热图是科研论文中一种常见的可视化手段，因其丰富的色彩变化和饱满的信息涵盖量，往往是一篇文章中最引人注目的所在之一。上至CNS顶刊，下至1到2分小文，可以说热图无处不在，堪称文章C位。...如何做出一张完美的热图，是居家旅行（科研写作），拜访亲朋好友（征服editor和reviewer的心）必备技能。本次教程，我们将为大家详细讲述如何使用R语言绘制高大上的热图。 ?...什么是热图，比如上图是来源于两篇CNS级别文章中截取下来的主图，一眼看去，一张合格的热图主要由四大部分组成，一个是像浴室瓷砖一样的小色块铺成的色板，也可以称作热图本身，是热图必不可少的部分，一个是色板上面的聚类树...本次教程介绍pheatmap这个R包，此包功能强大，制作热图方便给力。 1. pheatmap包安装及加载 我们先在R上安装pheatmap这个包，首先打开Rstudio。 ? 2....使用color颜色更改颜色变化尺之后的热图会更好看啦。我们可以参考文章中的绘图颜色，这样会让我们的热图更富有视觉效果。 ?
精选部分优秀作业供大家学习: 下面七月份学员的投稿 题目： 题目是生信技能树曾老师出的一道题： ? ?...开始画图： 首先，可以看出这张图是张点图，而x轴、y轴和点的颜色分别对应数据中的tSNE_1、tSNE_2和cluster，所以用映射来实现。...这里可以看出，如果cluster是数值型，那么不转为因子的情况下用来分组就会出现大问题：R会把每一个数值都看成是一个分组，用深浅来代表不同分组。...最后再对图片进行一些微调：点的大小、圆圈实线改虚线、圆圈线的粗细、坐标轴的出戏以及主题等等。...这次练习所get到的几个新的知识点： 画图时按照因子/数值/字符分组产生的区别 ggplot2画点图时可以使用stat_ellipse()画圆圈 坐标系微调的一些细节，更多内容参考https://blog.csdn.net
标签：Excel图表，瀑布图 瀑布图已经出现有很长一段时间了，然而要对图表着色有点麻烦。下面制作一个有3种不同颜色的图表，红色代表下降趋势，绿色代表上升趋势，无色来帮助强调变化。...图1 颜色会自动添加到上面的图表中，如果每个月都有变化，则会计算出底部的变化。蓝色是起点，红色是任何负的变化，绿色代表任何正的变化。 以下是上面瀑布图中的一些示例数据。...图2 蓝色文本是每年的实际数据，而偏差列中的数据仅显示了同比的变动。 技巧是创建3列（这里为标签创建了第4列），并使用公式捕捉变化。...图3 白色、红色和绿色列显示了上一年的变化，每个列都是图表上的一个系列。标签与上图2所示的示例数据的值相对应。 如果有兴趣，可以到知识星球App完美Excel社群下载示例工作簿研究。
那么今天，咱们依然：小板凳排排坐，飞飞老师要开课~ 想跟大家说的是，我们的教程虽然是按部就班地推出，但也支持点播哦~。前几天，有同学说想要韦恩图的教程，那么我们就来一期韦恩图吧。 ?...韦·恩·图 定义：Venn diagram, 又称为文氏图、温氏图、维恩图、范氏图，是在所谓的集合论（或者类的理论）数学分支中，用以表示集合（或类）的一种图。...应用场景举例：计算多个组中差异基因的交集 绘制方法：使用 read.table() 函数读入不同列表的数据，构建列表list，使用R的VennDiagram包绘制不同数量的组之间的韦恩图。...绘图操作：使用科研猫提供的 韦恩图·R代码，只要提供几个参数即可： 由于我们常用的韦恩图可能涉及多个组别，如2组、3组乃至4组、5组，为了更全面地展示作图过程，更好地教会大家，我们在这里把不同组别全部做一遍...出来的图是这样的： ? 相当漂亮啊，有木有？同理，如果需要2组，3组，或者5组的韦恩图，需要设置对应数量的列表文件和列表的名称即可。画出来的图是这样的： ?
暑假到了，在这个火热的夏日，还有比一张美丽的文章主图更能让我们充满激情和力量吗？在这组学撑起生物信息学半边天的时代，火山图，在转录组、蛋白组、代谢组等多种组学数据中，都占有举足轻重的地位。...那么，什么是火山图（Volcano Plot）。正如名称所描述，火山图的图形非常像火山喷发的形状。...火山图通常用来展示差异表达的基因，常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中，并且通常伴随热图一起出现。 ? 火山图是散点图的一种展现形式。...在包安装完成之后，我们将它们加载到R环境中。接下来就是读取我们差异基因的文件了。差异基因文件我们存储在DEGdata.txt文件中。 ? 在R中查看文件前6行。 ?...这个版本的火山图是不是比之前好看很多呢~ 当然，对于小飞老师的超高绘图水平，这张图还远远达不到发表的标准，所以我们需要在上面做更多的修饰。
课前准备，R语言的安装和配置都OK了吗？生物信息系列课程-R语言入门；挖掘GEO速成SCI文章系列教程（3）-R语言基础。...小板凳排排坐，飞飞老师要开课~ 上次教程中，我们从最常用的一个图形入手：箱线图。给大家讲解并绘制了箱线图，画出来的图是这样子的。 ?...小·提·琴·图 定义：Violin plot，和Boxplot一样，也是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图，其形状类似小提琴。...解读：小提琴图是【箱线图】与【核密度图】的结合，箱线图展示了分位数的位置，核密度图则展示了任意位置的密度，通过小提琴图可以知道哪些位置的数据点聚集的较多，因其形似小提琴而得名。...绘图操作：使用科研猫提供的提琴图·R代码，只要提供几个参数即可： （1）设置用来绘图的数据文件； （2）设置小提琴的颜色，可以是red、blue、green等各种颜色，当你想绘制多种颜色时，使用“random
今天要跟大家分享的图表是带涨跌箭头的柱形图！ 在簇状柱形图的两个数据条标签上，带上表示涨跌符号的箭头，可以清晰的展现出数据的实际涨跌趋势。...首首先还是来看一下我们作图所需要的数据： D列数据是C列与B列数据的同比增长率，下面的三列数据是作为辅助数据，模拟涨跌符号位置的。（+1是为了让涨跌箭头符号与柱形数据条分离。）...我们使用原始的A、B、C列数据做簇状柱形图； 将默认输出的簇状柱形图格式化至如上图所示： 然后新添加两个数据序列，并更改为散点图。...将 这两个数据序列横轴指定为辅助数据中的X轴，纵轴为Y轴1、Y轴2。 插入两个小等腰三角形，一个朝上填充绿色，一个朝下填充红色。...将绿色三角形复制，黏贴入Y轴2的散点中，将红色散点复制黏贴入Y轴1的散点中去。 使用散点图标签工具为各散点添加标签。 最后，使用散点图标签移动工具，将四个标签移动至合适位置。
所以步骤是：先下载Anaconda，再在Anaconda中安装一个Python，（你的电脑里可能本来已经装了一个Python环境，但是Anaconda中的Python是必须再装的），然后在下载安装tensorflow...Anaconda下载与安装 （1）根据自己的系统，以及系统的位数，选择需要的版本。 我的电脑是Windows64位系统。...Anaconda安装成功与否测试 （1）进入Windows系统的cmd界面： 然后输入：conda --version检查anaconda的版本 （2）配置环境变量 控制面板—系统与安全—系统—高级系统设置...—环境变量—系统变量—path—编辑—新建；将下面的三个路径添加到环境变量；路径要根据自己实际的安装路径决定；可以在电脑中先找到这个三个路径，然后复制路径—粘贴 安装Python Anaconda...(1)打开Pycharm，点击“file”菜单下的settings （2）点击“Project：Pycharm”中的“Project Interpreter”，点击右侧的小三角下的“Add”按钮，添加安装
作者：中科院微生物所 陈亮博士 本教程旨在告诉大家如何使用cytoscape根据Node信息表格制作带有barplot信息节点的网络图。以安装文件夹下的样例数据为例。...新一期的易生信 - 转录组专题分析第4期开课啦也会讲解Cytoscape+WGCNA在转录组分析中的应用。...若想制作pie图，此处选择pie chart选项。 ? 7. 现在你可以根据自己需要来选择Node table中要展示的数据了。Available Columns窗口展示了所有可以用于作图的数据。...点击右下角的Apply应用按钮，被选择的数据将以bar plot的形式展示在节点上。 ? 9....修改结点颜色和形状 从图上可以看出圆形的节点并不适合展示bar plot图，因此我们可以将节点的形状改为正方形，填充颜色改为白色。
import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt labels = ['G1', 'G2', 'G3',...
今天跟大家分享的是带数据等级评定的柱形图！ ▽▼▽ 在传统柱形图中，如果能够在图表中加入优良差等数据等级评定的区域，那么读者在阅读起来就容易许多，不用自己心里去揣摩每一个数据处在什么样的等级范围内。...我们首先来添加辅助数据，选中C2：C4数据，插入簇状条形图。 ? 此时你会看到图表中一无所有，没关系，打开设置数据序列格式选项，将横坐标轴与纵坐标轴的坐标轴交叉选项都设置为最大值。 ? ?...将条形图数据系列间距调为零，横轴最大值设置为1。 ? 然后将条形图三个数据条填充为三个同系列灰色。 ? 再添加新序列，加入A、B数据序列，并更改为柱形图。 ? ? ?...再次调整柱形图数据序列间距，并为柱形图指定新的横轴标签。 ? 最后局部修饰之后就完成了！ ?
R作为可视化的大势，自然也可以画出这些图，有一篇就通过ggplot2包进行了部分总结，甚是有趣，小编复刻学习了一番，现对代码做简单注释，以作分享。...,stat=identy接受两个变量作图,position默认参数是stack,position="dodge"时，不同变量横向排列 ggplot(df1,aes(var,value))+ geom_bar...geom_line()+ geom_point()+ scale_x_continuous(breaks = 1:10,labels = LETTERS[1:10])+ labs(title="带标记的折线图...圆环图 一个圆环代表一个变量，颜色表示其属性 ggplot(df1,aes(x = item,value,fill=var))+ geom_bar(stat="identity",position...scale_x_continuous(breaks = 1:5,labels = LETTERS[1:5])+ facet_wrap(~item,nrow=2)+ labs(title="带数据标记的雷达图
绘制带误差bar的统计图，关键点在于计算个统计量 df的是R自带数据Toothgrowth df$dose<-as.factor(df$dose) #需要将...len,by=list(df$supp,df$dose),mean) #一定要加list,分组计算均值 colnames(dataMean)的均值...dataStd)<-c("supp","dose","sd") nd的分组合并
，我们可以快速绘制每个系列的图，看看我们有什么。...下面的代码加载新的“ pollution.csv ”文件，并将每个序列作为一个单独的子图绘制，除了风速dir（这是绝对的）之外。...pyplot.title(dataset.columns[group], y=0.5, loc='right') i += 1 pyplot.show() 运行该示例绘制了一个包含7个子图的图...，显示了每个变量的5年数据。...我们可以看到8个输入变量（输入序列）和1个输出变量（当前小时的污染程度）。
因子与因子水平 R语言的数据类型中，因子（Factor）型比较特殊，也让许多初学者感到难以理解。...eg:五个用户月均通话次数分别是（15, 1, 63, 19, 122），存储在变量calls_num中。此时calls_num是一个数值型变量，有五个值，且理论上每个值的取值范围是0到+∞。...R语言实现 创建因子 R语言中，通过factor()函数建立因子型变量。...这里还需要注意的一点是，R默认创建数据框时，将文本类型存储为因子型。如果想取消此操作，可在data.frame函数或read.csv函数中设置stringAsFactors=F参数。...随硬件能力的提升，人们现在不太关注用因子型来提高存储效率，但R保留了这个方式。 2、因子型变量为离散变量，可通过定义因子型变量区分离散变量。
forestmodel 包还支持常用的一些模型，如 lm、glm 以及 cox，生存分析使用的 Cox 模型是我比较常用的，之前还修过几个bug，最近想做下批量的单变量Cox分析并进行可视化，碰巧记得...变量筛选 发现 GitHub 有个 issue，说这个包的变量筛选功能不起作用（https://github.com/NikNakk/forestmodel/issues/19）。 ?...多模型可视化 如果进行批量的单变量分析会产生多个模型，前面说了这个包支持可视化，用我之前写 ezcox 包的示例试试看。...", "sex", "ph.ecog"), return_models = TRUE) ml = zz$models$model forest_model(model_list=ml) 出来一个很奇葩的图...虽然这样模型区分的很明显，但我想要的是不需要显示模型名字，因为如果做批量分析，显示名字没有意义，只需要说明做的是单变量分析就可以了。
摘要： 政府部门提供的带审图号的标准地图是正式用图时的必备地图（尤其涉及国界）。...各地民政部门网站-行政区划 民政部网站-全国行政区划信息查询平台： http://202.108.98.30/map 提供行政区划图（带审图号）、县级以上区划历史变更情况、人口、地域面积等信息 （IE浏览器右键图片可将行政区划图保存为...并在图题下注明“注：该图基于自然资源部标准地图服务网站下载的审图号为GS(2016)xxxx号的标准地图制作，底图无修改。”...，即可 ② ArcGIS中使用该坐标，先导出一个相应的行政区划数据（参考数据），到CAD（是的，用现有数据去校准我们的带审图号、或者更详细的数据） ③ 将上一步AI导出的文件导入到CAD，并复制到参考数据....dxf/dwg ④ 在CAD中进行坐标校正（SC缩放、M移动、R旋转等命令，有效避免形变） ⑤ 保存为DXF（2013及以下低版本，可能ArcGIS支持得更好） ⑥ ArcGIS导入该DXF，一般在Polyline
概述：本文介绍如何轻松地为ggplot图形添加P值和显著性水平： 比较两组或多组的均值 自动地将P值和显著性水平添加到ggplot图形中，如箱形图，点图，条形图和折线图等 使用工具： R语言中的ggplot2...包和ggpubr包 均值比较的方法 均值比较的常见方法： 方法 R实现函数 描述 T-test t.test() 比较两组(参数检验) Wilcoxon test wilcox.test() 比较两组(...非参数检验) ANOVA aov()或anova() 比较多组(参数检验) Kruskal-Wallis kruskal.test() 比较多组(非参数检验) 用于添加P值的R函数 介绍两个ggpubr...,label.x=1.5,label.y = 30) #label指定显示计算出的显著性标签，这里为ns #labe.x和label.y指定ns的坐标轴位置 image.png 多样本之间的比较...p.signif", method = "t.test", ref.group = "0.5") #设置参考组，每一个组和和ref组比较 image.png 多个分组变量
今天，米老鼠想和大家聊聊如何在R中创建新的变量。一般我们可以使用赋值符号 的变量。...下面我主要介绍三种创建新变量的基本方法 # 方法一 # 我们在R中使用符号$来提取数据框里的变量 mydata$sum 的变量，...它是由原来的两个变量（x1和x2）相加所得 mydata$mean 的变量，它是由原来的两个变量（x1和x2）取平均值后所得...# 方法二 # 我们先将要操作的数据框用attach()函数固定 # 这种方法就不比使用$来提取数据框里的变量了 # 但在数据框中新建的变量，应使用$符号来指定该变量需添加到数据框中 attach...# 新建名称为mean的变量，它是由原来的两个变量（x1和x2）取平均值后所得 detach(mydata) # 解除数据的固定 # 方法三 # 主要使用transform() # 第一个参数是要操作的数据框名称
image.png 对照论文然后看数据和代码，能够更好的理解论文的设计和分析思路，非常好的学习素材。论文的主要研究内容还没有看太懂，好像是研究了越南和坦桑尼亚的一些厕所的微生物多样性。...数据集的部分截图，总共是81行，52列，行是物种，列是地点，数值代表物种丰度 ?...row.names=1指定第一列作为数据集的行名 check.names 参数我平时很少用，，查了一下帮助文档，作用是检查每列的名字是否符合规范 ?...(Samples),transform,rescale=sqrt(Value)) ggplot2画图 library(ggplot2) p <- ggplot(df, aes(Species, Samples...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本
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