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箱线图的生物学含义

2.箱线图的组成 箱形图使用第25,50和75百分位数(也称为下四分位数(Q1),中位数(m或Q2)和上四分位数(Q3),以及四分位数范围(IQR = Q3-Q1,涵盖50%的中央数据)来反映样本的分布...四分位数不受异常值影响,并保留了中央数据和分布的信息。因此,对于不对称或不规则形状的种群分布以及具有极端异常值的样本,优于平均值和标准差。...用四分位数绘制箱形图的是一个公认的惯例:永远不应使用箱子或线来显示平均值、标准差或标准误。中位数不一定在箱子中心,两边延伸的线也不一定是对称的。...图b是直方图和箱线图、几种类箱线图可视化的比较,条形图通常仅展示了平均值和标准差,箱线图从下往上,依次展示了数据集的五个指标:最小值,小四分位数,中位数,上四分位数和最大值。...箱线图利用摘要统计指标(中位数和四分位数)和主要数据(四分位数内的50%的数据)的分布。箱形图可以展示任何数据集的最小值,下四分位数,中位数,上四分位数和最大值,可以反映数据集的分布和差异。

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Day7:R语言课程 (R语言进行数据可视化)

4.数据可视化与 `ggplot2` 处理大数据时,以图片的形式显示信息更有效。可视化应该有自己的整个过程(有很多要知道!)。...由于我们将此图层添加到最上层(即代码的最后),因此更改的任何细节都会覆盖在theme_bw()中的设置的。在这里,将轴标签和轴刻度标签的大小增加到默认大小的1.5倍。修改文本大小使用rel()函数。...添加图层xlab()和ylab(),改变x轴和y轴的标签。将这些图层添加到当前图中,x轴标记为“年龄(天)”,y轴标记为“平均表达量”。 使用ggtitle图层为绘图添加标题。...箱形图提供了基于五分位数的数据分布图。框的顶部和底部代表第一和第三个四分位数(分别为25%和75%)。框内的线代表中位数(50%)。在框的上方和下方延伸到的点代表数据集的最大值和最小值。...将图片导出到文件 有两种方法可以将图输出到文件中(而不是简单地在屏幕上显示)。第一种(也是最简单的)是直接从RStudio“Plots”面板导出,点击绘图面板上方的Export。

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    R可视化:不一样的ggplot2箱线图

    四分位数:箱线图的箱子部分表示数据的四分位数范围,即25%和75%分位数,这可以展示数据的中间50%的分布情况。异常值:箱线图通常会用点来表示异常值,即那些远离数据主体的值。...最小值和最大值:在某些箱线图中,除了四分位数之外,还会展示最小值和最大值(不包括异常值)。数据的偏斜性:箱线图的形状可以揭示数据的偏斜性。...density: 密度参数,可能用于调整箱线图内密度图的显示。legend.h: 图例的高度。legend.x.pos 和 legend.y.pos: 图例在图表中的位置。...stat_boxplot(geom = "errorbar", width = 0.15):添加一个箱线图的统计变换,这里使用 errorbar 几何对象,宽度设置为 0.15,这可能是用来表示箱线图的中位数线或四分位数范围的误差条...guides(color = "none"):设置颜色图例为不显示。theme_classic():应用经典的 ggplot2 主题。

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    可视化之为什么要使用箱线图?

    以下面水平箱线图为例(如果是垂直箱线图,则把下图逆时针旋转90度): 首先看箱体: 左边线代表下四分位数(第一四分位数,Q1),表示整体数据中有25%的数据少于该值; 右边线代表上四分位数(第三四分位数...,Q3),表示整体数据中有75%的数据少于该值; 箱体中间的线代表中位数,是一组数从小到大排列,居于正中间的单个数或正中间两个数的均值; 箱体的长度代表第三四分位数和第一四分位数的差值,也称为四分位间距...但第一组数据和第四组数据因为四分位数的统计值相当,仅用箱线图看不出来两组数据的分布是否差别很大; 小提琴图(Violin plot)展示数据分布的概率密度。...交互式箱线图2.0,展示的是基因Ldha在不同样本的表达分布。如图所示,可以通过调整网页的按钮实现图形旋转、表达数据预处理、按中位数排序和调整图形边距等功能。想让自己的数据呈现在这样的网站上面吗?...箱线图绘制方法 R语言学习 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图) R语言 - 箱线图一步法 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 推荐使用功能强大的在线绘图网站-ImageGP

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    「R」数据可视化2 : 箱形图

    箱形图能显示出一组数据的最大值(Maximum)、最小值(Minimum)、中位数(Median)及上下四分位数(1st/3rd Quartile),同时还可以显示逸出值(Outlier)。 ?...那么,这些值是如何被计算出来的呢?什么样的数据会被判定为逸出值呢? 第一四分位数(Q1),又称较小四分位数,等于该样本中所有数值由小到大排列后第25%的数字。...第二四分位数,又称中位数,等于该样本中所有数值由小到大排列后第50%的数字。第三四分位数(Q3)又称较大四分位数,等于该样本中所有数值由小到大排列后第75%的数字。...具体的星号和pvalue的关系如下:ns: p > 0.05 *: p <= 0.05 **: p <= 0.01 ***: p <= 0.001 ****: p <= 0.0001 同时如果你的检验是成对的那么可以加上参数...paired=T,如果你不想用默认的wilcox.test你可以将method改为其他的。

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    数据信息汇总的7种基本技术总结

    集中趋势的三个主要度量是平均值、中位数和众数。 平均值:通过将数据集中的所有数据点相加,然后除以数据点的数量来计算平均值。 中位数:中位数是数据集的中间点。...它们提供了对数据集内可变性的洞察。衡量离散度的关键指标包括范围、方差和标准差。 范围:范围是最简单的离散度量。它是数据集中的最大值减去最小值来计算的。...5、百分位数和四分位数 百分位数和四分位数是相对地位的衡量标准,可以更深入地了解数据集的分布。 百分位数:百分位数表示数据集中有多少观察值低于该值。...例如,第 20 个百分位数是低于该值的 20% 的观测值。 四分位数:四分位数将排序数据集分成四个相等的部分。...百分位数和四分位数对于了解数据的分布、识别异常值以及比较不同的数据点或数据集特别有用。 6、箱线图和直方图 箱线图和直方图是用于汇总数据的图形方法。

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    箱线图(boxplot)

    先跟大家讲解四分位数数据的整理工作。 这是本案例的原数据: ? 我们要制作出标准的箱线图: 需要获得每组的数据的最大值、最小值、中位数、上下四分位数等五组数值,这就需要借助函数来进行计算。...当我在某一单元格中输入=QUARTILE($A$1:$A$9的时候,软件会自动提示五个四分位数的参数设置。 ?...最小值=QUARTILE($A$1:$A$9,0) 上四分位数=QUARTILE($A$1:$A$9,1) 中位数=QUARTILE($A$1:$A$9,2) 下四分位数=QUARTILE($A$1:...完成之后,选中新作图数据的前四列(不包含最后一列:Q3数据)插入图表——股价图——开盘——盘高——盘底——收盘图 ? ? 这是输出的默认股价图,我们需要将最后一列:Q3单的数据单独添加到本图表中去。...此时已经可以很清晰的看到箱线图了,只是中间的平均值数据点颜色没有显示出来,调出设置数据系列格式菜单,将平均值(Q2数据点设置成内置横线,并调整至合适宽度) ? ? ? 然后箱线图就大功告成了。

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    一些统计学基础知识,Statistics basics

    平均数:数据的中心。 中位数:数据从小到大排列,中间一个或中间两个数的平均值。 众数:次数出现最多的数。 全距:最大值与最小值的差。仅描述数据的宽度,并没有描述数据上界和下届间数据的分布。...四分位数:首先数据按从小到大排序,然后将数据分成四个相同数量的数据块,每块包含原数据的四分之一数据。...下四分位数Q1表示;上四分位Q3表示;Q2其实就是中位数; 四分位距:IQR=Q3-Q1; 下四分位Q1是P25,Q2是P50,Q3是P75。...箱线图:显示数据的全距(上边缘,下边缘),四分位距以及中位数。如图(此图来自internet), ?...求正太分布概率三步走:(1)确定分布范围;(2)使用标准分标准化;(3)查找概率; 几种分布表示及其期望和方差: ?

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    从箱线图到统计指标表

    箱线图是一种用于显示一组数据分散情况资料的统计图,包括最大值、最小值、中位数、上四分位数(Q3,75th percentile)和下四分位数(Q1,25th percentile)。...在基因表达分析中,箱线图可以用来显示不同组(例如,疾病组和对照组)中基因的表达水平。箱线图的中位线表示基因在每个组中的中位表达水平,箱子的上下边界表示上四分位数和下四分位数,即表达水平的分布范围。...箱线图的“须”(即线的部分)则表示数据的整体分布范围,通常定义为1.5倍的四分位距(IQR,即Q3-Q1),超过这个范围的点通常被视为异常值。...具体来说,AUC可以被解释为:在随机选取一个阳性样本和一个阴性样本的情况下,分类模型将阳性样本的得分排在阴性样本之前的概率。...这个示例使用了pROC包进行ROC分析和绘图,使用ggplot2包进行箱线图的绘制。注意,这只是一个示例,实际的分析可能需要根据你的数据和问题进行调整。

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    Python 异常值分析

    最常用的统计量是最大值和最小值,用来判断这个变量的取值是否超出了合理的范围。如客户年龄的最大值为199岁,则该变量的取值存在异常。...在正态分布的假设下,距离平均值3之外的值出现的概率为P(|x-|>3)≤0.003,属于极个别的小概率事件。 如果数据不服从正态分布,也可以用远离平均值的多少倍标准差来描述。...QL称为下四分位数,表示全部观察值中有四分之一的数据取值比它小;QU称为上四分位数,表示全部观察值中有四分之一的数据取值比它大;IQR称为四分位数间距,是上四分位数QU与下四分位数QL之差,其间包含了全部观察值的一半...箱型图依据实际数据绘制,没有对数据作任何限制性要求(如服从某种特定的分布形式),它只是真实直观地表现数据分布的本来面貌;另一方面,箱型图判断异常值的标准以四分位数和四分位距为基础,四分位数具有一定的鲁棒性...:多达25%的数据可以变得任意远而不会很大地扰动四分位数,所以异常值不能对这个标准施加影响。

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    统计学小抄:常用术语和基本概念小结

    集中趋势量数的度量 集中趋势的度量给出了数据中心的概念,即数据的中心是什么。其中有几个术语,如平均值、中位数和众数。 一个特定数值变量的平均值是其中所有数值的平均值。...分布度的度量包括范围,四分位数和四分位数范围,方差和标准差。 1、范围 通过比较数据的最大和最小值(最大值)来定义范围。 2、四分位数 四分位数是按数字列表分为四分之一的值。找到四分位数的步骤是。...按顺序排列数字 将列表切成4个相等的部分 4分的切分点就是4分位数的值 可以通过描绘25、50、75和100的百分位数来找到4个四分位数。其中Q2也被称为中位数。...它通过描述与平均值的绝对偏差来描述数据的变化,也称为平均绝对偏差(MAD)。 3、四分位数范围(IQR) 四分位间范围(IQR)是前75个和后部25个百分位数之间分散体的量度。...如何计算PDF和CDF 我们将计算setosa的PDF和CDF。我们将花瓣长度转换为10个分箱,并提取每个箱的样本数和边缘值,这些边缘表示容器的起点和终点。

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    统计学小抄:常用术语和基本概念小结

    集中趋势量数的度量 集中趋势的度量给出了数据中心的概念,即数据的中心是什么。其中有几个术语,如平均值、中位数和众数。 一个特定数值变量的平均值是其中所有数值的平均值。...分布度的度量包括范围,四分位数和四分位数范围,方差和标准差。 1、范围 通过比较数据的最大和最小值来定义范围。 2、四分位数 四分位数是按数字列表分为四分之一的值。找到四分位数的步骤是。...按顺序排列数字 将列表切成4个相等的部分 4分的切分点就是4分位数的值 可以通过描绘25、50、75和100的百分位数来找到4个四分位数。其中Q2也被称为中位数。...它通过描述与平均值的绝对偏差来描述数据的变化,也称为平均绝对偏差(MAD)。 3、四分位数范围(IQR) 四分位间范围(IQR)是前75个和后部25个百分位数之间分散体的量度。...如何计算PDF和CDF 我们将计算setosa的PDF和CDF。我们将花瓣长度转换为10个分箱,并提取每个箱的样本数和边缘值,这些边缘表示容器的起点和终点。

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    箱线图的N种画法

    箱形图(Box-plot)又称为盒须图、盒式图或箱线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用。...下图中标示了箱线图中每条线和点所表示的含义,应用到了分位数的概念。...线主要表示五个数据节点,将一组数据从大到小排列,分别计算出他的上边缘(Maximum),上四分位数(Q3),中位数(Median),下四分位数(Q1),下边缘(Minimum)。...不在上边缘与下边缘的范围内的为异常值,用点表示。 ? 大家有没有觉得用箱型图表示显得即直观又美观呢,接下来小编介绍数种方式教你作图,总有一款适合你。 ?...# ggplot2并未提供这样的功能,这里定义了geom_split_violin函数来实现# geom_split_violin 的定义见 https://github.com/EasyChart/Beautiful-Visualization-with-Rggplot

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    GEO数据挖掘

    ,而是采用样本数据,根据四分位数用盒和线来显示值的范围。...此外,它们用星号显示落在箱须之外的离群值箱形图显示五个数据:1、最小的数字(最小值)2、第一个四分位数(25%位点值)3、中间的数字(中位值)4、第三个四分位数(75%位点值)5、最大的数字(最大值)箱线图用于比较单个基因在两组之间.../对照组平均值logFoldchange(logFC):Foldchange取log2表达矩阵中的count一般为取过log之后的数值处理组在前,对照组在后!...→差异基因→找功能/找关联→解释差异,缩小基因范⭐数据挖掘本质:逐步缩小感兴趣的基因范围!...行平均值最大的探针取多个探针的平均值如何实现随机去重?

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    R语言数据挖掘实战系列(3)

    QL称为下四分位数,表示全部观察值中有四分之一的数据取值比它小;QU称为上四分位数,表示全部观察值中有四分之一的数据取值比它大;IQR称为四分位数间距,是上四分位数QU与下四分位数QL之差,其间包含了全部观察值的一半...平均水平的指标是对个体集中趋势的度量,使用最广泛的是均值和中位数;反应变异程度的指标则是对个体离开平均水平的度量,使用较广泛的是标准差(方差)、四分位数间距。         ...、四分位数间距(四分位数间距是上四分位数QU与下四分位数QL之差,其间包含了全部观察值的一半。...,如盒图可以表示多个样本的均值,误差条形图能同时显示下限误差和上限误差,最小二乘拟合曲线图能分析两变量间的关系。...作图函数名 作图函数功能 barplot() 绘制简单条形图 pie() 绘制饼形图 hist() 绘制二维条形直方图,可显示数据的分配情形 boxplot() 绘制样本数据的箱型图 plot() 绘制线性二维图

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    这3个Seaborn函数可以搞定90%的可视化任务

    我们可以使用displot函数创建直方图,kde图,ecdf图和rugplots。 直方图将数值变量的取值范围划分为离散的容器,并计算每个容器中的数据点(即行)的数量。...hue参数根据给定列中的不同值分隔行。我们已经将性别列传递给了hue参数,因此我们可以分别看到女性和男性的分布。 多个参数决定了不同类别的栏如何显示(“dodge”表示并排显示)。...总共有8个不同的分类图可以使用catplot函数生成。 箱形图用中位数和四分位数表示变量的分布。下面是每个产品线单价栏的箱形图。...“width”参数调整框的宽度。 以下是箱形图的结构: ? 中位数是所有点都排序后的中间点。Q1(第一或下四分位数)是下半部分的中位数,Q3(第三或上四分位数)是上半部分的中位数。...catplot功能下的另一种类型是小提琴图。这是一种plto和kde的组合。因此,它提供了一个变量分布的概述。 例如,我们可以为前面示例中的strip plot所使用的列创建小提琴图。

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    【陆勤笔记】《深入浅出统计学》3分散性与变异性的量度:强大的“距”

    通过计算全距(也叫极差),轻易获知数据的分散情况。全距指出数据的扩展范围,计算方法是用数据集中的最大数减去数据集中的最小数。最小值称为下界,最大值称为上界。...求上四分位数位置 ? 除了全距和四分位距,还有别的距可供我们使用。 除了四分位数之外,还可以十分位数、百分位数等。 求百分位数的方法 ?...用箱线图绘制各种“距” 箱线图,一种专门用来显示各种各样的距。 箱线图显示数据的全距、四分位距以及中位数。 箱线图可以对不同数据集进行比较。 篮球球员得分箱线图 ?...方差,各个数值与均值的距离的平方数的平均值。 统计学里面,方差的通用形式。 ? 或者 ? 标准差 标准差,方差的平方根。 标准差是描述典型值与均值距离的一种方法,标准差越小,数值离均值越近。...标准分是对不同数据集中的数值进行比较的一种方法,这些数据集的均值和标准差互不相同。 重要统计量 全距(极差) ? 四分位数 ? 四分位距 ? 方差 ?

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