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利用单细胞数据对bulk进行反卷积

intro buk-RNAseq和sc-RNAseq联合分析在许多文章中已经屡见不鲜了,这周介绍两种利用单细胞数据对bulk进行反卷积方法的基本实现 参考: 这个bulk RNA-seq反卷积工具,你可能还不知道...单细胞工具-使用BisqueRNA对Bulk RNA-seq数据解卷积 这里沿用BayesPrim的测试数据集,在相同尺度下同时进行BayesPrism和BisqueRNA 两种方法算法原理比较 BayesPrism...Embedding learning module则是一个使用期望最大化(Expectation-maximization, EM)算法对肿瘤表达进行建模的模块。...根据参考图谱反卷积:接下来,将批量RNA-seq数据与参考图谱进行比较,并使用数学算法进行计算,以确定批量数据中每种细胞类型的贡献比例。...这个过程可以类比为一个反卷积问题,其中批量数据被视为观测到的总体数据,参考图谱被视为已知的组成部分。 非负最小二乘回归:在BisqueRNA中,使用非负最小二乘回归方法来进行反卷积。

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    使用asort函数对PHP数组进行升序排序

    PHP是一门功能强大的语言,数组是PHP中十分常用的数据结构之一。在实际开发中,经常需要对数组进行排序。PHP提供了多个函数用于对数组进行排序,其中asort函数可以实现对数组进行升序排序。...将每个值都视为普通数据类型进行排序。 SORT_NUMERIC - 将每个值都视为数值类型进行排序。 SORT_STRING - 将每个值都视为字符串类型进行排序。...三、案例演示 以下是一个使用asort函数对数组进行升序排序的案例: 执行后,输出结果如下: 3 => apple 2 => banana 1 => orange 0 => lemon 四、小结 asort函数是PHP中对数组进行升序排序的一种方式,它能够完美地保留数组的键值关系...在实际开发中,这个函数是经常使用的。

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    如何使用XLMMacroDeobfuscator对XLM宏进行提取和反混淆处理

    该工具使用了xlrd2、pyxlsb2和其自带的解析器来相应地从xls、xlsb和xlsm文件中提取单元数据以及其他信息。 你可以在xlm-macro-lark.template查看XLM语法。...模拟器安装 首先,我们需要使用pip下载和安装XLMMacroDeobfuscator: pip install XLMMacroDeobfuscator 接下来,我们可以使用下列命令安装最新的开发版本...install -U https://github.com/DissectMalware/XLMMacroDeobfuscator/archive/master.zip 模拟器运行 针对Excecl文档中的宏进行反混淆处理...-no-indent --output-formula-format "[[INT-FORMULA]]" 以JSON格式导出输出数据: xlmdeobfuscator --file document.xlsm...下面的样例中,我们能够以Python库的形式使用XLMMacroDeobfuscator并对XLM宏进行反混淆处理: from XLMMacroDeobfuscator.deobfuscator import

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    CA2321:请勿使用 SimpleTypeResolver 对 JavaScriptSerializer 进行反序列化

    规则说明 反序列化不受信任的数据时,不安全的反序列化程序易受攻击。 攻击者可能会修改序列化数据,使其包含非预期类型,进而注入具有不良副作用的对象。...例如,针对不安全反序列化程序的攻击可以在基础操作系统上执行命令,通过网络进行通信,或删除文件。...如果代码需要读取使用 SimpleTypeResolver 序列化的数据,可实现自定义 JavaScriptTypeResolver 将反序列化的类型限制为预期列表。 使序列化的数据免被篡改。...序列化后,对序列化的数据进行加密签名。 在反序列化之前,验证加密签名。 保护加密密钥不被泄露,并设计密钥轮换。 何时禁止显示警告 在以下情况下,禁止显示此规则的警告是安全的: 已知输入受到信任。...考虑到应用程序的信任边界和数据流可能会随时间发生变化。 已采取了如何修复冲突的某项预防措施。 配置代码以进行分析 使用下面的选项来配置代码库的哪些部分要运行此规则。

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    CA2321:请勿使用 SimpleTypeResolver 对 JavaScriptSerializer 进行反序列化

    规则说明 反序列化不受信任的数据时,不安全的反序列化程序易受攻击。 攻击者可能会修改序列化数据,使其包含非预期类型,进而注入具有不良副作用的对象。...例如,针对不安全反序列化程序的攻击可以在基础操作系统上执行命令,通过网络进行通信,或删除文件。...如果代码需要读取使用 SimpleTypeResolver 序列化的数据,可实现自定义 JavaScriptTypeResolver 将反序列化的类型限制为预期列表。 使序列化的数据免被篡改。...序列化后,对序列化的数据进行加密签名。 在反序列化之前,验证加密签名。 保护加密密钥不被泄露,并设计密钥轮换。 何时禁止显示警告 在以下情况下,禁止显示此规则的警告是安全的: 已知输入受到信任。...考虑到应用程序的信任边界和数据流可能会随时间发生变化。 已采取了如何修复冲突的某项预防措施。 配置代码以进行分析 使用下面的选项来配置代码库的哪些部分要运行此规则。

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    python 变量数据使用 json 进行序列化与反序列化操作

    这时候就需要使用到 json 把数据进行序列化之后保存到硬盘中了,这样子下一次取出来就不会丢失格式了,这样子是不是很方便呢?...序列化操作 多种多样格式序列化后保存到硬盘 复杂方法 list = [1,'a',6] list = json.dumps(list) # 把列表进行序列化 with open('a.txt...# 读取文件中的内容 list = json.loads(list) # 把内容进行反序列化输出 print(list) 简单方法 with open('a.txt','r...') as f: list = json.load(f) python变量数据序列化与反序列化的操作是不是很简单呢。...注意: 1、 json格式的内容字符串内容使用的使用双引号; 2、python数据的集合不能进行序列化操作; 发布者:全栈程序员栈长,转载请注明出处:https://javaforall.cn/115153

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    opencvsharp对Mat数据进行序列化或者反序列化以及格式化输出

    【简要介绍】 在OpenCVSharp中,FileStorage类用于将数据(包括OpenCV的Mat类型数据)序列化为XML或YAML格式的文件,以及从这些文件中反序列化数据。...以下是关于FileStorage类用法的详细说明: 写入数据(序列化) 创建FileStorage对象: 使用FileStorage类的构造函数创建一个新的FileStorage对象,并指定文件名和模式...csharp复制代码 FileStorage fs = new FileStorage("output.xml", FileStorage.Mode.Write); 写入数据: 使用Write方法将数据写入文件...对于复杂的数据结构(如包含多个Mat对象的列表或字典),可能需要使用更复杂的序列化策略。 在处理大量数据时,需要注意内存管理和性能问题,确保应用程序的稳定性和响应性。...这在处理图像数据时非常有用,因为它可以大大简化数据的存储和传输过程。 【界面展示】 【实现意义】 序列化和反序列化可以将图像数据存储为特定格式作为分析使用,格式化输出则有利于对图像数据进行肉眼分析。

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    反模式:使用数据库进行进程间通信分析

    引言 进程间通信(IPC)是软件系统中各个组件之间交换数据和消息的一种机制。虽然使用数据库进行IPC在某些情况下看似方便,但这通常被认为是软件设计的一个反模式。...使用数据库进行IPC的问题 1. 性能问题 数据库负载:频繁的读写操作会增加数据库的负载,影响其性能和响应时间。 延迟:数据库操作通常比其他IPC机制有更高的延迟,不适合实时或高频通信。 2....设计问题 耦合:这种方法导致系统组件与数据库紧密耦合,降低了模块间的独立性。 复杂性:维护和管理用于IPC的数据库模式会增加系统的复杂性。 3....可扩展性和可靠性问题 可扩展性:随着系统规模的增长,依赖数据库的IPC可能成为性能瓶颈。 事务管理:在分布式环境中,处理数据库事务可能变得复杂和困难。...结论 虽然使用数据库进行IPC可能在某些简单场景中看似方便,但从长远来看,它会带来诸多问题,如性能下降、设计复杂性增加、可扩展性和可靠性降低等。

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    使用Trimmomatic对NGS数据进行质量过滤

    Trimmomatic 软件可以对NGS测序数据进行质量过滤,其去除adapter的功能只是针对illumina的序列,从reads的3’端识别adapter序列并去除,相比cutadapt,少了几分灵活性...对于数据量很多的reads, 滑动窗口算法比cutadapt的算法运行速度更快。官网如下 http://www.usadellab.org/cms/?...序列,在查找时,首先执行一个seed match, 就是只在序列中查找adapter的前几个碱基,如果前几个碱基都找不到,就没必要在查找后面的碱基了,通过seed match可以加快运行速度,2表示在进行...seed match时,允许的最大错配数;当满足了seed match后,trimmomatic会将adapter 序列的全长与输入序列进行比对,从而识别adapter序列。...对于单端测序数据,基本用法如下 java -jar trimmomatic-0.38.jar SE -phred33 input.fq.gz output.fq.gz ILLUMINACLIP:

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    使用Python对Instagram进行数据分析

    为了做到这一点,首先我们需要在你的用户配置文件中获得所有的帖子,然后根据点赞的数量对它们进行排序。...为此,我们将使用Pickle。Pickle可以序列化任何变量,将其保存到文件中,然后加载它。这里有一个例子说明它是如何工作的。...由于我们要按照字典内的某个键对它进行排序,我们可以这样使用lambda表达式: myposts_sorted= sorted(myposts, key=lambda k: k['like_count']...获得跟踪用户和跟踪列表 我将获得跟踪用户和跟踪列表,并对其进行一些操作。为了使用getUserFollowings和getUserFollowers这两个函数,你需要先获取user_id。...现在,我们有了一个JSON格式的跟踪用户和跟踪列表的所有数据,我将把它们转换成更友好的数据类型–set–,以便对它们执行一些设置操作。 我会使用 ‘username’并从中创建set()。

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    使用Python对Excel数据进行排序,更高效!

    我们对表格进行排序,以帮助更容易地查看或使用数据。然而,当你的数据很大或包含大量计算时,Excel中的排序可能会非常慢。...因此,这里将向你展示如何使用Python对Excel数据表进行排序,并保证速度和效率!...准备用于演示的数据框架 由于我们使用Python处理Excel文件中的数据,几乎在默认情况下,我们都将使用pandas库。...但是,注意,由于默认情况下inplace=False,此结果数据框架不会替换原始df。 图2 按索引对表排序 我们还可以按升序或降序对表进行排序。...在下面的示例中,首先对顾客的姓名进行排序,然后在每名顾客中再次对“购买物品”进行排序。

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    使用fastp对NGS数据进行质量过滤

    -g参数强制对所有数据去除polyG尾,-G参数禁止去除polyG尾。...默认情况下,是不会根据序列复杂度进行过滤的,如果想要进行过滤,需要添加-Y参数,同时使用-y参数指定复杂度的阈值,取值范围0-100, 默认值为30,复杂度低于30%的序列会被过滤掉。 8....根据index 对序列进行过滤 fastp支持根据index对序列进行过滤, --filter_by_index1参数指定一个index文件,该文件中每行是一个index,如果序列的index在该文件中...对双端数据进行校正 通常情况下,reads的3’端质量较差,双端测序的数据,可以根据overlap部分的序列,对低质量的测序结果进行校正。...fastp支持对UMI标记的序列进行预处理,添加-U参数之后,fastp就可以对UMI数据进行预处理。

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    如何使用Python对Instagram进行数据分析?

    其数据规模巨大,具有很大的潜能。本文将给出如何将Instagram作为数据源而非一个平台,并介绍在项目中使用本文所给出的开发方法。...为此,我们将使用Pickle。Pickle可以将任何变量序列化并保存到文件中,进而加载它们。...我们将发出一个请求,然后对结果使用next_max_id键值做迭代处理。 在此感谢Francesc Garcia所提供的支持。...现在我们得到了JSON格式的所有粉丝和被粉者的列表数据。我将转化该列表为一种对用户更友好的数据类型,即集合,以方便在数据上做一系列的操作。...上面我们给出了可对Instagram数据进行的操作。我希望你已经学会了如何使用Instagram API,并具备了一些使用这些API可以做哪些事情的基本想法。

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