本文由雪晴数据网负责翻译整理,原文请参考New packages for reading data into R — fast作者David Smith。...以后读入都用你了~ Hadley Wickham 和 RStudio团队写了一些新的R包,这些包对于每个需要在R中读入数据的人来说都是非常有用的。readr包提供了一些在R中读入文本数据的函数。...readxl包提供了一些在R中读入Excel电子表格数据的函数。它们的读取速度远远超过你目前正在用的一些函数。 readr包提供了若干函数在R中读取数据。...我们通常会用R中的read.table家族函数来完成我们的数据读入任务。这里,readr包提供了许多替代函数。它们增加了额外的一些功能并且速度快很多。...它还可以读取多种格式的日期时间列,智能的将文本数据读取为字符串(不再需要设置strings.as.factors=FALSE)。 对于Excel格式的数据,这里有readxl包。
原贴来自于生信技能树论坛: http://www.biotrainee.com/thread-806-1-1.html把fasta序列读入到R里面去~ fasta是什么,我就不多说了! ?...你一定会遇到这个需求,把fasta序列读入到R里面,至于读进去变成一个字符串还是一个list还是一个对象,是后话!...head(linked_transripts) all_recs <- entrez_fetch(db="nuccore", id=linked_transripts, rettype="fasta") 读入到...R里面是一个什么东西,就需要你仔细探究了。...其它推荐:http://www.biotrainee.com/thread-805-1-1.html ,R语言的protr包计算多条蛋白序列相似度 里面说到了用这个包的readFASTA函数也可以直接读取
平常用的比较多的是 imread函数,直接将一个.jpg或者.bmp或者其他格式图片文件,读入到mat矩阵中。 本博文记录的是,如何将一段内存,或者文件流,读入到mat矩阵中。...Mat jpegimage = imdecode(Mat(buff), CV_LOAD_IMAGE_COLOR); 2、将图片文件读入到文件流,再解析成mat矩阵 std::ifstream file
假如你的Windows电脑有个bam文件,不想传输到linux服务器去使用samtools等命令行工具来探索它,就可以使用R语言!...有成熟的R包可以把bam文件读入R,比如Rsamtools,很简单的代码: library(Rsamtools) bamFile="alignResults.BAM" quickBamFlagSummary...genbioconductor/html/Rsamtools.html bam <- scanBam(bamFile) bam 值得注意的是,这里我虽然不再演示了,但是作为初学者的你,应该是知道 但是把读入的数据变成...grange对象就需要一点点技巧,下面演示如何创建grange对象samtools等命令行工具有多复杂的功能和技巧, 那么这个R包就可以多复杂,如果你学习足够努力,那就发一个你比较Rsamtools和samtools...关于 grange对象 三年前我在生信菜鸟团博客就多次强调过这个重点了,在R里面处理生物信息学数据是躲不过这个定义的,有点类似于各式各样的生物信息学文件格式,是一个标准。
前面我们介绍了如何在GEO里面下载甲基化数据,拿到的数据文件必须要导入到R里面才能分析,现在我们就讲一下不同数据如何导入R里面。 首先你需要成功下载哦。...其实就是使用了这个数据集存放在GEO里面的 _series_matrix.txt.gz 文件而已,这个文件直接读入到R即可,没什么好说的了。...23:21 GSM1681154_5958091019_R03C02_Red.idat 7.7M Feb 7 23:21 GSM1681155_5935446005_R05C01_Grn.idat..._R03C02_Grn.idat 7.7M Feb 7 23:21 GSM1681157_5958091020_R03C02_Red.idat 7.7M Feb 7 23:21 GSM1681158..._R04C02_Red.idat 可以看到文件名是有规律的。
在将Excel中的内容输入到Word中时,可以利用Word的书签功能,而将Excel中的内容输入到Powerpoint要困难得多,因为它没有书签,甚至不允许为幻灯片上的对象命名,那么,怎么办呢?...因此,下面的代码的思路很简单,对其进行设置,只需为Excel中的文本、区域和图表命名,并按照代码中的说明在Powerpoint中创建匹配的名称。...完整的代码如下: '这段代码将图表和表复制到PowerPoint文档,替换现有对象 Dim PPTApp As Object 'pres.Application Dim pres As Object '...") If Err 0 Then MsgBox "检查Powerpoint演示是打开的" Exit Sub End If '获取活动文档...Dim slide As Object Dim shpPPT As Object Dim sht As Worksheet, cht As ChartObject Dim r
下面是读取Excel表格的记录 (生信技能树学员 ) 自我介绍:医学博士,之前19年疫情刚开始就开始在b站上自学曾老师的R语言视频,但是因为那时候心态很浮躁,所以后续一有点困难就弃坑了。...今天是R语言基础课的最后一天,也学习了ggplot2的画图,以前也找厂家做过代谢组的测序,因此迫不及待的把厂家给的数据拿出来想自己试一试 任务:读取测序厂家给的差异分析excel文件 1.首先看一下这个原始文档...尝试设置row.names = NULL继续error 换成read.table() 后 (我也不知道自己为什么会这样思考,换函数肯定是不对的,但是初学者就是需要勇于探索,在碰壁中成长) 3.考虑将后缀转化为
www.rpubs.com/michelleprem/683962 https://fuzzyatelin.github.io/bioanth-stats/module-24/module-24.html 首先是读入数据...今天推文用到的示例数据是参考链接2中提供的usflu.fasta,fasta文件已经比对好,R语言里读入fasta格式的数据可以使用adegenet包中的fasta2DNAbin函数 #install.packages
R怎么读入表格数据最快?...R中有6个常用数据读取函数: utils::read.csv: 默认使用的读入方式 (read.table) readr::read_csv: readr包中的读入函数 (RStudio中默认也包含了这一方式...`readr::read_csv` (处理不同编码更合适,R中读取包含中文字符的文件时这个诡异的错误你见过吗?)和`data.table::fread`可以作为日常使用或读取大表格的首选。...参考 https://appsilon.com/fast-data-loading-from-files-to-r/
使用WPS自动化转换办公文档: 将Word, PowerPoint和Excel文件转换为PDF 作者: 猫头虎 摘要 在数字化办公的时代,文档的格式转换成为了日常工作的常态。...借助WPS的强大功能,我们能轻松实现Word, PowerPoint和Excel文件到PDF的转换,进而满足不同场景的需求。...本文将详细介绍如何利用Python语言和WPS的COM接口实现办公文档的自动化转换,同时也会探讨如何保证转换过程中字体的准确呈现。...pip install pywin32 办公文档转换实现 我们的目标是实现一个通用的转换函数,能够处理Word、PowerPoint和Excel文件。首先,我们需要确定每种文件类型的转换方法。...Word文档转换 下面的代码展示了如何将Word文档转换为PDF: import win32com.client def ConvertDocToPdf(src, dst): wps = win32com.client.Dispatch
注意加载data.table包,因为R语言readline函数,使用脚本不能很好交互,暂时只能在R交互模式下(终端输入R)运行 4....这里使用write写出文件或者标准输出,readline读入键盘输入,value进行得分统计 library(data.table) dt <- fread("分子生物学中英文.csv", sep
前面我们讲了R批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件,那么如何将这些fasta序列读到R里面,方便后面处理呢?今天小编就给大家演示一下如何利用R将fasta序列转成data.frame。...filenames=gsub("\\.fasta","",list.files("BCR_seq")) filepath=list.files("BCR_seq",full.names = T) #循环读入...前面我们讲了四种获取fasta序列长度的方法,其实读到R里面之后,也能获取每条fasta序列的长度。...seq_len") row.names(tmp)=tmp[,1] tmp }) 最终得到的all_len也是一个长度为7的list 其中每一个元素也是一个data.frame 参考文献 R批量下载
2.csv文件 读入: 这里我们需要用到pandas包来进行相关操作: import pandas as pd data = pd.read_csv(r'C:\Users\windows\Desktop...写出: 上面我们完成了对之指定csv文件的读入,并以数据框的形式存放在data中,下面我们将data中的数据写出到新命名的文件中: data.to_csv(r'C:\Users\windows\Desktop...3.xlsx文件 读入: import pandas as pd data = pd.read_excel(r'C:\Users\windows\Desktop\test\input\重庆美团商家信息...R 1.txt文件 读入: > setwd('C:\\Users\\windows\\Desktop\\test\\output') > data <- read.table('SH#600216.txt...文件写出的方法中,比较方便(前提是你的电脑安装了java并成功配置好环境)的是xlsx包中的write.xlsx(),如下: write.xlsx(data,file='demo.xlsx') Python与R对基本数据类型的读入写出大致如上
R编程语言最早出现于1993年,而在2000年,它的第一个符合产品质量的版本R-1.0发布了。...这次收购的结果是在即将问世的SQL Server 2016中将提供对R语言的支持。 SQL Server R Services的主要优点在于数据的本地化。...通过在数据库中直接运行R,免除了将数据从数据库服务器搬到R服务器的过程中通常会产生的性能开销。它的另 一个优点在于能够将整个操作封装为一个存储过程,因此无需通过某个外部应用服务器对操作过程进行控制。...调用这一过程的方法是使用sp_execute_external_script,这个存储过程允许你通过标准的查询将数据从SQL Server传递至R服务。...而在R脚本执行完毕之后,可以返回一个R变量,通常来说是一个数据帧。 在sp_execute_external_script中有一个令人感兴趣的特性,即@language这个参数。
每个样本读入R后都有一个seurat对象,就需要合并,那个我以前也在单细胞天地讲解过: 我的课题只有一个10x样本肿么办?
R语言中还有一些其他较为普遍的读入,比如代码包,R文件,工作空间等。...source #读取R代码 dget #读取R文件 load #读取工作空间 ———————————————————————————————— SPSS-STATA格式的读入包——foreign...一般数据数据库读入过程中主要有: 连接数据库(odbcConnect)、读入某张表(sqlFetch)、读某表某指标(sqlQuery)、关闭连接(close) 还有一些功能: 把R数据读入数据库(sqlSave...user",pwd="rply") #通过一个数据源名称(mydsn)和用户名(user)以及密码(rply,如果没有设置,可以直接忽略)打开了一个ODBC数据库连接 data(USArrests) #将R...自带的“USArrests”表写进数据库里 sqlSave(mycon,USArrests,rownames="state",addPK=TRUE) #将数据流保存,这时打开SQL Server就可以看到新建的
如果你没有安装上面的任何一款软件,那么我们也可以用手头的R直接将svg格式的文件转换成pdf或者png #安装rsvg包 install.packages("rsvg") #加载rsvg包 library...(rsvg) #将svg转换成pdf rsvg_pdf("motif1.logo.svg", file = "seqlog.pdf", width = 12, height = 7) #将svg转换成png
GenAlEx 格式 https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/Data_Preparation.html 在这个链接里有介绍 如果有了这个格式的数据可以用...R语言的poppr包做主成分分分析。...公众号有读者留言问到如何将vcf格式的数据转换成 genalex格式 我查了一下找到一个链接 https://rdrr.io/github/green-striped-gecko/dartR/man/gl2genalex.html.../web/packages/vcfR/vignettes/converting_data.html 这里需要用到vcfR这个R包 安装这两个R包 install.packages("vcfR") BiocManager...::install("SNPRelate") install.packages("dartR") install.packages("poppr") 加载R包 library(vcfR) library
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R矢量地图栅格化(将shapefile转换成raster) 背景 在处理地图数据时候,经常会碰到shp与raster两种格式。通常r中应用较多的为raster栅格数据。shp文件太大,读取也不方便。...R在读取shp时候,处理,或者画图都会碰到,反应迟钝问题。所以,我们有时候会根据需要,将shp文件转成raster,不仅可视化快,还可方便数据处理与提取。...= rasterize(shape, r, 1) plot(shape_r) plot(shape,add=T) title(main="value=1") shape_r # value=2 shape_r...主要参数cbind(0,a,b)意思是将0-a的数值全部变成b。 具体参见: ?...reclassify 下面我么将NA替换成0,或者,value=12的替换成100. shape_r = rasterize(shape, r, "ID_2") par(mfrow=c(1,2)) shape_rc