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数据挖掘—疾病靶点获取、批量读取差异基因以及Reduce函数的使用

file_list 列表,用于存储每个文件的筛选结果gene_list 每个文件for (file...[0-9]+:匹配一个或多个数字(即 1、2、10 等)。.*:再次匹配任意字符,用于忽略文件名中其他部分。 这个模式会从文件名中找到 sepsis1、sepsis2 等部分并将其捕获。"...在 R 中,\\1 代表第一个括号捕获的内容(即 sepsisX,X 为数字)。basename(file):basename() 是 R 的一个函数,用于从路径中提取文件名,不包括路径部分。...x:一个列表或向量,Reduce() 会逐步将列表中的元素组合。...例如,intersect(a, b) 返回 a 和 b 的交集。gene_list:包含多个 sepsis 列表,每个元素都是一个基因的向量。

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Python超详细基础文件操作(详解版)

读数据(read) 读取数据通常涉及从文件、数据库或其他存储介质中检索信息。以下是一些读取数据的常见示例: 2.1 读取文本文件 使用内置的 open 函数来打开文件并读取内容。...读数据(readlines) readlines 是 Python 中用于读取文件的方法之一,它用于逐行读取文件内容,并将每一行作为字符串存储在一个列表中。...• lines = file.readlines() : readlines 方法用于读取文件的所有行,并将每一行作为一个字符串存储在列表 lines 中。 • 每个列表元素对应文件中的一行文本。...: • 返回类型:readlines 方法返回一个包含文件所有行的列表,其中每个元素都是文件中的一行文本字符串。...import os 1.2 准备文件列表 要重命名文件,您需要先列出指定目录中的所有文件。可以使用 os.listdir() 函数来获取目录中的文件列表。

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    性能优化大幅提升!Python 实现海量内容分词搜索引擎(3.0版)

    在前面两个版本中,使用文件名作为 key,其内容作为 value 的格式存储于字典中,每次检索时需要遍历每个单词,再遍历每个单词是否在每个文件中。...(毕竟检索词库不会频繁更新) 这种 key,value 的处理方式也就是十分著名的搜索引擎方法——倒序索引 在检索时只需要将被检索的文本内容对应的 value 拿出来,然后再去寻找这些 value 之间共有的元素即文件名称...思路梳理 思路清晰后,实现方式就不限了,这里我采用的是使用 Python 多个列表间求交集来实现,具体实现方式请参见下方的源码。...)) # 将需要检索的文本内容进行一定规则处理后返回无重复的单词set(集合)并将其强转为list类型 # 如果需要检索的文本内容(每个单词)只要有一个不存在于inverted_index...) & set(y), result)) # 求result列表中多个小列表之间的交集,即是要求的最终结果list @staticmethod def parse_text_to_words

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    Python与Excel协同应用初学者指南

    否则,你会一直在安装一个软件包,然后为一个项目升级,为另一个项目降级。更好的办法是为每个项目提供不同的环境。 现在,终于可以开始安装和导入读取要加载到电子表格数据中的包了。...从sheet1中选择B3元素时,从上面的代码单元输出: row属性为3 column属性为2 单元格的坐标为B3 这是关于单元格的信息,如果要检索单元格值呢?...注意,区域的选择与选择、获取和索引列表以及NumPy数组元素非常相似,其中还使用方括号和冒号:来指示要获取值的区域。此外,上面的循环还很好地使用了单元格属性。...,即标题(cols)和行(txt); 4.接下来,有一个for循环,它将迭代数据并将所有值填充到文件中:对于从0到4的每个元素,都要逐行填充值;指定一个row元素,该元素在每次循环增量时都会转到下一行;...可以使用save_as()函数来获得这个值,并将数组和目标文件名传递给dest_file_name参数,如下所示: 图28 注意,如果要指定分隔符,可以添加dest_delimiter参数,并在两者之间传递要用作分隔符的符号

    17.4K20

    查找(二)简单清晰的B树、Trie树具体解释

    ●基于拉链法的散列表 一个散列函数可以将键转化为数组索引。散列算法的第二步是碰撞处理,也就是处理两个或多个键的散列值同样的情况。...拉链法:将大小为M的数组中的每一个元素指向一条链表,链表中的每一个结点都存储了散列值为该元素的索引的键值对。 查找分两步:首先依据散列值找到相应的链表,然后沿着链表顺序查找相应的键。...依据根结点指针找到文件文件夹的根磁盘块1,将当中的信息导入内存。【磁盘IO操作1次】 2. 此时内存中有两个文件名称17、35和三个存储其它磁盘页面地址的数据。...依据p2指针,我们定位到磁盘块3,并将当中的信息导入内存。【磁盘IO操作 2次】 4. 此时内存中有两个文件名称26,30和三个存储其它磁盘页面地址的数据。...依据p2指针,我们定位到磁盘块8,并将当中的信息导入内存。【磁盘IO操作 3次】 6. 此时内存中有两个文件名称28,29。依据算法我们查找到文件名称29,并定位了该文件内存的磁盘地址。

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    爬虫入门指南(2):如何使用正则表达式进行数据提取和处理

    re.findall()函数将返回一个包含所有匹配的字符串列表。 存储数据到文件或数据库 在Python中,我们可以使用内置的文件操作函数来将数据保存到文件中。...首先,使用open()函数打开一个文件,传入两个参数:文件名和打开模式。打开模式可以是 “w”(写入)、“a”(追加)、“r”(只读)等。如果文件不存在,将会创建一个新的文件。...with open("data.txt", "w") as file: file.write("这是要保存的数据") 代码中,我们使用open()函数打开名为"data.txt"的文件,并指定打开模式为...然后,使用文件对象的write()方法将数据写入文件中。 如果需要更复杂的数据管理和查询,可以使用数据库系统来存储数据。常见的数据库系统包括MySQL、SQLite和MongoDB等。...使用SQLite数据库存储数据的示例代码 SQLite基本语法 创建表格: 使用CREATE TABLE语句创建新的表格。指定表格的名称和列定义。每个列都包括列名和数据类型。

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    单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建

    这些文件通常存储在一个目录中,可以使用Read10X函数从R语言中读取。 matrix.mtx:这是一个稀疏矩阵文件,其中包含了每个单细胞的基因表达信息。...矩阵中的每一行代表一个基因,每一列代表一个单细胞,矩阵中的每个元素表示该基因在该单细胞中的表达量。 genes.tsv(或features.tsv):这是一个文本文件,其中包含了每个基因的信息。...h5seurat格式可以与SeuratDisk等工具兼容,进行单细胞数据的读写 。 R数据文件(RDS/RDATA文件): 以R语言的数据文件格式存储表达式矩阵,需要R软件直接读取。.../data/GSE200874", pattern = "\\.h5$") # 创建一个空的列表来存储Seurat对象 seurat_list <- list() # 循环读取每个h5文件的数据并创建...示例代码: # 导入Seurat包 library(Seurat) # 导入Seurat包 library(Seurat) # 设置工作目录为存放数据文件的路径 setwd("D:/project

    4.4K32

    教你怎么用python操作文件

    要检索有关存档文件中文件的信息,使用 .getinfo() : import zipfile with zipfile.ZipFile('data.zip', 'r') as zipobj:...要获取有关存档文件中文件的信息,请将其路径作为参数传递给 .getinfo() 。 使用 getinfo() ,你可以检索有关存档文件成员的信息,例如上次修改文件的日期,压缩大小及其完整文件名。...访问 .file_size 将以字节为单位检索文件的原始大小。 以下示例说明如何在Python REPL中检索有关已归档文件的更多详细信息。...要读取未压缩的TAR文件并检索其中的文件名,请使用 .getnames() : >>> import tarfile >>> tar = tarfile.open('example.tar', mode...print(member.name) app.py config.py CONTRIBUTORS.md tests.py 复制代码 首先,你要创建要添加到存档的文件列表,这样你就不必手动添加每个文件。

    6.5K20

    python技术面试题(十三)

    Redis Brpop 命令移出并获取列表的最后一个元素, 如果列表没有元素会阻塞列表直到等待超时或发现可弹出元素为止。...每个 tracker 节点地位平等。收集 Storage 集群的状态。 Storage: 实际保存文件, Storage 分为多个组,每个组之间保存的文件是不同的。...每个组内部可以有多个成员,组成员内部保存的内容是一样的,组成员的地位是一致的,没有 主从的概念。...数据两级目录:storage 服务器在每个虚拟磁盘路径下创建的两级目录,用于存储数据文件。 文件名:与文件上传时不同。...是由存储服务器根据特定信息生成,文件名包含:源存储服务器 IP 地址、文件创建时间戳、文件大小、随机数和文件拓展名等信息。

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    Python AI 教学 | 决策树算法及应用

    1.2决策树的构造 (1)信息增益和划分数据集 划分数据集的大原则是:将无序的数据变得更加有序。划分数据集可以根据数据的多个属性来划分,那根据哪个属性来划分是最好的?...除此之外,如果列表中的元素也是列表的话,可以通过list[i][j]求出list第i+1个列表中第j+1个元素。 算法示例: ? 运行结果: ?...我们的数据集存在“lenses.txt”这个文本文件中,如下图: ? 可以看到我们的数据分为五列,前四列为数据属性列,描述患者眼部状况,每个属性有不同的分支条件;最后一列是适合佩戴的眼镜类型。...其中: ①name:表示用字符串表示的文件名; ②mode:表示打开文件的模式:只读(r),写入(w),追加(a)等。...所有的可取值见如下列表,默认文件访问模式为只读(r); ③buffering:如果 buffering 的值被设为 0,就不会有寄存;如果 buffering 的值取 1,访问文件时会寄存行;如果将 buffering

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    Python AI 教学 | 决策树算法及应用

    1.2决策树的构造 (1)信息增益和划分数据集 划分数据集的大原则是:将无序的数据变得更加有序。划分数据集可以根据数据的多个属性来划分,那根据哪个属性来划分是最好的?...除此之外,如果列表中的元素也是列表的话,可以通过list[i][j]求出list第i+1个列表中第j+1个元素。 算法示例: ? 运行结果: ?...我们的数据集存在“lenses.txt”这个文本文件中,如下图: ? 可以看到我们的数据分为五列,前四列为数据属性列,描述患者眼部状况,每个属性有不同的分支条件;最后一列是适合佩戴的眼镜类型。...其中: ①name:表示用字符串表示的文件名; ②mode:表示打开文件的模式:只读(r),写入(w),追加(a)等。...所有的可取值见如下列表,默认文件访问模式为只读(r); ③buffering:如果 buffering 的值被设为 0,就不会有寄存;如果 buffering 的值取 1,访问文件时会寄存行;如果将 buffering

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    字符串本地化和消息字典(二)

    Element 元素是 XML 消息文件的顶级容器,每个文件只有一个 元素。元素有一个必需的属性,Language。... Domain 属性的值是用来组织应用程序中消息的域名之一。任何 元素都可以包含零个或多个 元素。...可以使用这些方法:从 XML 消息文件导入消息将消息导出到 XML 消息文件从消息字典中删除消息在消息字典中列出消息导入 XML 消息文件要导入 XML 消息文件,请打开终端并执行以下操作:更改为正在开发应用程序的命名空间...列表中的每个值都必须是全小写的 RFC1766 代码。如果未指定语言或为空,则导出数据库中的所有语言。每种语言都使用为 file 参数描述的约定导出到一个单独的文件中。...列出消息要获取为指定域加载了消息的所有语言的列表,请使用 GetLanguages() 方法: Set list = ##class(%MessageDictionary).GetLanguages(domain

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    KBOT研究报告

    该示例首先在其存储中搜索所需文件的当前版本;如果出现故障,它将从原始版本读取文件数据,原始版本以加密形式位于主体中。在每个加密数据的开头都有包含JF签名。 ? ?...配置文件中的注入列表和恶意软件本身存储在全局数组中的列表相同。 ? 如下kbot.ini的所示,其中Hosts是C&C列表,ServerPub是用于数据加密的公钥: ?...,并将检测到的EXE文件以及位于导入目录中的系统dll复制到该文件夹中。...包含系统应用程序、导入目录中的dll和KBOT服务数据存储的目录如下所示(加密虚拟存储文件名为红色): ? KBOT会感染复制的系统库,Dllentypoint入口点的代码将被以下代码覆盖: ?...远程管理 KBOT与BC.ini文件中列出的服务器建立反向连接,使用RDP协议同时创建多个会话,恶意软件将配置远程桌面服务器设置: 1、查找内存中termserv.dll库的进程 ?

    1.2K20

    Python 自动化指南(繁琐工作自动化)第二版:十六、使用 CSV 文件和 JSON 数据

    但是 Python 还附带了特殊的csv和json模块,每个模块都提供了帮助您处理这些文件格式的函数。 CSV 代表“逗号分隔值”,CSV 文件是存储为纯文本文件的简化电子表格。...对于这个项目,打开一个新的文件编辑器窗口,保存为removeCsvHeader.py。 第一步:遍历每个 CSV 文件 您的程序需要做的第一件事是遍历当前工作目录的所有 CSV 文件名的列表。...这将覆盖原始文件。 一旦我们创建了writer对象,我们就遍历存储在csvRows中的子列表,并将每个子列表写入文件。...shebang 行和import语句之后,程序将检查是否有多个命令行参数。(回想一下,sys.argv总是至少有一个元素sys.argv[0],它包含 Python 脚本的文件名。)...您使用w[0]、w[1]和w[2]分别检索今天、明天和后天天气的字典。每个字典都有一个'weather'键,其中包含一个列表值。您感兴趣的是第一个列表项,它是一个嵌套字典,在索引 0 处还有几个键。

    11.6K40

    python编程从入门到实践 学习笔记

    如果将列表a赋列表b,而不是将列表a的副本存储到列表b,这种语法实际上是让Python将新变量b关联到包含在a中的列表,因此这两个变量都指向同一个列表,此处为赋值,不是拷贝。...为剔除重复项,可使用集合(set),集合类似于列表,但每个元素都必须是独一无二的。...()) 5使用文件的内容 readlines()从文件中读取每一行,并将其存储在一个列表中。...6分析文本 方法split()以空格为分隔符将字符串分拆成多个部分,并将这些部分都存储到一个列表中。...函数json.dump()接受两个实参:要存储的数据以及可用于存储数据的文件对象。 先导入模块json,import json,numbers.json中数据的存储格式与Python中一样。

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    Git 中文参考(六)

    默认情况下,每个输出文件从 1 开始按顺序编号,并使用提交消息的第一行(为路径名安全性进行按摩)作为文件名。使用--numbered-files选项,输出文件名将只是数字,而不会附加提交的第一行。...histogram 该算法将耐心算法扩展为“支持低发生的共同元素”。...必须为要传递给服务器的每个选项重复–smtp-server-option 选项。同样,必须为每个选项使用配置文件中的不同行。...可以提供多个选项来导入多组标记。如果标记定义为不同的值,则最后一个文件获胜。...活动分支 LRU 与文件名字符串池和延迟加载子树相结合,允许快速导入,在非常有限的内存占用(每个活动分支小于 2.7 MiB)内有效导入具有 2,000 多个分支和 45,114+文件的项目。

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    如何使用Selenium自动化Firefox浏览器进行Javascript内容的多线程和分布式爬取

    我们将以一个简单的示例为例,抓取百度搜索结果页面中的标题和链接,并将结果保存到本地文件中。我们将使用Python语言编写代码,并使用爬虫代理服务器来隐藏我们的真实IP地址。...,并将结果保存到本地文件中: # 抓取一个网页的标题和链接,并将结果保存到本地文件中 def crawl_page(browser, url, file): # 打开网页 browser.get...(url) # 返回URL列表 return urls 接下来,我们需要定义一个函数来执行多线程爬虫的主要逻辑,我们将使用一个线程池来管理多个浏览器对象,并使用一个队列来存储待抓取的URL...generate_urls(keyword, pages) # 创建一个队列来存储待抓取的URL列表,并将URL添加到队列中 q = queue.Queue() for url...pool.append(browser) # 创建一个空列表来存储多个线程对象,并创建对应数量的线程对象并添加到列表中,并启动每个线程 threads = [] for

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    IPython 常用的6个魔术命令

    魔术命令包括两种方法:行魔术命令(line magics):以 % 为前缀,在单个输入行上运行;单元格魔术命令(cell magics):以 %% 为前缀,在多个输入行上运行。...下面列举 IPython 魔术命令提供的一些有用功能: 1 %lsmagic:找出全部命令 如果你只记得一个魔术命令,那必须得是这一个。执行 %lsmagic 命令将提供所有可用魔术命令的列表: ?...该命令将存储变量,你可以在其他任意 notebook 中检索该变量: ? %store [variable] 存储变量。 %store -r [variable] 读取/检索存储变量。...你是否遇到过,为变量赋值后却忘记变量名的情况?或者不小心删掉了负责为变量赋值的单元格?使用%who 命令,你可以得到所有全局变量的列表: ?...只需为函数或类的单元格添加 %%writefile 前缀和想要保存到的文件名即可: ? 如上所示,我们可以将创建的函数保存到 utils.py 文件中,然后就可以随意导入了。

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    Python数学建模算法与应用 - 常用Python命令及程序注解

    这种列表推导式的写法可以简化列表的操作,将多维列表展开为一维列表,便于处理和使用其中的元素。 第三行的C是什么意思?¶ 在第三行的列表推导式中,c 是一个临时变量,用于表示每个子列表 b 中的元素。...具体来说,第三行的列表推导式 [c for b in a for c in b] 可以解读为: 对于列表 a 中的每个子列表 b, 对于子列表 b 中的每个元素 c, 将元素 c 添加到列表中。...请根据你的具体情况选择适当的导入方式,确保提供正确的路径和文件名以进行导入操作。...readlines(hint=-1): 从文件中读取所有行,并将其存储在一个列表中。如果指定了 hint 参数,则最多读取指定数量的行。 write(string): 将指定的字符串内容写入文件。...这段代码的功能是生成随机数矩阵 a,并将该矩阵以不同的格式存储为文本文件。然后,通过 np.loadtxt() 函数加载这些文本文件中的数据,并存储在变量 b 和 c 中。

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    在测试自动化中使用Java枚举

    但是,创建多个实体将意味着创建几个仅具有少量属性且没有行为或行为最少的对象。最小的行为转化为少量的方法。基本上,对于您需要的每个实体,都必须创建一个新的对象。那将是浪费。...我们要编写的测试需要检查我们想要并已存储在Enum中的所有国家和城市是否存在于其相应的下拉列表中。还要记住,每个下拉列表中都有空条目。...我们知道我们已经将期望值存储为Enum中的“ label ”参数,但是我们还需要处理下拉菜单中显示的空文本选项。...请记住,我们将使用Selenium读取网页中的值,并将它们作为String返回,我们可以创建一个预期的String国家值列表。首先,我将创建列表并向其中添加第一个元素,它是一个空字符串。...在枚举中,这些存储为字符串属性的“ city ”列表。我们将通过首先向列表中添加一个空字符串来创建期望值列表。然后,我们将使用'addAll()'方法立即添加' 城市 '列表中的所有项目。

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