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    Go每日一库之149：PDF处理相关库

    info print file info merge concatenate 2 or more PDFs nup rearrange pages...使用qpdf解密 使用qpdf进行强制解密，有些情况是可以解密成功的，但是有些情况也不一定能解密成功 qpdf是一个支持命令行的pdf工具 $ qpdf --decrypt in.pdf out.pdf...使用unipdf解析pdf中的文本 $ unipdf extract text input.pdf 使用API解析pdf文本，参考unipdf github examples 使用坐标信息解析pdf.../Ruby/Swift 但目前还不支持Go语言，所以对于gopher而言目前只有两种选择:CLI OR CGO 八、修复受损pdf文件 有一些pdf文件在电脑上打开时，显示正常，但是用代码检测却是不正常的...九、识别一个pdf文件的字体信息 有时候要使多个pdf文本字体保持一致，免不得要去分析pdf中都使用了哪些字体，这时候可以使用xpdf/pdffonts进行字体分析 $ pdffonts input.pdf

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    一文搞定基因型数据清洗

    数据 1 二进制文件 2. plink二进制文件变为文本文件（ped和map） 3. plink将vcf转化为plink文件 4....我已经下载整理好了，下载本书的电子版pdf+数据+代码，链接：书籍及配套代码领取--统计遗传分析导论 1 二进制文件 文件中包括二进制的三个文件： 2. plink二进制文件变为文本文件（ped和...map） 命令 plink --bfile hapmap-ceu --recode --out hapmap-ceu --bfile 是指定二进制plink的前缀名称 --recode是生成文本ped...上面的信息有： 共有2239392个SNP位点 共有60个个体，其中30个males，30个female 结果生成hapmap-ceu.ped和hapmap-ceu.map文件 3. plink将vcf...转化为plink文件 文件：ALL.chr21.vcf.gz plink将vcf文件变为plink的二进制文件（bed和bim和fam）。

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    GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）

    四、Plink格式转换及主成分分析 1.VCF格式转换为 ped/map格式 vcftools --vcf snp.vcf --plink --out snp 2.ped/map格式转换为bed/bim...的bed文件, 比如a.bed, 那么你应该包含a.bim, a.fam 如果你的数据格式是plink的ped文件, 比如b.ped, 那么你应该包括b.map K值根据实际情况进行设置，通过比较得到最佳...六、Tassel关联分析 Tassel的管道命令不允许有回车符号，使用以下命令时需要将#注释及换行删除。...seqkit fx2tab example.fasta -l -n -l 统计序列长度 -n 统计染色体 2.提取文本文档中某列 用于Tassel关联分析后的结果文件，提取相应的列进行R语言绘图。...cat MLM.txt | awk '{print $1" "$3" "$4" "$7}' > manhattan.txt # $提取的列数 3.删除文本文档中不包含匹配文本的行 用于过滤后删除低质量的

    12.1K67

    笔记 | GWAS 操作流程3：plink关联分析--完结篇

    飞哥注：具体数据文件，查看之前的系列博文。这里使用的是清洗后的数据。...查看数据 这里，文件是bed文件，二进制不方便查看，我们将其转化为ped文件和map文件 注意，这里我使用的是ped和map格式，如果ped文件中有表型数据（第六列），如果想指定表型数据，用--pheno...可以选择的方法有卡方检验和逻辑斯蒂回归（X2关联分析和logistic分析）。 「--assoc」，不允许有协变量 「--logistic」，允许有协变量，如果考虑协变量，速度变慢。...「--assoc」，不允许有协变量，速度快 「--linear」，允许有协变量，速度慢 3. 控制假阳性 因为plink进行关联分析时常常面对的是大量的SNP数据，容易产生假阳性，因此需要矫正。...CHISQ 卡方值 P P值 结果文件： ?

    9.1K32

    CSS编码规范

    2 代码风格 2.1 文件 [建议] CSS 文件使用无 BOM 的 UTF-8 编码。 解释： UTF-8 编码具有更广泛的适应性。BOM 在使用程序或工具处理文件时可能造成不必要的干扰。...2.2 缩进 [强制] 使用 4 个空格做为一个缩进层级，不允许使用 2 个空格 或 tab 字符。...示例： .selector { } [强制] 属性名 与之后的 : 之间不允许包含空格， : 与 属性值 之间必须包含空格。...[建议] 当需要强制指定样式且不允许任何场景覆盖时，通过标签内联和 !important 定义样式。 解释： 必须注意的是，仅在设计上 确实不允许任何其它场景覆盖样式 时，才使用内联的 !...4 值与单位 4.1 文本 [强制] 文本内容必须用双引号包围。 解释： 文本类型的内容可能在选择器、属性值等内容中。

    1.4K41

    CSS编码规范建议

    代码风格 1.1 文件 [强制]CSS文件使用UTF-8编码 解释： UTF-8 编码具有更广泛的适应性。...1.2 缩进 [强制] 使用 2 个空格做为一个缩进层级，不允许使用 4 个空格 或 tab 字符。...通用 2.1 选择器 [强制] 如无必要，不得为 id、class 选择器添加类型选择器进行限定。 解释： 在性能和维护性上，都有一定的影响。...[建议] 当需要强制指定样式且不允许任何场景覆盖时，通过标签内联和 !important 定义样式。 解释： 必须注意的是，仅在设计上 确实不允许任何其它场景覆盖样式 时，才使用内联的 !...3.值与单位 3.1 文本 [强制] 文本内容必须用双引号包围。 解释： 文本类型的内容可能在选择器、属性值等内容中。

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    统计遗传学：第七章，基因型数据格式介绍

    两个文本格式PLINK FLE包含关于个体及其基因型（ped）和遗传标记（map）的信息。...基因组数据的原始PLINK 1.0文本格式由两个文件组成。第一个文件是所谓的谱系文件。谱系文件，在PLINK中使用后缀。ped包含样本信息（即基因型个体列表）。...A.因此，ped文件有大量列，正好是6+（K×2），其中K是SNP基因型的数量。A、 ped文件可以在任何文本编辑器中打开，尽管其尺寸和大量列可能会使读取变得困难。...映射文件的维度为K行（SNP数）和4列。 plink二进制格式的数据 plink二进制格式： ped文件可以在普通的文本编辑器中打开，但在数据存储方面效率低下。...fam文件，指示个人信息的fam文件（相当于.ped文件的前六列，如图7.3所示）。

    1.6K20

    前端编码规范

    – 中横杠符连接，项目里面的私有样式文件：项目名-业务模块名称.css 1.2 选择器命名 [强制] 在不是必须的情况下尽可能不用id选择器。...1.4行长度 [强制] 每行不得超过 120 个字符，除非单行不可分割（例如url超长）。 2.值与单位 2.1文本 [强制] 文本内容必须用双引号包围。...[强制] 如无必要，尽量不使用 id 选择器，给 id、class 选择器设置属性时不需要添加类型选择器进行限定。 [强制] id 选择器不需嵌套其他选择器。...[建议] 在文件结尾处，保留一个空行。 1.2缩进 [强制] 使用 4 个空格做为一个缩进层级，不允许使用 2 个空格或 tab 字符。...[强制] 对于基本类型 {string}, {number}, {boolean},首字母必须小写。 1.7.5 文件注释 [强制] 文件顶部必须包含文件注释，用 @file 标识文件说明。

    1.6K20

    PDF翻译神器，再也不担心读不懂英文Paper了

    甚至一旦我的文件大小超过 1MB，就只能尝试拆分成为较小的文档。要知道，一篇普通的文献，不加图片只有文字，转换过来也有 1MB 大小。我为什么不选择直接复制粘粘？...我们常说“翻译无国界”，于是我求助了翻译公司，却觉得不太划算；再于是我求助了某些付费的在线翻译转换文件，却不是翻译慢就是质量有问题；好吧，还不如最后自己操刀，却发现时间上根本不允许…… PDF 格式的文本...近日，营长发现一款体验“十分优秀”的复制即翻译的外文辅助阅读翻译解决方案——CopyTranslator，它很好地解决了PDF文本换行的麻烦，并借助谷歌翻译API支持，在速度和质量上都有了很好的满足。...核心用法：选择要翻译的文本，Ctrl+Q，翻译文本会马上显示在当前页面的弹出窗口；或连续按两次 Ctrl，翻译即显示在 QTranslate 主窗口中；即时功能，选中你要翻译的文本，然后按快捷键 Ctrl...从最根本的功能性来讲，QTranslate 胜在有多款翻译引擎工具支持，可迅速选取合适的翻译工具，并进行翻译；而 CopyTranslator 的强大之处在于对 PDF 等格式文本的快速复制，达到了复制即翻译的速度

    3.9K30

    小白Linux入门--基础篇:Linux基本命令

    //将新建文件夹这个文件删除 rm -v：显示过程信息 rm -i：删除已有文件或目录之前先询问用户； rm -rf ：(强制删除文件或目录,删除时不提示.).../a.txt :把a.txt移动到上一层目录 8.打开office文件（或者其他）：xdg-open xdg-open xxx.pdf：用默认的pdf 阅读器打开一个pdf文件（可以带路径哦） xdg-open...Ctrl+V选择 Y复制 P粘贴 VIM编辑模式 进入编辑模方式: i 在当前字符前插入 a 在当前字符后插入 I（大写i） 在光标所在行首插入 shift+a 从光标在所行尾插入 o 在光标所在行下一行插入...强制保存，在root用户下，即使文本只读也可以完成保存 ：q 退出vim ：q!...1.用ctrl+alt+T来打开终端 2.要在某个文件夹里创建文本，首先要回到该文件夹的目录。如我在桌面(desktop)建立文本。

    6.5K20

    文档在线预览的实现

    既然是WEB应用，进一步的需求是能够在线查看文档，根据用户需求可能不允许下载，不允许打印文档。...pdf 如果是文本需要转换为PDF，我们可以使用iTextSharp这个组件，对于纯文本，注意的是源文件中没有设置字体之类的，需要在转换成PDF时指定字体，否则对于中文可能由于没有设置字体而转换不出来。...其实就是做一个淡淡的背景透明的图片，然后打开pdf文件，在每一页中画上水印图片即可。...另外还有一个解决方案是使用Flash，需要把pdf文件进一步转换为swf文件，然后由Flash播放器来播放这个文档。...可惜Flash已经是一个过时即将淘汰的技术了，像iPad，iPhone就不支持Flash，所以使用HTML5才是更明智的选择。

    3.7K10

    PDF文件使用指南

    你通过它，以打印方式生成PDF文件。 Q： 我不想安装任何软件，如何创建PDF文件？ A: 将你的文档通过浏览器，上传到Google Docs，然后选择以PDF格式export，非常简单。...Q： 有些PDF文件不允许打印或用鼠标选择文字，怎么办？...Q： 我如何在PDF文件中加入注释和笔记？ A： 安装PDF-X Viewer，这是一个允许添加注解的PDF阅读器。另一个选择是，PDF Escape网站也可以在线提供类似的功能。...A： 将你的文件上传到PDF Hammer，设置一个密码，然后再将它以PDF格式输出即可。 Q： PDF文件中有很多链接，但是我无法点击，因为它们都是纯文本格式。怎样才能让这些链接变成可以点击？...另外一个选择是Scribd，它更知名和流行，因此也更有助于你的文件的推广。 （完）

    2.6K20

    使用PyPDF2模块处理PDF文件通用方法技巧

    基本概念：PDF和Word文档是二进制文件，除了文本之外还保存字体，颜色，布局等信息。...处理PDF文件，使用PyPDF2模块，PyPDF2不能从PDF文档中提取图像、图表或其他媒体，但可提取文本，作为字符串返回。...读取PDF文件步骤: 首先以读二进制模式打开PDF文件，然后将打开文件File对象传递给PyPDF2.PdfFileReader()函数，例如： pdf=open(r’C:/Users/fmz/...取得Page对象后调用它的 extractText()方法，即Page.extractText()则返回该页文本的字符串（文本提取并不完美，有时会缺失一些文本） 解密PDF ：所有的PdfFileReader...PyPDF2模块不允许直接编辑PDF，必须 创建一个新的PDF，其一般步骤为： 1） 打开一个或多个已有的PDF得到PdfFileReader对象； 2） 创建一个新的PdfFileReader

    1.3K30

    Python处理PDF——PyMuPDF的安装与使用

    功能 对于所有支持的文档类型可以： 解密文件 - 访问元信息、链接和书签 - 以栅格格式（PNG和其他格式）或矢量格式SVG呈现页面 - 搜索文本 - 提取文本和图像 - 转换为其他格式：PDF...- 可以提取或插入图像和字体 - 完全支持嵌入式文件 - pdf文件可以重新格式化，以支持双面打印，色调分离，应用标志或水印 - 完全支持密码保护:解密、加密、加密方法选择、权限级别和用户/所有者密码设置...除了标准库，它没有强制性的外部依赖项。...• 您可以将页面呈现为光栅或矢量（SVG）图像，可以选择缩放、旋转、移动或剪切页面。• 您可以提取多种格式的页面文本和图像，并搜索文本字符串。...Document.save()始终将PDF以其当前（可能已修改）状态存储在磁盘上。 通常，您可以选择是保存到新文件，还是仅将修改附加到现有文件（“增量保存”），这通常要快得多。

    7.4K30

    Python处理PDF——PyMuPDF的安装与使用

    功能 对于所有支持的文档类型可以： 解密文件 - 访问元信息、链接和书签 - 以栅格格式（PNG和其他格式）或矢量格式SVG呈现页面 - 搜索文本 - 提取文本和图像 - 转换为其他格式：PDF...- 可以提取或插入图像和字体 - 完全支持嵌入式文件 - pdf文件可以重新格式化，以支持双面打印，色调分离，应用标志或水印 - 完全支持密码保护:解密、加密、加密方法选择、权限级别和用户/所有者密码设置...除了标准库，它没有强制性的外部依赖项。...• 您可以将页面呈现为光栅或矢量（SVG）图像，可以选择缩放、旋转、移动或剪切页面。• 您可以提取多种格式的页面文本和图像，并搜索文本字符串。...Document.save()始终将PDF以其当前（可能已修改）状态存储在磁盘上。 通常，您可以选择是保存到新文件，还是仅将修改附加到现有文件（“增量保存”），这通常要快得多。

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