首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

Day07 生信马拉松-数据整理中的R

中T开头的字符串,输出逻辑向量 str_ends(x2,"e") #判断x2中e结尾的字符串,输出逻辑向量 1.5 字符串替换 x2 str_replace(x2,"o","A") #每个元素里面只替换第一次出现的目标字符...,将样本名转化为data.frame中的第一列 ggplot2对行名并不友好,通常要使样本名转化为data.frame中的第一列,防止在后续代码运行过程中行名丢失 图片 图片 step2 把原来的行名转变为第一列...("gene",1:3) #设置行名 colnames(exp) = paste0("test",1:6) #设置列名 exp[,1:3] = exp[,1:3]+1 exp 6.2.2 数据整理 library...(tidyr) library(tibble) library(dplyr) #加载数据整理需要的包 dat = t(exp) %>% #将matrix进行行列转置 as.data.frame()...### ggplot2 分面相关设置(facet)详解 7.一些实操中的便捷函数 7.1 match() 函数 load("matchtest.Rdata") x y ## 把y的列名正确替换为x里面的

23900
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    R语言基础5(绘图基础)

    可用于向量取子集; str_replace(x,"o","a")#将x中的o替换为a,只替换出现的第一个o; str_replace(x,"o|s","a")#将x中的o或者s替换为a,只替换出现的第一个...o; str_replace_all(x,"o","a")#将x中的o替换为a,替换所有的o; str_remove(x," ")##将x中的第一个空格删除; str_remove_all(x," ")...)) #从大到小 # distinct,数据框按照某一列去重复 distinct(test,Species,.keep_all = T)##将Species列去重复,保留所有列; # mutate,...5) %>% as.matrix() %>% head(50) %>% pheatmap::pheatmap() ##将管道符前面所有的结果传递给后面的函数,作为他的第一个参数 #用之前需要加载...#对列表向量中的每个元素实施相同的操作 lappy(1:4,rnorm) 两个数据框的连接 #inner_join:取交集 #full_join:全连接 #left_join:左连接 #right_join

    35871

    2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

    本节课涉及到的R包主要有三个:stringr、dplyr、tidyr 课前准备工作: options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...5到9个字符 4. str_detect() 字符串检测【重要】 -(1)判断每个字符串含不含有某个字母或者多个字母的组合; -(2)判断之后得到一个与x2相等的逻辑值向量; -(3)可以用来做“根据逻辑值提取...gene", #新的列名叫gene values_to = "count") #由原来的值转换得到的那一列的列名叫count 图片 2....如何挑出30个数里最大的五个 -(1)排序 -(2)取最后五个 图片 3.向量/列表的隐式循环-lapply() 对列表/向量中的每个元素实施相同的操作 lapply(1:4,rnorm) #批量画图...加载test1.Rdata,将两个数据框按照probe_id列连接在一起,按共同列取交集 #2.

    3.6K80

    R 数据整理(七:使用tidyr和dplyr处理数据框 2.0)

    dplyr 包的 distinct() 函数可以对数据框指定若干变 量,然后筛选出所有不同值,每组不同值仅保留一行。...按列号 select(test,1) select(test,c(1,5)) 按列名 如果想要用向量来存放希望筛选的列名,需要使用函数 one_of 来存放该向量。...2.10 表格的拆分与合并 将同一列中的内容分为两列内容。或将两列内容合并为同一列内容。 首先还是可以创建一个数据框。...nest 与unnest 对于数据框,我们可以使用split 将数据框按某列拆分为多个数据框,并储存在列表中。...nest 和 unnest 函数,可以将子数据框保存在 tibble 中,可以将保存在 tibble 中的子数据框合并为一个大数据 框。

    10.9K30

    生信入门马拉松之R语言基础-脚本项目管理、条件循环、表达矩阵和一丢丢数据挖掘(Day 7)

    save(pd,exp,gpl,file = "steploutput,Rdata"),这句代码将几个第一个脚本有用的变量保存到Rdata文件中,下次使用这些变量时直接加载load这个Rdata文件即可...undefined表格文件需要赋值,读取参数不同导致读取结果不同,不能在后续代码中同等处理。Rdata可以保存多个变量,下次使用只需要一次load可以的到多个数据。...加载test1.Rdata,将两个数据框按照probe_id列连接在一起,按共同列取交集load("test1.Rdata")library(dplyr)merge1 列名3.2 表达矩阵和画图函数对应的参数要求不一致。怎么办?更改数据的文件类型。...生信实战中R语言的几个重点函数【小洁老师语录】编程能力,就是解决问题的能力,也是变优秀的能力R语言基础入门课程-到此结束7. 数据挖掘生信技能树小洁老师7.1 为什么数据挖掘?

    19000

    两个神奇的R包介绍,外加实用小抄

    新建一个数据框并赋值给bioplanet这个变量(赋值符号列名”=列值,这里列名要加双引号。这里涉及的几个给列填充数值的函数有 rep,重复,括号中填要重复的字符和重复次数。...paste,连接两个字符串,括号要填两个代连接字符并指定分隔符(sep),没有分隔符就填sep=“”。 1:3表示从1到三。...如需一列中需要填入三个无规律的数字,可以用向量c(1,3,4),同样如果填是字符串也需要加双引号。 认识Tidy Data TidyData?泰迪数据是神马数据?我想到了如下两坨: ?...(正常来说列名不需要加‘’,大概是因为示例中这个列名是纯数字的缘故。) 其中,需合并的列名也可以列在最后,这样,key=和value=可以省略。...这是根据相同的列名进行合并,当在两个表格中列名不一样时,需要在括号内加 by=c("col1"="col2") 其中col1和2分别是在两个表格中的需合并的列名 semi_join,anti_join

    2.5K40

    从零开始的异世界生信学习 R语言部分 06 R应用专题

    ) arrange(test, Sepal.Length) #按照一列的顺序将所有数据框从小到大排序,列名不带引号, arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小 排序...x3 = arrange(x2,Sepal.Length) ##按照Sepal.Length给x2排序 # 2.管道符号传递,简洁明了,代码易读 x = iris %>% ##%>%表示传递,一次作为后一个函数的第一个参数...list,使用下标循环,可以将每次循环的结果都保存到列表中 ## cbind 按列拼接 a = rnorm(10) b = 1:10 cbind(a,b) ##do.call() 函数是对列表 list...##选择那几列的列名合成在一起组成新的一列 names_to = "gene", ##新的列的名字 values_to = "count"...apply(test, 1, sum) ##对test数据框的每一行求和 图片 图片 ### 2.lapply(list, FUN, …) # 对列表/向量中的每个元素(向量)实施相同的操作

    2.5K30

    生信技能树- R语言-day7

    (dplyr)arrange(test, Sepal.Length) #默认根据这一列从小到大给整个数据框排序arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小distinct...duplicated(mm)] 提取没有重复的第一次出现的mutate,数据框新增一列mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) new是新产生的列名新加之后...嵌套,代码不易读pheatmap::pheatmap(head(as.matrix(select(iris,-5)),50))管道符号传递,简洁明了iris %>%select(-5) %>%as.matrix...对列表/向量中的每个元素实施相同的操作lapply(1:4,rnorm)两个数据框的链接merge可以合并inner_join:交集都存在的取inner_join(test1,test2,by="name...gene,count))+geom_boxplot(aes(fill = group))+theme_bw()p一些其他函数1.match-----load("matchtest.Rdata")xy如何把y的列名正确替换为

    10400

    R语言入门(一)之数据处理

    air.hole <- c(10,12.5,12.5,12.5,……) #产生向量,将(10,12.5,12.5,12.5,……)中的值赋予到air.hole length(air.hole) ?...;rep() 重复一个对象 #rep(x,times):x是要重复的对象(例如向量c(1,2,3)),times为对象中每个元素重复的次数(如times=c(9,7,3)就是将x向量的1重复9次,2重复...str(a1) #以简洁的方式显示对象的数据结构及内容 summary(a1) #可以提供最小值、最大值、四分位数和数值型变量的均值,以及因子向量和逻辑型向量的频数统计 ?...dplyr::rename(a2.2, Flower = Species) #将a2.2数据中的Species标题改成Flower后显示 ?..." = "Journal")) #merge 函数类似于 Excel 中的 Vlookup,可以实现对两个数据表进行匹配和拼接的功能;by.x,by.y:指定依据哪些行合并数据框,默认值为相同列名的列

    10.2K40

    vue3 model.ts render中的按钮被点击时将事件传递到vue页面

    背景:列表中的字段配置放在model.ts中,models.ts中某个字段可以点击,当点击发生时需要将点击事件传递到vue页面,页面再做出相应处理。...我的model.ts配置的表格列:再点击button时,该点击事件仅在model.ts内可用,无法传递到外部,所以使用vue的依赖注入方法,代码也比较简单,我的感受是有点类似于emit。...vue'; const fieldClicked = inject('fieldClicked'); // 注入方法 fieldClicked(row); // 调用方法在实际代码中的体现...想要了解更多相关知识,可以查看我以往的文章,其中有许多精彩内容。记得关注我,获取及时更新,我们可以一起学习、讨论技术,共同进步。感谢你的阅读与支持,期待在未来的文章中与你再次相遇!...我的微信公众号:【xdub】,欢迎大家订阅,我会同步文章到公众号上。

    9210

    表达矩阵转换为数据框画图

    主要介绍使用pivot_longer进行长宽数据转换,这两个函数都是来自于tidyr包 问题背景 现在有一个表达矩阵,要画箱线图 但是,上面表格不满足向ggplot2画箱线图的函数传递参数的需求,要变换成数据框把所有数字变成一列传递给...首先行列转置 把原来的行名变成第一列 把原来的列名变成第二列 就变成数据框形式了。也就是把宽数据变成长数据。 代码如何实现?...) library(dplyr) dat = t(exp) %>% # 先转置 as.data.frame() %>% # 变成数据框 rownames_to_column() %>% # 行名变成一列...(cols = starts_with("gene"), # gene开头的列 names_to = "gene", # 列名归为gene列...列名中含有数值型数据,可以names_prefix/names_transform提取,可以用readr包中的parse_number()函数直接解析 列名中含有多个变量可以用正则表达式拆分成多列 一行有多个观测

    11310

    Learn R 专题1-3

    ,即x中只有一个元素 [1] 1 y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152") #y是字符型向量,由三个字符串组成的向量 #“jimmy 150”...加载test1.Rdata,将dat数据框按照logFC从小到大排序 load('test1.Rdata') library(dplyr) x=arrange(dat,logFC);head(x) 2....14 #do.call 将列表里的元素进行批量的操作;cbind是按列拼接起来(向量长度得是相同的) 长脚本管理方式 if(T){} #运行{}中的代码;可折叠 if(F){} #跳过{}中的代码...colnames(exp) = paste0("test",1:6) #矩阵加上列名 exp[,1:3] = exp[,1:3]+1 #在前三列原有的基础上加上1 exp 数据格式变动 library...1000) #每个基因的方差排序 每行计算方差,取后1000个 names(tail(sort(apply(test,1,var)),1000)) # 将后1000个的基因名称提取出来 对列表/向量中的每个元素

    1.5K00
    领券