Trimmomatic 软件可以对NGS测序数据进行质量过滤,其去除adapter的功能只是针对illumina的序列,从reads的3’端识别adapter序列并去除,相比cutadapt,少了几分灵活性...但是在过滤低质量序列时,采用了滑动窗口的算法,给定窗口长度和步长,如果该窗口内所有碱基的平均质量值低于阈值,则将该窗口及其以后的碱基全部去除。...序列,在查找时,首先执行一个seed match, 就是只在序列中查找adapter的前几个碱基,如果前几个碱基都找不到,就没必要在查找后面的碱基了,通过seed match可以加快运行速度,2表示在进行...seed match时,允许的最大错配数;当满足了seed match后,trimmomatic会将adapter 序列的全长与输入序列进行比对,从而识别adapter序列。
根据序列长度进行过滤 默认情况下,该软件会根据长度对序列进行过滤,--length_required指定最小长度,小于该长度的reads会被过滤掉;--length_limit指定最大长度,大于该长度的...去除低质量的碱基 fastp支持类似trimmomatic滑动窗口的方式,对序列中的低质量碱基进行过滤,但是它的算法运行速度更快。...默认情况下,是不会根据序列复杂度进行过滤的,如果想要进行过滤,需要添加-Y参数,同时使用-y参数指定复杂度的阈值,取值范围0-100, 默认值为30,复杂度低于30%的序列会被过滤掉。 8....根据index 对序列进行过滤 fastp支持根据index对序列进行过滤, --filter_by_index1参数指定一个index文件,该文件中每行是一个index,如果序列的index在该文件中...对双端数据进行校正 通常情况下,reads的3’端质量较差,双端测序的数据,可以根据overlap部分的序列,对低质量的测序结果进行校正。
引言 需求背景:查询机构下的代理商费率信息,查询结果对分润和返利进行分组。...实现思路:使用jdk8的流式编程对list集合进行分组 I 对list根据条件进行分组 1.1 费率信息实体 OrganPayRate @ApiModelProperty(value = "类型...jdk8的流式编程对list集合进行分组 List organPayRates = tFacFacilitatorOrganPayRateService.list...//使用jdk8的流式编程对list集合进行分组 Map> listMap =...根据条件进行过滤和字段筛选 需求:修改代理商角色权限时,判断是否存在权限被移除,如果存在,则穿透删除所有下级代理商相对应的权限值。
写在前面的话 在这篇文章中,我们将告诉大家如何使用EvtMute来对Windows事件日志进行筛选过滤。...EvtMute这款工具允许我们使用YARA来进行攻击性操作,并对已经报告给Windows事件日志的事件进行过滤和筛选。...工具使用 EvtMuteHook.dll中包含的是该工具的核心功能,成功注入之后,它将会应用一个临时过滤器,允许报告所有事件,这个过滤器可以动态更新,而不必重新注入。...—Encoded选项将其传递给过滤器: 操作安全注意事项 注入钩子时,SharpEvtMute.exe将会调用CreateRemoteThread,而且这个调用是在钩子设置之前进行的,因此它会被Sysmon...值得一提的是,钩子将使用命名管道来更新过滤器,命名的管道名为EvtMuteHook_Rule_Pipe。 项目地址 EvtMute:点击底部【阅读原文】获取
前言 UrlFirewall 是一个开源、轻便的对http请求进行过滤的中间件,可使用在webapi或者网关(比如Ocelot),由我本人编写,并且开源在github:https://github.com...二.UrlFirewall 介绍 UrlFirewall 是一款http请求过滤中间件,可以和网关(Ocelot)搭配,实现屏蔽外网访问内部接口,只让内部接口之间相互通讯,而不暴露到外部。...具有良好的扩展性,可自己实现验证逻辑,从数据库或者Redis缓存等介质实现对规则的检索。..."Method": "Get" }, { "Url": "/api/product/*", "Method": "All" } ] } Url 字段表示要拦截的...四.扩展 如果你想要实现自己的验证逻辑,或者从数据库、Redis缓存等介质查询、获取数据来进行验证;你可以实现IUrlFirewallValidator接口,然后调用AddUrlFirewallValidator
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。...官网如下 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1....trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 ? 可以看到,过滤掉低质量碱基后,序列的整体质量显著提高。 2....AGATCGGAAGAGC Small RNA: TGGAATTCTCGG Nextera: CTGTCTCTTATA 默认读取前一百万条序列,通过这一百万条序列判断adapter属于上述三种的哪一种,然后进行去除...其它过滤 对于所有的输入序列,以上3个步骤是肯定会执行的。除此之,trim_galore还支持一些其他的过滤措施,以满足个性化的需求。
在编写代码的时候,使用@Autowired注解是,发现IDE报的一个警告,如下: ?...翻译: Spring建议”总是在您的bean中使用构造函数建立依赖注入。总是使用断言强制依赖”。...我们知道:@Autowired 可以对成员变量、方法以及构造函数进行注释。那么对成员变量和构造函数进行注释又有什么区别呢?...@Autowired注入bean,相当于在配置文件中配置bean,并且使用setter注入。而对构造函数进行注释,就相当于是使用构造函数进行依赖注入了吧。莫非是这两种注入方法的不同。...以下是:@Autowired和构造方法执行的顺序解析 先看一段代码,下面的代码能运行成功吗?
vue-admin-template二次开发一个后台管理系统的时候,我拉取其模板后,通过 yarn install 初始化下载的时候,出现了 node.js 版本过高的问题,突然想起了前些天看到的一篇微信公众号推荐的...nvm 来对 node.js 版本进行管理。...今天就来用一用吧,这里记录了安装、测试、使用的一个过程,方便以后我格式化电脑后继续安装 nvm, 哈哈,nvm 确实不错~ ① nvm 的下载 传送门 点击如下安装包 ② nvm 的安装 2.1...npm.taobao.org/mirrors/node/ npm_mirror: https://npm.taobao.org/mirrors/npm/ ④ 检查环境变量配置 查看环境变量是否与如下配置一致: ⑤ 使用
一 在编写代码的时候,使用@Autowired注解是,发现IDE报的一个警告,如下: Spring Team recommends "Always use constructor based dependency...翻译: Spring建议,总是在您的bean中使用构造函数建立依赖注入。总是使用断言强制依赖。 那么是为什么呢?...解决办法就是使用构造器注入了 private User user; private String schoolId; @Autowired public UserServiceImpl(User user
灰度上线流程 和读大致比例在1:1 ~ 1:2之间)进行压测,对可行性进行评估和验证,然后进行投产规划。 线上业务比较庞杂,直接全量切到Aerospike不太现实,风险也比较大。...灰度阶段Redis和Aerospike数据双写双清,保持热备状态,直至Redis数据完全切换到Aerospike并稳定运行一段时间。 ? 观察阶段非常重要,基本上是对整个方案可行性进行线上评估。...0.模拟线上环境压测,进行可行性验证。 1.将Aerospike客户端封装成类Redis的接口,添加必要日志、监控项,对Bin的有效性检查等。...2.消息服务集成Aerospike客户端,需要的功能包括: Aerospike异步读写,业务数据源切换,流量过滤等。 3.QA功能验证。 4.申请资源,线上部署Aerospike集群。...结语 Aerospike作为一个大容量的NoSql解决方案,并未在国内厂中广泛商使用。它适合对容量要求比较大,QPS相对低一些的场景,一定程度上可以节省TCO。
而笔者维护的数据库正是基于社区版本的 Aerospike打造而来。所以这个踩坑系列的文章属于工作总结型的内容,会将使用开发 Aerospike 的各种问题进行总结梳理,希望能够给予大家启发和帮助。...显然,这样的场景使用传统的 RDMS 是不现实的,在论文之中,提到 Aerospike 的一个典型的应用场景,广告推荐系统,我们来一起看看它们是如何契合的: 众所周知,广告推荐系统这样的应用场景需要极高的吞吐量...同时,广告推荐系统具有随时间增加其数据使用量以提高其推荐的质量的趋势,即,在固定时间量中可访问的数据越多,推荐就越精确。...Lambda架构,笔者当时正是以广告推荐系统进行举例的。...对集群节点的成功操作可以将故障计数重置为0。 ####2.3.2.2 节点咨询 网络的故障通常很难复杂。在某些极端情况下,集群节点可以彼此感知,但是客户端不能直接感知到集群节点X。
Aerospike 的 ACID 属性确保事务不会相互干扰,同时产生易于理解的结果。这一点对于金融等受监管领域的组织至关重要,这些组织每秒处理的事务数量高达数亿次——每次事务可能包含多条记录。...严格的串行化意味着访问数据库的每个新事务都会使用先前事务对数据库所做的更改进行更新。此外,Aerospike 对多记录事务的严格串行化不会影响数据库以前拥有的单记录事务支持的性能。...据Srinivasan介绍,诸如Jepsen的测试功能之类的资源使“第三方应用程序开发人员能够检查,‘嘿,这个数据库,它能工作吗?它是算法的证明吗?’这使得应用程序程序员更容易。...事务API熟练度 Aerospike数据库8还包含一个事务API,可用于为OLTP系统启用复杂事务。使用该API,一旦事务开始,就可以在达到事务结束阶段之前在其内执行许多操作。...Aerospike数据库8还支持Spring,以改善使用此框架与数据库的开发人员体验。
import java.util.stream.Collectors; @Slf4j public class ListUtils { /** * lambda表达式对两个...List进行循环,根据符合条件,进行相关的赋值操作并返回这个对象集合 * @param sourceList 待设置源列表 * @param srcEqualProp 源对象条件判断属性名
这对于在复制数据时排除敏感记录和字段(如用户名、地址或付款信息)特别有用。 对复制数据应用的过滤进行强大、精确的配置是与复制相关的关键安全控制。...强大的解决方案可以根据源集群和目标集群以线速对记录和字段进行切片和切块。访问控制保护源集群和目标集群上的数据,而传输中的数据则被加密。 数据分类是法规遵从的关键机制。...在数据库中,基于元数据的标签,例如“公共”、“机密”或“受限”,可用于对每条记录进行分类。这些标签无需在每次写入记录时显式地具体化。...相反,这些标签被表达为过滤器,然后 XDCR 实时应用这些过滤器,以确保只有适当的数据类型被复制到某些区域。...使用 XDCR 过滤器的元数据标记是一种强大的组合,使组织能够在保持数据主权控制的同时,仍然允许非敏感数据的移动。
一方面减少了业务的接入学习成本, 一方面也能对已经使用的 aerospike 集群和 codis 集群做比较平滑的整合减少业务迁移工作量。...从上图来看, 整个读写流程: 客户端进行读写访问时, 对主 key 做 hash 得到一个整数值, 然后对分区总数取模, 得到一个分区 id, 再根据分区 id, 查找分区 id 和数据节点映射表, 得到对应数据节点...同时,所有 redis 过期的命令都得到了很好的支持,用户可以方便的获取和修改 key 的生存时间(分别对应 redis 的 TTL 和 expire 命令),或者对 key 进行持久化(对应 redis...因此,该方案仅适用于过期的数据量不大的情况,对大量数据过期的场景性能不够好。所以,结合实际的业务使用场景,又设计了非一致性本地删除的数据过期策略。...多索引过滤 二级索引只能满足简单的单 field 查询, 如果需要高效的使用多个字段同时过滤, 来满足更丰富的多维查询能力, 则需要引入多索引过滤。
您听说过水牛理论吗?根据该理论,一群水牛只能以最慢的水牛的速度前进。”令人惊讶的是,这种智慧在计算机程序操作中找到了相似之处:应用程序的速度受其最慢的子进程的制约。 让我们考虑一下在线零售商的网站。...此策略将响应时间更改为: 某些操作将受益于缓存,快速检索数据,而其他操作将需要直接数据库访问,这将和以前一样慢。鉴于整体页面加载速度仅取决于最慢的任务,因此引入缓存对总页面加载时间的影响很小。...“最小”一词是故意使用的,因为在实践中,引入缓存可能会略微改善未命中缓存的操作的响应时间。从本质上讲,在数据库前面放置缓存会减少其工作负载,这可能会导致性能略有提升。...寻找一个数据库技术如 Aerospike能够提供亚毫秒延迟,而无需依赖缓存层。...该零售商依赖复杂的数据分析来提供有效的产品推荐和广告展示。在迁移到 Aerospike 后,该公司看到客户购物车大小增加了 6%,购物车放弃率降低了 30%。
相当长的时间里,在例如欺诈检测、数字支付系统、实时竞价,以及推荐引擎这类对数据有着大量需求的应用中,业务部门都因为受限于性能要求,而需要去限制业务部门分析的数据量。...这里的“无损性能”经过了英特尔和Aerospike共同的努力。经过对Aerospike 4.5 经调优,它可有效利用每个服务器节点中的所有内存资源,包括 DRAM 和英特尔傲腾持久内存。...据英特尔和 Aerospike 截至 2019 年 2 月 27 日进行的测试表明,这一略低的数值为95.74%,相差无几。...要知道,在传统仅使用DRAM的Aerospike解决方案中,每当系统断电进行维护或升级时,数据库索引就会丢失,并且必须在启动期间扫描用户数据进行索引重建,这一过程通常会长达几个小时。...通过此类服务,IT企业可以快速启动并运行 Aerospike 4.5实例,能够上传数据并开始使用自己的工作负载进行性能测试,这让企业的概念验证能够以较低成本迅速开展。
我对区块链的怀疑一直持续到几个月前,当时我与 Aerospike 的一位新客户合作, BSV 协会。...然而,最初使用关系方法开发的各种应用程序已成功过渡到 NoSQL。 在从 RDBMS 过渡到 NoSQL 的过程中,数据存储层不可避免地会丢失某些关键特性,同时获得其他特性。...Aerospike:BSV 可扩展未来的关键 与 Aerospike 一样,使用商品固态驱动器代替 RAM 进行数据存储可以显著降低 BSV 维护快速数据存储中的 UTXO 的成本,确保效率和可负担性,...例如,Criteo,一家著名的法国 AdTech 公司,使用 Aerospike 每秒处理 2.8 亿个请求,这表明 Aerospike 和块大小都不会成为扩展 BSV 网络的限制因素。...正是这种愿景改变了我对区块链的看法。
Rust 宏定义,拯救运行时错误 如果你碰巧在 Rust 应用程序中使用 Lua ,你可以编写一个小宏,在 Lua 上强制执行它并运行 Lua 解释器以在编译时捕获相关错误。...作者以 Aerospike 分布式键值存储为,展开了如何通过 rust 宏中展开 lua 解析到 AST 上并校验 Aerospike 规则的方法。...完整示例:https://github.com/AdRoll/aerospike-code-gen/blob/master/src/lib.rs 原文:https://tech.nextroll.com...特别是如移动语义,以及 Rust 如何允许共享所有权等某些行为,(尽管 Borrow-Checker 理论上不允许这样做)。...这篇文章可能最适合那些至少对这两种语言有一定了解的人。例如,我们假设对什么是“移动”有一个短暂的熟悉。这篇文章可能对刚开始接触 Rust 的 C++ 开发人员特别有帮助。
和Aerospike使用场景不是那么通用和广泛。...数据一致性:由于Redis Cluster 使用异步复制, 在某些情况下如Master宕机但未同步至Slave, 可能会丢失写入。...但是在进行multiple key操作时需要keys位于同一个slot上,需要使用hash tags,使用{}强制将某些key映射到每个slot,以便进行multiple 。...布隆过滤器:布隆过滤器是一个很长的二进制向量和一系列随机映射函数。可用于检索一个元素是否在一个集合中加一层对空值的过滤器,空间和时间效率都很高。...指当某些热点key过期时,就会有大量的请求击穿到DB。
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