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scRNA分析|自定义你的箱线图-统计检验，添加p值，分组比较p值

本文主要解决以下几个问题 （1）指定统计检验方式（2）指定比较组并添加P值（3）任意比较（4）分组比较 （5）使用星号代替P值 等 一 载入R包 数据 使用本文开始的基因集评分的结果 和 ggpubr...1，指定比较的组 ggpubr 中使用stat_compare_means函数进行统计学检验，需要是list形式。 假设感兴趣的是Epi，T 和 Myeloid 与 un之间 ，是否有统计学差异？...4，多组之间比较 多组的话method使用anova p1 +stat_compare_means(method = "anova") 5，按照group分组然后比较 按照group进行分组，比较原发和转移组之间在不同细胞类型之间是否有差异...right") p2 + stat_compare_means(aes(group = group)) 三 可视化调整 除上述之外还有一些常见的小调整，比如去掉p值前面的统计方法， 将P值改为星号，...= paste0("p =", ..p.format..)) ) 2，将p值改为星号 p1+stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,

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手动将 OpenWithProgids 键和值添加到 Windows 注册表所需执行的步骤

1、按 Windows 键 + R 打开“运行”对话框。 2、键入“regedit”（不带引号），然后按 Enter 键。这将打开注册表编辑器。 3、导航到HKEY_CLASSES_ROOT键。...4、查找表示要与特定程序关联的文件类型的键。例如，如果要将文件类型“.txt”与程序相关联，则需要查找“.txt”键。...使用要与程序关联的文件扩展名命名密钥。 6、找到或创建密钥后，右键单击它并选择“新建”和“密钥”。将新密钥命名为“OpenWithProgids”。...7、选择您刚刚创建的 OpenWithProgids 键，然后右键单击窗口右侧并选择“新建”和“字符串值”。将新值命名为要与文件类型关联的程序的名称。...8、双击刚刚创建的值，在“值数据”字段中输入程序可执行文件的名称（例如记事本.exe），然后单击“确定”。 9、关闭注册表编辑器，您指定的文件类型现在将与您指定的程序相关联。

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    800 名科学家联名主张废除 p 值！斯坦福教授直言，没有p值，期刊将充斥“无可辩驳的废话”！

    来源：新智元 本文约4800字，建议阅读8分钟 本文将探讨p值的去与留。 ? 统计显著性和p值是衡量研究可靠性的重要标准。这个标准是怎么来的？...当使用某个统计假设来做检验时，该检验能够概述数据与其假设的模型之间的兼容性，并生成一个p值。 菲舍尔建议，为方便起见，可以考虑将p值设为0.05。...也就是说，应该根据结果有用的可能性来讨论结果，而不是看是否满足一些统计阈值。 反对意见：放弃p值，“无可辩驳的废话”将充斥期刊 不过，并非所有人都认为应该取消“统计显著性”的概念和p值。...严格地说，说任何和所有的联系都不能被100%排除是正确的，但实际上这是无稽之谈。如果废除了p值，科学将陷入瘫痪，因为我们不能排除所有可能导致任何事情的可能性。 3....这可以基于p值、贝叶斯因子、FDR或其他阈值或其他函数。但游戏需要一些规则才能公平。否则，我们将陷入比现在更混乱的局面，因为主观解释已经比比皆是了。

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    没有生物学重复的转录组差异分析如何挑选基因呢： 变化倍数与P值选谁？

    所以我做了如下尝试 1.首先我用的是小洁老师用的转录组代码，但是这里面只有两个样本，所以采用小洁老师上课的代码行不通 后来我看附加文件中，已经将差异基因写成文本格式，发在附加文件下，我就直接下载了，将文件导入...，输入列名，发现没有p.value值，但是有log2FC值，所以我想问一下能不能用Huvec_Co和Huvec_Expt计算出p.value。...先看第一个： 毫无疑问，FC值 是基因在两组样本或者这里的一对一样本中的倍数变化值，在早期生物信息分析里面筛选差异基因的时候，常用的指标就是这个FC值，是可以用来筛选差异基因的，如使用阈值：FC > 2...但是FC值有一个比较大的缺点，就是容易受到较小数值的影响（部分基因）： 如： genei 在 A 组表达均值为 0.1，在 B 组中表达均值为 0.5，他们的差值只有 0.4，是非常微小的，但是 FC...达到了 5 倍 又： genei 在 A 组表达均值为 2，在 B 组中表达均值为 5，他们的差值达到了 3，但是 FC 只有 2.5 倍 绘图看一下基因表达均值与FC值的散点图： all <- read.table

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    将2N个整数分成两组，每组有N个数，并且满足，这两组的差的绝对值最小。

    有人提议说模拟 背包算法....背包算法大概可以表示为给你一个包，然后你让这个包尽可能的有价值，对应的就是，这个包的大小就是 sum(c)/2 (这样就可以让他们的绝对值最小），然后问题来了，这个算法只会视价值来分配...设 dp(i,j,k) 为，从前i件中拿j个数，且不能超过c 的最大值: 这样的话 递归方程 dp(i,j,k) = max( dp(i-1,j-1,k - c[i]) +c[i] , dp(i-1,...= new node(i-1); int max1 = a[i-1]+iSelectj(i-1,j-1,c-a[i-1],p1); //不用的话，就继续用上一层传进来的结点...带的结点 deleteNode(p1); return max2; } } 再接着，突然想起 C++的标准算法里面有个全排列的，发现用他的话，也可以很容易的写出来...= new node(i-1); int max1 = a[i-1]+iSelectj(i-1,j-1,c-a[i-1],p1); //不用的话，就继续用上一层传进来的结点

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    天天Get 新技能！！

    并列箱线图进行跨组比较： 箱线图可以展示单个变量或分组变量，使用格式； boxplot（formula，data=dataframe） 其中formula是公式，dataframe是代表数据的数据框，...同时也可以发现，六缸型的每加仑汽油行驶的英里数分布较其他两个车型更为均匀 。与四缸和八缸车型相比，四缸车型的每加仑汽油行驶的英里数分布最广( 且正偏 )。八缸组还有一个离散点。...参数names是小提琴图中标签的字符向量，而col是一个为每幅小提琴图指定颜色向量。...>p+geom_violin(alpha=0.3,width=0.9)+ geom_jitter(shape=21) ? 点图 点图提供一种在简单水平刻度上绘制大量有标签值的方法 。...一个字符型向量(color)被添加到到了数据框 x中，根据cyl的值，它所含的值为"red"、"blue"或"darkgreen“，此外，各数据点的标签取自数据框的行名（车辆型号），数据点根据气缸数量进行分组

    1.2K50

    【Excel系列】Excel数据分析：数据整理

    如统计学生成绩，若组限确定为“60以下、60-70、70-80、80-90、90-100”则统计结果将60分划分为不及格组之中。...因此可根据最小分值差确定上限，如“0-59.5,…”，更强大的数据整理工具可使用“数据透视表”工具。 2. 直方图工具的使用 例：对图中的数据按组数10进行等距分组，利用直方图工具统计频数。 ?...统计分组观测值数据 操作步骤： （1）先确定组上限 利用工作表函数在H1和H2单元格求得最大和最小值；H3求得全距R，H4为确定的组数，H5计算组距。...J2为第1组上限＝最小值+组距；其他各组上限均等于前组上限+组距。 ? 组上限 （2）调用直方图工具 在EXCEL表格中进行如下操作：“数据分析-直方图”，弹出直方图工具对话框。 ?...直方图对话框设置 输入区域：观测值所在的单元格区域。 接收区域：组上限所有的单元格区域。 标志：如果数据源区域的第一行或第一列中包含标志项，请选中此复选框。

    3.3K70

    提高效率 |ArcGIS Pro 中所有快捷键一网打尽

    Ctrl+H 将 z 值移动到指针。 将选定折点的 z 值移动到指针的高程。保留 x 值和 y 值。这仅在启用立体模式时可用。 Ctrl+G 移动指针 z 值。 将指针 z 值移动到所选折点的高程。...选择您单击的第一行与最后一行之间的所有行。 Ctrl + 单击 选择多个行。 选择多个行。 Shift+下箭头 添加下一折点。 将下一折点添加到选择中并使其在地图中闪烁。...在按住 Shift 键的同时切换方向键将取消选择行。 Shift+上箭头 添加上一折点。 将上一折点添加到选择中并使其在地图中闪烁。在按住 Shift 键的同时切换方向键将取消选择行。...打开距离对话框。 G 指定方向和距离。 打开方向和距离对话框。 F 指定偏转。 打开偏转对话框。 F7 指定线段偏转。 打开线段偏转对话框。 P 使线平行显示。 约束平行于另一条线段的新线段的方向。...否则，将添加一个包含所选元素的组。 Ctrl+U 取消分组。移除所选组的全部元素。 Ctrl+Shift+G 选择组后，自动布置组元素。 Ctrl + 右箭头 展开模型中的选定组。

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    最值得收藏的7个高效Excel图表操作技巧！

    下图所示是制作完成的图表，现在需要在下方插入“衬衣”相关数据。 ? 下图中，在第5行输入了“衬衣”相关的数据，怎样将“衬衣”数据添加到图表中呢？ ?...选中图表后，只需要拖曳数据区域右下角的控制柄至需要的位置，即可自动将新加的数据添加到图表中，效果如下图所示。 ? 提示：在Excel 2016中，在修改表格原始数据时，系统会自动修改对应的图表。...5 修复断掉的折线 如果数据缺失或错误，可能会造成图表不连续，折线图会出现断裂，如下图所示。 ? 可以考虑将缺失的值用“0”来代替，如下图所示。 ?...如果要设置将空单元格显示为“零值”，在【选择数据源】对话框中单击【隐藏的单元格和空单元格】按钮，在弹出的【隐藏和空单元格设置】对话框中选中【空单元格显示为】中的【零值】单选按钮，单击【确定】按钮即可，如下图所示...复制第1个图表，然后选择第2个图表，单击【开始】选项卡下【粘贴板】组中的【粘贴】按钮，选择【选择性粘贴】选项。弹出【选择性粘贴】对话框，选中【格式】单选按钮，如左下图所示。

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    Advanced CNN Architectures（R-CNN系列）

    Bounding Boxes and Regression（边界框与回归） 在训练 CNN 对一组图像进行分类时，通过比较输出的预测类别和真实类别标签并查看二者是否匹配来训练 CNN。...但是当我们比较一组点时例如脸部位置/点或定义图像特定区域的点，我们需要一种衡量这些坐标值之间相似性的损失函数，这不是分类问题而是回归问题。分类是预测类别标签，回归是预测数量。...在此示例中 损失函数将查看 CNN 生成的预测点 p和对象的真实中心目标位置 t,L1 损失将返回一个表示预测点和真实点之间距离的值....在这种情况下，我们使用分类交叉熵来计算我们的预测类和真实类的损失，并使用回归损失（类似Smooth L1损失）来比较预测和真实边界框。...我们依然需要识别感兴趣区域，但是我们将这些候选区域投射到更小的特征图层级上，而不是裁剪原始区域，特征图中的每个区域对应于原始图像中更大的区域。

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    SPSS实战：单因素方差分析（ANOVA）

    “系数” 文本框： 该文本框用于对组间平均数进行比较定制，即指定的用t统计量检验的先验对比。为因子变量的每个组（类别）输入一个系数，每次输入后单击“添加”按钮，每个新值都添加到系数列表框的底部。...列表框中的第一个系数与因子变量的最低组值相对应，而最后一个系数与最高值相对应。 本题中，选中“多项式”复选框，并将“等级”设为了“线性”。...邓尼特T3，选中该复选框，表示执行学生化最大值模数的成对比较检验。盖姆斯-豪厄尔，选中该复选框，表示执行方差不齐的成对比较检验，且该方法比较常用。...（三）“选项”设置 “统计” 选项组： 该选项组主要用于指定输出的统计量，包括： ①描述：表示要输出每个因变量的个案数、平均值、标准差、均值标准误差、最小值、最大值和95%置信区间。...上图给出了各组的均值图。从图中可以清楚地看到不同的机器类型对应的不同的产品质量均值。可见，机器1的产品重量最低，且与其他两组的质量均值相差较大，这个结果和多重比较的结果非常一致。

    12.8K31

    3D深度视觉与机械臂无序抓取

    2D相机（最常见使用的相机）可以捕捉二维图像，也就是在水平和垂直方向上的像素值。它们通常用于拍摄静态场景或移动的物体，并且无法提供深度信息。...RVS工作界面实时采集数据在左上角窗口资源中，找到TyCameraResource 算子添加到算子图中的 ResourceGroup 中，在算子列表搜索TyCameraAccess，trigger 算子分别添加到算子图中...计算标定结果positional error 在 0.005（5 毫米）以内，则比较理想坐标系转换此操作旨在将点云所处的坐标系——相机 rgb 镜头坐标系转换至机器人坐标系，这一转换涉及相机外参及手眼标定结果...***" #P_FLAG = bool(1-P_FLAG) #print("切换拍照位") continue #break2）将目标点进行调整坐标⽐例，将 ScalePose 算...scale_rpy ：修改 pose 中 r p y 的单位。设：57.2957795 。即从将弧度切换为⻆度。

    1.7K30

    PA功率放大器的设计「建议收藏」

    （3）此时，光标处出现虚框，单击鼠标左键将虚框放到原理图中，并放入飞思卡尔模型与控件放入原理图中，如下图所示。...（2）双击Smith阻抗框中的 “VarEqn” 控件， 在DataSheel中看到MRF8P9040的输出阻抗比较小， 故将圆图归一化的阻抗设置为sn, 然后设置好圆心和半径进行负载牵引仿真， 寻找合适的阻抗点...（2）双击 Smith 阻抗框中的 “Var·Eqn” 控件， 在 DataSheel 中看到 MRF8P9040 的输入阻抗比较小， 故将圆图归一化的阻抗设置为 5Ω, 然后设置好圆心和半径进行源牵引仿真...在原理图中， 选取面板 “TLines-Microstrip” 中的MSub和MLIN, 添加到原理图中， 双击MSub控件和MLIN模型， 设置参数。..._,将SCHl的模型添加到原理图中，双击VARI控件设置频率、漏极电压和栅极电压。 （4）双击”HARMONICBALANCE”控件，设置好谐波次数（次数设为3)。

    4.7K52

    【ROC曲线专栏】如何快速绘制ROC曲线？

    要达到比较A、B、C三种方法诊断的目的，首先你需要在临床上收病例，对照组和患病组（注意，两组人数可以不一致哦，但不可差太多）。...通过比较ROC曲线特征和曲线下面积，就可以比较A、B、C三种诊断方法了。 ROC曲线的使用方法大致就是如此，大家可以根据具体情况类推。ROC曲线的详细解读将放在后面几期中进行。...选择data后，再选择Analyze，弹框中选择ROC Curve。点击OK。 ? （3）弹框中如下选择，一般默认即可。置信区间95%，百分比呈现，P值在小数后点4或5位均可。 ?...（4）P值＜0.001，说明两组之间有显著差异。曲线下面积AUC为0.9467。 ? （5）点击左侧的Graph，选择ROC curve: ROC of data A。...（6）打双击图中的曲线，在弹窗中如下选择。下面红框中可修改点和曲线的样式、色彩、大小。调整至合适状态即可。（也可取消show symbols，只保留曲线） ?

    3.1K30

    首个目标检测扩散模型，比Faster R-CNN、DETR好，从随机框中直接检测

    为了回答这一问题，本文提出了 DiffusionDet，该框架可以直接从一组随机框中检测目标，它将目标检测制定为从噪声框到目标框的去噪扩散过程。...在训练阶段，将方差表（schedule）控制的高斯噪声添加到 ground truth box，得到 noisy box。...检测解码器借鉴了 Sparse R-CNN，将一组 proposal 框作为输入，从图像编码器生成的特征图中裁剪 RoI 特征，并将它们发送到检测头以获得框回归和分类结果。...他们探索了几种填充策略，例如重复现有真值框、连接随机框或图像大小的框。 框损坏。研究者将高斯噪声添加到填充的真值框。...研究者将 DiffusionDet 与以往在 MS-COCO 和 LVIS 数据集上的检测器进行了比较，具体如下表 1 所示。

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    首个目标检测扩散模型，比Faster R-CNN、DETR好，从随机框中直接检测

    为了回答这一问题，本文提出了 DiffusionDet，该框架可以直接从一组随机框中检测目标，它将目标检测制定为从噪声框到目标框的去噪扩散过程。...在训练阶段，将方差表（schedule）控制的高斯噪声添加到 ground truth box，得到 noisy box。...检测解码器借鉴了 Sparse R-CNN，将一组 proposal 框作为输入，从图像编码器生成的特征图中裁剪 RoI 特征，并将它们发送到检测头以获得框回归和分类结果。...他们探索了几种填充策略，例如重复现有真值框、连接随机框或图像大小的框。 框损坏。研究者将高斯噪声添加到填充的真值框。...研究者将 DiffusionDet 与以往在 MS-COCO 和 LVIS 数据集上的检测器进行了比较，具体如下表 1 所示。

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    Graphpad Prism9.5激活免费版下载+安装教程！Mac+Win版！

    使用标准结构可以分析更大的数据集，并执行新的和改进的分析： 提高数据列的上限：在每个数据表中最多输入1024列数据。 自动识别变量类型：将多变量数据表中的变量识别为连续值，分类值或标签值。...教程数据集还可帮助您理解执行某些分析的原因以及如何解读结果。 【4】自动将多个比较结果添加到图中 对多个成对比较执行相应的分析后，点击一个按钮就可以将这些结果自动添加到图形中。...在这些情况下，警报将错误显示，但不应再显示 修复了“提取和重新排列参数”对话框中的标签在高DPI刻度上显示为剪切的问题 修复了更改父数据表名称后信息表名称未更新的问题 [中文]修复了“格式成对比较...，改进了Cox比例危险回归对话框的预测选项卡的UI 将“更改”菜单中的“图形外观…”项重命名为“整个图形的部分” 修正了“圆环图”投资组合文件浮动注释中的拼写错误（“Gaph”到“Graph”） 隆重推荐功能更强大的...、GraphPad Prism绘制组间均数比较实例教程 9、Graphpad案例手册 10、快速做出8种符合SCI投稿要求的图片 11、Graphpad Prism应用浅讲 12、GraphPadPrism

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    将扩散模型用于目标检测任务，从随机框中直接检测！

    为了回答这一问题，本文提出了 DiffusionDet，该框架可以直接从一组随机框中检测目标，它将目标检测制定为从噪声框到目标框的去噪扩散过程。...在训练阶段，将方差表（schedule）控制的高斯噪声添加到 ground truth box，得到 noisy box。...检测解码器借鉴了 Sparse R-CNN，将一组 proposal 框作为输入，从图像编码器生成的特征图中裁剪 RoI 特征，并将它们发送到检测头以获得框回归和分类结果。...他们探索了几种填充策略，例如重复现有真值框、连接随机框或图像大小的框。 框损坏。研究者将高斯噪声添加到填充的真值框。...研究者将 DiffusionDet 与以往在 MS-COCO 和 LVIS 数据集上的检测器进行了比较，具体如下表 1 所示。

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