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    immunedeconv包与Xcell批量处理文件

    第一步:准备表达矩阵(行名已注释为gene symbol,与immunedeconv包中要求的hugo 基因名一致;列名为样品名)并写入R....在读文件的时候遇到了问题。具体什么原因,我就不得而知了,只有一步一步来尝试。 解决思路: 为什么结果只返回第一条?试一试循环,看是不是循环出问题了。...既然它继续提示字符带有引号(尽管在数据处理之前我已经统一去除了引号,这里为什么会这样提示,我也不知道原因),那就去掉引号吧。...就是我上面展示的“2.2 正式进入循环:读入文件-执行deconvolute_xcell()-写出.csv文件,共循环6次”后的结果了。...唯有解决第5个文件的问题,或者跳过第5个文件,才可以继续执行第6个文件到第20个文件的命令。

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    Day5 乙醇-r语言的数据结构的一点补充

    但我昨天试着自己在工作目录下新建一个txt文档,命名为doudoudou,直接将原本doudou中的内容复制到doudoudou中(图2),读取的时候却一直显示一行只有一个数值。这是为什么呢?...我又在doudoudou中手动输入doudou中的内容,但输出的结果还是表示只有一行只有一个数值(图3)。我实在弄不明白。因为我想自己建一个txt,用R来读取,但总是显示1个数值。...看,得到了正确的,一行就是两个数值,耶( •̀ ω •́ )y(图4)另外,还有一点小小补充read.csv()关于这个函数呢,是用于读取CSV文件的函数,其中括号里应该填写CSV文件的路径或URL。...我一开始输入的是data csv("doudoudou")然后又报错了,提示:> file.choose(datasuibian) 错误: 找不到对象'datasuibian'错误的原因就是...在R中,.txt文件通常被认为是纯文本文件,但如果文件中的内容采用了逗号分隔的格式,read.csv() 也可以正确地读取它们。(Last but not least,我宣布:花花老师全世界最好!

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    阿榜的生信笔记5

    : 一、认识csv格式 ①、csv格式的定义: CSV是用逗号分隔值文件格式,用于存储数据的一种简单的文本文件格式,每行都是一条记录,每个字段用逗号隔开。...Rdata由save()保存,由load()加载 大家看看下面的图片,做一下练习,认识认识文件后缀名吧?...读取文件不是一帆风顺的,它有时候也会报错。为什么会报错呢? 原因是我们没有规范的进行操作,上面两种情况记住哦? 还有一种情况是我们没有做错什么还是报错了,这提醒我们改参数哦?...这张图出现的问题怎么解决呢? 还是用参数,row.name=1:第一列是行名;check.names=F:不检查行名是否合法化,允许使用不规范的变量名,例如包含空格或特殊字符的变量名称。...: #注意:数据框不允许重复的行名 rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1) rod = read.csv("rod.csv") 下面这张图片的问题,阿榜碰到过。

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    统计师的Python日记【第5天:Pandas,露两手】

    这就很奇怪了,2012、2013、2014、2015四个年份的第一季度加总,这是什么鬼?其实我更想看横向加总,就是每一年四个季度加总,得到一年的总和,原来,指定axis=1即可: ?...数据导入 表格型数据可以直接读取为DataFrame,比如用 read_csv 直接读取csv文件: 有文件testSet.csv: ? 存在D盘下面,现在读取: ?...这个testSet.txt文件用“loves”做分隔符! 隐隐觉得有人向我表白,但是有点恶心...... 在实际中,更可能是某种乱码,解决这种特殊分隔符,用 sep= 即可。 ?...忽略红色背景的部分。 还有一种情况是开头带有注释的: ? 使用 skiprows= 就可以指定要跳过的行: ?...从我多年统计师从业经验来看,学会了如何跳过行,也要学如何读取某些行,使用 nrows=n 可以指定要读取的前n行,以数据 ? 为例: ? 2.

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    网络爬虫爬取b站励志弹幕并生成词云(精心笔记总结)

    一方面是为了做笔记,总结今天学到的,另一方面,我是为了分享经验,以及让大家看到这满是正能量的弹幕词云,足以冲击你的内心。...很可能这个就是我们要寻求的方向。我们点进去。来看 这里放大了了,希望能看到这个蓝色的一行。很熟悉的,是url,下面是请求相关的。我们点进去这个url。会发现是一个文件,这个文件并不是普通的文件。...词云时,需要读取csv格式文件 代码中wordcloud中的参数mk代表指定根据的图片绘制词云,这里要求图片背景尽量为白色,里面可以有你想要的形状。更详细的请查看资料了解相关的方法。...还有就是关于with open()这部分代码中的newline参数, 当在读取模式下,如果新行符为None,那么就作为通用换行符模式工作,意思就是说当遇到\n,\r或\r\n都可以作为换行标识,并且统一转换为...还有就是不要看到控制台打印出红色字体就认为出错了。你得知道他在说啥。像下面是没有错误的。 就写到这里了,相关的请遵守csdn博客协议。期待与大家共同进步。 ------jgdabc 点击访问主页

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    数据分析利器 pandas 系列教程(三):读写文件三十六计

    保存到 csv 中,我常用的一行代码是: df.to_csv('exam_result.csv', index=False, encoding='utf-8-sig') 第一个参数是保存的文件名,第二个参数是不保存...基于实践是检验真理的唯一标准原则,先做一组不保存/保存 index 索引列的对比实验。 ? 保存 index 的 csv ?...实际上所有的内容都在一行,为了方便截图,我展开成了六行;其中 '0','1' 等是 index 而不是下标,注意区分。...常见的还有 tsv,即 Tab 制表符分隔,其实,这个分隔符,我们可以自定义,以 !、&、@ 等字段值中几乎不会出现的字符为宜,如果是字母 a、b、c,容易造成混乱。无论是 csv、tsv 还是 ?...', sep='@') msv 后缀是我随便起的,只要保证读写文件名相同即可。

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    如何通过Python将CSV文件导入MySQL数据库?

    CSV文件导入数据库一般有两种方法: 1、通过SQL的insert方法一条一条导入,适合数据量小的CSV文件,这里不做赘述。...table_name 指表名称 FIELDS TERMINATED BY ',' 指以逗号分隔 LINES TERMINATED BY '\\r\\n' 指换行 IGNORE 1 LINES 指跳过第一行...file = open(csv_file_path, 'r',encoding='utf-8') #读取csv文件第一行字段名,创建表 reader = file.readline()...: 我是用win10系统,代码执行时会出现以下错误 ERROR 1148 (42000): The used command is not allowed with this MySQL version...原因是不支持命令 load data 解决方法: 需要更改下配置文件 在mysql安装目录中找到my.ini配置文件,复制以下内容到文件中 [mysqld] #服务端配置 local-infle

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    CSV文件的高级处理:从大型文件处理到特殊字符管理

    本文将深入探讨处理大型CSV文件、跳过无效行、处理特殊字符等高级技术,结合Python代码和具体案例,为新手朋友提供一套实用的解决方案。...二、跳过无效行 2.1 无效行的原因 在CSV文件中,无效行通常是由于格式错误、特殊字符干扰或数据不一致导致的。这些行在数据处理过程中可能会引发异常,影响整个程序的运行。...2.2 使用异常处理机制 Python提供了强大的异常处理机制,可以帮助我们跳过这些无效行。 示例代码 以下是一个使用csv模块处理CSV文件并跳过无效行的示例。...错误日志:在生产环境中,除了跳过无效行外,可能还需要记录这些行的信息,以便后续分析和修正。...三、处理特殊字符 3.1 特殊字符的问题 CSV文件中的特殊字符(如逗号、换行符、引号等)如果不被正确处理,可能会导致数据解析错误。

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    Python 自动化指南(繁琐工作自动化)第二版:十六、使用 CSV 文件和 JSON 数据

    CSV 模块 CSV 文件中的每一行代表电子表格中的一行,行中的单元格用逗号分隔。...在高层次上,程序必须做到以下几点: 在当前工作目录中查找所有 CSV 文件。 读入每个文件的全部内容。 跳过第一行,将内容写入一个新的 CSV 文件。...创建一个 CSV reader对象并读入文件的内容,使用line_num属性来决定跳过哪一行。 创建一个 CSV writer对象并将读入的数据写出到新文件中。...然后,添加一些关于程序其余部分应该做什么的TODO注释。 第二步:读入 CSV 文件 程序不会删除 CSV 文件的第一行。相反,它创建一个没有第一行的 CSV 文件的新副本。...检查 CSV 文件中的无效数据或格式错误,并提醒用户注意这些错误。 从 CSV 文件中读取数据作为 Python 程序的输入。

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    2023.4生信马拉松day5-文件读写

    tab separated values,空格分隔文件; 但是:纯文本文件的后缀只起提示作用,只是约定俗成,不决定其具体是什么样的东西(实际输入了什么分隔符就是什么分隔符); 2.将表格文件读取到R语言里...or directory 图片 原因:文件没有存放到工作目录下/有拼写错误; 解决办法:用Rproj管理项目设好工作路径;用tab键自动补齐文件名避免拼写错误。...#2.读取ex2.csv ex2 csv("ex2.csv") #默认中-是特殊字符,所以会被R改成. ex2 csv("ex2.csv",row.names = 1...);或者先把矩阵改成数据框再改某列; 要经常检查自己的数据; 哑巴地雷-不报错但错了的代码: save(test,file="example.csv") 6.用于读取/导出文件的R包 如果一个数据用read.table...excel最好的函数 library(rio) aabb = list(a=a,b=b) export = (aabb, "aabb.xlsx") test = import_list ("aabb.xlsx

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    Oracle数据加载之sqlldr工具的介绍

    @E:\jingyu\scripts\call.sql 我这里得到了一个234M大小的ldr_object.csv文件,最后一列有空行,可以考虑先数据清洗后再导入。...\jingyu\scripts\ldr_object1.bad 废弃文件: 未作指定 (可废弃所有记录) 要加载的数: ALL 要跳过的数: 0 允许的错误: 9999 绑定数组: 64...\jingyu\scripts\ldr_object2.bad 废弃文件: 未作指定 (可废弃所有记录) 要加载的数: ALL 要跳过的数: 0 允许的错误: 9999 绑定数组: 5000...由于数据错误, 0 行 没有加载。 由于所有 WHEN 子句失败, 0 行 没有加载。 由于所有字段都为空的, 0 行 没有加载。 在直接路径中没有使用绑定数组大小。...由于数据错误, 0 行 没有加载。 由于所有 WHEN 子句失败, 0 行 没有加载。 由于所有字段都为空的, 0 行 没有加载。 在直接路径中没有使用绑定数组大小。

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    【黄啊码】如何将制表符分隔的文件转换为CSV

    我有一个制表符分隔的文件,有超过2亿行。 什么是最快的方式在Linux中将其转换为CSV文件? 这个文件确实有多行标题信息,我需要在路上去除,但标题的行数是已知的。...我已经看到了sed和gawkbuild议,但是我想知道是否有“首选”的select。 只是为了澄清,在这个文件中没有embedded式标签。...这里的空格是一个文字标签: $ echo "hello world" | tr "\t" "," hello,world 当然,如果你在文件中embedded了string文字中的标签,这也会错误地翻译这些标签...以下是一个Python脚本,它从stdin中取出TSV行,并将CSV行写入stdout: import sys import csv tabin = csv.reader(sys.stdin, dialect...是实际的制表符。 \我没有为我工作。 在bash中,使用^ V来input它。 @ ignacio-vazquez-abrams的python解决scheme非常棒!

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