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系统比较Seurat和scanpy版本之间、软件之间的分析差异

Seurat和Scanpy是实现这种工作流的最广泛使用的软件,通常被认为是实现类似的单个步骤。下面我们就需要比较一下软件之间、以及不同版本之间的数据分析差异。...比较由这些UMAP数据构建的KNN图的邻域相似性,发现邻域重叠较差,随着函数参数和先前输入之间的相似性对齐,邻域重叠会适度改善。...下采样比较考虑到软件之间引入的可变性,一个自然的问题是如何对这些差异的大小进行基准测试。为此,在生成过滤UMI矩阵之前,模拟reads和细胞的下采样,并比较了沿下采样分数梯度引入的差异与全尺寸数据。...这些版本之间的logFC计算和调整后的p值没有差异。比较使用默认设置的Cell Ranger软件v7和Cell Ranger v6生成的计数矩阵也揭示了所有DE指标之间的差异。...为了对软件或数据大小之间的差异程度进行基准测试,我们使用相同的输入数据和软件选择运行这些步骤,只改变应用的随机种子。

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    Thanos 和 VictoriaMetrics 之间的深入比较:性能和差异

    本文对 Thanos 和 VictoriaMetrics 进行了比较,讨论了它们是什么、它们的架构组件以及它们的差异。 Thanos是什么?...它拥有卓越的数据压缩和高速数据摄取能力,使其成为大规模监控任务的有吸引力的替代方案。...它包括时间序列数据库和用于摄取和查询数据的HTTP服务器。...Thanos和VictoriaMetrics之间的差异 Thanos 和 VictoriaMetrics 是大规模运行的监控系统,旨在为时间序列数据提供长期存储解决方案,特别是在可观测性领域使用 Prometheus...然而,两者之间存在几个关键区别。 起源与目的 Thanos:作为一个项目而诞生,旨在解决 Prometheus 中多集群监控和长期存储的需求,而无需求助于完全独立的监控系统。

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    列存储、行存储之间的关系和比较

    就我目前比较肤浅的理解,列存储的主要优点有两个: 1) 每个字段的数据聚集存储,在查询只需要少数几个字段的时候,能大大减少读取的数据量,据C-Store, MonetDB的作者调查和分析,查询密集型应用的特点之一就是查询一般只关心少数几个字段...这包括为减少硬盘(或内存——位图可能存在缓冲中)需求的索引压缩,联合使用不同类型索引的能力,以及使用布尔操作如AND与OR过滤比特队列等。...引擎也采用了一种基于列的处理方式,但是它还对值进行标记,以获得更高的速度和更好的数据压缩效果。它们使用一种专用的位向量方案,可以在压缩的状态下进行搜索。...根据左列的筛选条件进行分区, 并建立该分区的索引, 重新存储为M(crackermap)。由于基列一样, 使用位图向量之间的位与来连接列[6]。...本文结合简单规则和动态Huffman算法, 建立基于代价的连接策略选择模型, 针对不同情况处理列之间的连接。

    6.7K10

    全文检索、向量检索和混合检索的比较分析

    随着我们对搜索精度和上下文的追求不断发展,出现了一个问题:我们能否平衡全文搜索的词汇灵活性和向量搜索的语义深度? 让我们一起探讨每种解决方案的优缺点,并发现正在重新定义现代搜索和发现体验的协同作用。...它允许为用户构建更灵活的搜索界面,从而使他们能够更快地找到准确的结果。 在实践中,高效的全文搜索解决方案具有对拼写错误、同义词、前缀搜索和模糊匹配的容忍度。...尽管现代 SQL 和 NoSQL 数据库具有一些全文搜索功能,但与以搜索为中心的数据库相比,它们往往存在不足。 矢量搜索 矢量搜索是人工智能驱动的搜索方法。...然后将这些嵌入存储在向量数据库中。顾名思义,矢量搜索的工作原理是比较相似的矢量。 通过执行向量比较,向量搜索有效地实现了语义搜索。...此版本还提高了向量搜索和摄取的性能,响应时间加快了 30% 以上。 Elasticsearch 用户越来越多地使用不同类型信息的搜索检索 — BM25 用于文本,向量搜索用于密集向量。

    2.7K10

    Kafka和消息队列之间的超快速比较

    本文的目的是让读者快速了解Kafka与消息队列之间的关系,告诉读者为什么会考虑使用它的原因。以下为译文。 Kafka最初是由Linkedin社区开发的一项技术。...平时你可能不太关注这些问题,但是当你想要采用响应式编程风格而不是命令式编程风格时,上述这些就是你需要进行关注的了。 命令式编程和响应式编程之间的区别 命令式编程是我们一开始就采用的编程类型。...您可以将记录保存到数据库中,调用另一个服务,发送电子邮件,或者将这些动作组合在一起。这里最重要一点是,事件是与这些具体发生的动作是直接耦合的。 响应式编程使用户能够响应发生的事件,通常以流的形式出现。...尽管可以在队列中扩展多个消费者,但它们都包含相同的功能,而这只是为了处理负载和并行处理消息,换句话说,它不允许你基于相同的事件启动多个独立的操作。队列消息的所有处理器将在相同的域中执行相同类型的逻辑。...不同的逻辑可以由不同的系统基于相同的事件来执行 在使用Kafka的情况下,这是可能的,因为信息是保留的,消费者群体的概念也是如此。

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    Web 1.0、Web 2.0 和 Web 3.0 之间的比较

    Web 2.0 的五个主要功能: 信息的自由排序,允许用户对信息进行集体检索和分类。 响应用户输入的动态内容。 使用评估和在线评论在网站所有者和网站用户之间流动信息。...它实现了Web后端的升级,经过长时间专注于前端(Web 2.0主要关于AJAX,标记和其他前端用户体验创新)。Web 3.0是一个术语,用于描述Web使用和多个路径之间的交互的许多演变。...6.DLT和智能合约 在DLT的帮助下,我们可以有一个几乎不可能破解的数据库,人们可以从中获得他们的内容和他们可以拥有的东西的价值。...Web 1.0、Web 2.0 和 Web 3.0 之间的区别 编号 Web 1.0 Web 2.0 Web 3.0 1. 大部分为只读 通读写 便携式和个人的 2....Web 3.0技术包括区块链、人工智能和去中心化协议。 17. 以上这些是Web 1.0,Web 2.0和Web 3.0之间具有自己独特性的主要区别。

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    Boost.Asio和ACE之间关于Socket编程的比较

    Boost.Asio和ACE之间关于Socket编程的比较 ACE是一个很成熟的中间件产品,为自适应通讯环境,但它过于宏大,一堆的设计模式,架构是一层又一层,对初学者来说,有点困难。...在ACE中开发中的内存管理一直让人头痛,ASIO的出现,让我看到新的曙光,成为我新的好伙伴。简单地与ACE做个比较。...但是对于常见的情况,采用一个好用的框架还是能够简化开发过程,特别是asio的各个异步接口的用法都相当类似。...8.开发难度: 基于ACE开发应用,对程序员要求比较高,要用好它,必须非常了解其框架。在其框架下开发,往往new出一个对象,不知在什么地方释放好。...基于ASIO开发应用,要求程序员熟悉函数对象,函数指针,熟悉boost库中的boost::bind。内存管理控制方便。 我个人觉得,如果应用socket编程,使用ASIO开发比较好,开发效率比较高。

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    Boruta 和 SHAP :不同特征选择技术之间的比较以及如何选择

    文献中最著名的是基于过滤器和基于包装器的技术。在基于过滤器的过程中,无监督算法或统计数据用于查询最重要的预测变量。在基于包装器的方法中,监督学习算法被迭代拟合以排除不太重要的特征。...通常,基于包装器的方法是最有效的,因为它们可以提取特征之间的相关性和依赖性。另一方面,它们更容易过拟合。为了避免这种问题并充分利用基于包装器的技术,我们需要做的就是采用一些简单而强大的技巧。...决策树的标准特征重要性方法倾向于高估高频或高基数变量的重要性。对于 Boruta 和 RFE,这可能会导致错误的特征选择。 本次实验 我们从 Kaggle 收集了一个数据集。...另一个错误的假设是将 CustomerId 视为有用的预测器。这是客户的唯一标识符,梯度提升错误地认为它很重要。 鉴于这些前提,让我们在我们的数据上尝试一些特征选择技术。我们从RFE开始。...我们将参数的调整与特征选择过程相结合。和以前一样,我们对不同的分裂种子重复整个过程,以减轻数据选择的随机性。对于每个试验,我们考虑标准的基于树的特征重要性和 SHAP 重要性来存储选定的特征。

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    Boruta 和 SHAP :不同特征选择技术之间的比较以及如何选择

    文献中最著名的是基于过滤器和基于包装器的技术。在基于过滤器的过程中,无监督算法或统计数据用于查询最重要的预测变量。在基于包装器的方法中,监督学习算法被迭代拟合以排除不太重要的特征。...通常,基于包装器的方法是最有效的,因为它们可以提取特征之间的相关性和依赖性。另一方面,它们更容易过拟合。为了避免这种问题并充分利用基于包装器的技术,我们需要做的就是采用一些简单而强大的技巧。...决策树的标准特征重要性方法倾向于高估高频或高基数变量的重要性。对于 Boruta 和 RFE,这可能会导致错误的特征选择。 本次实验 我们从 Kaggle 收集了一个数据集。...另一个错误的假设是将 CustomerId 视为有用的预测器。这是客户的唯一标识符,梯度提升错误地认为它很重要。 鉴于这些前提,让我们在我们的数据上尝试一些特征选择技术。我们从RFE开始。...我们将参数的调整与特征选择过程相结合。和以前一样,我们对不同的分裂种子重复整个过程,以减轻数据选择的随机性。对于每个试验,我们考虑标准的基于树的特征重要性和 SHAP 重要性来存储选定的特征。

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    向量和矩阵的各种范数比较(1范数、2范数、无穷范数等等

    向量和矩阵的各种范数比较(1范数、2范数、无穷范数等等 范数 norm 矩阵 向量 一、向量的范数 首先定义一个向量为:a=[-5,6,8, -10] 1.1 向量的1范数 向量的1范数即:向量的各个元素的绝对值之和...,上述向量a的1范数结果就是:29,MATLAB代码实现为:norm(a,1); 1.2 向量的2范数 向量的2范数即:向量的每个元素的平方和再开平方根,上述a的2范数结果就是:15,MATLAB代码实现为...例如矩阵A = [ -1 2 -3; 4 -6 6] 2.1 矩阵的1范数 矩阵的1范数即:矩阵的每一列上的元素绝对值先求和,再从中取个最大的,(列和最大),上述矩阵...A的2范数得到的最终结果是:10.0623,MATLAB代码实现为:norm(A,2); 2.3 矩阵的无穷范数 矩阵的1范数即:矩阵的每一行上的元素绝对值先求和,再从中取个最大的,(行和最大),上述矩阵...L1和L2之间的一种范数,上述矩阵A最终结果就是:17.1559,MATLAB代码实现为: norm(A(:,1),2) + norm(A(:,2),2) + norm(A(:,3),2) ---- 本文转载自

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    向量和矩阵的各种范数比较(1范数、2范数、无穷范数等等)

    一、向量的范数 首先定义一个向量为:a=[-5,6,8, -10] 1.1 向量的1范数 向量的1范数即:向量的各个元素的绝对值之和,上述向量a的1范数结果就是:29,MATLAB代码实现为:norm(...a,1); 1.2 向量的2范数 向量的2范数即:向量的每个元素的平方和再开平方根,上述a的2范数结果就是:15,MATLAB代码实现为:norm(a,2); 1.3 向量的无穷范数 1.向量的负无穷范数即...例如矩阵A = [ -1 2 -3; 4 -6 6] 2.1 矩阵的1范数 矩阵的1范数即:矩阵的每一列上的元素绝对值先求和,再从中取个最大的,(列和最大),上述矩阵A的1范数先得到[5,8,9]...,MATLAB代码实现为:norm(A,2); 2.3 矩阵的无穷范数 矩阵的1范数即:矩阵的每一行上的元素绝对值先求和,再从中取个最大的,(行和最大),上述矩阵A的1范数先得到[6;16],再取最大的最终结果就是...L1和L2之间的一种范数,上述矩阵A最终结果就是:17.1559,MATLAB代码实现为: norm(A(:,1),2) + norm(A(:,2),2) + norm(A(:,3),2) 发布者:全栈程序员栈长

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    R语言的数据结构(包含向量和向量化详细解释)

    更多内容请参考《R语言编程艺术》 ——————————————— 向量类型是R语言的核心。深入理解向量对R中数据结构及其操作,函数的开发和应用有着重要意义。...x是4元向量,x*x也是4元向量,>是向量运算符,所以8实际是进行了循环补齐,实际是进行了如下比较 x*x>c(8,8,8,8) 返回值是布尔值向量 [1] TRUE FALSE TRUE TRUE...3.3向量化的ifelse函数 ifelse(b,u,v) b是布尔值向量,u和v是向量。返回向量。...4 常见数据结构和向量的关系及常见操作 4.1矩阵 前已述及,矩阵也是向量,特殊的向量,包含量阿哥附加的属性:行和列。所以,矩阵也有模式,例如数值型或字符型。但向量不能看做有一列或一行的矩阵。...比如一列数字,一列字符串,一列布尔值。 所以,数据框可以类比为二维矩阵,当然这里的类比是异质性的,因为每个组件的数据类型不同。 技术层面看,数据框是每个组件长度相等的列表。

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    大数据和云计算之间的区别

    关于大数据和云计算二者的区别你们都知道吗?人们对于它们通常会混淆或者误解,分别用一句话来解释它们之间的关系就是:云计算是硬件资源的虚拟化;大数据是海量数据的高效处理。   ...从用户来讲并不关心底层存储细节,只关心数据的存储和读取的方便性,通过共享数据存储层可以实现在存储上的应用和存储基础设置的彻底解耦。   ...包括数据的维度分析,数据的切片,数据的上钻和下钻,cube等。   ...数据分析我只关注两个内容,一个就是传统数据仓库下的数据建模,在该数据模型下需要支持上面各种分析方法和分析策略;其次是根据业务目标和业务需求建立的KPI指标体系,对应指标体系的分析模型和分析方法。...传统的BI分析通过大量的ETL数据抽取和集中化,形成一个完整的数据仓库,而基于大数据的BI分析,可能并没有一个集中化的数据仓库,或者将数据仓库本身也是分布式的了,BI分析的基本方法和思路并没有变化,但是落地到执行的数据存储和数据处理方法却发生了大变化

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    TCP流和UDP数据报之间的区别

    TCP流和UDP数据报之间的区别 1.TCP本身是面向连接的协议,S和C之间要使用TCP,必须先建立连接,数据就在该连接上流动,可以是双向的,没有边界。...所以叫数据流 ,占系统资源多 2.UDP不是面向连接的,不存在建立连接,释放连接,每个数据包都是独立的包,有边界,一般不会合并。...3.TCP保证数据正确性,UDP可能丢包,TCP保证数据顺序,UDP不保证 UDP使用场景 1.需要资源少,在网络情况比较好的内网,或者对于丢包不敏感的应用。...如DHCP协议就是基于UDP的。一般的获取IP地址都是内网请求,而且一次获取不到IP又没事。 2.又比如基于UDP的RTP,TFTP,丢一帧数据问题也不大。再比如一些设备发现协议等等。...QUIC是Google提出的一种基于UDP改进的通信协议,其目的是降低网络通信的延迟,提供更好的用户互动体验。 ? ?

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    数据科学,数据分析和机器学习之间的差异

    机器学习,数据科学和数据分析是未来的发展方向。机器学习,数据科学和数据分析不能完全分开,因为它们起源于相同的概念,但刚刚应用得不同。它们都是相互配合的,你也很容易在它们之间找到重叠。...数据科学 数据科学是一个用于处理和监控大量数据或“大数据”的概念。数据科学包括数据清理,准备和分析等过程。...它通常使用数据洞察力通过连接趋势和模式之间的点来产生影响,而数据科学更多地只是洞察力。   数据分析进一步分为数据挖掘等分支,包括对数据集进行排序和识别关系。数据分析的另一个分支是预测分析。...预测分析有助于在市场研究阶段,并使从调查中收集的数据在预测中更加可用和准确。   总而言之,显然不能在数据分析和数据科学之间划清界限,但数据分析师通常会拥有与经验丰富的数据科学家相同的知识和技能。...它们之间的区别在于应用领域。 ? 机器学习 机器可以借助算法和数据集来学习。机器学习基本上包括一组算法,这些算法可以使软件和程序从过去的经验中学习,从而使其更准确地预测结果。

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