首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

fasterq快速转换sra文件到fastq测序数据

SRA文件的解压主要是用sratools中的fastq,但是这个软件不能多线程运行,随着测序数据越来越大,fastq的解压速度可能成为整个流程的瓶颈(其实并不会:P,不过没有多线程就是不爽)。...运行结果: spots read : 22,852,619 reads read : 45,705,238 reads written : 45,705,238 下面看一下成成的文件...ls ~/tmp -ltrh 与fastq的对比 time fastq-dump --split-files -O ~/tmp SRR1039510.sra real 2m4.557s user...我猜测可能是文件拆分之类的过程限制了多线程的速度。 除此之外,fasterq没有 -gzip 和-bzip2指令,所以无法像fastq那样输出压缩格式的文件,占用存储空间会比较大。...HowTo:-fasterq-dump https://www.biostars.org/p/176809/ https://vip.biotrainee.com/d/215-如何使用fastq-dump转换

4.2K20
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    从数据表到图表分析,这个实用的图表推荐框架令你如虎添翼

    选自arXiv 作者:Grady Matthias Oktavian 机器之心编译 编辑:陈萍 面对数据表时,很多人通常不清楚应该创建什么样的图表分析。...此外,基于具有复制机制和启发式搜索的深度 Q-learning,Table2Charts 可进行表到序列的生成,其中每个序列都遵循图表模板。...DQN 的编码器部分学习表表示,而解码器部分学习序列生成; 首次构建并大规模评估能够从人类智慧中学习的端到端图表推荐系统。...在图中,我们可以清楚地看到通过嵌入学得的字段类型信息。例如,日期时间字段和年份字段很接近。一种可能的解释是,它们都经常在序列图中用作 x 轴,因此具有相似的表示形式。 ? 如何快速构建图片搜索引擎?...对图片做特征向量提取,用Amazon Elasticsearch做特征向量搜索,用AWS Amplify快速搭建应用程序。

    1K20

    统计各个数据库的各个数据表的总数,然后写入到excel中

    1、最近项目基本进入最后阶段了,然后会统计一下各个数据库的各个数据表的数据量,开始使用的报表工具,report-designer,开源的,研究了两天,发现并不是很好使,最后自己下班回去,晚上思考,想着还不如自己做一个...思路大概如下所示: 第一步,链接各个数据源,由于项目的数据库牵扯到mysql数据库,postgresql数据库,greenplum数据库,然后mysql里面有十几个库,每个库里面有相同的数据表,然后postgresql...和greenplum是一个数据库有相同的数据表。...由于greenplum集群版性能很好,所以对于大数据量的话,用greenplum进行查询十分方便快捷,也是关系型数据库,和mysql的语法基本性一致。不扯这个了。...第七步,就是将查询的数据量输出到excel里面就行了: 统计报表就有意思了,将统计的数据量放到list里面,然后将list放到map里面。这样一行的都放到list里面。

    2.1K20

    Hive快速入门系列(21) | Hive中的数据类型与转换

    此次博主为大家带来的是Hive中的数据类型与转换。 一....集合数据类型 数据类型 描述 语法示例 STRUCT 和c语言中的struct类似,都可以通过“点”符号访问元素内容。...类型转化   Hive的原子数据类型是可以进行隐式转换的,类似于Java的类型转换,例如某表达式使用INT类型,TINYINT会自动转换为INT类型,但是Hive不会进行反向转化,例如,某表达式使用TINYINT...3.1 隐式类型转换规则如下 (1)任何整数类型都可以隐式地转换为一个范围更广的类型,如TINYINT可以转换成INT,INT可以转换成BIGINT。...2; +------+------+--+ | _c0 | _c1 | +------+------+--+ | 3.0 | 3 | +------+------+--+   好了,本期的分享到这里就结束了

    3.4K10

    JMA台风路径数据处理:从PDF到CSV的转换指南

    前言 日本气象厅发布的台风路径与强度数据是气象研究和预报的重要依据。然而,这些数据通常以PDF格式提供,给数据处理和分析带来了挑战。...本文将详细介绍如何利用Python将PDF中的台风路径数据高效转换为CSV格式,以便于进一步的气象分析和可视化。...数据网址: https://www.data.jma.go.jp/fcd/yoho/typhoon/position_table/table2024.html 项目目标 将PDF文件中的台风路径数据准确转换为...项目方法 我们将测试三种流行的Python库:tabula、camelot和pdfplumber,评估它们在识别PDF表格并转换为CSV格式方面的表现,特别是针对气象数据的复杂性和多样性。...通过本文,我们展示了如何利用Python高效地将PDF中的台风路径数据转换为CSV格式,特别适用于气象数据的处理和分析。希望这些方法能帮助你更高效地进行气象研究和预报工作。

    14210

    从创建数据表到实现最基础增删改查的实现全过程【带附件】

    很多使用了 CRMEB 单商户系统的童鞋在进行二开的时候,都会遇到新建了数据表之后不知道对数据表怎么进行操作。那么,这篇文章将带你完整的实现一遍,以后就不会怕啦。...创建数据表就以最简单的为例,创建一个学生的信息表编号姓名性别年龄班级成绩idnamesexageclassscore创建的表为下图所示,其中 id 为数据表自增主键二、创建数据表模型文件程序中创建数据表对应的...然后设置数据表主键protected $pk = 'id';  设置数据表名称protected $name = 'student';  设置完成之后,此 Model 会和数据表进行关联,是程序对表进行操作的重要一个环节创建完成...里面的数组键必须是数据表里面存在的字段,此方法可以修改单条或者多条,取决于 $where 的查询是单条还是多条,会返回被修改的数据条数。...删除数据,如果数据表里面设置的删除的字段,可以使用修改的方法将字段进行修改做到软删除,如果需要直接删除数据,则可是使用 delete() 方法。

    73640

    高效数据移动指南 | 如何快速实现数据库 MySQL 到 MongoDB 的数据同步?

    了解如何快速搭建数据管道,实现数据的高效迁移与无缝同步。 >>> 本文教程为:MySQL → MongoDB 的数据同步任务。...以 MySQL 到 MongoDB 的数据同步需求为例,这样从关系型数据库到非关系型数据库的数据移动需要考虑数据结构的差异和转换规则。...实现 MySQL 到 MongoDB 的数据同步的常见方式包括,手动构建数据管道或使用自动化工具: 手动构建数据管道 例如编写 Python 脚本来处理数据的提取、转换和加载(ETL)。...对于那些希望快速、高效地完成 MySQL 到 MongoDB 数据同步的企业和开发者来说,这样的便捷工具无疑是一个理想的选择。...增量同步开启 以上,便是借助 TapData 快速实现数据库 MySQL 到 MongoDB 的全、增量同步的模拟教程。

    23110

    一张900w的数据表,16s执行的SQL优化到300ms?

    我们看一下select * from test where val=4 limit 300000,5;的查询过程: 查询到索引叶子节点数据。根据叶子节点上的主键值去聚簇索引上查询需要的全部字段值。...MySQL耗费了大量随机I/O在查询聚簇索引的数据上,而有300000次随机I/O查询到的数据是不会出现在结果集当中的。...:第一个sql加载了4098个数据页到buffer pool,而第二个sql只加载了5个数据页到buffer pool。...而且这会造成一个问题:加载了很多热点不是很高的数据页到buffer pool,会造成buffer pool的污染,占用buffer pool的空间。 ...,这两个选项能够控制数据库关闭时dump出buffer pool中的数据和在数据库开启时载入在磁盘上备份buffer pool的数据。

    37930

    一张900w的数据表,16s执行的SQL优化到300ms?

    我们看一下select * from test where val=4 limit 300000,5;的查询过程: 查询到索引叶子节点数据。根据叶子节点上的主键值去聚簇索引上查询需要的全部字段值。...MySQL耗费了大量随机I/O在查询聚簇索引的数据上,而有300000次随机I/O查询到的数据是不会出现在结果集当中的。...:第一个sql加载了4098个数据页到buffer pool,而第二个sql只加载了5个数据页到buffer pool。...而且这会造成一个问题:加载了很多热点不是很高的数据页到buffer pool,会造成buffer pool的污染,占用buffer pool的空间。...,这两个选项能够控制数据库关闭时dump出buffer pool中的数据和在数据库开启时载入在磁盘上备份buffer pool的数据。

    43920

    ffmpeg中avframe的YUV格式数据到OpenCV中Mat的BGR格式转换

    ffmpeg实现音视频编解码是非常常用的工具,视频解码出来的raw数据是yuv格式,用来进行后续的图像处理一般是RGB格式的。...所以需要从yuv到rgb或者bgr的转换,ffmpeg提供了相应的转换API函数: 下面代码中dec_ctx是解码器上下文,AV_PIX_FMT_BGR24是要转换成的图像数据格式,通过avpicture_get_size...()函数获取图像的数据占用空间大小,并使用av_malloc()分配一个outBuff。...将outbuff挂到video_frameBGR结构体上,并设置好格式转换上下文sws_getContext()。当然也要用OpenCV声明一个Mat 来保存最后的BGR图像。...()接口函数实现YUV格式的video_frame到BGR格式的video_frameBGR的转换,数据保存在缓冲outBuff中,从outBuff中拷贝到Mat中就得到一副BGR图像供OpenCV使用

    2.8K90

    使用POI把查询到的数据表数据导出到Excel中,一个表一个sheet.最详细!!!

    一、需求 我们会遇到开发任务: 经理:小王,你来做一下把数据库里的数据导出到Excel中,一个表是一个sheet,不要一个表一个Excel. 小王:好的,经理....artifactId> 1.6 三、代码演示 首先我们先使用JDBC结合Dbutils把要导出的数据库表数据准备好.../** * 利用jdbc来把要导出的数据表查询出来 * @return */ public static Map<String,List<Map<String, Object...第五步处理结果还可以引入Dbutils工具包来解析结果 QueryRunner queryRunner = new QueryRunner(); //存放查询出来的数据...Excel /** * 把准备好的数据库表数据导出到本地Excel中 */ public boolean exportExcel() { //拿到数据库表的所有信息

    1.9K20

    一张900w的数据表,干脆把花费17s执行的SQL优化到300ms了

    我们看一下select * from test where val=4 limit 300000,5;的查询过程: 查询到索引叶子节点数据。 根据叶子节点上的主键值去聚簇索引上查询需要的全部字段值。...MySQL耗费了大量随机I/O在查询聚簇索引的数据上,而有300000次随机I/O查询到的数据是不会出现在结果集当中的。...:第一个sql加载了4098个数据页到buffer pool,而第二个sql只加载了5个数据页到buffer pool。...而且这会造成一个问题:加载了很多热点不是很高的数据页到buffer pool,会造成buffer pool的污染,占用buffer pool的空间。...,这两个选项能够控制数据库关闭时dump出buffer pool中的数据和在数据库开启时载入在磁盘上备份buffer pool的数据。

    21020

    如何在Ubuntu 14.04上使用Transporter将转换后的数据从MongoDB同步到Elasticsearch

    本教程将向您展示如何使用开源实用程序Transporter通过自定义转换将数据从MongoDB快速复制到Elasticsearch。...我们将从快速概述开始,向您展示如何安装MongoDB和Elasticsearch,尽管我们不会详细介绍两个系统中的数据建模。如果您已经安装了这两个步骤,请随意快速浏览安装步骤。...数据库的bar集合中的数据同步到Elasticsearch 中的foo索引的bar类型。...在将数据从MongoDB同步到Elasticsearch时,您可以在这里看到转换数据的真正力量。 假设我们希望存储在Elasticsearch中的文档有另一个名叫fullName的字段。...结论 现在我们知道如何使用Transporter将数据从MongoDB复制到Elasticsearch,以及如何在同步时将转换应用于我们的数据。您可以以相同的方式应用更复杂的转换。

    5.4K01

    BAD SLAM | 直接法实时BA+RGBD基准数据集(CVPR2019)

    主要贡献 提出一个快速的直接法的BA,用于RGB-D SLAM系统中,一个GPU就可以实现实时性能,且效果性能超过其他现有系统 建立并公开了一个RGB-D SLAM的基准数据集,相比以往的数据集,主要优势是数据在采集时就保障了高度同步性...数据表示形式:使用稠密surfel表示场景地图,使用关键帧的形式减少BA的输入数据量 关键帧:RGB-D图像及其对应的6自由度的相机位姿。...几何约束衡量不同帧中深度图像素的一致性,公式如下所示,其中s是surfel,k是关键帧,ps是surfel中心点在世界坐标系下的三维坐标,经过T转换到当前k帧坐标系下的三维坐标。...π将这个三维坐标转换为像素坐标,π-1根据像素坐标和该像素在深度图上对应的深度计算出三维坐标,这个新计算出的三维坐标和直接由T转换至当前帧的三维坐标应该尽可能一致。...为了快速找到合并候选者,将surfel投影到所有关键帧中,并考虑将投影到同一单元格的surfel进行合并。 关键帧位姿优化:根据几何约束和光度约束,使用高斯牛顿法优化关键帧的位姿。

    1.1K10
    领券