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y叔的ChIP-seq数据分析大礼包

最近基因是peak相对于转录起始位点的距离,不管这个peak是落在内含子或者别的什么位置上,即使它落在基因间区上,都能够找到一个离它最近的基因(即使它可能非常远)。 这两种注释的策略是不一样的。...这个问题,不是说要用那一个,不能用那一个。...GRanges对象,这保证了用户各种各样的需求,因为TxDb也不是万能的,如果能自定义,比如说只想看蛋白的结合位点会不会在内含子和外显子的交界处,再比如说做的并不是编码蛋白的基因表达调控,而是非编码...首先如果peak和TSS有overlap,genomic annotation就是promoter,最近基因也是同一个,所以在这种情况下,两种注释都指向同一个基因,可以说信息是冗余的,能不能不要冗余信息...如果只想注释上游或者是下游的基因呢? 当然也可以,我们有ignoreUpstream和ignoreDownstream参数,默认都是FALSE。随便你想看上游还是下游,都可以。

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linux zip 删除源文件,linux zip命令参数及用法详解–linux压缩zip文件命令

比如现在的html目录下,操作的zip压缩命令是 zip –q –r html.zip * 以上是在安静模式下进行的,而且包含系统文件和隐含文件 linux zip命令的基本用法是:zip [参数....以下给出压缩相对路径目录 比如目前在Bliux这个目录下,执行以下操作可以达到以上同样的效果. zip –q –r html.zip html 比如现在的html目录下,操作的zip压缩命令是 zip...想把一个文件abc.txt和一个目录dir1压缩成为yasuo.zip: # zip -r yasuo.zip abc.txt dir1 2.下载了一个yasuo.zip文件,想解压缩: # unzip...4.一个很大的压缩文件large.zip,不想解压缩,只想看看它里面有什么: # unzip -v large.zip 5.下载了一个压缩文件large.zip,想验证一下这个压缩文件是否下载完全了...# unzip -t large.zip 6.用-v选项发现music.zip压缩文件里面有很多目录和子目录,并且子目录中其实都是歌曲mp3文件,想把这些文件都下载到第一级目录,不是一层一层建目录

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    layui 如何去dom_layui 弹出层

    大家好,又见面了,是你们的朋友全栈君。 这是一个可以重要也可以不重要的方法,重要的是,它的权利真的很大,尤其是在模块化加载layer时,你会发现你必须要用到它。...它不仅可以配置一些诸如路径、加载的模块,甚至还可以决定整个弹层的默认参数说它不重要,是因为多数情况下,你会发现,你似乎不是那么十分需要它。但你真的需要认识一下这位伙计。...事实上的确也在大量地使用它。因为它简单,而且足够得自觉,它不仅占据很少的面积,而且默认还会3秒后自动消失所有这一切都决定了对msg的爱。...因此 赋予了她许多可能在外形方面,它坚持简陋的变化,在作用方面,他坚持零用户操作。而且它的参数也是机会自动补齐的。...也是本人比较喜欢的一个层类型,因为它拥有和msg一样的低调和自觉,而且会智能定位,即灵活地判断它应该出现在哪边。默认是在元素右边弹出。

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    Python 错误和异常小结

    不是很复杂? 不过,当我们要捕获异常的时候,并不是必须要按照上面那种格式完全写下来。 我们可以丢掉else语句,或者finally语句;甚至不要exception语句,保留finally语句。...如果我们要处理特定的异常,比如说,我们只想处理除零异常,如果其他异常出现,就让其抛出不做处理,该怎么办呢? 这个时候,我们就要给except子句传入异常参数啦!...那如果想捕获并处理多个异常怎么办呢? 有两种办法,一种是给一个except子句传入多个异常类参数,另外一种是写多个except子句,每个子句都传入你想要处理的异常类参数。...下面就来举个例子。 ? 上面的例子大家一看都懂,就不再解释了。只要大家明白,我们的except可以处理一种异常,多种异常,甚至所有异常就可以了。...其实,我们最常用的还是,只传入第一个参数用来指出异常类型,最多再传入一个元组,用来给出说明信息。如上面第三个例子。

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    Hacker基础之Linux篇:基础Linux命令五

    vi命令使用介绍: 命令格式:vi [选项] [参数] 命令功能:编辑模式下可以完成文本的编辑功能,命令模式下可以完成对文件的操作命令 命令的常用参数选项说明: + 从指定行号的行开始先是文本内容...-b 以二进制模式打开文件,用于编辑二进制文件和可执行文件 -c 在完成对第一个文件编辑任务后,执行给出的指令 -d 以diff模式打开文件,当多个文件编辑时,显示文件差异部分 -l...head & tail命令使用介绍: 命令格式: head [参数] [文件] tail [参数] [文件] 命令功能:用来显示开头或结尾某个数量的文字区块 命令的常用参数选项说明: -q 隐藏文件名...一般用途就是你不想在你的屏幕上都输满了所有的内容,只想查看那么几行内容的时候 1 我们想查看文件的前5行 head -n 5 index.php 或者文件的后5行数据 tail -n 5 index.php...在每个档案显示前搜寻该字串(pattern),然后从该字串前两行之后开始显示 -c 从顶部清屏,然后显示 -d 禁用响铃功能 -l 忽略Ctrl+l(换页)字符 -p 通过清除窗口不是滚屏来对文件进行换页

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    MYSQL MHA 如果网络不太好,怎么降低敏感度 (爱可生方案)

    (最近网上热的是赵英俊,不是因为出了什么新歌,而是他离开了人间,.并且隐瞒了多年的病情以及敬业的精神,临死前还要吃镇痛片,录完了那个小红花,仅此纪念一个,有想法和敬业的人) ?...,实际上这个参数还有一个故事,我们公司因为网络的问题,导致一部分MHA 的主机切换,之前只想到一些后面要说的延迟的方法,但没有想到用 secondary_check_script 的方式来操作.其实还是学艺不深...答: 经过查询资料,实际上这样的配置,应该是常态化,不是光针对我们这样网络有问题的企业 问题 2 , 为什么网上的那些MHA 的文字基本上很少有这样的描述 答: 大部分企业有的还没有使用GTID, 即使使用了...所有MHA 的版本 建议0.56 及以上. 问题 3, 设置两个节点,应该选择哪两个节点 ?...这里有两个想法 1 如果是主 从 从 的结构 那么两个节点 可以选择两个从节点 2 在一个网段设置两个机器专门从事这个工作 实际上个人的看法是 应该选择 2 , 1 到底有什么,试想如果几点切换了

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    一道面试题考验了你对java的理解程度

    有人可能在没经过仔细考虑的情况下,给出以下的答案 ? 很遗憾,这是错误的。重要的事注释三遍!!! 那么为什么错误,原因是什么?...而对于swap2,对象引用作为形参传递过来后,并没有对形参做任何的改变,而是直接操作了形参所指向的对象实际地址,那这样,无论是实参还是其他地方,只要是指向该对象的所有的引用地址对应的值都会改变 自动装箱...看我上面的那个例子的swap1,是不是顿时觉得与上面的面试题的错误做法非常相似了,是的,错误的原因是一模一样的,就是稍微有一点区别,就是Integer不是new出来的,而是自动装箱的一个对象,那么什么是自动装箱呢...如果你不想知道为什么,只想知道结果,那么就直说,自动装箱就是jdk调用了Integer的valueOf(int)的方法,很简单,看源码 ?...对比一下可以很清楚的看到valueOf(int)方法被调用 回归 好,现在回归正题了,直接操作形参无法改变实际值,Integer又没有提供set方法,那是不是无解了呢?

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    从0开始的Python学习009参数

    在函数定义的时候给参数赋值使用(参数参数=值......),从而给形参指定默认值。 注意默认参数的值是一个不可变的参数(也就是说默认参数一个确定的值)。...例如,def func(a, b=5)是有效的,但是def func(a=5, b)是 无效 的 关键参数 ---- 对于多参数的函数,只想指定某个或某几个参数的值,这时就可以使用命名给参数赋值,这样被复制的参数时关键参数...我们是使用关键字(参数名)不是参数的位置来给函数指定实参。 优势 1.不用担心参数的顺序,使使用函数变得简单。 2.假设其他的参数都有默认值,我们可以只给我们想要的参数赋值。...print('========关键参数=========') #如果你的某个函数有许多参数,而你只想指定其中的一部分,那么你可以通过命名来为这些参数赋值——这被称作 关键参数 ——我们使用名字(关键字)...不是位置(我们前面所一直使用的方法)来给函数指定实参。

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    程序设计思维

    这个题目很大,而我只想谈谈自己对于《SICP》的一点思考。...看了很久,还没有看完。。。但是每次看都感觉有收获,掩卷思都会有点心潮澎湃,今天尤甚,在火车站等车的时候看得入神差点没赶上车,囧。...今天就不介绍这本书的内容了,这些等我读完了再来做个全面的介绍,这次只想把今天看书的收获记录下来。 《SICP》里有很多示例代码,一开始老看着别扭,今天对这个别扭的原因进行了深入的思考。...但是在《SICP》中并非如此,由于Scheme支持函数式编程,抽象粒度更细(以函数为单位,不是对象或者类),所以作者是站在一个很高的抽象层面上看待问题,理清问题的脉络,很快地给出一个原型,这个原型已经解决了问题...接着再使用同样的方法,把这些子程序看做一个个单独的问题,像之前一样分别理清思路,定义好这些子原型,这些子原型中可能还会用到一些没有定义的函数,再重复上述过程,一直到所有代码都能被Scheme解释器理解执行

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    Python | 新手必会的 9 个 Python 技巧

    使用itertools.islice我们可以创建一个islice对象,它是一个会生成所需项的迭代器。需要注意的是,这将消耗slice开始之前的所有生成器项,以及islice对象中的所有项。...这是因为Python使用字典来表示类实例的属性,这使得它的速度很快,但是内存效率不高,这通常并不是一个问题。然而,如果它成为您的程序的一个问题时,您可以尝试使用__slots__: ?...这里的情况是,当我们定义了__slots__属性时,Python会使用小的固定大小的数组不是字典来定义属性,这大大减少了每个实例所需的内存。...限制CPU和内存的使用 如果您不想优化您的程序内存或CPU使用,您只想把它限制在某个固定大小的内存上,那么Python也有一个这样的库来做到这一点: ?...结论 并不是所有这些特性在日常的Python编程中都是必需的和有用的,但是它们中的一些可能会不时地派上用场,而且它们还可能会简化那些在其他情况下会非常冗长和难以实现的任务。

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    分享几个冷门Python技巧

    今天打算分享所知道和使用的一些特性,这些在其他地方很少见人提到过。 整理字符串输入 对用户输入进行整理的问题几乎适用于你编写的所有程序。...使用itertools.islice我们可以创建一个islice对象,它是一个会生成所需项的迭代器。需要注意的是,这将消耗slice开始之前的所有生成器项,以及islice对象中的所有项。...这是因为Python使用字典来表示类实例的属性,这使得它的速度很快,但是内存效率不高,这通常并不是一个问题。然而,如果它成为你的程序的一个问题时,你可以尝试使用__slots__: ?...这里的情况是,当我们定义了__slots__属性时,Python会使用小的固定大小的数组不是字典来定义属性,这大大减少了每个实例所需的内存。...限制CPU和内存的使用 如果你不想优化你的程序内存或CPU使用,你只想把它限制在某个固定大小的内存上,那么Python也有一个这样的库来做到这一点: ?

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    25个机器学习面试题,你都会吗?

    在本文中,所定义的机器学习包含所有的统计机器学习方法,因此不仅仅指深度学习。...声明:将这些问题列举出来只是为了启发大家的思考,促进相关的讨论。这个问题并没有现成的答案。我们会对某些问题给出提示,而这只是为了引发进一步的讨论,不是给出一个确切的答案。...在 95% 的置信区间下构建了一个线性回归模型。这是否意味着的模型参数对于试图近似的函数有 95% 的概率是真实的估计值?(提示:这实际上意味着在 95% 的试验情况下...) 2....请给出一个简单的数学证明,说明在所有可能的树结构中找到适用于分类问题的最优决策树是一个复杂度为指数级的问题。(提示:森林中究竟会有多少棵树?) 12....如果你正在研究基因表达数据,通常会有数百万个自变量,只有几百个样本。请给出简单的数学证明,说明为什么在这种情况下,使用最小二乘法构建一个回归模型并不是一个好的选择。

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    资源 | 25个机器学习面试题,期待你来解答

    在本文中,所定义的机器学习包含所有的统计机器学习方法,因此不仅仅指深度学习。...声明:将这些问题列举出来只是为了启发大家的思考,促进相关的讨论。这个问题并没有现成的答案。我们会对某些问题给出提示,而这只是为了引发进一步的讨论,不是给出一个确切的答案。...在 95% 的置信区间下构建了一个线性回归模型。这是否意味着的模型参数对于试图近似的函数有 95% 的概率是真实的估计值?(提示:这实际上意味着在 95% 的试验情况下...) 2....请给出一个简单的数学证明,说明在所有可能的树结构中找到适用于分类问题的最优决策树是一个复杂度为指数级的问题。(提示:森林中究竟会有多少棵树?) 12....如果你正在研究基因表达数据,通常会有数百万个自变量,只有几百个样本。请给出简单的数学证明,说明为什么在这种情况下,使用最小二乘法构建一个回归模型并不是一个好的选择。

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    MySQL 数据库常用命令小结

    mysql>show tables; 显示数据库mysql中所有的表:先use mysql;然后 mysql>describe user; 显示表mysql数据库中user表的列信息);...,则命令如下: shell> mysqladmin -u root -p -d databasename > a.sql 如果只想卸出插入数据的sql命令,不需要建表命令,则命令如下: shell...> mysqladmin -u root -p -t databasename > a.sql 那么如果只想要数据,不想要什么sql命令时,应该如何操作呢?   ...mysqldump -T./ phptest drive 其中,只有指定了-T参数才可以卸出纯文本文件,表示卸出数据的目录,./表示当前目录,即与mysqldump同一目录。...每个表会生成两个文件,一个为.sql文件,包含建表执行。另一个为.txt文件,只包含数据,且没有sql指令。 5、可将查询存储在一个文件中并告诉mysql从文件中读取查询不是等待键盘输入。

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    资源 | 25个机器学习面试题,期待你来解答

    在本文中,所定义的机器学习包含所有的统计机器学习方法,因此不仅仅指深度学习。...声明:将这些问题列举出来只是为了启发大家的思考,促进相关的讨论。这个问题并没有现成的答案。我们会对某些问题给出提示,而这只是为了引发进一步的讨论,不是给出一个确切的答案。...在 95% 的置信区间下构建了一个线性回归模型。这是否意味着的模型参数对于试图近似的函数有 95% 的概率是真实的估计值?(提示:这实际上意味着在 95% 的试验情况下...) 2....请给出一个简单的数学证明,说明在所有可能的树结构中找到适用于分类问题的最优决策树是一个复杂度为指数级的问题。(提示:森林中究竟会有多少棵树?) 12....如果你正在研究基因表达数据,通常会有数百万个自变量,只有几百个样本。请给出简单的数学证明,说明为什么在这种情况下,使用最小二乘法构建一个回归模型并不是一个好的选择。

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    Django学习-第十三讲(下):表单(一)forms.form、forms.modelform

    2.2 django 表单常用验证器 在验证某个字段的时候,可以传递一个validators参数用来指定验证器,进一步对数据进行过滤。...2.3. django 表单自定义验证 有时候对一个字段验证,不是一个长度,一个正则表达式能够写清楚的,还需要一些其他复杂的逻辑,那么我们可以对某个字段,进行自定义的验证。...', 'code': 'max_length'}]} 那么如果只想把错误信息放在一个列表中,不要再放在一个字典中。这时候我们可以定义一个方法,把这个数据重新整理一份。...如果只想针对其中几个字段进行验证,那么可以给fields指定一个列表,将需要的字段写进去。...另外,我们在调用save方法的时候,如果传入一个`commit=False,那么只会生成这个模型的对象,不会把这个对象真正的插入到数据库中。

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    mac tcpdump学习

    例如我们只想提取包的每一行的第一个域(时间域),这种情况下我们就需要-l将默认的全缓冲变为行缓冲了。...,不是原始文件),即所谓的“流量保存”—就是把抓到的网络包能存储到磁盘上, 保存下来,为后续使用。...210.45.123.249,源端口为27236,’>’表示数据包的传输方向, 172.16.0.11.1111, 表示这个数据包的目的端ip为172.16.0.11,目标端口为1111,1111端口是一个...下面举例说明 (1)只想查目标机器端口是21或80的网络包,其他端口的不关注: sudo tcpdump -i eth0 -c 10 'dst port 21 or dst port 80' (2)...如果只设置了expr,没有设置size,则默认提取1个字节。比如ip[2:2],就表示提取出第3、4个字节;ip[0]则表示提取ip协议头的 第一个字节。

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    三大解析库的使用

    etree.parse()第一个参数为html的路径,第二(etree.HTMLParser())和上面etree.HTML()的性质是一样的,为了方便,接下里使用对本地文件进行解析。...1.3获取所有的节点 ? 结果: ? 开头用//表示选取所有符合的节点,*表示获取所有的节点, 上面两句话一看这不是一个意思吗?会不懂!...1.9,last(),position()函数 上面的html有很多li,如果只想获取第一个可以这样: //li[1],同理第二个改成2就可以了,如果想获取最后一个://li[last()] 如果想获取前两个...2.1初始化 BeautifulSoup()第一个参数为获取的网页内容,第二个参数为lxml,为什么是lxml?...我们可以看到title获取的是title节点的所有信息,加个string就变成了title里的文本内容,这样是不是也是很简单?

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    最新干货篇!AI专家Karpathy的LLM 快速入门课

    因为实际开发中,我们往往并不是只想一个只能进行文档生成的AI,我们想要的是一个更加贴切我们需求的助手,不过无论何种类型的助手,其微调训练过程与预训练过程都是类似的,更换数据集完成单词预测任务。...前文中提到的预训练过程依赖的大量数据集往往关注于数量不是质量,但在微调阶段与之相反,更关注质量不是数量,并且其格式都像下图所示,是一次次高质量对话构成。...这个过程可能只需要几天的时间,不是几个月的时间。然后就获得了最终的助手模型。...比起时间我们更加关注于其准确性,所以不难发现一个好的prompt,往往会在开头加上这么一句话:不需要立刻得到答案,思考一下,再给出关于xxx问题的答案。...,最后输出一个足够理性的答案,不是类似于正解的系统1思维模式下产物——幻觉。

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