学习目标 演示如何从现有的数据结构中取子集，合并及创建新数据集。 导出数据表和图以供在R环境以外使用。...---- 注意：有更简单的方法可以使用逻辑表达式对数据帧进行子集化，包括filter()和subset()函数。这些函数将返回逻辑表达式为TRUE的数据帧的行，允许我们在一个步骤中对数据进行子集化。...我们将filter()在后面的课程中更详细地探讨该功能。 2.列表 从列表中选择组件需要略有不同的表示法，即使理论上列表是向量（包含多个数据结构）。...列表的组件命名数据框的列命名使用的函数都是names()。 查看list1组件的名称： names(list1) 创建列表时，将species向量与数据集df和向量number组合在一起。...从random列表中提取向量 age的第三个元素。 从random列表中的数据框 metadata中提取基因型信息。 ---- 3.导出文件 到目前为止只修改了R中的数据; 文件保持不变。
类似py 中的readlines 方法，同样，R 的函数也会逐行（识别） x_line <- readLines("MsigDB/h.all.v7.2.symbols.gmt") ps：发现对于gmt...： x_split <- strsplit(x_line, "\t") 每个向量会被按照指定符号切割，每个向量会被转换为列表对象，列表中的元素为按照换行符拆开的一个个元素。...接着我们需要将该列表元素再进行一些处理： names(x_split) 将每个列表的第一个元素，...HALLMARK_MITOTIC_SPINDLE" [5] "HALLMARK_WNT_BETA_CATENIN_SIGNALING" [6] "HALLMARK_TGF_BETA_SIGNALING" 纯文本-> 数据框...，一定要小心使用cbind 连接，因为不等长的连接会自动删除那些过长的列表中的元素（木桶中最短的那根板）
数据框数据框的创建数据框来源主要包括用代码新建(data.frame)，由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作)，读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据函数...，data.frame数据框允许不同列不同的数据类型，但同一列只允许一种数据类型*数据框中括号内行在列前df1 R语言将列名的特殊字符-转化了，该编号可能与其他数据中编号无法匹配，ex2 数据框取子集"$"取子集df1$gene为对数据框df1列名的向量取子集*输入df1$后按tab键可以输出待选的列名mean...#取子集方法同数据框t(m) #转置行与列，数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵，可通过list函数将其组成一个列表l <- list(m1
seaborn提供了一个快速展示数据库中列元素分布和相互关系的函数，即pairplot函数，该函数会自动选取数据框中值为数字的列元素，通过方阵的形式展现其分布和关系，其中对角线用于展示各个列元素的分布情况...，剩余的空间则展示每两个列元素之间的关系，基本用法如下 >>> df = pd.read_csv("penguins.csv") >>> sns.pairplot(df) >>> plt.show()...函数自动选了数据框中的3列元素进行可视化，对角线上，以直方图的形式展示每列元素的分布，而关于对角线堆成的上，下半角则用于可视化两列之间的关系，默认的可视化形式是散点图，该函数常用的参数有以下几个 ###...#### 3、 x_vars和y_vars 默认情况下，程序会对数据框中所有的数值列进行可视化，通过x_vars和y_vars可以用列名称来指定我们需要可视化的列，用法如下 >>> sns.pairplot...通过pairpplot函数，可以同时展示数据框中的多个数值型列元素的关系，在快速探究一组数据的分布时，非常的好用。
前言 这个笔记的起因是在学习DataExplorer 包的时候，发现： 这我乍一看，牛批啊。这语法还挺长见识的。 转念思考了一下，其实目的也就是将数据框中的指定列转换为因子。...换句话说，就是如何可以批量的对数据框的指定行或者列进行某种操作。...（这里更多强调的是对原始数据框的直接操作，如果是统计计算直接找summarise 和它的小伙伴们，其他的玩意儿也各有不同，掉头左转： 34....R 数据整理（六：根据分类新增列的种种方法 1.0） 其实按照我的思路，还是惯用的循环了，对数据框的列名判断一下，如果所取的列在数据框中，就修改一下其格式，重新赋值： data(cancer, package...批量处理 组合一般的运算 逻辑判断方便获得指定列（通过& ） 无缝结合tidyverse 中的其他函数 image.png
subset：用来指定特定的列，根据指定的列对数据框去重。默认值为None，即DataFrame中一行元素全部相同时才去除。...导入数据处理的库 os.chdir('F:/微信公众号/Python/26.基于多列组合删除数据框中的重复值') #把路径改为数据存放的路径 name = pd.read_csv('name.csv...从结果知，参数keep=False，是把原数据copy一份，在copy数据框中删除全部重复数据，并返回新数据框，不影响原始数据框name。...原始数据中只有第二行和最后一行存在重复，默认保留第一条，故删除最后一条得到新数据框。 想要根据更多列数去重，可以在subset中添加列。...如需处理这种类型的数据去重问题，参见本公众号中的文章【Python】基于多列组合删除数据框中的重复值。 -end-
最近公司在做关联图谱的项目，想挖掘团伙犯罪。在准备关系数据时需要根据两列组合删除数据框中的重复值，两列中元素的顺序可能是相反的。...本文介绍一句语句解决多列组合删除数据框中重复值的问题。 一、举一个小例子 在Python中有一个包含3列的数据框,希望根据列name1和name2组合(在两行中顺序不一样)消除重复项。...import numpy as np #导入数据处理的库 os.chdir('F:/微信公众号/Python/26.基于多列组合删除数据框中的重复值') #把路径改为数据存放的路径 df =...由于原始数据是从hive sql中跑出来，表示商户号之间关系的数据，merchant_r和merchant_l中存在组合重复的现象。现希望根据这两列组合消除重复项。...从上图可以看出用set替换frozense会报不可哈希的错误。 三、把代码推广到多列 解决多列组合删除数据框中重复值的问题，只要把代码中取两列的代码变成多列即可。
正文 本篇描述了如何计算R中的数据框并将其添加到数据框中。一般使用dplyr R包中以下R函数： Mutate（）：计算新变量并将其添加到数据表中。 它保留了现有的变量。...同时还有mutate（）和transmutate（）的三个变体来一次修改多个列： Mutate_all（）/ transmutate_all（）：将函数应用于数据框中的每个列。...Mutate_at（）/ transmutate_at（）：将函数应用于使用字符向量选择的特定列 Mutate_if（）/ transmutate_if（）：将函数应用于使用返回TRUE的谓词函数选择的列...tbl：一个tbl数据框 funs：由funs（）生成的函数调用列表，或函数名称的字符向量，或简称为函数。predicate：要应用于列或逻辑向量的谓词函数。...# 将所有因子列转化成字符 my_data %>% mutate_if(is.factor, as.character) # 将左右数字列四舍五入 my_data %>% mutate_if(is.numeric
前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub，还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。...例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。...接下来我们要做的就是将第四列中的注释信息，从转录本ID替换成相应的基因名字。我们给大家分享三种不同的方法。...=bed #将NM开头的转录本号后面的内容提取出来，然后跟相应的基因名字贴到一起 #直接替换result的第四列注释信息 result1$V4=paste0(symbol,gsub("NM_.*?...参考资料： ☞R中的替换函数gsub ☞正则表达式 ☞使用R获取DNA的反向互补序列
前文我们讲到R处理数据面对的6种对象：向量，矩阵，数组，因子，列表，数据框。 A. 那我们就得好好给大家介绍一下这位能者的6个对象都长什么样子了。...· 6.数据框 · 到最后一个对象了，在其他统计软件包中，数据框被称为“数据矩阵”或“数据集”，他是一系列等长度的向量和/或因子，交叉相关，很适合数据收集的类型。...，可以直接使用变量名如： > d$age [1] 42 38 26 #Tips：数据框的感觉就像每一行代表一个单位，每一列代表一项属性，因此每列内部数据类型一致，而列间数据类型可能不同。...· 之前我们提到数据框提取向量，使用d$age来提取d中的age变量。...只有一个数字的索引在数据框中只会提取列数据，不会提取行数据，所以d[3, ]中的”,”省掉和不省结果是不同的。逗号前代表行，逗号后代表列。
数据框 data.frame 数据框 约等于表格：1.数据框不是一个具体文件，只是R语言内部的一个数据；2.数据框每一列只能有一种数据类型 图片 新建和读取数据框 #新建和读取数据框 df1 <- data.frame...df1) #输出行名 colnames(df1) #输出列名 数据框取子集 数据主要操作为按列取子集，取出来的为向量；按行去子集取出的仍为数据框。..."r2","r3","r4") #只修改某一行/列的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" # | 或符号前后不可以连接字符，只能用于数字，逻辑值 两个数据框的连接 test1 的数据框中，保留test1中保留选中的name列中的所有元素，新的数据框中没有的数据显示NA，sort表示按列排序 merge(test1,test3,by.x...as.data.frame(m) #将转换为数据框 #作图 pheatmap::pheatmap(m) #使用pheatmap包中的pheatmap函数做图，热图会先进行聚类，之后再作图。
“向量”——一维 “表格”——二维 matrix 矩阵-二维，只允许一种数据类型 data.frame 数据框-二维，每列只允许一种数据类型 list列表：可装万物 1.数据框来源 （1）用代码新建 （...#读取"gene.csv"文件，赋值df2 3.数据框属性 4.数据框取子集 df1$gene #"$"前是数据框名称 后是列名；提取该列的向量 #按名字取子集 df1 行，列 图片 5.数据框修改...取子集，赋值 #改行名和列名 rownames(df1) r1","r2","r3","r4") #修改全部行名 #只修改某一行/列的名 colnames(df1){2} <- "CHANGE..." #修改一个列名 6.两个数据框的连接 按照共同的列名取交集，后连接 两个数据框列中有交集时既可以使用，自动连接 矩阵新建和取子集 矩阵画热图 pheatmap::pheatmap(m) #热图结果默认聚类...“名字”-names（） 后置的难点 数据框按照逻辑值取子集 #将逻辑值赋值给k，按逻辑值在df1中取子集**实战中会经常遇到 删除变量 数据结构总结 以上来源，生信技能树
Vector向量----一维 matrix矩阵----二维，只允许一种数据类型 data.frame数据框----二维，每列只允许一种数据类型 list列表----可装万物 图片 数据框来源： 图片...内置数据框 x=iris volcano View(volcano) ##表格视图 > class(volcano) ##数据框中包括哪些数据类型 [1] "matrix" "array" heatmap...> ##如何取数据框的最后一列？...> df1[,3] [1] 5 3 -2 -4 > df1[,ncol(df1)] ##数据框有多少列，那他的最后一列就是多少列 [1] 5 3 -2 -4 > ##如何取数据框除了最后一列以外的其他列...0.02 r3 gene3 down 50 0.07 r4 gene4 down 2 0.05 两个数据框的连接 ## merge 只能用于数据框,且只能连接共同列中交集的数据
class3数据框、矩阵和列表向量-一维：表格—二维 ：matrix 矩阵-二维，只允许一种数据类型；data.frame数据框-二维，每列只允许一种数据类型。...#重点：数据框#1.数据框来源# （1）用代码新建# （2）由已有数据转换或处理得到# （3）读取表格文件 （对数据框操作）# （4）R语言内置数据 （可以直接使用的的数据框）heatmap(volcano...、行、列dim(df1)nrow(df1)ncol(df1)#行名，列名rownames(df1)colnames(df1)#4.数据框取子集df1$score 向量取子集用的是[] 取score这一列...用于取子集的逻辑值向量：与x对应，不必须由x生成。（例子中即通过score为gene取子集）记住，==是等于的意思，>-是赋值的意思## 代码思维#如何取数据框的最后一列？...c("r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames(df1)[2] 数据框的连接test1 <- data.frame(
matrix ：矩阵，整个表只允许一种数据类型 data.frame：数据框，每一列只允许一种数据类型 可以根据生成的函数或者用class或者is族函数判断。...图片 数据框的来源： 可由代码新建、已有数据转换或处理、读取表格文件、R语言内置数据 内置数据多用于新手练习，eg：iris、volcano、letters、LETTERS 新建数据框： 图片 ##A....ncol(df1) 知道了行数就方便取最后一列：df1【,ncol(df1)】 这样子方便代码复用。 如何取数据框除了最后一列以外的其他列？...","r2","r3","r4") 修改行名 d.只修改某一行/列的名 colnames(df1)【2】 = "CHANGE" 将第二列的名字改为CHANGE e.两个数据框的连接merge merge...(m) 转换为数据框 列表 列表新建和取子集 新建 q = list(m1 = matrix(1:9, nrow = 3), m2 = matrix(2:9, nrow = 2)) 取子集 如果有
save(g,s,file = "gands.Rdata")#将变量g和s保存到名为gands的Rdata文件中。...Day3正式内容-数据框、矩阵和列表 Vector向量-一维；表格-二维 matrix矩阵：只允许一种数据类型 data.frame数据框：每列只允许一种数据类型，每列单独提取出来是一个向量 list列表...:提取数据框df1的score列 向量运算都能应用于$数据框取子集。...按坐标取子集 按名字取子集 df1$score# $取子集 ## [1] 5 3 -2 -4 df1[2,2]#取df1第二行第二列的元素，单取一行是数据框。...- hard k 0#逻辑值向量 df1[k,]#取子集-向量k逻辑值为TRUE的行组成的数据框 ## gene chance score p.value ## r1
-数据框二维数据；约等于表格 但是：列有要求（同一列只允许同一种数据类型）；不是文件（可以导出来成为一个文件）；数据框单独拿出的一列是向量，视为一个整体；-矩阵二维数据；同一列同一行都只允许一种数据类型...(volcano) #体验一下用R的内置数据画个图，快乐一下2.数据框属性dim(df1) #看行数和列数nrow(df1) #只看行数ncol(df1) #只看列数#经常把行列搞反怎么办，...跟我念三遍：row是横排成行；colum是纵队为列；rownames(df1) #看所有行名colnames(df1) #看所有列名3.数据框取子集-（1）按列名取列——【最重要】df1$score...df1[,3]df1[,ncol(df1)]#如何取数据框除了最后一列以外的其他列？...m2 = matrix(2:9, nrow = 2))l#列表取子集，直接取出来的元素是列表l$m18.补充知识# 元素的名字scores = c(100,59,73,95,45)names(scores
矩阵 二维，只允许一种数据类型 data.frame数据框 二维，每列只允许一种数据类型 list列表 可装万物数据结构的判断：a....根据生成它的函数 b. 用class( )或is 族函数判断1. 数据框的来源 2. 新建数据框 从文件中读取3....数据框的属性4. 数据框取子集 a. ＂$＂取列b. 坐标取法 Tips：中括号里的逗号，表示维度的分割c....按逻辑值取子集5. 数据框修改 新增一列 修改行名与列名6. 两个数据框的连接 a....共同列的列名不一样的两个表记忆卡片矩阵新建和取子集 不支持$，只能按坐标取矩阵的转置和转换矩阵画热图列表新建和取子集补充元素的名字变量的删除
数据结构 3 数据框、矩阵和列表 之前学过的，Vector向量是 一维的 数据框、矩阵和列表如下： 1）现在学“表格” 二维：二维有两个：（1）matix 矩阵 —— 二维，只允许一种数据类型。...（2）data.frame 数据框—— 二维，每列只允许一种数据类型（列与列之间相不相同都行）。 2）list列表：可装万物。...3.2.2 从文件中读取 >df2<- read.csv("gene.csv") 3.3 数据框属性（数据框严格区分 “行” 和 “列”） #写上注释 > dim(df1) #维度 > nrow...因为这一列的数据类型必须是一样的。 > df1[c(1,3),1:2] 中括号里的逗号，表示维度的分割。 #按照名字，按照这种方式可以一次提取两列。...> df1[df1$score>0,1] #这是数据框取子集 或者 >df1$gene[df1$score>0] #这是向量取子集 ，相当于y[x>0] 代码思维 #如何取数据框的最后一列
()读取行数、ncol()读取列数、rownames()读取行名、colnames()读取列名 3、数据框取子集 ①、$:取数据框中的某一项 #4.数据框取子集 df1$gene mean(df1$..."] df1[,c('gene','change')] ## 按条件（逻辑值） df1[df1$score>0,] 大家看看这道思考题： 4、建立自己的代码思维 下图教会了我们如何优雅地去数据框的最后一列..."r4") #只修改某一行/列的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" 6、数据框的连接 我们如何将这两个数据框连接起来呢？...[,1] m[2,3] m[2:3,1:2] ②、矩阵的转置和转换 如上图所示，colnames()列互相转换，as.data.frame()将矩阵转换为数据框...大家再坚持坚持，还有列表一个知识点了? 三、列表 ①、列表新建和取子集 注意：只有列表有[[]]方法取子集。
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