install.packages(g,ask = F,update = F)}玩转隐式循环apply向量里有两个东西，一个是正文，一个是名字，...") #某文件在工作目录下是否存在file.remove("douhua.txt") #用代码删除文件file.exists("douhua.txt") #删掉了就不存在啦可以批量的新建和删除f = paste0

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R语言day7:函数的高级运用（1）

."### 1.检测字符串长度str_length(x) #一个引号为一个字符串## [1] 42length(x)## [1] 1### 2.字符串拆分str_split(x," ")## [[1]]...# [1,] "jimmy" "150"## [2,] "nicker" "140"## [3,] "tony" "152"#matrix只能有一种数据类型，不能只改其中一列数据类型#只有数据框可以修改其中一列数据类型...### 3.按位置提取字符串str_sub(x,5,9)#从x字符串的第5位到第9位截取## [1] "birch"### 4.字符检测str_detect(x2,"h") #哪一个字符含有h## [1...distinct(test,Species,.keep_all = T) #留下第一行去掉重复的行## Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width.../dalizhenbang/x.csv)(2)有elsei =1if (i>0){ #()一个逻辑值 print('+')} else { print("-")}## [1] "+"i = 1ifelse

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R语言利用转录组基因表达矩阵做基因共表达分析的学习资料推荐

，表达量数据的下载链接是 https://zenodo.org/record/7117357#.Y0WB13ZBzic 关于样本的一些分组信息在链接里提供了，大家如果感兴趣可以自己下载数据然后跟着这个链接完全重复一下...接下来的内容我重复一下资料中利用表达量数据做PCA的内容代码 setwd("data/20221012/") list.files() #library(data.table) library(...str_detect(dev_stage, "5 DPA") & str_detect(tissue, "Locular tissue|Placenta|Seeds") ~ "LM",...) PCA_by_stage library(patchwork) PCA_by_method+PCA_by_tissue+PCA_by_tissue image.png 以上用到的代码和示例数据都可以在推文开头提到链接里找到...上面的代码有一步是对TPM值加1然后取log10，他的实现方式是先将宽格式数据转换为长格式，然后把取log10后的长格式再转换为宽格式，这里我没能还可以借助mutate_at()函数 Exp_table

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R语言笔记-6

str_split(strs," ") #截取部分字符串 str_sub(str,7,11) #判断字符串是否有某一字符 str_detect(strs,"foods") #判断字符串开头是否有某一字符...str_starts(strs,"Joey") #判断字符串结尾是否有某一字符 str_ends(strs,"\\?")...)),5) #去除重复的Species列内容 head(arrange(iris,Species,.keep_all = T),5) #筛选Sepal.Width大于3的行 head(filter(iris...,Sepal.Width>3),5) #筛选出Sepal.Length和Sepal.Width列 head(select(iris,Sepal.Length,Sepal.Width),5) #管道符可以将上一函数的输出...，传递至下一个函数的第一个参数 iris filter(Sepal.Width>3) %>% select(Sepal.Length,Sepal.Width) %>% arrange(Sepal.Length

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day 6 字符串数据框条件循环隐式循环

（行） of 2 variables:（列）3.按位置提取字符串str_sub(x,5,9) #提取从5-9位置的字符串4.字符检测可以筛选符合条件的元素str_detect(x2,"h") #检测每个位置是否有该字符...test, Sepal.Length) #从小到大,加上引号之后没有报错但也没排序arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小# distinct，数据框按照某一列去重复...as.matrix() %>% head(50) %>% pheatmap::pheatmap()条件和循环library(stringr)条件语句1.if(){ } 带有{}表示这一段代码可以被折叠...tumor3","normal1","normal2","normal3")k1 = str_detect(samples,"tumor");k1 #string包中的函数：samples中有tumor...的位置返回的结果为TRUEifelse(k1,"tumor","normal")k2 = str_detect(samples,"normal");k2ifelse(k2,"normal","tumor

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R语言小专题

”的分割是空格，因此输入“ ”，同样也可以是其他符号。...str_sub(x,5,9) #取x字符串第五到第九位[1] "birch"4）str_detect() 查找字节x2 = str_split(x," ")[[1]];x2[1] "The" "...str_detect(x2,"h")[1] TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE[8] FALSE根据搜索的内容会返回true or false的值5）str_replace...distinct(test,Species,.keep_all = T) #把Species列的重复去掉3）数据框新增一列mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width...（由于lapply输出的格式也是列表不便于观看，因此可以使用sapply函数）sapply(test,mean) #输出形式是矩阵 x y z 34.5 33.5 28.5 五、数据框的链接

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生信马拉松 Day7

;x 1.1 检测字符串长度 str_length(x) #注意包括空格，空格也算一个 #[1] 42 length(x) #算的是向量有多少个元素 #[1] 1 1.2 字符串拆分 str_split...tab出列名，再删去数据框名字，防止写错 identical(a$Sepal.Length,test$Sepal.Length) #这个函数意思为是否相同，可以用来检查是不是真的排序了 2.2 distinct...，不可以是多个逻辑值组成的向量 } #if+else的格式 if (){ }else{ } #ifelse的格式 ifelse( , ,) #第一个逗号前是逻辑值 #for的格式 for(){...ggplot2) p = ggplot(pdat,aes(gene,count))+ geom_boxplot(aes(fill = group))+ theme_bw() p TIPS 1.如何看某一列是否有重复值....如何进行长脚本的管理 1.可以用if(F){}来进行长脚本的管理，带有{}的代码，可以被折叠 2.分成多个脚本，每个脚本最后保存Rdata，下一个脚本开头清空再加载，不推荐表格文件生信技能树，生信马拉松

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