本文属于科学计算与可视化范畴，要点在于扩展库numpy、pylab、matplotlib的用法。...fontproperties='STKAITI', fontsize=24) #图形标题 pl.title('sin-cos函数图像', fontproperties='STKAITI', fontsize=32) #设置图例
经过这么长时间对R语言的学习，相信对于R中的四种独立图形系统，你肯定也不会感到惊奇。...最后，将研究如何调整ggplot2图形的外观，包括修改坐标轴和图例、改变配色方案以及添加注释。...在R中，组通常用分类变量的水平(因子)来定义。分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如形状、颜色、填充、尺寸和线类型的视觉特征的分组变量来完成的。...在基础图形中可以实现的图形“组合”在ggplot2中自然也不是难事，可以使用函数facet_wrap()和函数facet_grid()创建。...如果我想要把图13里面在右边的图例换个位置，那也不是一件难事，如图14。 图14，图例修改示意图 ?
最常见的元素是坐标轴上的刻度线和标签（还有图例）。 接下来以三个数据集解释ggplot2的使用。第一个是lattice包中的singer数据集，它包括纽约合唱团歌手的高度和语音变量。...分组 在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...分面 如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形，关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形（在ggplot2中也称为刻面图）。...语法 结果 facet_wrap(~var, ncol=n) 将每个var水平排列成n列的独立图 facet_wrap(~var, nrow=n) 排成n行独立图 facet_grid(rowvar~colvar...theme(legend.position=c(.1,.8)) # 图例的左上角分别距离左侧边缘10%，底部边缘80% 标尺 ggplot2包使用标尺把数据空间的观察值映射到可视化的空间中。
当使用ggplot2作图的时候如果多个图拼接到一起，图例互相之间有一样的时候，比如如下的情况（我们用R语言内置的鸢尾花的数据集做三个散点图） ?...image.png 实现上面图片的代码是 library(ggplot2) library(ggpubr) df<-iris colnames(df)<-paste0("V",1:5) p1<-ggplot...image.png 图例放到顶部，默认的布局是3行3列，如果要改成1行6列呢？ggplot2里应该有对应的参数可以修改吧？...但是目前还不知道如何使用ggplot2自带的函数来操作，查资料的时候发现了一个R包lemon里有一个reposition_legend()函数 参考资料的链接是 https://cran.r-project.org...如果将ggplot2的图例设置为顶部，默认结果如下 p4<-ggplot(df,aes(x=V1,y=V2))+ geom_point(aes(color=V6))+ theme_bw()+
首先做一幅简单的散点图，使用的数据集是R语言里自带的iris library(ggplot2) ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+ geom_point...下面对图例进行操作 首先是更改图例的标题 现在上面的图图例的标题是Species，我现在想把他改为cultivar 第一种方法是直接在原数据集上改，因为这个图例的标题对应的是数据的列名，我把列名改了就可以了...image.png 不想要图例的标题可以直接加theme(legend.title="none") 接下来是更改图例的大小 如果更改点的大小，右侧图例的大小也会跟着改变 比如 ggplot(iris1,...这个时候我想要让右侧图例的小一点 参考 https://stackoverflow.com/questions/15059093/ggplot2-adjust-the-symbol-size-in-legends...接下来是更改三个图例的文字标签 比如我想把 三个品种名分别改成A,B,C 第一种方法还是直接改数据 第二种方法使用factor()函数，原来这个函数还有一个label参数 参考 http://t-redactyl.io
bbplot软件包的第二个功能finalise_plot（）将使标题和副标题左对齐，并在图的右下角添加带有源和图像的页脚。...可以指定您的图例作为guide的参数的行数。...默认的ggplot图例在各个图例项目之间几乎没有空格。...在轴标签中添加千位分隔符 可以指定轴文本具有千位分隔符，并带有scale_y_continuous的参数。...例如，如果要创建带有很多条形图的条形图，并要确保每个条形图和标签之间有一定的呼吸空间，则可能是这种情况。 如果您确实保留了较大高度图的边距，那么轴和标签之间的间隙可能会更大。
遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...geom_tree(aes(color=group))+ geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 这样就把图例去掉了...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点
今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。 本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...如果我们要改变图例顺序，按下面的操作，将color变成1，然后fill使用默认排序： # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar...当然，如果你理解了上面的英文文档，怎么设定怎么排都是可以的。
目 正文 自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。 此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...另外，请访问非常强大的ggplot2文档以获取更多信息。...我们从mtcars数据集和默认图例开始： library(ggplot2) basic=ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, colour = factor(cyl), shape =...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...一些自定义图例的测试 # 图例被红框包裹 basic + theme( legend.box.background = element_rect(color="red", size=2),
基本上每个研究的发表，都伴随着精美的图表，比如： ? 能制作这样图表的工具很多， 我比较喜欢ggplot2+AI， 当然，或许有高手可以独立使用ggplot2调整全部图表细节，不过，我做不到。...我只能做到的是可以绘制出几乎全部的图表的雏形，而且我个人觉得，把ggplot2学习到这个程度就足够了。 一张统计图就是从数据到几何对象（点、线、条形等）的图形属性（颜色、形状、大小等）的一个映射。...✦ 标度（Scales）是将数据的取值映射到图形空间，例如用颜色、大小或形状来表示不同的取值，展现标度的常见做法是绘制图例和坐标轴。...into a matrix of panels Facet with one variable Facet with two variables Facet scales Facet labels facet_wrap...Functions: facet_grid(), facet_wrap(), label_both(), label_bquote(), label_parsed() 内容之丰富，起码需要五天左右时间完全
能制作这样图表的工具很多， 我比较喜欢ggplot2+AI， 当然，或许有高手可以独立使用ggplot2调整全部图表细节，不过，我做不到。...我只能做到的是可以绘制出几乎全部的图表的雏形，而且我个人觉得，把ggplot2学习到这个程度就足够了。 一张统计图就是从数据到几何对象（点、线、条形等）的图形属性（颜色、形状、大小等）的一个映射。...✦ 标度（Scales）是将数据的取值映射到图形空间，例如用颜色、大小或形状来表示不同的取值，展现标度的常见做法是绘制图例和坐标轴。...into a matrix of panels Facet with one variable Facet with two variables Facet scales Facet labels facet_wrap...Functions: facet_grid(), facet_wrap(), label_both(), label_bquote(), label_parsed() 内容之丰富，起码需要五天左右时间完全
• 招无定式 • 潜力无穷 • 需要忘记 • 容易学习 ggplot2简介 • 由Hadley Wickham于2005年创建 • 于2012年四月进行了重大更 新，最新版本0.91 • 作者目前的工作是重写代码...ggplot2的基本概念 • 数据(Data)和映射(Mapping) • 标度(Scale) • 几何对象(Geometric) • 统计变换(Statistics) •坐标系统(Coordinate...映射控制了二者之间的关系。 ? 标度(Scale) 标度负责控制映射后图形属性的显示方式。具体形式上来看是图例和坐标刻度。Scale和Mapping是紧密相关的概念。 ?...()+scale_size_continuous(range = c(4, 10))+ facet_wrap(~ year, ncol=1) ?...增加图名幵精细修改图例 > p <- ggplot(mpg, aes(x=cty, y=hwy)) > p+geom_point(aes(colour=class,size=displ),alpha=
image.png 2. ggplot2 的几何对象 折线图 geom_line 有参数group 散点图 3....分面 我们常常能看到一些炫酷的分面的图片： 其实也就是在本来的x, y等映射之上，增加了分面的映射，我们不仅可以按照行也可以按照列做应映射，其中主要包括两个函数：facet_wrap，对单一变量映射，...和图例较劲 参见： 背景与画布 我们可以用ggplot 提供的自带主题来修改背景，比如我个人最喜欢的theme_classic 就直接呈现一个白板，特别简洁。 当然我们也可以自定义背景。...自带主题 ggplot2 提供了多种自带的主题，我们可以直接使用它们： theme_gray() 默认主题，灰色。 theme_bw() 非常适合显示透明度的映射内容。...7. ggplot 中的独立对象 title 这里的title 指的是图片左上方的整个图片的标题： 直接通过ggtitle 创建。
今天向大家介绍一个绘制序列标识图的方法，这样更直观的展示测序数据的情况，让我们的数据更容易分析，gglogo是基于ggplot2绘制的。...是柱状图透明度 scale_fill_brewer(palette = "Paired") + #颜色 theme(legend.position = "bottom") #图例位置..., group=element, label=element, fill=element)) + #根据element填充颜色 facet_wrap...= "class")) + geom_logo(aes(x=position, y=bits, group=element, label=element, fill=element)) + facet_wrap...interaction(Polarity, Water))) + scale_fill_brewer("Amino-acids properties", palette="Paired") + facet_wrap
image.png 在一个交流讨论群里看到有人讨论这个图，很早之前就看到过这个图，当时记得有一个现成的R包可以做。如果让自己使用ggplot2来实现当时还真没有思路。...现在有一些思路，这个就是点 和 线段 的组合，把握好坐标位置就好了 但是这个图里的线段是带有弧度的，之前画图的线段都是直线，所以就查了一下ggplot2画带有弧度的线段的办法，找到了参考资料 Line...segments and curves — geom_segment • ggplot2 (tidyverse.org) 没有弧度的线段使用的是geom_segment()函数 有弧度可以使用geom_curve...()函数 下面是一个小例子 library(ggplot2) b <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + geom_point() df <- data.frame(...y1, xend = x2, yend = y2, colour = "segment"), data = df) image.png 这里有一个参数可以控制弧度curvature library(ggplot2
ggplot2基础包中有一定的绘图函数，但为了满足作图的要求，可以优先考虑ggplot2*ggplot2中通过不同的geom函数生成图层，从前往后覆盖，因此需要考虑函数书写的顺序**ggplot2以+连接各个...theme_classic()#如果加上theme_classic则与ggpubr一样#ggplot2“多余"的代码可能不报错，如上代码没写color=species不会报错## Q2 区分color...(~ Species) #通过facet_wrap根据species分成不同的子图#双分面dat = irisdat$Group = sample(letters[1:5],150,replace =...#图片保存的三种方法#ggsave可以保存ggplot2与ggpubr的图#1.基础包作图的保存pdf("iris_box_ggpubr.pdf") #保存为pdfpdf("test.pdf") #先写变量名...#合并图例（本处图例不同，不能合并，故列出可合并的代码）#patchwork <- patchwork & scale_fill_continuous(limits = c(0, 60))#patchwork
功能展示 ##帮助将econodist图例添加到ggplot2绘图 add_econodist_legend() ##创建一个可以与econodist图表一起使用的图例grob econodist_legend_grob...风格的ggplot2主题 theme_econodist() ggeconodist可视化 01 R包的安装 install.packages("ggeconodist", repos = "https...= "Life Expectancy", y = NULL, caption = "Example borrowed from @cmdline_tips" ) + ##分面设置 facet_wrap...price,fill=color,alpha=1/30))+ geom_econodist(position="identity") ###ggplot2两种分面板式 ggplot(diamonds...~color) ggplot(diamonds,aes(cut,price,fill=color))+ geom_econodist()+ facet_wrap(~color) 对箱型图进行进一步的美化
简单拼图 嵌套拼图 和非`ggplot2`对象拼图 堆叠和成组 快速拼很多图 修改子图形 修改全部子图形 控制整体布局 增加空白占位图形 控制行列数 行列的精细控制 Fixed aspect plots...插入图形 控制图例 标题、副标题和说明文字 给子图添加序号 修改整个图形的外观 安装 # 2选1 install.packages('patchwork') # install.packages("...对于多张图图例都一样时，可以直接用一个图例： p1 + p2 + p3 + p4 + plot_layout(guides = 'collect') plot of chunk unnamed-chunk...-35 合理使用括号改变组图顺序，达到把单个图例放到整张图右边的效果： # 默认就是auto ((p2 / p3 + plot_layout(guides = 'auto')) | p1) + plot_layout...，比如正常的拼图会像下面这样，mpg这个图例出现了2次： p1a <- ggplot(mtcars) + geom_point(aes(mpg, disp, colour = mpg, size
geomnet是一个基于ggplot2可视化图形和网络的R包，它使用sna包计算网络布局，并且包含了使用ggplot2绘制圆的geom_circle函数。...如果为TRUE，则使用ggrepel包geoms而不是ggplot2 geoms绘制节点标签。...group_to), linewidth=0.75, labelon =TRUE, directed = TRUE, labelcolour="black") + facet_wrap...透明混合处理，取值范围0至1 theme_net() + #移除背景 theme(legend.position = "bottom") + #图例位置 scale_colour_brewer...("Conference", palette = "Paired") + #分组赋值颜色 guides(linetype = FALSE) #guides,是否移除图例 ggplotly
前面我们学习了 patchwork 包排版 ggplot2 图形的简单入门，今天来学习下 patchwork 包的复杂排版。 1....绘制示例图形 绘制四个 ggplot2 示例图形用于演示排版。...geom_point() + ggtitle('图3') p4 <- ggplot(mtcars, aes(x=gear)) + geom_bar() + ggtitle('图4') + facet_wrap...除了设置排版布局外，还可以使用 guides 参数来设置图形的图例。 在4个示例数据集中，图3是有图例的，那就用图3来演示图例的设置。...p3 + p3 + plot_layout(guides='collect') 也可以设置参数调整图例的位置，比如说置于底部。
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