忽略R中置信区间(CI)的NA - 腾讯云开发者社区

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...(values=colors, na.translate=FALSE)+ #scale_color_discrete(na.translate=FALSE)...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本需要示例数据和代码点赞点击在看然后在后台留言 20210605 就可以了小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python

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r语言求置信区间的函数_r语言区间估计

需要明确，在置信度（检验水准为0.05）确定的情况下置信区间的计算需要Estimate（系数样本估计值）和Std.err（标准误）即upr=Estimate+1.96Std.err lwr=Estimate...-1.96Std.err 方法一这个方法不能得到哑变量的系数，只能得到这个变量的系数；比如说Time这个变量是3个水平，两个哑变量，按照方法一只能得到Time这个变量的，无法得到Time2和TIme3...参照于TIme1的。...) rownames(citab) <- rownames(cc) Jetbrains全家桶1年46，售后保障稳定方法二自己定义confint函数，因为confint函数在geeglm函数中无法使用...如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容，请发送邮件至举报，一经查实，本站将立刻删除。

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R-forestplot包| HR结果绘制森林图

上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化，本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值（置信区间区间）的结果直接绘制森林图的方法。...其中点估计值（置信区间）的结果可以是COX也可以是logistic回归等其他方法的结果，适用范围更广。...数据准备 #载入R包 library(forestplot) #数据来源：https://www.r-bloggers.com/forest-plot-with-horizontal-bands/ data..."31" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922")), #fpTxtGp函数中的...lwd.ci=2, boxsize=0.5, #箱线图两端添加小竖线，高度 ci.vertices=TRUE, ci.vertices.height

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【孟德尔随机化】森林图怎么画？

,3), "-",round(out_multi$H95CI,3),")",sep = "") tabletext NA,"CELL",out_multi...$HR), lower=c(NA,NA,out_multi$L95CI), #95%置信区间下限 upper=c(NA,NA,out_multi$H95CI)...=0.3,lwd.ci=2, #箱子大小，线的宽度 ci.vertices.height = 0.08,ci.vertices=TRUE, #置信区间用线宽、高、型...#X轴线宽 lineheight = unit(1,"cm"), #固定行高 graphwidth = unit(.3,"npc"), #图在表中的宽度比例...nrow(tabletext)+1 mar=unit(rep(0.1, times = 4), "mm"),#图形页边距 # #fpTxtGp函数中的cex参数设置各个组件的大小

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实践|随机森林中缺失值的处理方法

忽略通常的规则，如果 X_ij 缺失，则将 i 发送到节点 1；如果观察到 X_ij，则将 i 发送到节点 2。遵循这些规则中的哪一个再次根据我们使用的 Y_i 的标准来决定。...., 2020) (github.com) 另一方面，如果您想要参数的置信区间，请使用此（较慢的）代码 drfinference/drf-foo.R at main · JeffNaef/drfinference...(github.com) 特别是，drf-foo.R 包含后一种情况所需的所有内容。...我们将重点关注具有置信区间的较慢代码，如本文所述，并考虑与所述文章中相同的示例： set.seed(2) n<-2000 beta1<-1 beta2<--1.8 # Model Simulation...，使用 NA 获得的值与上一篇文章中未使用 NA 的第一次分析得到的值非常接近！

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R语言对苏格兰独立民意调查的Meta分析

投票的总体估计比例为（在随机效应模型下）为48.72％，95％置信区间为46.82％至50.62％。...因此，仅基于这六个民意调查（并参见下面的警告），估计投票比例是低于50％，而置信区间显示数据与“真实”比例一致，高于50 ％。...来自不同研究的95％置信区间与每个基本上重叠，说明了在每个研究中给出（相对）小数量的点，结果的微小差异可能纯粹是由于抽样误差。 ? 这里提出的简单分析可能存在许多缺陷。...R输出对于那些感兴趣的人，如下所示是分析的R输出，给出每个民意调查的比例，每个民意调查的95％CI，分配给每个民意调查的权重（在固定和随机效应分析中），估计I ^ 2（可归因于真实异质性的变异比例）...z p.value Fixed effect model 0.4859 [0.4726; 0.4991] NA -- Random effects model 0.4872

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R语言生态学进化树推断物种分化历史：分类单元数与时间关系、支系图可视化

数据 3500trees.nexus是nexus格式的文件，里面有3500棵树。 besttree.nexus也是nexus格式的文件，里面有1颗树，是从3500颗树中筛选出来的一致树。...log的，95%置信区间的ltt plot,中间黑色线的是besttree的，要显示出来。...plot(trees) ,log='y') besttree # 95% ltt置信区间 ltt.ci<-function(tree.all){ ntip=length(tree.all...r2 a xp k ## 1 pureBirth r1 1 RC 535.1086 0.1817879 NA -1068.217 NA...NA ## 2 bd r1, a 2 RC 535.1086 0.1817879 NA 0.000 NA NA ## 3 DDL

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R语言生态学进化树推断物种分化历史：分类单元数与时间关系、支系图可视化|附代码数据

数据 3500trees.nexus是nexus格式的文件，里面有3500棵树。 besttree.nexus也是nexus格式的文件，里面有1颗树，是从3500颗树中筛选出来的一致树。...log的，95%置信区间的ltt plot,中间黑色线的是besttree的，要显示出来。...plot(trees) ,log='y') besttree # 95% ltt置信区间 ltt.ci<-function(tree.all){ ntip=length(tree.all...r2 a xp k ## 1 pureBirth r1 1 RC 535.1086 0.1817879 NA -1068.217 NA... NA ## 2 bd r1, a 2 RC 535.1086 0.1817879 NA 0.000 NA NA ## 3 DDL

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「R」如何汇总数据

这种方法可能就是你要找的（说明很多人用呗，好用呗）。 summaryBy()函数：它也比较容易使用，然而它需要载入doBy包。 aggregate()函数，它比较难使用一点但内置于R中。...它可以干以下的事情：寻找均值、标准差和计数寻找均值的标准误（强调，如果你处理的是被试内变量这可能不是你想要的）寻找95%的置信区间（也可以指定其他值）重命令结果数据集的变量名，这样更方便后续处理...要使用的话，把函数放你的代码中然后像下面一样调用它。...它可以干以下的事情：寻找均值、标准差和计数寻找均值的标准误（强调，如果你处理的是被试内变量这可能不是你想要的）寻找95%的置信区间（也可以指定其他值）重命令结果数据集的变量名，这样更方便后续处理...要使用的话，把函数放你的代码中然后像下面一样调用它。

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R语言生态学：进化树推断物种分化历史：分类单元数与时间关系、支系图可视化

数据3500trees.nexus是nexus格式的文件，里面有3500棵树。besttree.nexus也是nexus格式的文件，里面有1颗树，是从3500颗树中筛选出来的一致树。...log的，95%置信区间的ltt plot,中间黑色线的是besttree的，要显示出来。...plot(trees),log='y')besttree# 95% ltt置信区间ltt.ciNA ## 2 bd r1, a 2 RC 535.1086 0.1817879 NA 0.000 NA NA ## 3 DDL r1....R语言基于树的方法：决策树，随机森林3.python中使用scikit-learn和pandas决策树4.机器学习：在SAS中运行随机森林数据分析报告5.R语言用随机森林和文本挖掘提高航空公司客户满意度

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R语言ggplot2折线图(line plot)添加置信区间（CI）展示学术论文作者数量的变化趋势

非常有意思的数据可视化案例，原文提出的问题是学术论文中的作者数量有逐年增加的趋势；于是利用R语言里的 rplos 包抓取了 Plos 系列的6本期刊的2006年至2013年的每篇论文里的作者数量...https://github.com/blmoore/blogR 原始代码中抓取数据的部分好像不能用了，我稍微改动了一下，选取了2006年到2020年的数据，获取数据的代码这里就不放了，如果需要本文的示例数据可以知己在文末留言...image.png 根据上图确实可以看出学术期刊的作者数量确实是有增加的趋势的这里新学到的知识点是使用stat_summary()函数添加置信区间，之前自己也实现过这个图，但是需要提前算好置信区间和平均值...，比如之前的推文 R语言ggplot2画带有置信区间的折线图和分组求均值遇到的一个问题，如果换成 stat_summary() 这个函数以后就方便很多好了，今天的内容就到这里了大家如果需要推文的示例数据和代码的话可以直接在公众号...后台回复 20210426 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享： 1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子； 2、园艺植物相关转录组学

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R语言中的特殊值及缺失值NA的处理方法

通常来说，R语言中存在： NA NULL NaN Inf/-Inf 这四种数据类型在R中都有相应的函数用以判断。 NA NA即Not available，是一个长度为1的逻辑常数，通常代表缺失值。...drop_na(df,X1) # 去除X1列的NA 2 填充法用其他数值填充数据框中的缺失值NA。...replace_na(df$X1,5) # 把df的X1列中的NA填充为5 2.3 fill() 使用tidyr包的fill()函数将上/下一行的数值填充至选定列中NA。...fill(df,X1,.direction = "up") # 将NA下一行的值填充到df的X1列中的NA 除此之外，类似原理的填充法还有均值填充法（用该变量的其余数值的均值来填充）、LOCF（last...3 虚拟变量法当分类自变量出现NA时，把缺失值单独作为新的一类。在性别中，只有男和女两类，虚拟变量的话以女性为0，男性为1。如果出现了缺失值，可以把缺失值赋值为2，单独作为一类。

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R语言用线性回归模型预测空气质量臭氧数据

data(airquality) ozone na.omit(airquality), select = c("Ozone", "Solar.R", "Wind",...这是在所有独立值均为零的情况下模型预测的值。低系数 Solar.R 表示太阳辐射对预测臭氧水平没有重要作用，这不足为奇，因为在我们的探索性分析中，它与臭氧水平没有很大的相关性。...它定义为估计值与观察到的结果之间的相关性的平方： ## [1] 0.5924073 与[-1,1]中的相关性相反，R平方在[0,1] 中。...置信区间置信区间是解释线性模型的有用工具。...让我们将模型应用于测试集，使用不同的参数作为 interval 参数，以查看两种区间类型之间的差异： # 计算预测的置信区间（CI） preds.ci <- predict(model, newdata

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R语言计算Logistic的efect和OR值以及置信区间

各位小伙伴，大家好，我是邓飞，今天介绍一下，如何使用R语言进行logistic分析，并且计算OR值和置信区间。...在二分类 GWAS（基因组关联研究）分析中，OR 值用于衡量某个基因变异（或基因型）与某个疾病（或特征）之间的关联程度。...一般情况下，OR 值越大表示基因变异和疾病间的关联程度越强。在二分类 GWAS 分析中，通过计算每个基因变异的OR值，可以评估其与疾病之间的关联程度，从而推断基因变异对疾病风险的贡献。...plink的Logisitic模型的GWAS分析计算结果如下： R语言的解决方案： m1 = glm(phe.V3 ~ rs3131972_A,family = "binomial",data=dd...(mod) 结果：手动计算OR值：一步到位的OR值和置信区间：

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R 数据整理（三：缺失值NA 的处理方法汇总）

> is.na(c(1,2,3,NA,'sdas')) [1] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE # 我们可以直接用which 获取TRUE 所在的index 但是，这个函数并不能很好的使用在数据框中...中找了第四个NA（按照行）。...] "omit" > class(a) [1] "character" > as.character(a) [1] "1" "2" "3" "sdas" 3. tidyverse 中的高级函数...(X$X1)),] X1 X2 1 A 1 2 B NA 3 C 3 4 D 4 5 E 5 replace_na() 这个函数我很喜欢，可以将指定列中的NA 替换为指定的数值：...3 C 3 4 D 4 5 E 5 6 NA> 6 函数中参数设置很多函数，都有参数na.rm 可以直接在对列表操作时去除NA 值，比如： > a = c(3,4,NA

4.8K3 0

颜值够格的风险森林图

2.美化版森林图-forestplot 用到一个新的R包，forestplot。它就没有ggforest那么智能了，森林图展示的内容是需要自己组织的。...最核心的信息就是HR值和它的置信区间范围，我们可以从cox模型中提取到图上的这些信息。 2.2组织输入数据照葫芦画瓢开始，准备添加在图上的label列。...paste(round(m$coefficients[, 5], 3), " *"), round(m$coefficients[, 5], 3) ) ) ) #HR和它的置信区间...zero = 1, boxsize = 0.4, col = fpColors(box = '#1075BB', lines = 'black', zero = 'grey'), lty.ci...zero = 1, boxsize = 0.4, col = fpColors(box = '#1075BB', lines = 'black', zero = 'grey'), lty.ci

1.8K2 0

CI中的Cake

在上一篇C#Make自动化构建-简介中，简单的介绍了下Cake的脚本如何编写以及通过Powershell在本地运行Cake脚本。本篇在此基础上，介绍下如何在CI环境中使用Cake。 1....（https://hub.docker.com/r/lnhcode/dotnet2-mono5/）。...在不同的CI环境中执行相同的自动构建 cake的目的在于一次编写，可以运行在不同的构建环境和构建工具中。同时可以把构建脚本纳入到源代码管理中，而不是编写在某一特定的ci/cd工具中。...正如这篇文章https://www.thoughtworks.com/radar/techniques/programming-in-your-ci-cd-tool中的观点一样。...dotnet2-mono5的镜像位于：https://hub.docker.com/r/lnhcode/dotnet2-mono5/ 4.

1.2K7 0

在 R 中估计 GARCH 参数存在问题（基于 rugarch 包）

一年前我写了一篇文章，关于在 R 中估计 GARCH(1, 1) 模型参数时遇到的问题。我记录了参数估计的行为（重点是 β ），以及使用 fGarch 计算这些估计值时发现的病态行为。...with R Examples中），所以我非常感谢这个建议。...注意估计的参数和标准差？即使对于 1000 的样本大小，估计也与“正确”数字相去甚远，并且基于估计标准差的合理置信区间不包含正确的值。看起来我在上一篇文章中记录的问题并没有消失。...正如 Vivek Rao 在 R-SIG-Finance 邮件列表中所说，“最佳”估计是最大化似然函数（或等效地，对数似然函数）的估计，在上一篇文章中我忽略了检查对数似然函数值。...多个求解器获得了模型 1 生成序列的“最佳”结果，同时 ω 的 95％置信区间（CI）不包含 ω 的真实值，尽管其他的 CI 将包含其真实值。

4.4K3 1

forestploter: 分组创建具有置信区间的多列森林图

下面是因INFORnotes的分享与其他绘制森林图的包相比，forestploter将森林图视为表格，元素按行和列对齐。可以调整森林图中显示的内容和方式，并且可以分组多列显示置信区间。...森林图的布局由所提供的数据集决定。基本的森林图森林图中的文本数据的列名将绘制为表头，数据中的内容将显示在森林图中。应提供一个或多个不带任何内容的空白列以绘制置信区间（CI）。...绘制 CI 的空间由此列的宽度确定。...列对于更复杂的示例，比如按组绘制CI。...如果提供的est、lower和upper的数目大于绘制CI的列号，则est、lower和upper将被重用。如下例所示，est_gp1和est_gp2将画在第3列和第5列中。

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R语言实现六西格玛的分析以及数据可视化

在药企应用比较多，当然大家大多数的实现工具是mintab。接下来我们看下在R语言中如何实现其对应的分析。首先是R包SixSigma，它集合了R包qcc和grid进行六西格玛分析。...为例进行图形绘制：数据部分： data(pistonrings) diameter = with(pistonrings,qcc.groups(diameter, sample))#with是操作一个数据框中向量数据的函数...主要的参数： xST,xLT主要是指的两组数据向量。 f.na.rm 主要是判断NA数据是否移除。...Alpha主要是指的置信区间的误差 LSL，USL如果数据和我们前面一致，我们就可以直接调用上面的数据进行计算。...4. ss.ci() 均值的置信区间图. ? 其中主要的参数; sigma2 主要是指的总体方差 Data 是传入的数据，数据结构如下： ?

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