import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt # example data x = np.arange...
之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...最初的想法是左侧的颜色条用堆积柱形图来实现，又看了一遍Y叔公众号关于aplot这个包的推文，发现他是用geom_tile()函数实现的，仔细想想还是geom_tile()函数实现起来比较方便。...首先解决昨天的遗留问题：ggplot2画图添加文字内容的时候如何添加下划线 非常感谢下面这位的留言 文本添加下划线的小例子 df<-data.frame(A=1:10, B...首先是准备热图的数据 如何画这个热图昨天的推文已经介绍过了，点击下方蓝色字可以直达昨天的推文 R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子 接下来是准备分组颜色条的数据 下面是画这个颜色条...left", legend.title = element_blank())+ scale_fill_manual(values = c("green","blue","red")) 将分组颜色条和热图拼接到一起
data analysis https://www.nature.com/articles/s41467-022-31724-3 本地pdf s41467-022-31724-3.pdf 论文中公布了大部分图的数据...，但是没有公布对应的作图代码，没有关系，我们可以自己写代码试着模仿，今天的推文重复一下论文中的Figure 2A 带有条纹的分组柱形图 示例数据截图 image.png 这里实现条纹柱形图用到的是...的扩展包，除了把作图函数替换，其余的细节都可以用ggplot2的语法来调节 读取数据 library(readxl) dffig2a<-read_excel("data/20220806/41467_...library(tidyverse) dffig2a %>% pivot_longer(-'Super-population') -> new.dffig2a 作图代码 library(ggplot2..."#6cbe6c","#349734", "#eba0d5","#da7dbd","#63a0cb","#1f7ab4", "#d0d166","#bbbe21") ggplot
任何ggplot图的基础层都是由ggplot（）函数定义的空ggplot层，它描述了用于绘图的数据框。...使用+将图层添加到ggplot对象中。可能最常见的geom层是geom_point。 在geom_point（）里面，您将指定从变量到所需几何对象的美学映射。...例如，如果你想在x轴上绘制带有gdpPercap的散点图，在y轴上绘制lifeExp，那么你可以添加一个带有相关美学函数的geom_point（）几何图层： # describe the base ggplot...如果你想在我们每个大陆的地块上有一条单独的线（而不是所有大陆的聚合线），你不需要为每个大陆添加一个单独的层来得到以下图： ? 相反，当您按年计算平均预期寿命时，首先按“大陆”分组。.../地区年份分组数据框架上绘制一条线，则会得到一个奇怪的锯齿形图案。
目录 R语言之可视化①误差棒 R语言之可视化②点图 R语言之可视化③点图续 R语言之可视化④点韦恩图upsetR R语言之可视化⑤R图形系统 R语言之可视化⑥R图形系统续 R语言之可视化⑦easyGgplot2...线图一般表达的目的是：某个因变量随着自变量改变而变化的趋势。因变量可以为数值型变量或者分类变量。...不同分组使用不同的类型的线 # Change line types by groups (supp) ggplot(df2, aes(x=dose, y=len, group=supp)) + geom_line...绘制带有误差棒的线图 #+++++++++++++++++++++++++ # Function to calculate the mean and the standard deviation #...7.98 2.746634 ## 5 VC 1.0 16.77 2.515309 ## 6 VC 2.0 26.14 4.797731 函数 geom_errorbar()可以用来绘制带有误差棒的线图
目录 R语言之可视化①误差棒 R语言之可视化②点图 R语言之可视化③点图续 R语言之可视化④点韦恩图upsetR R语言之可视化⑤R图形系统 R语言之可视化⑥R图形系统续 ===============...======================= ggplot2包中的主要功能是ggplot（），它可用于使用数据和x / y变量初始化绘图系统。...例如，以下R代码将数据集初始化为ggplot，然后将一个图层（geom_point（））添加到ggplot上，以创建x = Sepal.Length的散点图y = Sepal.Width： library...改变颜色形状 也可以通过分组变量（此处为Species）控制点的形状和颜色。 例如，在下面的代码中，我们将点颜色和形状映射到Species分组变量。...分面板 您还可以根据分组变量将绘图拆分为多个面板。 R函数：facet_wrap（）。 ggplot2的另一个有趣特性是可以在同一个图上组合多个图层。
))+ scale_fill_manual(values = c("#0073C2FF", "#EFC000FF")) # 使用 position = position_dodge() # 这里分组的柱状图被改为相邻的图...) 垂直区间 geom_pointrange()中间有一点的误差bar 代码 rm(list = ls()) #需要的包 library(tidyverse) library(ggplot2) library...# 水平误差线 # 这里的使用的x来计算最大值和最小值 # 同时x和y互换 dataset_summary %>% ggplot(aes( x = len, y = dose, xmin =...%>% ggplot(aes(dose, len)) + # 条图 geom_col(fill = "lightgray", color = "black") + # 添加线 geom_errorbar...结束语 关于这个误差bar的添加，主要的问题其实是计算的问题，需要max和min，如果存在分组的问题，那么就需要使用按照分组再计算max和min，然后再在aes中使用。 love&peace
下面是box1参数的详细解释：data: 包含要展示的数据的数据框。x: 箱线图的 x 轴变量，通常是分组的因子。y: 箱线图的 y 轴变量，表示要展示的数值数据。...group: 分组变量，用于区分不同的箱线图。pattern.type: 指定图案的类型，可以是 "lattice"（格子）或其他。pattern.line.size: 图案线条的粗细。..., aes(x = Group, y = Index, color = Group))：初始化一个 ggplot 对象，使用 plotdata 数据框，并设置分组变量 Group 映射到 x 轴，指标...stat_boxplot(geom = "errorbar", width = 0.15)：添加一个箱线图的统计变换，这里使用 errorbar 几何对象，宽度设置为 0.15，这可能是用来表示箱线图的中位数线或四分位数范围的误差条...pl结果：带有显示Index在不同分组出现率的箱线图画图: prism主题结果：带有显示Index在不同分组出现率的prism风格的箱线图
图2与图1最大的区别在于添加了一条“平滑”曲线，这里用到了函数geom_smooth()。对于图3，ggplot2包提供了分组和小面化(faceting)的方法。...了解了ggplot2的基本语法之后，我们首先介绍几何函数及其能够创建的图形类型，然后详细了解函数aes()，以及如何利用它来对数据进行分组。接下来，将考虑刻面和网格图形的建立。...函数ggplot()指定要绘制的数据源和变量，几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用点、条、线和阴影区)。表1列出了几种常见的几何函数（目前有37个几何函数可供使用）。 表1，几何函数 ?...在R中，组通常用分类变量的水平(因子)来定义。分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如形状、颜色、填充、尺寸和线类型的视觉特征的分组变量来完成的。...函数ggplot()中的aes()函数负责分配变量(图形的视觉特征)，所以这是一个分配分组变量的自然的地方。
2. ggplot2的绘图原理: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离，数据相关的绘图与数据无关的绘图分离，并按图层作图。...按变量组图（facet_等） 真正的绘图命令（stat_，geom_，annotate），这三类就是实现一个函数一个图层的核心函数。...geom_errorbar 误差线（通常添加到其他图形上，比如柱状图、点图、线图等） geom_errorbarh 水平误差线 geom_freqpoly 频率多边形（类似于直方图） geom_hex...，用竖直线来表示 geom_path 几何路径，由一组点按顺序连接 geom_point 点 geom_pointrange 一条垂直线，线的中间有一个点（与Crossbar图和箱线图相关，可以用来表示线的范围...theme(panel.grid =element_blank()) ## 删去网格线 facet :控制分组绘图的方法和排列形式。
使用ggplot2进行数据可视化② 添加其他变量的一种方法是aesthetics。 另一种对分类变量特别有用的方法是将绘图分割为多个子图，每个子图显示一个数据子集。...要在两个变量的组合上构建绘图，请将facet_grid（）添加到绘图调用中facet_grid（）的第一个参数也是一个公式。 这次公式应该包含两个用〜分隔的变量名。 ?...左边的图使用点geom，右边的图使用光滑的geom，一条适合数据的平滑线。 要更改绘图中的geom，请更改添加到ggplot（）的geom函数。...对于这些geoms，您可以将组审美设置为分类变量以绘制多个对象。 ggplot2将为分组变量的每个唯一值绘制一个单独的对象。...实际上，每当您将美学映射到离散变量时，ggplot2都会自动将这些geoms的数据分组（如线型示例中所示）。依靠这个特征很方便，因为群体aesthetic本身并没有增加传说或区别特征与geoms。
本教程介绍如何使用R软件和ggplot2包创建带有误差棒的图形。...标准差用于绘制图形上的误差线。首先，使用下面的辅助函数将用于计算每组感兴趣变量的均值和标准差。...函数geom_errorbar（）可用于生成误差棒： library(ggplot2) # Default bar plot pggplot(df2, aes(x=dose, y=len, fill...使用点图绘制误差棒 p ggplot(df, aes(x=dose, y=len)) + geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center') # use...geom="pointrange", color="red") 使用函数geom_dotplot（）和stat_summary（）： 平均值+/- SD可以添加为误差条或点范围
bbplot软件包的第二个功能finalise_plot（）将使标题和副标题左对齐，并在图的右下角添加带有源和图像的页脚。...将左对齐标签添加到条形图 如果您想为条形图添加左对齐标签，只需根据数据设置x参数，而是直接使用数字值指定y参数。y的确切值将取决于数据范围。...将要除以的变量添加到以下代码行：facet_wrap（〜变量），分面换行的另一个参数ncol指定列数： #Prepare data facet % filter(continent...例如，如果要创建带有很多条形图的条形图，并要确保每个条形图和标签之间有一定的呼吸空间，则可能是这种情况。 如果您确实保留了较大高度图的边距，那么轴和标签之间的间隙可能会更大。...按大小重新排序栏 默认情况下，R将按字母顺序显示数据，但按大小排列则很简单：只需将reorder（）包装在要重新排列的x或y变量周围，然后指定要变量 重新排序。 例如。
最近有人在公众号后台留言问到这个问题，今天的推文介绍一下ggplot2做堆积柱形图并添加误差线的办法 完整代码 ''' 堆积柱形图添加误差线 ''' getwd() library(ggplot2)...ggplot2 画图 dplyr 整理数据 see 用来配色 读取数据,查看前六行 df<-read.csv("penguins.csv") head(df) 按照种类和性别分组计算平均值和标准差 df...summarise(mean_value=mean(bill_length_mm), sd_value=sd(bill_length_mm)) -> df1 df1 给数据集添加新的一列用来控制误差线的位置...df1 %>% group_by(species) %>% mutate(new_col=cumsum(mean_value)) -> df2 给映射颜色的变量赋予水平 （这个地方我一时还想不到如何解释...，这里就不用文字来解释了 今天的推文完整示例数据和代码可以在第二条推文的留言区获取（第二条推文是一个广告） 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和
bxp.errorbar=T,#显示误差条 bxp.errorbar.width=0.5, #误差条大小...bxp.errorbar=T,#显示误差条 bxp.errorbar.width=0.5, #误差条大小 size=...(aes(group = group)) 三 可视化调整 除上述之外还有一些常见的小调整，比如去掉p值前面的统计方法， 将P值改为星号，调整坐标轴和标签等等。...有需要的可以看一下ggplot2的基础知识。...ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot2 | 关于标题，坐标轴和图例的细节修改，你可能想了解 ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢”
虽然现在绘图的包层出不穷，但是ggplot真的是一个基础的绘图包了。...,基本部分为: plot =data+Aesthetics+Geometry: data: a data frame aesthetics: 用于表示x和y变量。...它也可以用来控制颜色，大小和形状的点，等等 geometry: 几何:对应于图形的类型(柱状图，盒状图，线状图，…) 主要的函数 Plot types GGPlot2 functions Initialize...# 添加分组，这里在geom_point中使用aes ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width))+ geom_point(aes(color...# 分面问题Facet ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width))+ # 点图分组 geom_point(aes(color = Species
xlab = F, #不显示x轴的标签 bxp.errorbar=T,#显示误差条 bxp.errorbar.width...=0.5, #误差条大小 size=1, #箱型图边线的粗细 outlier.shape=NA, #不显示outlier...bxp.errorbar=T,#显示误差条 bxp.errorbar.width=0.5, #误差条大小 size=1, #箱型图边线的粗细...使用ggplot2 绘制umap点图，将基因集评分映射到umap图中 。...ggplot2 绘制umap图，坐标位置 ，颜色 ，大小还不是你说了算 4.4 绘制热图 如果展示多条通路的话，可以使用热图的方式 library(pheatmap) aucMat <- getAUC
「ggplot2中柱状图基本绘制函数常用geom_bar()」 参数介绍： 「data和mapping是ggplot的基本参数，数据和映射。」...✦ 统计转换（Statistical trassformations, stats）是对数据进行某种汇总，例如将数据分组创建直方图，或将一个二维的关系用线性模型进行解释。...identity表示条形的高度是变量的值；对于连续性变量使用bin，转换的结果使用变量density来表示。...image.png 数据调整及误差线增加 在ggplot2中可以直接结合stat_summary函数快速进行数据统计->链接 所以stat可以设置为summary,将柱状图的高度设置为各组的均值并联合stat_summary...函数增加误差线。
ggstatsplot是ggplot2的扩展，用于绘制带有统计检验信息的图形。...ggstatsplot的思路就是将这两个阶段统一在带有统计细节的图形中，提高数据探索的速度和效率。 ggstatsplot提供了多种类别的统计绘图。...此外，该函数还有一个grouped_变量，可以方便地在单个分组变量上重复相同的操作。...该函数还有一个grouped _变量，可以方便地在单个分组变量上重复相同的操作。...此外，该函数还有一个groupped_变量，可以方便地在单个分组变量上重复相同的操作。
它使你能够使用熟悉的 ggplot2 语法创建复杂热图。...使用以下自定义布局： align_group()：将布局轴分组到具有组变量的面板中。 align_kmeans()：通过 kmeans 将布局轴分组到面板中。...基本示例 下面，我们将通过一个基本示例，展示如何使用 ggalign 创建带有 dendrogram 的热图。...align_dendro：根据层次聚类或树状图对图表进行对齐。 align_group align_group() 函数将行/列进行分组。它不会添加任何绘图区域。...align_dendro 中的 ggplot2 specification。此外，edge 数据直接添加到 ggplote::geom_segment()图层中，用于绘制树状图。
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