Python作为多线程的编程语言在并行方面相对于R语言有很大的优势，然而作为占据统计分析一席之地的R语言自然不能没有并行计算的助力。...所谓显式并行也就是基于并行的编程语言编译的程序；隐式并行是基于串行程序编译的并行计算。当然，在R语言核心功能中也是带有了相关的并行的计算基础包parallel。...5. clusterCall() 在并行环境中，一次运行过程在各节点的值。clusterMap便可以直接运行所用的值，并以列表形式展示所有结果。...7. clusterApply() 类似parLapply 系列，可以直接运行得到所有结果，输出列表格式。clusterApplyLB()便是对其的优化，具体的优化模式我们就不赘述了。...8. do.call() 针对某个数据集执行指定的函数功能。
参考： Seurat::LabelClusters 前言 继续上回的内容[[108-R可视化32-通过seurat包中的LabelClusters学习ggplot之一]]。...我已经在之前不记得的某期介绍过了，其可以接受函数，批量对列表的子元素进行操作。...； 判断输入的外部labels 长度是否等长； 将外部等长labels 名称和labels 的内部id 替换； 绘图函数 在ggplot 家族中，我们介绍过两种label 方式：[[66-R可视化10-...自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）]] [[67-R可视化11-用ggrepel更加美观的添加标记（火山图的实现）]] 这里seurat 利用ifelse 非常巧妙的将函数作为输出。...32-通过seurat包中的LabelClusters学习ggplot之一]] 最后问的color的用途吗？
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何使用ggpattern包自定义图案来进行阴影填充。整个过程仅参考，希望对各位观众老爷能有所帮助。...lifeExp,continent) %>% mutate(paired = rep(1:(n()/3), each=3), year=factor(year)) 定义填充函数 # 自定义一个图案填充函数，用于在...动态调用patternGrob函数，并直接构建参数列表 do.call(gridpattern::patternGrob, c( list(pattern = "polygon_tiling...as.list(params)[grep("^pattern_", names(params))] )) } # 设置ggpattern的图案函数选项 options(ggpattern_geometry_funcs...= list(tiling3 = tiling3_pattern)) 数据可视化 df %>% ggplot(aes(year, lifeExp)) + # 设置绘图的aes，包括x轴为年份，
在R中，library函数的表现有点特殊，传给它的参数变量不是类似于常规R表达式的即时执行，而是像是被‘冻结’了一样。...: 不存在叫‘package’这个名字的程辑包 可以发现在library函数中，package变量并不会被替换为它的值，而print函数就会打印出它的值：ggplot2，在library函数中就像是把...这是一个rlang包中定义的一个操作符函数。 它的本质原理在于：R在运行代码时，会先将代码解析成叫做expression的中间态，然后再执行expression即可获取代码结果。...在base R中，expression函数可以将执行的代码暂停到expression的中间态，而eval函数（evaluate）则可以继续执行一个被暂停的expression语句。...var_name =" 但是会报错，原因是因为在R中=操作符要求比较严格，如果是引号括起来就没有问题了，但是括起来的时候，!!
简介 在生物信息分析中，经常会做序列分析图（sequence logo），这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。...sequence logo图是用来可视化一段序列某个位点的保守性，据根提供的序列组展示位点信息。常用于描述序列特征，如DNA中的蛋白质结合位点或蛋白质中的功能单元。...实现以上可视化过程的工具有很多，本文介绍一个使用起来非常简单，不拖泥带水的R包ggseqlogo，只要你根据此包要求的数据格式上传一堆DNA序列或者氨基酸序列，再根据现成的命令流程就能画出logo图。...#加载包 library(ggplot2) library(ggseqlogo) #加载数据 data(ggseqlogo_sample) ggseqlogo_sample数据集是一个列表，里面包含了三个数据集...图形组合 将ggseqlogo生成的图形与ggplot2生成的图形组合在一起。
这个R包是ggplot2的扩展包，应用起来简单明了，下边就给大家详细测试下，看看是不是那么美，那么好！...可以通过seq_type选项显式设置序列类型。...ggseqlogo"将接受序列或矩阵的命名列表。列表的名称将用作facet标题。...(gridExtra::grid.arrange, c(p_list, ncol=2)) logos 注释 在ggseqlogo中，用ggplot2将注释覆盖到序列标志上是很简单的。...，可见作者在编写的过程中还是很用心的，R包说明文档写得也很详细，在这里推荐给大家，快来试试看吧！
读写过程中需要将一个GSE数据集中多个样本的seurat对象合并成一个大的seurat对象1 10X标准格式1.1 10X数据读取#清空环境 加载需要的R包rm(list=ls())options(stringsAsFactors...，将每个样本的原始数据文件加载到R中，然后创建一个Seurat对象，最后将所有Seurat对象存储在一个列表 (sceList) 中。...x = sceList[1]：指定第一个Seurat对象作为合并的基础。y = sceList-1：合并列表中其余的Seurat对象。...sceList-1表示 sceList列表中除了第一个对象以外的所有对象。add.cell.ids = samples：为每个样本的细胞添加唯一的标识符，这样在合并后可以区分不同样本的细胞。...scale.data: 经过缩放处理的数据，用于下游分析（如PCA、聚类等）。这些数据层在Seurat对象的assay中存储，通常命名为 "RNA"。
简介 在生物信息分析中，经常会做序列分析图（sequence logo），这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。...sequence logo图是用来可视化一段序列某个位点的保守性，据根提供的序列组展示位点信息。常用于描述序列特征，如DNA中的蛋白质结合位点或蛋白质中的功能单元。...#加载包 library(ggplot2) library(ggseqlogo) #加载数据 data(ggseqlogo_sample) ggseqlogo_sample数据集是一个列表，里面包含了三个数据集...图形组合 将ggseqlogo生成的图形与ggplot2生成的图形组合在一起。...R统计和作图 Graphpad，经典绘图工具初学初探 维恩(Venn)图绘制工具大全 （在线+R包） 在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown
目前对于绘图，我主要使用的两个包是patchwork 和cowplot。 其实它们的绘图函数都是带有接收list 作为输入的选项。...cowplot cowplot 中，主要通过plot_grid 完成图片的排列。...关于包含ggplot 对象的列表，通过参数plotList 传入： ★(optional) List of plots to display....从说明书看，它是可以直接接受列表对象的： ★multiple ggplots or a list containing ggplot objects ” pp_patchwork 的拼接比例等等内容，可以参考：[[88-R可视化20-R的几种基于ggplot的拼图解决方案]] 如果是cowplot 用户，可以参考：Aligning plots • cowplot (wilkelab.org
对象中的基因符号提取并转换为列表。...答：在 marker_cosg 列表中，scores 存储了每个基因相对于不同细胞群（groups）的得分信息。这些得分通常用于评估每个基因在特定细胞群中的表达显著性或区分能力。...unique()函数会返回所有不同的细胞类型，即去重后的细胞类型列表。lapply() ：是R中的一个循环函数，作用是对列表中的每个元素应用同一个函数，并返回一个列表。...：rbind()函数用于将多个数据框或矩阵按行绑定在一起。do.call()用于将rbind应用到lapply()生成的结果列表中，将不同细胞类型的统计结果合并为一个矩阵或数据框。...scRNAtoolVis包中的一个函数，用于生成增强版火山图，适用于大规模的差异表达基因数据。
一 载入R包，数据 仍然使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ，后台回复 anno 即可获取。...，先提取单一分组的数据，然后使用 geom_half_violin函数进行绘制左半边 ，然后叠加右边的图，注意side='r' 参数 p ggplot() + geom_half_violin...2，批量绘制多个基因 当基因个数较多时，使用循环的方式无疑是一种很好的选择 # 创建空的图表列表 plot_list <- list() # 循环替换基因并创建半小提琴图层 for (gene in...) # 添加图层到图表列表中 plot_list[[gene]] <- violin_layer1 + violin_layer2 + theme_bw() + theme(axis.text.x...scale_fill_manual(values = c("#E39A35","#68A180")) + labs(x = gene ,y = 'Expression Level') } # 列表中的所有图绘制到一张图中
GraphLayout 试图找到满足输入邻接图的安排。实现是实验性的。 第一个例子 我们将首先创建一组不同大小的圆，然后找到可以用 ggplot 显示的非重叠排列。...as <- reta(rcs ,5) * maxaa 接下来，我们尝试找到一个不重叠的排列，允许圆圈占据边界正方形的任何部分。返回值是一个包含布局元素和执行迭代次数的列表。...themebw() thest(t) ggplot(daa = d.g) 基于图的圆填充 圆填充的另一种方法是从指定圆的大小和相切（即哪些圆接触哪些其他圆）开始，然后搜索满足此要求的排列。...data.frame(id ) ## Layout 函数用于查找排列 ##与\`internal\`指定的切线相对应的圆 ## 和由 \`external\` 指定的外圆尺寸。...本文摘选《R语言圆填充( CIRCLE PACKING)算法圆堆图圆形空间填充算法可视化》
本次绘图是对《R语言绘制中国地图：着色省份、标注省份名称地图》中基础地图数据缺失（链接失效）的更新，基础地图数据来源《R语言 地图数据更新（来自高德 阿里云）》 声明：仅供于交流学习，不得用于商业和学术期刊中...（感觉大地图能让大家更充分认识海洋，特别是南海） library(ggplot2) library(sf) library(geojsonsf) library(RColorBrewer) ## 通过阿里云获得中国地图...code=100000_full") center do.call(rbind,sapply(map_china$center,as.data.frame))) colnames...(center) <- c("lon","lat") rownames(center) <- c(map_china$name[1:34]) ggplot()+ geom_sf(data=map_china...\n不用于学术和是商业",caption = "reference")+ theme(plot.title = element_text(color="red", size=16, face="bold
那么如果不在lapply 中特别声明，或者仅仅在全局声明了一次set.seed，那么你就等着无法重复的随机结果吧： > set.seed(32) > lapply(1:3, function(x) runif...关于随机数的触发，以Y叔的这个文章为例：ggplot2的一个坑[2] 上面我们说了循环内部，但这种随机数的触发，还是在全局的作用域。...如果是在函数中呢？.../neat-tricks/sample-r-function/set-seed-in-r-control-random-numbers/ [2] ggplot2的一个坑: https://guangchuangyu.github.io.../cn/2018/01/ggplot2-seed/ [3] Random seed — with_seed • withr: https://withr.r-lib.org/reference/with_seed.html
ggplot(tmp, geom_boxplot() + facet_wrap(~variable, scales="free_y")分析方法下面是一个分析方法的列表：混合效应逻辑回归，是本页面的重点...来自所有节点的结果被汇总回一个单一的列表，存储在对象res中。一旦完成，我们就可以关闭本地集群，终止额外的R实例并释放了内存。 ...# 合并成功的结果 do.call(cbind, res[success])# 计算出95%CI的2.5和97.5百分位数。 ...# 计算预测的概率并存储在一个列表中 lapply( 癌症阶段, function(stage) { predict(m, newdata = tmpdat, type = "response")...）和线性混合模型（LMM）R语言基于copula的贝叶斯分层混合模型的诊断准确性研究R语言如何解决线性混合模型中畸形拟合(Singular fit)的问题基于R语言的lmer混合线性回归模型R语言用WinBUGS
ggplot(tmp, geom_boxplot() + facet\_wrap(~variable, scales="free\_y")分析方法下面是一个分析方法的列表：混合效应逻辑回归，是本页面的重点...来自所有节点的结果被汇总回一个单一的列表，存储在对象res中。一旦完成，我们就可以关闭本地集群，终止额外的R实例并释放了内存。 ...# 合并成功的结果 do.call(cbind, res\[success\])# 计算出95%CI的2.5和97.5百分位数。 ...)# 放到一个数据框 do.call(rbind, plotdat2)# 添加癌症阶段 factor(rep(levels(癌症阶段 ))# 显示前几行数据head(plotdat2)# 绘制ggplot...）和线性混合模型（LMM）R语言基于copula的贝叶斯分层混合模型的诊断准确性研究R语言如何解决线性混合模型中畸形拟合(Singular fit)的问题基于R语言的lmer混合线性回归模型R语言用WinBUGS
在先前的内容里：[[66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）]]，我们提到过添加文本的方法。...列表会多出一个patches，其存放的就是其他的ggplot 图的信息。...虽然从内部构造来说可以省略GetXYAesthetics 这部分的代码，但是，从用户使用来说确实多此一举的，因为这些信息明明就保留在了ggplot 对象中的layers 层中。...，我并没有在grid 相关的内容或ggplot 的构造中留意到这个函数（或许我还没读到）。...对象虽然正常print 会输出其列表槽中的全部信息，但依然可以输出ggplot 图像的： > class(pb) [1] "ggplot_built" pb ggplot_build(plot
0.Time C-index C-index 是一致性指数，与AUC值一样是评价模型预测能力的指标，在预后模型里，time-ROC很常见，Time C-index却不咋常见，今天整理一下它的代码。...1.单个模型的Time C-index rm(list = ls()) library(rms) library(pec) library(ggplot2) #编造示例数据 n = 200 set.seed...0.5431941 0 ## 5 10.3451401 0 -0.4143399 0 ## 6 0.5011215 1 -0.4762469 1 构建cox模型，单因素的和多因素的都可以...1 0.5431941 0 ## 5 10.3451401 0 -0.4143399 0 ## 6 0.5011215 1 -0.4762469 1 构建模型并存到一个列表里...用 cindex_df <- data.frame( Time = times, do.call(cbind,cindex$AppCindex) ) cindex_df ## Time
library(ggplot2) library(ggrepel) temp<-test[which(test$X=="intersect"),] library(Cairo) CairoJPEG("crosstalk.jpeg...",width=7200,height=4800,res=1200) ggplot(test) + geom_point(aes(x=test$Symbol,y=test$log2FoldChange.C2...dev.off() 看起来有点乱，于是我分图层整理了一下，方便大家查阅 输出高清图 CairoJPEG("crosstalk.jpeg",width=7200,height=4800,res=1200) 排列...还是整理好这样的矩阵df,第三列就是富集分析得到的结果 此次我们关注以下这5个通路，看他们中的基因是否存在交集，于是把df中其他无关的通路都删掉。...library(UpSetR) ##所有的基因名 allgs<-unique(df$Symbol) ##do.call这个函数会一直重复lapply运算 udo.call(cbind,lapply
R：ROCR包用于ROC分析 R：purrr包用于循环迭代 R：STRINGdb包用于string蛋白互作分析 R：如何使用RMarkdown渲染中文pdf报告 R：R调试工具 R：gtable包用于处理...ggplot2图像 R：ggtext包丰富ggplot2中文本的表现力 R tips：unique和duplicated的区别 R tips：使用lapply和do.call读取并合并多个文件 R tips...：使用enframe和map2优雅的迭代列表 R tips：使用!!...我觉得写R包应该是需求优先，届时我可能会尝试去写的R包是以下三个之一： R中的ggplot2原生不支持填充图案，但是图案填充在黑白色的图形可视化中非常重要；我记得有一个pattern plot包可以实现...需要先保存一批饼图、柱状图、boxplot等，然后再将其嵌入到图形中，虽然ggimage很赞，但是它与我设想中的在双维度ggplot2图层的实现还是不完全契合，如果只靠一个图层就可以完成这个工作就真的很有意思了
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