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初探PLINK文件格式(bed,bim,fam)

在我们进行GWAS分析时,经常会使用到PLINK软件,对于新手来说可能掌握起来比较困难,所以首先我将和大家分享PLINK文件的基本格式。...1作为各组的字节数,编码信息如下: 00:基因型是bim文件第一个等位基因的纯合子 01:基因型缺失 10:基因型是杂合子 11:基因型是bim文件第二个等位基因的纯合子 如果你在PLINK里加载如下文件...,第四个字节0xdc的二进制值为11011100,那么在第一个SNP(snp1)上,样本1的基因型00对应就是GG(从后往前数),样本2的基因型11对应就是AA, 样本3的基因型缺失,样本4基因型11对应...,性染色体和线粒体染色体用'X'/'Y'/'XY'/'MT'表示,而'0' 代表染色体信息缺失) ; (2) 第二行:变异标识符,这个就相当与每一个遗传变异的编号,常见的SNP可以采用以“rs”开头的编号...; (3) 第三行:每个遗传变异在基因组上的位置,用摩尔根或者厘摩尔根表示; (4) 第四行:碱基对的坐标; (5) 第五行:等位基因1,通常是次要等位基因(minor allele); (6)

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Mol Ecol Resour发表华南虎高质量基因组图谱,助力遗传拯救

深圳国家基因库数字化平台为该文章的样本提供了测序数据产出,此项研究的组装数据和重测序数据均已存储于国家基因库生命大数据平台(CNGBdb),项目编号分别为:CNP0001654和 CNP0001906。...90年代末,华南虎被宣布在野外功能性灭绝,成为中国最濒危的物种之一。 全球9个虎亚种濒危状态 “野外灭绝”是指某物种所有野生个体已经消失,但在人工饲养的环境下还存在。...而近亲繁殖增加了有害隐性等位基因结合的机会,其后代变为纯合子发病的概率显著提升。 高度的近亲繁殖,使得华南虎新生幼崽夭折率高,且还多发不孕不育等各类遗传症。...东北虎和华南虎的高质量染色同水平基因组组装 进一步研究在华南虎基因组中发现大量长而连续的基因组纯和片段(ROH),提示了近交在华南虎种群中普遍存在并产生了广泛影响。...有趣的是,虽然华南虎整个基因组的突变负荷要明显高于东北虎,但在长的纯合片段区域的突变负荷,华南虎却低于东北虎。

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    【动态规划背包问题】树形背包问题练习篇

    你可以先尝试做做,也欢迎你向我留言补充,你觉得与背包相关的 DP 类型题目 ~ 题目描述 这是 洛谷 P1064 [NOIP2006 提高组] 金明的预算方案,难度为 提高组。...常规的「树形背包」解法优化思路主要为:使用一般情况下维度更小的「容量」来代替数据范围更大的「物品」维度。...整体复杂度为 空间复杂度: 优化(分组背包) 常规的「树形背包」求解方案复杂度是 ,主要适用于「容量」维度数据范围较小的情况。...这就导致了我们之前总结的复杂度为 常规树形背包解法无法通过。 当原本使用「枚举多少容量」来代替「所有选择方案」的优化变成了瓶颈。...我们需要利用主件最多只有 件物品作为切入点,退化回「枚举所有选择方案」的做法,从而将问题彻底转化为「分组背包」问题。 事实上,这道题还有两种优化做法。

    90430

    MM第一节:后台配置(全)

    ,关于miro报错再看 2.7.1 定义供应商方案组SM30 V_TMKK 2.7.2 定义采购组织方案组SM30 V_TMKE 2.7.3 给采购组织分配方案组SM30 V_T024E_SG 2.7.4...OMSF,非库存物料时跟评估类绑定,可以自动过账 SAP 用户化实施指南 →后勤-常规 →物料主数据 →设置关键字段→定义物料组 2.5.7 物料评估类OMSK 在后台配置中,物料类型(Material...→后勤-常规→业务伙伴→供应商→控制→定义科目组和字段选择(供应商) 复制的别人的,可以定义一些字段选择与否等 2.6.2 供应商编号范围SM30维护视图V_077K_B 编号就不搞了 2.6.3...顺道把税的表都列上 T007A 稅關鍵字 T007B 會計中的稅務處理 T007C Groupings for tax codes T007D 賦稅群組的內文 T007F 銷項 / 進項群組的稅 T007G...方案组:供应商> 2.7.2 定义采购组织方案组SM30 V_TMKE 2.7.3 给采购组织分配方案组SM30 V_T024E_SG 2.7.4 采购计算方案确定OMFO SAP 用户化实施指南

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    【题解】洛谷P1003铺地毯

    现在将这些地毯按照编号从小到大的顺序平行于坐标轴先后铺设,后铺的地毯覆盖在前面已经铺好的地毯之上。 地毯铺设完成后,组织者想知道覆盖地面某个点的最上面的那张地毯的编号。...注意:在矩形地毯边界和四个顶点上的点也算被地毯覆盖。 输入格式 输入共 n + 2行。 第一行,一个整数 n,表示总共有 n 张地毯。...接下来的 n 行中,第 i+1 行表示编号 i 的地毯的信息,包含四个整数 a ,b ,g ,k每两个整数之间用一个空格隔开,分别表示铺设地毯的左下角的坐标 (a, b)以及地毯在 x 轴和 y轴方向的长度...第 n + 2行包含两个整数 x 和 y,表示所求的地面的点的坐标 (x, y)。 输出格式 输出共 1 行,一个整数,表示所求的地毯的编号;若此处没有被地毯覆盖则输出 -1。...也就是开一个很大的数组,然后把数据模拟进去。可是这样子就有问题了。这a,b,g,k最大值是10的5次方啊。这内存绝对爆炸。看来模拟的方法是不能AC的了。 换个思路 先把每一组数据输入进来。

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    Perl正则表达式:字符与字符集

    ,这里匹配y开头和d开头具有四个字符回文结构的单词组,例如yabba dabba 对于复杂嵌套结构的捕获组编号,Perl有个很简单的规则,只需根据从左到右左圆括号的顺序即可。...如果反向引用捕获组编号后面紧跟着数字,为了消歧义可能需要更多的圆括号,而从Perl 5.10开始,反向引用可以使用\g{n}的格式,如下所示: (.)...\g{-1}11 #匹配类似于xaa11这样的字符 相对反向引用使用负号来指左边的捕获组,-1则为在左边最靠近引用位置的捕获组,这种写法避免了在另外加入括号之后所有编号都必须修改的窘况,更有利于程序维护...例如[abcxyz]可以匹配出现在字符串中的a、b、c、x、y、z中的任一个,相连的字符中间可以使用连字符-表示范围,例如上式可以写为[a-cx-z],如果在集合内包含连字符本身(而不是表示范围的含义)...)实际上是一种操作,虽然它没有使用元字符; ④优先级最低的是竖线|,表示或,由于其优先级最低,它通常将模式划分成几个部分。

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    JMG | 基因PRKG2的变异导致骨骼表型异常

    目标是使用全基因组测序 (WGS)来识别罕见遗传疾病的致病原因,并将这项技术的使用嵌入到国民医疗保健 (National Health Service, NHS)制度中。...在这项研究中,作者通过英格兰基因组学公司提供的LabKey应用程序,使用来自100KGP的数据搜索了罕见的PRKG2双等位基因变异。...家系1家系分析图(双线为近亲婚配),箭头先证者M1/M1突变 这样的复杂病例预计在近亲的家庭中更为常见,大范围纯合子区域 (ROHs)占基因组的很大比例;然而,对于F1-IV-6,OI的二次诊断是由于...家系1一代测序验证 插入A碱基后发生移码,且无法终止翻译 在家系2中,一个患有肢端发育不良的女孩的外显子组测序显示了一个纯合子致病变异PRKG2c.1705C>T;(Arg569*)。...将F2-V-3的基因组数据与之前发表的病例进行比较,未能检测到PRKG2基因座 (Locus)上共有的单倍型。c.1705 C>T的复发似乎更有可能是由于单独的突变事件。

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    【译】CSS列表,标记,计数器

    ::marker伪元素中的content属性在规范中是最近添加的,但在Firefox 68中也已支持。...这意味着可以在::marker伪元素中操作文本,当结合计数器使用时,其为标记符号的格式化提供了可能性。 浏览器支持和回退 对于不支持::marker伪元素的浏览器,就会显示常规的标记符号。...大多数情况下,回退到常规的标记符将会是一个合理的解决方案。 计数器 有序列表的编号是通过CSS计数器实现的,因此,CSS列表规范中也描述了计数器。...counter()函数仅适用于最内层的计数器,如在第一个例子中用于写出步骤列表编号。因此,当我们有一组嵌套列表时,用counter()函数来实现当前层级相关的计数。...例如你有一组计数为2的列表项(嵌套在计数为4的列表项里),则该分支包含: 4 2 可以通过一下代码在标记中输出4.2。

    1.2K30

    Latex论文写作小技巧记录,不断更新

    目录 参考文献references存在下划线 ----  除了本文,还可以逛一下以下几篇: - LaTeX简单常用方法笔记,附模板_小锋学长生活大爆炸的博客-CSDN博客_latex笔记模板...- 期刊会议排名、信息检索网站推荐以及IEEE Latex模板下载_小锋学长生活大爆炸的博客-CSDN博客 - Latex希腊字母对照表 - 小锋学长生活大爆炸 ---- 【报错】参考文献references...【报错】参考文献references存在“&” 解决方法: 重新导出下cite 【技巧】公式添加编号并编号右对齐  如果是语雀这些软件,就在公式最后面加上\tag{编号},如: $F = x + y...\tag{3-28}$ 图片 如果是IEEElatex模板,使用“equation”块,格式如下,会自动设置编号: \begin{equation} F = x+y \label{eq:...\end{table*} 如果发现图片太小,可以使用“\includegraphics[width=\linewidth]”设置成适应一行,格式如下: \begin{figure*}[!

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    孟德尔随机化之遗传学概述

    假设一条染色体中给定基因座上的DNA序列为: ...ATTACGCTTCCGAGCTTCCGCAG...; 并且配对染色体上的相同基因座显示为: ......由于人们每个染色体有两个副本(父本和母本),因此可以将每个二元 SNP的个体分为对应于其等位基因组合(其基因型)的三个可能的亚组,这些亚组是主要野生纯合子(AA),杂合子(Aa)和突变纯合子(aa)。...如果使用在大量个体中观察到的遗传模式,我们可以使用计算机软件从SNP数据推断出单倍型,因为通常并非所有可能的等位基因组合都将出现在群体的染色体上。...但是,在现在的讨论中,我所指的的遗传变异都是SNP,这里SNP具有特定的编号,以“rs”开头,例如rs1205。 2....另外我们必须完善其方法,因为通常需要多种遗传变异的数据或从多个研究人群中获取的数据才能找到有意义的发现。但是,如果使用得当,它可以洞察变量之间潜在的因果关系,这是其他方法所无法比拟的。

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    什么是RFC?

    RFC的形式开始,经过 大量的论证和修改过程,由主要的标准化组织所指定的,但在RFC中所收录的文件并不都是正在使用或为大家所公认的,也有很大一部分只在某个局部领域被使用 或并没有被采用,一份RFC具体处于什么状态都在文件中作了明确的标识...在IETF中, Area Directors (ADs) 负责相关的几个工作组。这些工作者所开发的文档将由ADs 进行校阅,然后才作为RFC的出版物。    ...实际上,在Internet上,任何一个用户都可以对Internet某一领域的问题提出自己的解决方案或规范,作为Internet草案 (Internet Draffs,ID)提交给Internet工程任务组...有一个不断被更新的文件RFC-INDEX.TXT按照RFC的编号来索引所有的文件,对于因特网标准文件还列 出了其相应的STD编号。 RFC文档必须被分配RFC编号后才能在网络上发布。...例如,可以使用路 径名RFC/RFCnnnn.TXT通过FTP的方式从ds.internic.net站点获得RFC,其中“nnnn”指的是RFC的编号。

    6.8K31

    如果你定位到了个不纯粹的单细胞亚群

    LVI的存在与膀胱癌患者的生存率降低、复发风险增加和疾病进展风险升高密切相关。在膀胱癌的风险分层、预后评估和治疗决策中,LVI的识别和评估具有重要作用。...中山大学孙逸仙纪念医院的新鲜出炉的单细胞文章 很容易整理这个数据集 GSE222315 页面提供的表达量矩阵文件后读取,常规的单细胞转录组降维聚类分群代码可以看 :链接: https://pan.baidu.com...pwd=y4eh ,基本上大家只需要读入表达量矩阵文件到r里面就可以使用Seurat包做全部的流程。...因为文章主要关注点是成纤维细胞亚群的细分,如下所示,其实很明显的可以看到这个编号1的成纤维亚群是可以细分的,虽然说编号1的成纤维亚群确实是在LVI阳性组里面要高于阴性组的,但是如果它细分之后可能会规律不一样哦...作者的编号2和3亚群其实就是免疫细胞和上皮细胞啦,理论上是需要删除的哦。

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    PM第一节:后台配置(全)

    3.4 定义技术对象视图参数文件 3.5 定义功能位置种类 3.6 维护设备种类 3.7 定义设备编号范围 3.8 设备使用历史更新 3.9 允许功能位置安装设备 3.10 为设备种类分配用户状态参数...5.18组件分配的行项类别缺省值 5.19 定义可用性检查范围 5.20定义检查范围 5.21 定义可用性检查控制 02 正文 研究下PM挺好玩,工作需要,要涉及设备管理行业。...1.4 定义计划组 工厂维护和客户服务>工厂维护和客户服务中的主数据> 技术对象 >常规数据 >定义计划组者 计划组更加偏重于工厂区域下一层级的信息,相当于班组的负责人。...3.7 定义设备编号范围 工厂维护和客户服务>工厂维护和客户服务中的主数据> 技术对象 >设备 >设备种类 >定义编号范围 外部给号偏重于从外部系统同步过来的建的设备,内部给号偏重于内部建设备。...3.8 设备使用历史更新 工厂维护和客户服务>工厂维护和客户服务中的主数据> 技术对象 >设备 >设备使用周期 >使用历史更新 3.9 允许功能位置安装设备 工厂维护和客户服务>工厂维护和客户服务中的主数据

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    Word域的应用和详解

    ▲ AND(x,y) 如果逻辑表达式 x 和 y 的值均为 true,那么取值为 1;如果这两个表达式中有一个的值 false,那么取值为 0。 ▲ AVERAGE( ) 一组值的平均值。...注意 y 和 z (通常为 1 或 0 (零))可以是任意数值或单词”True”和”False”。 ▲ INT(x) 对值或算式 x 取整。 ▲ MIN( ) 取一组数中的最小值。...▲ MAX( ) 取一组数中的最大值。 ▲ MOD(x,y) 值 x 被值 y 整除后的余数。...▲ PRODUCT( ) 一组值的乘积。例如,函数{ = PRODUCT (1,3,7,9) } 返回的值为 189。 ▲ ROUND(x,y) 对数值 x 舍入到由 y 指定的小数位数。...使用该域时,必须对第一节之后每一节的页从 1 开始重新编号。 ▲示例:要在已分节的文档的每一页上打印如“429”之类的文字,可在页眉和页脚中插入如下域和文字。

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    【动态规划背包问题】树形背包问题

    在常规的「分组背包」问题中,我们采用的状态定义为: 为考虑前 个物品组,背包容量不超过 的最大价值。...从状态定义我们发现,常规的分组背包问题对物品组的考虑是“线性“的(从前往后考虑每个物品组)。 然后在状态转移时,由于物品组之间没有依赖关系,限制只发生在”组内“(每组「最多」选择一件物品)。...所以常规分组背包问题只需要采取「枚举物品组 - 枚举背包容量 - 枚举组内物品(决策)」 的方式进行求解即可。...然后发现如果采取常规的分组背包的「枚举方案」做法,最多会有 个方案需要被枚举,复杂度过高。...再利用最终的 必然是由各种具有实际使用容量的方案中取最大值而来,利用”已有维度”对原本的 中方案进行划分,从而将复杂度从 优化到 。

    2.3K30

    需求分析文档

    旨在为游戏下阶段的设计、开发提供依据和指导,为项目组成员对需求的详尽理解,以及在开发游戏项目中协同工作提供强有力的保证。本文档的预期读者有用户、需求分析人员、项目经理、程序员和测试人员。...(8)攻击范围:攻击的最大限度范围,超过这个范围则判定无法攻击。 (9)无敌模式:游戏进行过程中按下Y键可进入无敌模式,再按Y则返回正常游戏。...CHAR 10 NO Mid 地图编号 CHAR 5 NO Tid 道具编号 CHAR 5 NO Sid 战机状态编号 CHAR 5 NO SKid 技能编号 CHAR 5 NO F_name...、当前命数、当前得分、战机血条、战机魔法条、无敌模式提醒和战机道具提醒,Boss模式下还有Boss血条 ②进入游戏先进入欢迎界面,欢迎界面中显示游戏使用说明,点击鼠标左键和空格键开始游戏。...游戏过程中战机命数使用完、通关均有相应界面进行提醒,用户可选择重新开始游戏或退出游戏 5.功能说明 序号 功能项 描述 1 飞机能够移动,发射子弹,用子弹击毁敌军战机 用WASD四个键控制飞机上下左右的移动

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    LeetCode第166场周赛题解

    前言 这是LeetCode的第166场周赛的题解,不出意外的又爆炸了,前三题只做了20分钟,第4题因为题意读错了耽误了40分钟,到1小时15分钟左右才写完。...给你一个长度为 n 的数组 ,其中包含每位用户所处的用户组的大小,请你返回用户分组情况(存在的用户组以及每个组中用户的 ID)。你可以任何顺序返回解决方案,ID 的顺序也不受限制。...此外,题目给出的数据保证至少存在一种解决方案。...数据范围: image.png 思路:统计一下每个组的人数,开一个维的vector,表示用户所处用户组大小为的用户编号,然后对于,我们把这里面每个分成一组就做完了。...请你找出能够使上述结果小于等于阈值 threshold 的除数中 最小 的那个。每个数除以除数后都向上取整,比方说 7/3 = 3 , 10/2 = 5 。题目保证一定有解。

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    LaTeX常用篇(一)---公式输入

    序言   当我们首次在文档中输入公式的时候,我们首先想到的是word,毕竟这是我们极为常用的三件套之一。事实上,使用word的墨迹公式(磨叽??? ? )写一个简单的数学公式也还是比较方便的。...公式输入   在latex中,有多种公式输入的方式,比如说行内公式与行间公式,又或者直接使用\begin{}和\end{}的命令 3.1 无编号公式   我通常使用的都是无编号公式,毕竟不是在写论文,基本都不需要对公式进行编号...}进行公式输入,其中要注意的是begin和end是一组命令,要同时使用,并且编号不能够修改。...y \end{equation} tip1:博客园中的\\是代表转义后的\,实际上,在有些编辑工具中,直接\\就能直接换行了(像jupyter notebook),并不需要使用\\\\ tip2:在...latex中,不等于\(\neq\)使用\neq表示,小于等于\(\leq\)使用\leq表示,大于等于\(\geq\)使用\geq表示 ps:可以看到,输入的公式被看成了一个整体,并没有分别对这些公式进行编号

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    DeepSeek的思考过程,真的受启发

    最近一直在使用DeepSeek问各种问题,让我惊讶的是,你可以看到DeepSeek的小九九,它会自问自答,这个和人脑的思维过程很像: 比如昨天的博客(魔镜魔镜告诉我:GWAS分析中为何不用性染色体),主要内容使用...首先,我需要了解GWAS(全基因组关联分析)的基本原理和流程。GWAS主要用于寻找与特定性状或疾病相关联的遗传变异,通常关注的是常染色体上的SNP(单核苷酸多态性)。...用户想知道为什么性染色体(X和Y染色体)的数据在GWAS中不常被使用。 首先,我应该回顾GWAS的一般做法。...例如,女性的X染色体有两条(XX),而男性只有一条(XY),这可能导致基因剂量效应和统计分析的困难。此外,Y染色体上的基因较少,且主要与性别决定有关,可能对复杂性状的影响较小。...性染色体上的基因可能与性别相关的性状更为相关,但许多GWAS关注的性状是性别中性的或在两性中的表现不同,因此可能需要分别分析性别亚组,这会减少样本量和统计功效。

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