transcription factors表示转录因子的名称，对应的基因，家族，序列等基本信息，DNA motifs代表该转录因子结合区域的保守模式，DNA binding sites代表该转录因子实际的结合区域，target genes代表转录因子调控的靶基因。
几年前，甚至研究人员也不愿使用DNA来存储数据，因为这看起来过于科幻，并没有任何实用价值。今天，我们可以使用正确的软件和生物化学模块扩展PostgreSQL，并在DNA上运行SQL。
今年4月，警方用一种以前未使用过的DNA技术解决了几十年前的谜团 ，金州杀手的身份。
来源：生物探索 网站：http://www.biodiscover.com 导读：三名儿童的失踪改变了美国的历史---美政府建立了失踪儿童干预系统。在去年，美国启动了新生儿测序计划，让婴儿降临的基因测序数据将会陪伴着其一生。两会期间，全国政协委员白鹤祥建议，免费为新生儿建立脐带血和DNA库，为儿童生命健康提供保障，并有效遏制拐卖儿童犯罪，这一提案若被落实，则昭示着基因产业迈向一个全新的领域。 据不完全统计报道，中国每年约有数万儿童失踪，贩卖儿童这一骗子产业的产值高达百亿元，失踪儿童的找回概率则只有0.1%左
题目：NEFM DNA methylation correlates with immune infiltration and survival in breast cancer
不久前，尘封40年的“金州杀人案”的罪犯Joseph DeAngelo终于绳之以法！真是大快人心。这次，多亏有DNA数据库帮忙。
近年来, 表观组关联分析（Epigenome-wide Association Study，EWAS）已成为探索复杂性状表观遗传基础的有效策略。随着大量EWAS科研成果的发表，现已积累了海量表观遗传数据，尤其是DNA甲基化芯片数据，其海量数据的整合分析对系统研究不同实验条件下的DNA甲基化状态以及探索与各种性状相关的表观遗传机制具有重要意义。目前，国际上存在一些数据库来存储DNA甲基化芯片数据，但这些数据库缺乏有效和统一的归一化方法来消除不同数据集之间的批次效应，可能对下游分析产生负面影响，元数据标准不统一，并且都不提供跨不同组织、性别、种族和疾病的标准化的DNA甲基化图谱。为了解决这些问题，国家中心开发了EWAS Data Hub数据库。
关于DNA甲基化相关的数据库，我们介绍了很多。上一周的时候，更是转载了一个介绍了20多个表观遗传相关的数据库。每一个数据库有些时候就是做的东西不一样的。所以我们就基于不同的目的选择不同的数据库即可。今天继续介绍一个DNA甲基化相关的数据库：SurvivalMeth(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/survivalmeth/)。这个数据库需要还是寻找和肿瘤预后相关的甲基化位点，同时通过DNA甲基化功能元件(methylation-related functional elements, DMFEs)来尝试探讨其甲基化位点的功能。
Brian Burke, Research VP, Yefim Natis, Distinguished VP Analyst, Avivah Litan, Distinguished VP Analyst, Nick Heudecker, VP Analyst, Svetlana Sicular, VP Analyst, Sylvain Fabre, Senior Director Analyst.
想当年吴用智取生辰纲的时候，抢完就跑，根本不用担心指纹问题，而现在连一根头发都不能留在案发现场，光靠DNA就能抓到犯罪分子。
在NGS飞速发展的时代，有大量研究通过GSWA的方法，阐述了SNP于疾病之间的关联; 也有学者利用WGBS，RRBS, 甲基化芯片等方式研究DNA甲基化与疾病之间的关系。不过是对于SNP和DNA甲基化，都有许多独立的数据库存储和整理相关信息，但是却缺乏公开的整合了SNP和DNA甲基化等多组学数据的数据库。
当你将自己的DNA数据上传到互联网时，你等于是把自己和所有亲属置于执法部门的监督之下。
表观遗传学是与遗传学(genetic)相对应的概念。遗传学是指基于基因序列改变所 致基因表达水平变化，如基因突变、基因杂合丢失和微卫星不稳定等；而表观遗传学则是指基于非基因序列改变所致基因表达水平变化，如DNA甲基化和染色质构象变 化等；表观基因组学(epigenomics) 则是在基因组水平上对表观遗传学改变的研究。
小编为大家爆肝整理了近百个数据库！共分10大类。今天小编先为大家分享前5类。 在整理的过程中，小编发现一些虽然是以前经常被大家推荐使用的数据库，但却已不再维护了，早已不能正常使用了，这种数据库小编也已经贴心的帮大家过滤掉了。那就快来看看有没有你需要的吧！
已经无法打开 具体请参考文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC29767/
GEO 数据库全称是 Gene Expression Omnibus，是由美国国立生物技术信息中心NCBI 创建并维护的基因表达数据库。它收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，目前已经发表的论文中涉及到的基因表达检测的数据可以通过这个数据库中找到,并且免费提供下载，对科研人来说真是非常友好的存在。
在芯片、测序和组学等遍地开花的时代，前人已经积累了大量数据，而且信息是公开的、免费的。因此，如果我们用别人的数据发表自己的论文，从海量数据中挖掘点自己需要的东西，岂不是件很赚的事情。
前有金州杀人案，后有《杀人回忆》原型案，DNA技术逐渐成为侦破刑事案件的中坚力量。
---- 新智元报道 来源：MIT NEWS 编辑：LQ、小匀 【新智元导读】我们能把数据存储到DNA上吗？目前这项技术的主要瓶颈是，我们很难从所有文件中挑选出想要的特定文件。近日，麻省理工学院开发了一种检索DNA数据文件的新方法，或许能成为DNA存储数据的重要一步。 一个咖啡杯就能装下全世界？ 有了DNA数据存储，这是可能的。 1988年，艺术家Joe Davis和哈佛大学研究人员合作，首次证明了DNA存储数字化数据的原理。 Davis通过明暗像素将代表35bits数据的符文符号图像表示为二进
在 10月期间 ，总共发表了医学相关在线数据库49个。下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库，以及笔者比较感兴趣的数据库。如果想要所有相关数据库信息的，后台回复：==2110==。
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对。
整个5-6月份发表了近100篇数据库文章，去掉一些其他物种的以及植物方面的数据库，最后剩下了一下这些数据库。(数据库检索方式主要还是基于我们之前发表的数据库的脚本，可能会有一些遗漏)。
DNA损伤在细胞正常生命代谢活动中时有发生，发生损伤后如不能及时修复或修复时发生错误，极易形成体细胞突变和结构变异，引起肿瘤等重大疾病。为研究 DNA 损伤修复过程，研究人员开发了多项用于直接或间接检测 DNA 损伤和修复过程的高通量测序技术。然而，随着各种测序技术所产生数据的快速累积，如何将其进行整合供研究者使用成为一个亟需解决的问题。近日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）吴薇课题组和广州国家实验室袁姣课题组合作开发了首个整合DNA损伤修复测序数据的数据库：DNA Damage Atlas (DDA)。
标题：Smart Fashion: A Review of AI Applications in the Fashion & Apparel Industry
作者：Peter Fisk 编译：陈洁，康欣 欢迎个人转发朋友圈；其他机构或自媒体转载，务必后台留言，申请授权 北京遇上西雅图，成就的是文佳佳和弗兰克的一段佳缘。大数据遇上大思想，成就的“佳缘”会
SurvivalMeth是哈尔滨医科大学李霞教授团队开发的，于2020年8月11日发表在Briefings in Bioinformatics上的针对DNA甲基化预后分析的数据库。
SnapGene 5 for Mac是一款强大DNA序列分析软件，能够记录DNA构建体，而无需处理复杂的工具或工作流程。然后可以将数据导出为与设计用于DNA序列的其他流行软件解决方案兼容的文件格式。
限制性内切酶，简称限内酶，是生物体内的可以将异源性DNA切断的一类酶，这可以限制异源DNA的侵入并使之失活，但对自身DNA没有损伤，可以维持细胞原有遗传信息的完整性。 限内酶可以是被DNA特异顺序序列即识别位点，并在识别位点内部或周围切割双链DNA。限内酶是分子克隆的基础。
结果主要分三个部分：Motifs，Tracks，Transcription Factors
各位芝士的朋友好，今天我们继续聊我们的SNP话题，前面两讲我们分享了SNP发生的位置，发生的类型以及SNP的命名，并且特意提到了SNP的两个数据库，今天我们来学习一下这两个数据库的使用。
比如查看 POU5F1 基因：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/5460
近日，Google又在VR上有了新动作。但这次既不是推出VR硬件，也不是开源数据库，而是展出了四部VR短影片。这四部影片描绘的是超过3000年的时尚演变历史，该项目由谷歌Arts & Culture与
前两天我们介绍了两个和融合基因有关的数据库，其中涉及到融合基因的查找和功能预测。对于融合基因的功能的话，FusionGDB数据库主要是来分析发生融合基因之后，对于其本身功能的变化，但是对于融合基因的调控，这个数据库就没有多大的注释，所以就有了
1.新加坡南洋理工大学：有个性还有情感的机器人问世 新加坡南洋理工大学（NTU）最近来了一位新的“接待员”。NTU于29日发布公告称，这个新的“接待员”其实是该校最新研制出的类人机器人娜丁（Nadin
DNA甲基化，对于做科研的小伙伴们或多或少不陌生吧，而R语言复杂的代码加上报错也常常让小伙伴们怒砸键盘不已！今天，小编给大家分享一个神器，让你轻松搞定甲基化数据分析。当然，如果有小伙伴对甲基化概念不甚了解，可动动手去文末查看！
DNA 甲基化 (DNAm) 作为表观基因组学的一个重要分支，为转录调控提供了重要的依据，其中包括基因组印记、早期胚胎发育和癌症进展。尽管大量全基因组亚硫酸氢盐测序 (WGBS) 在绘制跨组织类型的 DNA 甲基化组图谱方面做出了巨大努力，但它在解释细胞异质性和理解特定生物学状态下的发育动态方面仍然存在一定的不足。另外，许多情况下（如哺乳动物早期胚胎发生），比较难获得大量细胞。目前开发的单细胞水平DNA甲基化策略包括：scRRBS和 scBS-seq，以及多组学方法，如 scTrioSeq2和 scM&T-seq。
上一篇文章生物信息中的Python 01 | 从零开始处理基因序列自己造轮子实现了序列的基础操作，但是在Python的世界里，一项工作只要重复的次数多了，那么一定就会有大神来开发相应的包来解决，这个包名就是 Biopython 。接下来我们试着使用它来实现简单的序列处理。
肿瘤异质性对癌症的个性化诊断和治疗提出了挑战。癌症特异性生物标志物的鉴定方法对于癌症类型的诊断和治疗具有重要应用。在这项研究中，作者分析了来自 TCGA 和 GEO 的泛癌 DNA 甲基化数据，并提出了一种基于 G 蛋白偶联受体相关基因（GPCRs-related genes）的 DNA 甲基化水平来量化特异性程度的计算方法。并鉴定泛癌中的特定 GPCR DNA 甲基化生物标志物 (GRSDMs)。然后，使用基于岭回归的方法通过预测癌症样本的药物敏感性来发现潜在的药物。
之前在介绍一些关于生物学基本知识的时候，提到过[[SNP是什么东西？]]以及[[基因突变需要了解那些内容？]]。这类的变异都是通过改变基因序列来影响基因的功能。除了这样的变异。还有一类变化叫做表观遗传学 (epigenetics) 。简单来说表观遗传学主要就是通过不影响基因序列的改变来影响基因基因的表达。
之前我们在介绍很多转录调控相关的数据库的时候，都会提到这些数据库包含了ENCODE数据库。那么ENCODE数据库是什么样的数据库呢？
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之前我们在[[SNP是什么东西？#QTL]]当中提到过，QTL是一种用来预测SNP功能的算法。一般分析SNP影响哪个方面的功能就在前面加什么前缀。[[表观遗传学简介]]当中的DNA甲基化 (DNA methylation) 是一种通过给DNA序列添加甲基来影响基因功能的方式。如果要分析SNP对甲基化的影响，那么就会有meQTL (methylation QTL) 这样的东西。所以这里就给大家介绍两个关于meQTL预测的数据库。Pancan-meQTL: http://gong_lab.hzau.edu.cn/Pancan-meQTL/
生物信息学（bioinformatics）：综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科。包括生物学数据的研究、存档、显示、处理和模拟，基因遗传和物理图谱的处理，核苷酸和氨基酸序列分析，新基因的发现和蛋白质结构的预测等。
DNA甲基化是基因表达中重要的表观遗传调控因子，在癌症中发挥重要作用。MethHC提供包括临床病理数据、突变和拷贝数变异、循环肿瘤DNA甲基化谱等数据，用户可以用来癌症比较、诊断、预后、识别潜在的表观遗传生物标志物。
我们前面说过，科研论文的三大元素——疾病、表型和分子，从差异到表型，这是科研最基本的要素，属于现象差异，是什么或者怎么样的问题，但没有回答为什么的问题，用学术语言来说，就是机制是什么。
是由Broad Institute研究所牵头发起的一项肿瘤基因组学研究项目，收集整理了1000多个肿瘤细胞系的组学数据，包含了以下类别
1997年9月21日，山东聊城，郭刚堂儿子郭新振在家门口被拐走，郭刚堂由此踏上漫漫寻子路。
DNA 序列在分子生物学和医药研究中有着广泛的应用，比如基因溯源、物种鉴定、疾病诊断等。如果结合正在兴起的基因大数据，采取大量的样本，那么通常实验结果更具说服力，也能够更有效地投入现实应用。
下载原始测序数据： 在GEO数据库搜索GSE87182, 这里没有直接给出ftp地址，需要先从BioProject找到SRA号，可以得到RNA-Seq的SRA的accession_list，共64组数
各位科研芝士的朋友好，我们今天解读一篇利用TCGA数据库中的DNA甲基化芯片分析的文章。此文18年发表在CLINICAL EPIGENETICS 杂志上，最新影响因子5.49分
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